genome.fa.s8656.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008656.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111650_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2456495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2118656--2118728	31	2.2	34	83	9	98	41	6	1	50	1.37
2118682--2118724	14	2.9	15	89	10	70	41	4	0	53	1.21
2118682--2118729	14	3.5	14	86	11	64	41	4	0	54	1.20
2118748--2118831	8	10.9	8	79	14	70	53	2	8	35	1.44
2118782--2118841	2	29.0	2	74	12	50	55	1	3	40	1.27
2118715--2119014	111	2.7	105	81	12	329	50	3	8	38	1.48
2118859--2118947	18	4.8	17	74	18	63	56	4	5	33	1.43
2118767--2118957	40	5.4	34	75	18	135	52	3	7	36	1.45
2118903--2118948	20	2.1	23	84	11	62	56	2	4	36	1.31
2119038--2119083	22	2.1	21	84	11	58	58	2	2	36	1.22
2119052--2119210	2	80.5	2	67	18	66	40	5	0	53	1.29
2119059--2119118	28	2.1	28	90	0	93	45	5	0	50	1.23
2119072--2120512	20	67.6	21	67	21	189	41	5	3	49	1.43
2119066--2120497	42	34.3	43	68	22	212	41	5	3	49	1.43
2119066--2119672	28	21.9	28	67	23	129	38	6	3	52	1.43
2119169--2119277	27	4.3	26	72	21	74	33	5	1	58	1.32
2119087--2119278	86	2.3	84	81	9	212	35	6	1	55	1.36
2119566--2120518	2	478.0	2	62	21	190	43	5	2	48	1.41
2119352--2119670	44	7.6	43	74	20	195	36	6	2	54	1.40
2119078--2119720	323	2.0	322	79	10	690	38	6	3	51	1.44
2119934--2120518	9	64.4	9	63	27	58	42	5	2	48	1.42
2119576--2120458	453	2.0	443	83	9	1101	43	5	3	48	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2119549--2120478	11	89.9	10	65	19	110	43	5	2	48	1.41
2119559--2120510	20	46.2	20	70	20	299	43	5	2	48	1.41
2124209--2124262	28	1.9	28	81	7	65	44	5	3	46	1.44
2127158--2127203	24	1.9	24	82	8	58	50	0	0	50	1.00
2129465--2129495	16	1.9	16	93	0	53	77	0	19	3	0.90
2131965--2131999	17	2.1	17	89	5	54	31	14	0	54	1.40
2132613--2132670	22	2.6	22	77	0	62	41	6	31	20	1.79
2138268--2138351	34	2.5	34	76	3	89	28	13	14	44	1.82
2139078--2139128	21	2.3	23	90	6	79	29	3	33	33	1.76
2139078--2139201	23	5.3	23	70	24	91	28	4	36	31	1.76
2139095--2139239	11	12.2	12	69	25	71	28	4	37	30	1.76
2139097--2139240	36	4.0	36	96	0	270	27	4	36	30	1.78
2139100--2139237	23	5.8	24	70	23	78	27	4	37	30	1.76
2143574--2143731	11	13.2	12	72	24	106	28	2	37	31	1.71
2143573--2143709	25	5.7	24	72	25	105	28	2	36	32	1.70
2143556--2143732	36	4.9	36	92	0	293	28	3	36	31	1.74
2143556--2143731	72	2.5	72	96	0	327	28	2	36	31	1.72
2143556--2143729	23	7.3	24	73	22	111	28	2	36	32	1.72
2147051--2147176	15	8.4	15	71	11	98	30	3	37	28	1.73
2147051--2147176	30	4.2	31	82	9	120	30	3	37	28	1.73
2148997--2149061	23	3.1	20	81	12	76	35	3	21	40	1.69
2148986--2149035	13	4.0	13	77	17	52	32	2	24	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148998--2149041	23	1.9	23	100	0	88	31	0	25	43	1.55
2149024--2149063	20	2.0	20	95	0	71	40	7	17	35	1.78
2153483--2153524	4	11.0	4	80	10	52	26	0	0	73	0.83
2153486--2153524	15	2.6	15	100	0	78	28	0	0	71	0.86
2157327--2157357	7	4.4	7	100	0	62	0	41	0	58	0.98
2157720--2157755	15	2.3	15	90	4	54	2	0	25	72	0.98
2158809--2158858	22	2.3	23	89	10	86	50	8	10	32	1.65
2161268--2161297	16	1.9	16	93	6	53	46	0	3	50	1.18
2162009--2162041	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
2163915--2163942	14	2.0	14	100	0	56	42	28	7	21	1.79
2164097--2164262	60	2.8	60	82	4	165	31	19	6	42	1.76
2165231--2165263	16	2.1	16	94	0	57	54	9	18	18	1.69
2165260--2165393	36	3.7	36	84	7	191	18	23	20	37	1.94
2165260--2165405	72	2.0	72	93	0	247	17	23	20	38	1.93
2168530--2168577	18	2.5	20	76	13	55	45	0	0	54	0.99
2169085--2169115	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
2173548--2173608	28	2.2	28	85	5	79	19	8	29	42	1.80
2177861--2178306	182	2.5	181	92	2	729	28	15	12	43	1.84
2178180--2178634	111	4.1	111	92	2	722	25	15	14	45	1.83
2179656--2179709	27	2.0	27	92	0	90	25	18	11	44	1.83
2179912--2179970	28	2.1	29	93	3	102	30	30	1	37	1.68
2181227--2181252	10	2.6	10	100	0	52	0	0	7	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2183856--2183912	28	2.0	28	86	6	80	42	31	8	17	1.80
2187240--2187305	30	2.2	29	86	2	96	56	9	9	25	1.60
2189104--2189272	86	2.0	85	89	4	259	27	18	24	28	1.98
2194098--2194140	13	3.2	13	78	18	52	53	11	16	18	1.72
2196033--2196093	32	1.9	32	86	6	88	55	11	13	19	1.67
2198000--2198067	29	2.4	28	82	7	91	60	13	7	19	1.56
2197965--2198061	31	3.2	29	79	5	104	55	12	10	21	1.66
2205992--2206150	78	2.0	78	80	2	176	32	18	24	24	1.97
2208052--2208837	264	3.0	262	87	3	1100	19	26	16	37	1.92
2213627--2213676	3	16.7	3	80	12	50	40	0	0	60	0.97
2213627--2213676	15	3.4	14	86	10	64	40	0	0	60	0.97
2213627--2213688	18	3.2	20	78	14	67	43	0	0	56	0.99
2215219--2215299	2	40.5	2	97	0	153	49	0	0	50	1.00
2216092--2216144	25	2.1	26	85	3	72	24	1	0	73	0.93
2216105--2216144	20	1.9	22	90	10	66	25	0	0	75	0.81
2220758--2220787	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2221110--2221192	8	9.4	8	75	19	67	80	2	15	1	0.87
2221112--2221147	18	2.0	18	100	0	72	77	0	22	0	0.76
2221110--2221192	18	4.8	16	77	15	67	80	2	15	1	0.87
2221115--2221192	28	3.0	25	77	15	68	82	2	14	1	0.85
2221798--2221859	32	1.9	32	90	6	99	43	17	19	19	1.88
2223489--2223708	114	1.9	114	92	0	368	33	14	20	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226175--2226229	22	2.5	22	90	0	92	36	9	14	40	1.78
2226743--2227071	165	2.0	167	90	3	518	35	14	12	37	1.84
2227074--2227936	76	11.4	76	96	0	1570	23	19	21	34	1.96
2227074--2227936	226	3.8	228	96	0	1570	23	19	21	34	1.96
2228092--2228157	3	21.7	3	78	9	71	40	0	0	59	0.98
2230061--2230108	23	2.0	25	84	8	64	45	2	0	52	1.12
2234967--2235511	4	133.8	4	80	10	453	43	22	4	29	1.73
2237104--2237234	19	7.7	19	65	23	76	41	19	23	15	1.89
2237104--2237230	33	3.8	33	85	4	184	41	18	23	15	1.89
2237105--2237237	66	2.0	66	94	0	230	40	18	23	17	1.91
2237245--2237301	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2237234--2237315	33	2.5	32	92	3	137	12	23	19	45	1.84
2237424--2237459	13	2.6	14	82	8	56	44	25	0	30	1.54
2238804--2238870	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2239235--2239280	18	2.6	18	100	0	92	41	0	21	36	1.54
2240919--2241040	20	6.8	19	66	23	68	42	18	24	13	1.87
2240944--2241040	33	2.9	33	89	1	140	40	20	25	13	1.89
2241046--2241078	17	1.9	17	93	0	57	3	12	24	60	1.46
2241632--2241682	20	2.5	20	90	0	75	27	21	25	25	1.99
2241693--2241746	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
2241817--2241857	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2242055--2242126	27	2.7	27	82	0	81	41	5	4	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242261--2242355	18	5.9	17	72	20	71	46	4	8	41	1.53
2242261--2242399	62	2.1	67	87	9	198	45	5	7	42	1.53
2242278--2242424	33	4.5	32	80	11	158	43	6	6	42	1.57
2242359--2242416	17	3.5	17	69	21	59	41	5	6	46	1.53
2242261--2242423	68	2.5	66	83	9	185	44	6	7	42	1.57
2242482--2242616	60	2.2	60	86	2	182	46	6	9	37	1.63
2243205--2243248	12	3.7	12	87	0	52	43	47	0	9	1.35
2243214--2243354	6	23.7	6	73	1	86	43	41	4	9	1.58
2243529--2243559	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2245239--2245299	23	2.7	23	82	2	70	24	13	27	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12