genome.fa.s8656.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008656.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111650_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2456495

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811004--811245	32	8.5	32	70	27	224	37	0	9	52	1.34
811031--811073	22	2.0	22	90	0	68	39	0	9	51	1.34
810995--811357	54	6.6	54	83	8	459	36	0	10	52	1.39
811085--811127	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
811096--811342	80	3.0	81	82	10	290	35	0	11	53	1.37
811170--811223	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
811058--811259	18	11.8	16	66	26	78	36	0	9	53	1.34
811305--811347	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
811372--811430	31	1.9	31	92	0	100	44	6	6	42	1.57
812280--812314	18	1.9	18	88	0	52	51	5	2	40	1.40
813501--813537	18	2.1	18	89	0	56	72	0	5	21	1.04
814926--815285	5	73.6	5	89	10	443	55	0	1	42	1.08
815268--815340	31	2.4	30	80	11	78	47	5	0	46	1.25
815266--815372	29	3.3	32	73	12	85	46	6	0	45	1.35
815264--815372	34	3.4	33	74	14	93	46	6	0	45	1.34
814937--815286	2	193.0	2	76	23	368	55	0	1	43	1.08
815317--815475	36	4.4	35	78	14	114	44	9	3	43	1.52
823572--823604	12	2.8	12	86	13	50	42	9	3	45	1.51
829317--829444	53	2.4	52	88	3	177	29	22	14	33	1.93
842744--842793	24	2.1	24	88	7	75	24	16	26	34	1.95
849118--849156	17	2.4	17	95	4	71	28	10	15	46	1.78
850241--850281	20	2.0	21	85	4	57	46	29	7	17	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851015--851050	18	2.0	18	100	0	72	66	0	5	27	1.13
851006--851070	15	4.2	14	80	18	51	64	0	6	29	1.17
852461--852599	5	27.8	5	95	0	179	48	18	12	20	1.81
852648--852791	37	3.7	38	81	14	129	48	9	2	38	1.51
852648--852772	37	3.3	38	81	15	134	48	8	3	39	1.50
852653--852791	42	3.5	40	82	14	150	47	9	2	40	1.51
852929--853022	2	47.0	2	100	0	188	50	0	0	50	1.00
855942--855976	4	8.8	4	100	0	70	25	0	0	74	0.82
859512--859578	25	2.7	25	100	0	134	32	14	7	44	1.74
860640--860686	17	2.6	19	86	10	71	21	6	0	72	1.07
860812--860841	13	2.3	13	94	0	51	33	0	0	66	0.92
882386--882427	17	2.5	17	84	3	50	30	19	19	30	1.96
887860--887925	32	2.1	32	94	0	114	19	18	18	43	1.88
891909--891977	23	3.1	23	84	14	99	11	44	18	24	1.83
891912--891978	21	3.1	20	87	12	89	10	44	19	25	1.82
896828--896852	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50
898283--898311	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
898329--898496	85	2.0	85	84	2	221	30	17	19	32	1.94
898474--898510	13	2.8	13	87	0	56	32	16	21	29	1.95
898468--898519	13	4.0	13	79	0	50	34	19	19	26	1.95
907612--907731	64	1.9	63	96	3	224	36	15	16	31	1.90
919541--919770	112	2.1	111	87	0	334	30	16	17	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925162--925232	23	3.2	22	84	5	90	18	26	28	26	1.98
934670--934897	112	2.0	112	91	0	368	28	16	18	35	1.93
936139--936164	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
936333--936368	14	2.6	14	90	0	54	25	13	2	58	1.49
936467--936524	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
940712--940756	19	2.4	19	80	20	51	20	8	0	71	1.12
946226--946285	30	2.0	30	90	0	93	23	28	23	25	2.00
950034--950086	22	2.4	22	84	9	72	24	5	11	58	1.54
950204--950241	20	1.9	20	94	0	67	21	2	0	76	0.91
957271--957345	36	2.1	36	85	2	98	50	9	16	24	1.73
958259--958311	23	2.4	22	81	9	63	22	5	13	58	1.56
959177--959226	14	3.8	13	80	17	50	24	4	0	72	1.02
959192--959232	14	2.9	15	79	13	52	19	7	0	73	1.07
961552--961619	8	9.0	8	72	23	58	76	0	20	2	0.92
961554--961625	14	4.9	15	77	13	62	77	0	19	2	0.88
961556--961625	15	4.8	15	77	13	67	78	0	18	2	0.87
961556--961719	9	17.2	9	68	17	73	76	2	15	6	1.09
961556--961649	23	4.2	22	78	15	79	77	2	15	4	1.02
961552--961718	20	9.0	18	68	20	78	75	2	16	5	1.10
961553--961614	29	2.2	28	82	8	72	77	0	19	3	0.90
961553--961724	32	5.2	31	70	20	102	76	2	15	5	1.08
961571--961724	68	2.3	62	79	17	168	76	2	14	6	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
961573--961716	69	2.2	65	81	14	161	75	2	14	6	1.12
962910--963000	29	3.2	28	72	10	76	50	3	5	40	1.42
962923--963003	28	2.9	27	79	5	81	46	2	8	41	1.48
962949--963145	29	6.8	29	81	7	188	53	8	5	32	1.53
962949--963145	87	2.3	85	80	7	209	53	8	5	32	1.53
964358--964505	61	2.4	61	79	2	154	37	16	19	27	1.93
967960--968069	9	11.6	10	70	21	53	4	20	0	75	0.97
967960--968069	28	3.9	27	76	12	105	4	20	0	75	0.97
967985--968069	35	2.5	32	85	10	116	5	20	0	74	1.03
968326--968363	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
972185--972224	21	2.0	20	86	13	57	62	7	12	17	1.52
975191--975246	29	1.9	29	82	7	69	53	1	12	32	1.49
977175--977209	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
978430--978472	19	2.3	19	100	0	86	23	4	18	53	1.63
980637--980692	26	2.1	26	78	18	62	35	3	1	58	1.26
986320--986488	59	2.9	59	87	0	212	36	21	5	37	1.76
986407--986491	31	2.9	28	69	19	75	32	24	3	38	1.73
987807--987920	60	1.9	60	83	7	151	30	14	15	39	1.87
989493--989533	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
990344--990403	28	2.2	28	81	3	77	51	6	13	28	1.66
995328--995391	12	5.3	13	81	7	66	34	1	3	60	1.22
995336--995391	3	18.7	3	85	7	69	33	1	3	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996295--996350	8	7.2	8	84	15	66	78	0	10	10	0.96
996292--996346	11	5.5	11	83	16	68	81	0	9	9	0.87
996287--996350	30	2.1	29	88	8	92	79	0	10	9	0.93
997212--997693	136	3.5	136	91	1	734	34	17	22	25	1.96
997977--998006	9	3.3	9	90	0	51	33	0	6	60	1.23
998882--998998	8	15.1	8	88	9	181	78	0	11	10	0.96
999862--1000354	136	3.6	135	87	3	702	35	17	21	26	1.95
1013546--1013590	9	5.1	9	94	5	83	77	0	11	11	0.99
1013535--1013590	18	3.2	17	90	9	87	75	0	12	12	1.06
1014451--1014809	136	2.6	135	85	1	493	35	16	20	26	1.94
1021690--1022030	54	6.4	54	86	3	456	27	19	20	31	1.97
1021698--1022030	160	2.1	162	86	4	469	27	19	20	32	1.97
1022355--1022470	42	2.8	41	77	11	103	28	25	11	34	1.90
1029186--1029223	18	2.2	18	90	4	60	23	13	21	42	1.88
1032414--1032463	16	3.3	15	88	5	66	10	10	0	80	0.92
1034823--1034896	37	2.0	37	94	5	132	48	5	18	27	1.70
1036812--1036945	59	2.3	59	93	0	241	31	20	14	33	1.93
1037182--1037211	13	2.3	13	94	0	51	30	20	6	43	1.77
1037020--1037200	98	1.8	99	82	3	231	32	21	14	30	1.94
1037018--1037226	98	2.1	99	78	4	226	31	22	16	30	1.95
1038820--1038888	25	2.8	24	69	6	57	4	37	2	55	1.35
1038820--1038933	50	2.3	50	86	3	149	3	36	5	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1042431--1042497	24	2.8	25	76	13	77	44	25	0	29	1.54
1042433--1042566	54	2.6	52	84	11	170	42	24	2	29	1.69
1042469--1042555	26	3.3	25	72	23	79	41	27	3	27	1.72
1042565--1042635	25	2.9	24	69	21	65	53	23	2	19	1.58
1042576--1042771	107	1.8	105	88	4	295	53	20	5	20	1.65
1045574--1045615	19	2.2	19	91	8	68	28	7	38	26	1.82
1046051--1046268	59	3.7	59	90	1	321	30	21	14	33	1.93
1048849--1049174	162	2.0	162	100	0	652	40	13	15	30	1.85
1050717--1050818	49	2.1	50	83	1	125	21	28	26	23	1.99
1054971--1055016	22	2.0	24	87	8	69	45	4	19	30	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12