genome.fa.s8716.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111769_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5677467

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2077008--2077037	2	14.5	2	93	6	51	50	3	0	46	1.18
2077037--2077102	32	2.1	32	82	0	78	40	4	9	45	1.56
2084260--2084325	15	4.4	15	92	0	114	36	6	19	37	1.77
2084260--2084341	30	2.8	30	92	1	130	37	7	18	36	1.79
2084255--2084341	15	5.9	15	84	2	104	40	6	18	34	1.77
2084324--2084393	20	3.5	20	98	0	122	40	10	12	37	1.77
2084560--2084624	28	2.3	27	82	15	78	50	1	1	46	1.20
2084559--2084651	31	3.1	31	76	17	81	52	2	1	44	1.20
2084673--2084733	21	2.7	22	78	9	61	52	0	0	47	1.00
2084631--2084729	45	2.1	48	81	9	114	50	1	1	47	1.14
2084922--2085041	42	2.9	42	98	0	231	44	19	20	15	1.87
2087537--2087592	10	5.6	10	79	8	60	23	5	5	66	1.34
2089844--2089939	12	7.9	12	73	6	68	35	14	20	29	1.93
2089843--2089904	24	2.5	24	87	7	81	35	12	20	30	1.91
2089843--2089901	13	4.8	13	70	17	54	33	13	22	30	1.92
2090924--2090985	25	2.5	26	78	7	65	37	8	17	37	1.80
2091004--2091647	37	17.9	37	68	16	302	34	13	16	34	1.88
2091204--2091448	25	9.9	25	69	9	110	36	12	16	34	1.86
2091011--2091459	12	36.8	12	65	12	108	34	14	16	34	1.89
2091211--2091351	49	2.9	49	73	10	135	36	12	17	33	1.87
2091340--2091481	62	2.3	62	84	7	173	37	12	16	33	1.86
2091598--2091668	12	6.0	11	71	19	54	32	12	18	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091589--2092422	25	34.2	24	71	9	196	32	14	17	34	1.91
2091652--2091736	34	2.5	34	98	0	161	34	11	18	35	1.88
2091717--2091782	12	5.4	12	71	10	53	33	15	19	31	1.93
2091717--2092422	25	28.7	25	73	6	263	32	15	17	34	1.92
2091907--2092320	37	11.5	37	67	14	152	33	15	17	34	1.91
2092035--2092181	49	3.0	49	86	1	204	29	15	19	35	1.93
2091857--2092212	12	28.9	12	62	8	79	32	14	17	34	1.91
2092112--2092366	99	2.6	100	79	9	281	33	14	18	33	1.91
2092059--2092422	74	4.9	73	72	9	245	32	14	17	35	1.91
2092240--2092341	37	2.8	36	83	5	123	33	14	18	33	1.91
2092244--2092422	37	4.8	37	68	10	114	33	13	18	34	1.90
2093676--2093741	12	5.4	12	76	3	69	30	13	16	39	1.87
2093651--2094376	37	19.1	37	69	16	339	33	13	17	35	1.89
2093713--2093826	49	2.4	48	81	1	138	27	15	21	35	1.94
2093810--2093874	25	2.6	25	80	0	76	32	10	18	38	1.85
2093860--2093925	12	5.4	12	73	7	53	31	12	18	37	1.87
2093904--2093971	21	2.9	25	70	17	63	35	16	14	33	1.89
2093855--2094033	95	1.9	96	86	5	256	35	13	14	35	1.86
2094077--2094193	25	4.7	25	84	2	146	34	10	17	38	1.83
2094077--2094186	49	2.2	50	83	1	141	34	10	17	37	1.85
2094153--2094344	72	2.6	72	83	4	199	34	15	18	32	1.92
2094307--2094438	62	2.1	62	94	0	228	30	14	18	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094372--2094443	37	1.9	37	82	0	90	30	15	18	36	1.91
2094422--2094468	12	3.9	12	80	0	58	34	23	17	25	1.96
2094460--2094504	21	2.1	21	84	8	56	33	13	17	35	1.89
2094533--2094590	25	2.3	25	96	0	107	27	15	15	41	1.87
2094606--2094797	37	5.2	37	74	3	147	32	14	16	36	1.89
2094642--2094707	25	2.6	25	80	0	78	30	15	18	36	1.91
2094622--2094916	136	2.2	136	75	6	317	32	14	16	36	1.89
2094753--2094917	25	6.6	25	75	1	152	33	15	15	35	1.88
2094787--2094932	74	2.0	74	86	0	202	32	17	17	32	1.93
2106806--2107158	112	3.2	111	92	2	591	45	13	15	25	1.83
2107030--2107478	182	2.5	181	93	0	754	43	12	16	27	1.84
2108101--2108148	23	2.1	23	88	0	69	39	14	8	37	1.76
2111974--2112042	20	3.5	20	66	15	61	37	17	2	42	1.64
2111978--2112055	40	2.0	39	97	2	147	38	14	3	43	1.63
2112274--2112395	6	20.5	6	99	0	237	0	16	50	32	1.45
2112491--2112641	20	7.3	20	82	11	198	14	19	23	42	1.88
2112498--2112641	40	3.5	40	93	3	234	14	20	24	40	1.89
2114969--2115042	36	2.1	36	87	5	105	48	5	0	45	1.25
2118585--2118621	16	2.2	17	90	4	58	48	0	0	51	1.00
2118589--2118624	18	1.9	19	88	5	56	50	0	0	50	1.00
2125638--2125677	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2129508--2129534	5	5.4	5	100	0	54	0	18	37	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130180--2130251	24	3.0	23	73	15	74	54	11	0	34	1.36
2140543--2140670	63	2.0	63	89	0	193	42	14	8	33	1.77
2141397--2141427	2	15.0	2	93	6	53	48	0	3	48	1.17
2143193--2143226	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2143471--2143502	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2145128--2145157	15	2.0	15	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2156483--2156530	24	2.0	24	91	0	78	35	4	10	50	1.56
2157301--2157347	20	2.4	19	76	13	51	38	2	2	57	1.23
2159564--2159736	20	8.6	20	87	5	242	33	28	19	19	1.96
2160116--2160186	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
2160266--2160342	21	3.7	21	81	6	102	48	16	22	12	1.80
2160327--2160383	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
2160320--2160388	33	2.1	33	100	0	138	47	20	23	8	1.77
2160325--2160396	33	2.2	33	94	0	126	47	23	20	8	1.77
2160417--2160473	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
2160400--2160522	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
2160458--2160522	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
2161318--2161384	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
2161679--2161748	29	2.4	29	92	0	113	38	12	10	38	1.77
2162051--2162205	69	2.2	69	87	2	213	17	27	26	28	1.98
2162185--2162227	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
2168237--2168303	22	3.0	22	97	0	125	28	26	25	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2168598--2168667	29	2.4	29	92	0	113	38	12	10	38	1.77
2168969--2169122	69	2.2	68	87	1	209	17	27	26	28	1.98
2169102--2169144	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
2171320--2171634	93	3.4	93	98	0	605	22	13	18	45	1.85
2171750--2171806	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
2171764--2171855	19	5.4	18	72	24	65	46	28	17	7	1.75
2171732--2171855	33	3.7	33	91	1	185	45	27	17	8	1.78
2171781--2171839	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
2171851--2172023	19	9.6	19	76	12	159	10	20	23	45	1.81
2171873--2171929	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
2171851--2172023	33	4.8	38	80	8	168	10	20	23	45	1.81
2173946--2173981	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2174088--2174185	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
2174088--2174204	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
2174218--2174384	33	4.8	33	72	18	151	13	24	17	44	1.84
2174200--2174509	72	4.4	71	78	15	304	13	23	17	45	1.84
2174200--2174523	53	6.1	53	91	7	511	13	23	17	45	1.84
2176996--2177042	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2177734--2177962	20	11.4	20	85	3	228	19	17	25	37	1.94
2178607--2178663	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
2179941--2180015	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
2180027--2180211	80	2.3	81	91	4	293	38	8	8	44	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2181241--2181267	14	1.9	14	100	0	54	29	18	14	37	1.91
2185399--2185440	22	1.9	22	90	9	68	59	30	2	7	1.37
2188846--2188880	6	5.8	6	93	0	52	0	51	5	42	1.25
2188846--2188880	12	2.9	12	91	0	61	0	51	5	42	1.25
2198785--2198815	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
2200694--2200731	19	2.0	20	84	5	51	36	13	0	50	1.42
2201510--2201549	16	2.5	16	91	0	62	52	10	2	35	1.48
2206001--2206030	14	2.1	14	93	0	51	26	33	3	36	1.73
2208346--2208419	21	3.6	21	74	3	78	14	18	31	35	1.92
2208342--2208503	41	4.1	41	82	13	214	16	20	25	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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