genome.fa.s8716.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111769_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5677467

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--8008	7	1168.7	7	94	4	14264	42	43	0	14	1.46
8013--8117	7	15.4	7	94	5	189	14	57	28	0	1.38
8013--8125	34	3.3	35	92	6	189	14	56	29	0	1.38
8127--8176	14	3.6	14	80	0	55	30	42	14	14	1.84
8434--8511	34	2.3	34	86	6	115	26	48	11	12	1.75
8494--8605	29	3.9	29	90	0	161	21	39	24	15	1.91
8851--8916	26	2.4	28	85	12	100	50	7	36	6	1.56
9062--9102	22	1.9	21	85	5	55	26	0	19	53	1.45
9285--9358	30	2.4	30	84	8	87	41	0	10	47	1.38
9403--9449	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
9424--9454	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
11667--11714	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
11666--11714	25	2.0	25	95	0	89	46	16	0	36	1.47
11682--12392	120	6.2	120	80	14	832	45	12	1	40	1.51
11682--12000	60	5.3	60	96	0	602	46	12	0	40	1.42
12075--12119	24	1.9	23	90	4	72	44	17	0	37	1.49
12089--12720	60	11.2	59	77	16	546	45	12	1	41	1.51
12214--12296	21	3.6	22	67	26	64	48	10	0	40	1.38
12209--12324	49	2.3	49	94	1	196	45	12	0	42	1.41
12315--12346	14	2.3	14	94	0	55	43	9	0	46	1.35
11585--12727	392	2.9	398	93	5	1951	44	12	2	40	1.57
12466--12513	14	3.6	14	81	16	66	47	16	0	35	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12485--12596	48	2.3	49	92	3	181	48	10	0	41	1.38
12583--12723	21	7.0	21	64	20	68	45	14	0	40	1.45
16228--16289	28	2.1	30	94	5	110	56	12	0	30	1.37
16712--16755	23	1.9	23	100	0	88	27	27	22	22	1.99
17710--17755	16	2.9	16	80	0	56	36	0	0	63	0.95
25338--25425	24	3.7	24	74	6	79	19	13	18	48	1.80
29362--29392	2	15.5	2	93	0	53	51	0	3	45	1.17
39759--39794	11	3.3	11	88	0	54	30	2	13	52	1.55
39809--39885	2	39.0	2	71	12	52	48	1	5	45	1.33
39810--39862	15	3.7	14	76	14	54	47	0	5	47	1.26
39853--39898	24	1.9	24	82	8	58	50	4	4	41	1.42
40304--40363	16	3.5	16	70	24	50	36	8	10	45	1.68
40362--40409	20	2.4	20	89	0	69	47	4	4	43	1.41
40382--40426	13	3.3	13	77	22	56	51	6	0	42	1.28
40074--40776	363	1.9	366	87	3	1042	43	10	7	37	1.69
40702--40804	24	4.7	23	71	19	78	40	6	8	43	1.62
40809--40917	57	2.0	51	83	11	130	40	7	7	44	1.60
40848--40895	21	2.3	21	92	0	78	43	6	4	45	1.48
41032--41084	18	3.1	17	79	15	56	43	1	5	49	1.37
41006--41141	24	5.9	23	68	16	77	45	7	3	43	1.49
41094--41162	21	3.2	21	73	13	61	49	5	1	43	1.35
41167--41305	6	23.3	6	72	17	71	46	1	1	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41159--41205	24	1.9	25	86	4	69	38	0	4	57	1.18
41147--41306	31	5.2	30	76	18	132	46	1	1	50	1.20
41198--41312	44	2.5	46	80	11	135	49	2	0	46	1.21
42062--42119	6	9.7	6	76	0	53	44	44	1	8	1.44
42062--42119	18	3.2	18	80	0	62	44	44	1	8	1.44
60181--60351	60	2.8	60	80	6	186	33	16	18	32	1.93
60475--60511	16	2.1	19	85	14	53	62	5	0	32	1.18
61292--61331	21	2.0	20	85	5	53	42	20	0	37	1.52
65802--65850	25	1.9	26	83	4	64	10	8	6	75	1.18
65809--65865	14	4.0	14	84	9	62	10	3	5	80	0.98
65810--65865	7	7.9	7	75	16	53	10	3	3	82	0.92
65900--65946	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
66037--66073	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
73590--73672	23	3.6	23	88	0	121	22	27	25	24	2.00
76921--77003	23	3.6	23	86	0	121	21	26	27	24	1.99
81968--82004	15	2.5	15	91	8	58	81	2	16	0	0.81
81961--82013	23	2.3	23	87	12	81	81	3	15	0	0.83
83073--83351	110	2.6	107	80	8	293	34	22	18	24	1.96
87165--87205	3	13.7	3	85	10	57	63	2	0	34	1.08
87441--88147	48	15.3	48	81	8	817	31	18	22	27	1.97
87484--88058	185	3.1	184	88	5	858	31	18	22	27	1.97
87484--88147	185	3.6	182	87	6	819	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87973--88149	89	2.0	89	94	0	309	29	20	22	27	1.98
87555--88162	322	1.9	322	94	0	1063	30	18	23	27	1.97
89287--89348	27	2.3	27	82	15	76	6	14	1	77	1.04
102161--102201	3	13.7	3	85	10	57	63	2	0	34	1.08
102838--102862	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
102936--102993	20	2.8	21	82	15	68	12	8	5	74	1.21
102949--102993	21	2.2	21	88	11	67	11	6	4	77	1.09
109580--109620	19	2.2	19	86	4	57	26	2	7	63	1.33
110599--110641	6	7.2	6	91	0	50	37	4	11	46	1.61
116224--116285	15	4.1	15	73	17	56	72	0	4	22	1.03
116219--116290	19	3.9	17	77	16	65	73	1	4	20	1.07
116311--116389	40	1.9	40	82	12	97	43	5	2	49	1.38
116381--116425	14	3.1	14	77	3	54	42	6	0	51	1.28
116353--116471	30	4.0	30	84	3	159	44	6	2	46	1.43
116443--116709	37	7.2	36	81	9	272	44	7	4	43	1.53
119423--119474	21	2.4	22	72	15	54	38	3	1	55	1.29
128049--128107	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
128114--128165	22	2.4	22	81	12	54	57	5	0	36	1.23
128132--128176	22	2.0	22	95	0	81	48	11	0	40	1.39
128130--128182	22	2.4	22	87	6	72	52	9	0	37	1.34
128122--129021	54	16.8	54	69	19	446	53	12	0	34	1.41
128137--128855	80	8.9	79	73	15	467	53	13	0	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128217--128263	22	2.1	22	84	0	58	57	10	2	29	1.44
128314--128986	32	24.4	32	70	24	347	53	12	0	34	1.39
128231--128511	144	1.9	145	92	2	467	52	12	0	34	1.44
128154--128623	224	2.1	225	94	1	818	53	13	0	32	1.43
128542--128600	18	3.4	18	70	13	61	57	13	0	28	1.37
128568--128877	76	4.0	76	79	8	392	52	12	0	34	1.40
128605--128697	22	4.2	22	90	6	89	54	13	0	31	1.40
128603--128687	22	3.9	22	98	0	161	51	14	0	34	1.42
128703--128751	22	2.2	22	88	3	71	55	10	0	34	1.34
128760--128832	22	3.3	22	66	19	53	54	16	0	28	1.42
128835--128877	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
128837--128885	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
128889--128931	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
128891--128939	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
128966--129113	15	9.5	15	85	10	181	50	2	0	47	1.12
128934--129113	45	3.8	45	81	11	193	51	3	0	45	1.20
129421--129570	74	2.0	74	97	0	282	30	5	6	57	1.47
129526--129586	31	2.0	31	96	0	113	32	3	8	55	1.45
129446--129564	36	3.1	39	63	26	92	31	5	5	57	1.44
146002--146052	24	2.1	25	85	3	68	56	19	5	17	1.61
154218--154276	30	1.9	30	86	3	82	38	10	15	35	1.81
154803--154852	25	2.0	26	84	4	66	50	0	4	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157930--157955	12	2.2	12	100	0	52	23	0	53	23	1.46
164995--165044	24	2.1	23	85	10	66	42	0	6	52	1.26
165566--165616	23	2.2	23	85	0	66	33	19	9	37	1.85
165576--165625	23	2.2	23	88	0	73	34	16	12	38	1.85
165558--165790	87	2.7	87	89	0	358	32	12	11	43	1.78
165662--165706	23	2.0	23	90	0	72	37	11	11	40	1.76
165740--165822	23	3.6	23	90	0	121	33	16	7	42	1.76
165656--165909	110	2.3	110	90	0	382	32	12	10	44	1.77
165763--166009	87	2.8	87	94	0	422	33	14	10	42	1.79
165850--165909	23	2.6	23	83	0	75	35	15	8	41	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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