genome.fa.s8716.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008716.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111769_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5677467

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208367--2208439	20	3.6	20	75	3	83	10	21	27	39	1.87
2208387--2208456	21	3.4	21	76	4	70	17	18	30	34	1.94
2208578--2208603	6	4.3	6	100	0	52	34	46	19	0	1.50
2209101--2209152	6	8.7	6	100	0	104	0	17	50	32	1.47
2209214--2209285	22	3.4	22	71	11	78	37	23	19	19	1.94
2209208--2209456	41	6.1	40	91	4	263	37	23	20	18	1.94
2209199--2209264	19	3.3	19	68	12	60	40	19	19	19	1.91
2209277--2209431	20	7.6	20	74	7	150	37	24	21	16	1.93
2209274--2209453	20	8.8	21	70	7	127	36	25	20	17	1.94
2209208--2209456	123	2.0	124	89	5	389	37	23	20	18	1.94
2209274--2209456	41	4.5	41	94	2	332	36	24	20	18	1.94
2209233--2209456	82	2.7	82	93	4	364	37	24	20	18	1.94
2212533--2212575	19	2.4	18	88	11	70	74	6	4	13	1.19
2212532--2212576	18	2.4	19	88	3	74	75	6	4	13	1.15
2212572--2212740	82	2.1	82	93	2	286	40	6	5	47	1.54
2212695--2212727	15	2.1	17	88	11	52	33	12	6	48	1.65
2213081--2213126	19	2.4	20	78	10	60	17	2	6	73	1.14
2213125--2213157	15	2.1	17	88	11	52	48	6	12	33	1.65
2213008--2213455	113	3.9	113	85	6	578	39	4	8	47	1.54
2213196--2213239	19	2.3	19	100	0	88	13	4	9	72	1.24
2213195--2213243	19	2.5	19	90	3	80	16	4	8	71	1.26
2213428--2213476	24	2.1	22	82	14	55	14	4	6	75	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217877--2217952	19	4.0	19	77	3	73	43	7	18	30	1.78
2224780--2224913	59	2.3	59	79	7	164	42	10	5	41	1.61
2226668--2226722	25	2.2	25	100	0	110	41	0	20	38	1.52
2238860--2238888	10	3.0	10	95	5	51	41	0	0	58	0.98
2253507--2253533	13	2.1	13	100	0	54	14	22	25	37	1.93
2254864--2254949	37	2.3	37	100	0	172	27	16	20	34	1.94
2265159--2265209	15	3.4	15	91	0	84	7	66	17	7	1.41
2277715--2277762	22	2.2	21	85	3	60	45	14	14	25	1.83
2277723--2277766	21	2.0	22	91	4	72	50	15	11	22	1.76
2287700--2287794	38	2.5	38	96	1	174	34	16	8	40	1.79
2295439--2295473	7	4.7	7	89	10	52	11	0	2	85	0.69
2296734--2296767	18	1.9	18	88	5	52	61	8	8	20	1.52
2296865--2296907	19	2.3	19	88	8	61	46	0	4	48	1.22
2319688--2319894	104	2.0	103	93	0	351	28	7	25	39	1.82
2320861--2320894	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2325640--2325674	16	2.2	16	89	0	52	34	25	25	14	1.94
2337210--2337239	16	1.9	16	93	6	53	10	23	6	60	1.52
2341611--2341668	30	2.0	29	83	12	75	44	12	1	41	1.51
2356258--2356319	31	2.0	32	83	3	81	33	6	25	33	1.82
2365829--2365874	15	3.0	16	75	12	60	56	0	0	43	0.99
2372645--2372894	87	2.9	87	93	0	428	43	9	13	33	1.77
2376408--2376654	120	2.1	120	94	0	431	37	16	14	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376243--2376837	303	2.0	303	96	0	1100	34	16	14	34	1.90
2376528--2377116	183	3.2	183	95	1	1029	33	16	14	34	1.90
2379055--2379552	200	2.6	188	83	8	568	30	18	14	36	1.91
2379161--2379595	200	2.2	200	94	0	753	29	18	15	36	1.92
2379536--2379575	21	2.0	21	85	14	57	30	12	15	42	1.83
2379817--2379877	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
2379829--2379877	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2381668--2381733	33	2.0	33	93	0	114	22	46	0	30	1.52
2381770--2381810	21	2.0	21	100	0	82	17	29	9	43	1.80
2384053--2384389	161	2.1	162	88	1	489	28	16	14	40	1.87
2387402--2387435	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2388891--2389080	36	5.3	36	87	3	267	20	26	24	29	1.99
2402775--2402861	32	3.2	26	75	19	86	19	10	18	51	1.74
2405194--2405271	39	2.0	39	89	0	120	51	7	7	33	1.59
2412300--2412333	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2412848--2412920	29	2.5	30	95	2	130	15	27	36	20	1.92
2415429--2415468	20	2.2	20	82	13	50	62	10	0	27	1.27
2418376--2418462	32	3.2	26	75	19	86	19	10	18	51	1.74
2420801--2420878	39	2.0	39	87	0	111	51	6	7	34	1.56
2427477--2427523	23	2.0	23	87	0	67	55	8	8	27	1.59
2428003--2428075	29	2.5	30	95	2	130	15	27	36	20	1.92
2435779--2435818	20	2.2	20	82	13	50	62	10	0	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437915--2437960	21	2.2	22	88	7	69	34	0	4	60	1.16
2438222--2438272	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2439055--2439085	16	1.9	16	100	0	62	58	19	3	19	1.53
2447081--2447122	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
2447081--2447122	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
2447575--2447650	3	25.7	3	86	2	109	61	0	0	38	0.96
2447942--2448432	116	4.3	114	78	3	513	29	18	13	37	1.90
2447943--2448432	228	2.1	228	98	0	944	30	18	13	37	1.89
2448340--2448503	73	2.2	73	82	0	184	34	18	17	30	1.94
2448225--2448621	189	2.1	187	93	1	677	30	18	15	35	1.92
2448413--2448712	116	2.6	113	82	3	429	29	18	17	34	1.94
2449411--2450294	83	10.7	83	89	3	1191	35	22	13	28	1.92
2449413--2450294	165	5.3	164	88	2	1241	36	22	13	28	1.92
2449413--2450294	247	3.6	247	92	1	1403	36	22	13	28	1.92
2463663--2463704	15	2.9	14	89	7	57	0	21	2	76	0.90
2463663--2463704	20	2.1	20	86	8	59	0	21	2	76	0.90
2464159--2464213	3	18.7	3	77	3	58	58	0	0	41	0.98
2464159--2464213	15	3.5	15	85	5	74	58	0	0	41	0.98
2464445--2465515	523	2.0	528	92	4	1765	39	17	16	26	1.90
2468274--2468325	28	2.0	26	82	14	63	21	36	15	26	1.93
2470115--2470341	93	2.4	93	94	1	393	44	5	9	40	1.60
2470356--2470572	115	1.9	116	90	2	348	35	9	14	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472649--2472691	21	2.0	21	86	8	61	48	2	2	46	1.27
2480525--2480561	18	2.1	18	89	0	56	40	10	10	37	1.75
2482625--2482663	19	2.1	19	85	4	53	28	2	7	61	1.37
2482791--2482832	18	2.3	19	91	4	68	59	4	2	33	1.31
2483282--2483316	17	2.1	17	88	0	52	62	2	0	34	1.10
2484003--2484032	14	2.1	15	93	6	53	60	3	0	36	1.14
2485508--2485574	21	3.2	21	79	12	84	14	28	22	34	1.94
2486595--2486626	8	4.0	8	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2521767--2521830	32	2.0	32	96	0	119	31	4	28	35	1.78
2523616--2523648	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2526114--2526216	29	3.5	31	76	17	94	44	0	1	53	1.11
2526111--2526203	28	3.2	28	79	16	84	43	0	2	54	1.12
2526146--2526216	31	2.4	29	80	17	83	45	0	1	53	1.09
2526532--2526602	20	3.6	20	94	1	117	36	11	7	45	1.67
2526952--2527016	28	2.4	25	80	19	60	66	3	0	30	1.07
2527739--2527798	28	2.1	28	93	0	102	33	15	33	18	1.92
2527739--2527829	32	3.0	30	84	6	96	32	13	32	20	1.91
2545637--2545692	29	1.9	29	82	13	71	39	3	12	44	1.60
2546794--2546869	36	2.1	36	100	0	152	42	5	10	42	1.62
2547261--2547289	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2557147--2557188	8	5.2	8	97	0	75	23	9	26	40	1.85
2559552--2559596	19	2.2	19	84	11	54	26	24	6	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559557--2559642	19	4.0	21	71	20	63	33	25	5	34	1.80
2562700--2562787	29	3.0	29	93	0	140	15	34	28	21	1.94
2562880--2562926	24	2.0	24	91	0	76	29	23	21	25	1.99
2563044--2563101	26	2.3	26	84	3	73	44	8	36	10	1.69
2563348--2563437	45	2.0	47	84	8	123	36	1	12	50	1.47
2563598--2563631	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
2565872--2565988	59	2.0	58	86	6	166	52	4	3	40	1.38
2566067--2566438	14	28.1	14	69	21	223	44	8	1	45	1.44
2566136--2566176	19	2.2	19	100	0	82	41	4	4	48	1.46
2566067--2566438	26	14.6	26	75	15	298	44	8	1	45	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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