genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12685--12721	18	2.1	17	90	5	56	64	2	2	29	1.21
12684--12724	17	2.4	18	84	8	59	60	4	2	31	1.30
12763--12793	10	3.1	10	95	0	53	35	0	32	32	1.58
15226--15384	79	2.0	80	93	1	275	24	15	20	38	1.92
20377--20410	17	2.0	17	100	0	68	47	5	23	23	1.73
20791--20893	36	2.9	35	88	5	152	29	15	7	47	1.73
20840--20958	62	1.9	62	93	3	204	31	10	9	48	1.70
20902--21011	36	3.0	36	86	1	157	30	11	10	48	1.72
20903--21037	72	1.9	72	82	3	173	31	11	9	47	1.72
21579--21683	24	4.0	26	68	14	63	31	2	2	62	1.24
21665--21696	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
21878--21942	8	6.9	9	76	16	53	26	3	0	70	1.01
21875--21910	8	4.4	8	89	6	54	22	0	0	77	0.76
21897--21938	21	2.0	22	90	4	68	26	4	0	69	1.08
21877--21944	21	3.5	20	79	15	65	26	2	0	70	1.01
22011--22052	16	2.5	16	82	17	50	16	9	0	73	1.08
23200--23237	19	2.0	20	89	5	60	7	23	0	68	1.16
26658--26710	13	4.0	12	81	13	52	81	5	11	1	0.94
26642--26711	28	2.4	30	83	6	83	78	5	14	1	1.00
26643--26710	35	1.9	35	85	5	93	79	5	13	1	0.98
27462--27538	22	3.5	22	90	0	127	37	25	14	22	1.92
28343--29618	106	12.0	106	90	0	1906	34	24	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30852--30899	15	3.1	16	77	14	55	29	0	0	70	0.87
31146--31206	18	3.3	18	75	6	59	22	1	0	75	0.89
31156--31205	8	5.9	9	81	6	52	22	2	0	76	0.89
31296--31333	19	2.0	20	85	15	53	15	10	0	73	1.09
33476--33530	25	2.2	26	86	3	76	32	5	9	52	1.56
38533--38574	15	2.7	15	88	3	57	57	11	21	9	1.63
42397--42496	51	2.0	49	88	11	150	54	6	37	3	1.41
42449--42536	39	2.2	40	86	6	117	55	6	35	2	1.39
44896--44986	2	46.5	2	87	4	132	49	1	0	49	1.08
44904--45000	18	5.3	18	87	4	61	48	2	1	48	1.20
45207--45251	13	3.5	13	78	0	54	31	17	20	31	1.96
45115--45224	57	1.9	57	82	10	136	29	19	21	30	1.97
46910--46962	27	2.0	27	88	0	79	18	16	33	30	1.94
47009--47074	31	2.3	28	76	18	73	28	22	13	34	1.92
46957--47081	66	1.9	65	90	1	196	27	22	14	36	1.93
47061--47103	16	2.8	16	85	3	52	13	25	20	39	1.90
47080--47149	28	2.5	28	83	6	88	14	21	17	47	1.82
49143--49177	3	11.7	3	87	0	52	34	5	0	60	1.21
49143--49177	15	2.3	15	100	0	70	34	5	0	60	1.21
56414--56532	44	2.7	44	84	6	161	29	21	19	30	1.97
62166--62319	65	2.4	64	87	7	206	29	17	23	29	1.97
62325--62364	20	2.0	21	90	5	64	25	20	32	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64328--64376	21	2.3	21	85	0	62	22	30	24	22	1.99
64349--64439	42	2.2	42	82	4	103	25	25	27	21	2.00
65995--66048	20	2.8	19	80	5	56	29	11	33	25	1.91
66457--66667	55	3.8	56	88	3	304	37	9	17	35	1.83
66447--66670	56	4.1	55	86	5	292	36	10	18	35	1.85
68135--68197	32	2.0	32	83	0	81	34	22	25	17	1.95
68179--68265	32	2.7	32	80	0	102	29	27	21	20	1.98
69957--69985	15	1.9	15	100	0	58	34	20	17	27	1.95
70774--70816	22	2.0	22	90	0	68	27	18	25	27	1.98
84011--84095	40	2.1	41	95	2	154	30	3	11	54	1.54
85980--86027	23	2.0	24	88	4	71	22	33	35	8	1.84
91855--91912	30	1.9	30	82	6	73	46	6	15	31	1.72
94538--94715	59	3.0	59	84	0	241	26	15	25	32	1.96
95717--95753	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
98026--98123	21	4.7	20	73	16	83	36	25	18	19	1.94
98027--98123	42	2.3	42	98	0	185	36	25	18	19	1.95
99418--99448	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
101186--101230	23	1.9	24	82	13	58	53	0	0	46	1.00
101594--101625	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
103057--103095	18	2.2	18	95	0	69	56	0	12	30	1.37
103079--103143	25	2.7	23	82	15	78	44	0	21	33	1.53
103092--103143	25	2.2	25	89	6	81	40	0	25	34	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107940--108004	23	2.8	23	97	0	121	30	9	36	23	1.86
118653--118698	23	2.0	23	100	0	92	39	26	21	13	1.90
118855--118905	24	2.2	22	86	6	66	62	5	0	31	1.19
119228--119283	23	2.3	24	79	11	62	35	1	0	62	1.06
126522--126724	102	2.0	101	91	0	325	38	14	7	39	1.75
129192--129353	20	8.0	20	79	8	166	30	21	19	28	1.98
129219--129358	40	3.5	40	87	2	183	32	21	20	26	1.97
129183--129353	60	2.8	60	78	7	184	29	22	19	28	1.98
132491--132525	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
132703--132997	20	15.7	20	75	12	250	35	22	19	22	1.96
132703--132901	54	3.6	53	87	8	256	36	22	19	21	1.95
132708--133009	74	4.1	73	80	5	329	36	22	19	21	1.95
132876--132977	53	1.9	54	87	2	152	34	24	18	22	1.96
133146--133212	30	2.2	30	97	0	125	55	11	2	29	1.51
135198--135292	40	2.4	40	94	0	163	41	25	14	18	1.89
135187--135292	20	5.4	20	87	2	144	40	26	15	17	1.89
135336--135403	20	3.4	20	85	4	93	19	22	25	33	1.97
135551--135600	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
137329--137435	20	5.4	20	80	3	101	46	22	15	14	1.83
137821--137862	22	1.9	22	100	0	84	19	9	42	28	1.82
138039--138174	60	2.3	60	85	2	175	25	22	22	30	1.99
138039--138174	20	6.8	20	84	3	157	25	22	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149370--149460	3	30.3	3	95	0	164	63	0	2	34	1.06
149784--150568	113	7.0	113	91	0	1205	30	18	14	37	1.90
151252--151673	84	5.0	84	96	0	756	34	22	13	29	1.93
152812--152884	11	6.3	11	74	21	60	2	19	0	78	0.88
152813--152884	18	3.9	17	82	12	81	2	18	0	79	0.86
152812--152877	25	2.7	26	84	9	86	3	18	0	78	0.87
163512--163556	18	2.4	19	82	10	58	64	2	2	31	1.18
165725--165824	3	33.3	3	95	0	182	64	0	2	34	1.05
166831--166857	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
169027--169098	33	2.3	31	85	9	92	54	1	1	43	1.17
169645--169687	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
169873--169928	26	2.2	26	86	0	76	23	17	25	33	1.96
171814--172313	131	3.8	131	84	1	599	32	12	17	38	1.86
176725--176771	19	2.5	19	96	0	85	25	23	14	36	1.93
182979--183031	18	2.9	17	74	20	54	81	0	13	5	0.86
182968--183034	26	2.6	25	76	19	66	79	0	14	5	0.92
182979--183034	14	4.0	14	78	13	53	80	0	14	5	0.88
184263--184843	134	4.3	133	84	2	680	33	20	15	29	1.94
185012--185045	3	11.0	3	87	6	50	32	0	0	67	0.91
187206--187697	131	3.8	131	86	1	619	30	11	17	39	1.86
188224--188254	14	2.2	14	94	0	53	54	3	0	41	1.16
188228--188273	20	2.3	21	82	17	55	52	2	2	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188205--188270	25	2.7	24	79	11	71	54	1	1	42	1.18
188432--188485	20	2.7	20	97	0	99	53	9	0	37	1.33
189002--189293	148	2.0	147	89	3	444	35	6	9	48	1.60
193884--193927	19	2.3	19	84	7	54	54	2	0	43	1.12
193901--193939	19	2.0	21	90	10	64	51	5	0	43	1.24
195027--195088	26	2.4	26	100	0	124	30	11	11	46	1.75
203803--204646	54	15.7	54	86	3	899	30	18	18	32	1.95
204885--204951	22	3.1	22	78	8	93	32	20	13	32	1.92
204879--204944	20	3.2	20	79	8	87	31	24	13	30	1.94
204879--204966	42	2.1	42	95	0	158	31	21	13	32	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15