genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1959987--1960027	21	1.9	22	85	14	59	26	19	14	39	1.90
1961653--1961841	103	1.8	103	83	2	254	41	23	10	24	1.86
1969961--1970254	48	6.1	48	89	0	426	35	27	15	21	1.94
1973542--1973582	3	14.3	3	85	10	50	41	0	0	58	0.98
1980087--1980147	25	2.5	25	84	7	72	34	6	3	55	1.42
1982200--1982424	102	2.2	101	83	4	263	35	17	10	36	1.84
1982936--1983179	104	2.4	102	78	4	267	37	22	15	23	1.93
1986366--1986425	23	2.6	23	83	0	75	41	5	16	36	1.70
1986525--1986570	15	3.1	15	93	0	83	52	26	6	15	1.67
1986694--1987077	183	2.1	183	91	4	627	42	3	8	45	1.50
1987742--1987777	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1987983--1988027	22	2.0	22	86	0	63	55	6	13	24	1.62
1991939--1991976	12	3.0	13	84	7	60	47	5	13	34	1.65
1992472--1992565	44	2.1	44	84	0	116	30	20	20	28	1.97
1996377--1996416	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
1999656--2000259	199	3.0	199	89	2	908	31	15	14	38	1.87
2000253--2000676	179	2.4	178	86	2	593	33	14	12	39	1.84
2000495--2000952	190	2.4	192	85	5	593	32	14	14	39	1.86
2003777--2003824	3	16.0	3	77	0	51	25	31	0	43	1.55
2003777--2003824	18	2.7	18	83	6	62	25	31	0	43	1.55
2003777--2003824	12	4.0	12	88	0	69	25	31	0	43	1.55
2004128--2004197	36	1.9	36	88	0	104	18	21	14	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2005249--2006538	200	6.5	199	86	3	1675	31	15	14	38	1.87
2005235--2006538	399	3.3	397	89	1	1911	31	15	14	38	1.87
2013162--2013756	183	3.2	182	83	2	755	27	16	12	43	1.84
2015260--2015318	6	10.5	6	98	1	90	28	54	16	0	1.43
2015808--2015844	5	7.6	5	93	3	58	0	37	24	37	1.56
2016000--2016073	20	3.7	20	74	3	85	41	24	18	14	1.89
2016025--2016095	21	3.4	21	68	3	63	39	26	14	19	1.90
2016005--2016098	41	2.3	41	92	0	161	40	24	17	18	1.91
2016000--2016102	20	5.0	21	71	3	84	40	25	16	17	1.90
2016131--2016195	20	3.2	20	72	10	69	33	26	20	20	1.96
2016001--2016266	142	1.9	139	92	2	451	34	22	21	20	1.96
2016131--2016238	39	2.7	41	94	4	186	35	24	20	20	1.96
2025536--2025612	35	2.2	35	95	0	136	63	1	15	19	1.37
2026310--2026440	34	3.8	34	91	2	199	38	16	13	32	1.87
2030841--2030884	22	1.9	23	90	9	72	45	6	9	38	1.63
2031509--2031596	37	2.5	36	83	7	108	35	14	14	35	1.88
2034387--2034414	12	2.3	12	100	0	56	25	17	50	7	1.72
2034384--2034418	18	1.9	18	88	0	52	25	17	48	8	1.75
2036824--2036871	23	2.1	23	92	0	78	35	8	18	37	1.81
2037369--2037821	182	2.5	182	91	0	726	28	15	13	43	1.84
2037694--2038269	112	5.1	112	93	1	931	24	15	14	45	1.83
2040300--2040337	14	2.7	14	83	0	58	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040343--2040373	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2040734--2040819	33	2.6	33	88	5	120	29	8	18	44	1.78
2040869--2040927	22	2.5	22	82	15	66	64	0	3	32	1.10
2040869--2040927	25	2.5	25	79	17	72	64	0	3	32	1.10
2042551--2042599	3	16.3	3	91	0	80	32	0	0	67	0.91
2042638--2042723	18	4.5	19	72	13	52	46	36	10	6	1.65
2042655--2042728	18	4.0	18	78	13	87	45	39	9	5	1.59
2042632--2042729	38	2.6	38	83	0	133	43	37	11	7	1.68
2043625--2043658	10	3.4	10	95	0	59	47	0	35	17	1.48
2044239--2044274	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2056942--2057582	138	4.6	137	84	3	725	27	26	17	28	1.98
2056939--2057582	276	2.3	276	84	0	822	27	26	17	28	1.98
2057839--2057913	3	25.3	3	86	2	107	36	0	1	62	1.04
2057953--2058008	18	2.9	20	78	10	71	37	35	17	8	1.82
2057942--2058000	18	3.2	18	76	9	64	38	35	11	13	1.82
2058273--2058315	6	7.2	6	81	0	50	74	2	20	2	1.04
2059241--2059278	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2062679--2062713	6	6.0	6	96	3	63	68	0	0	31	0.90
2063717--2063813	45	2.2	45	81	3	106	48	10	6	35	1.62
2064207--2064261	24	2.3	23	69	9	56	49	1	7	41	1.41
2066076--2066106	15	2.1	15	100	0	62	35	12	25	25	1.92
2068796--2068840	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070394--2070498	22	4.8	22	84	0	120	27	25	17	29	1.97
2070399--2070498	44	2.3	44	94	0	173	27	27	18	28	1.98
2075014--2075262	36	7.0	36	84	8	294	46	7	16	29	1.74
2075014--2075262	72	3.5	72	85	4	335	46	7	16	29	1.74
2078671--2078714	16	2.6	17	78	3	54	22	2	6	68	1.25
2079289--2079323	16	2.1	18	89	10	56	54	0	0	45	0.99
2079043--2079315	148	1.8	148	82	6	356	40	5	8	45	1.57
2080667--2080738	36	2.0	36	88	0	108	40	20	9	29	1.85
2081495--2081533	20	2.0	20	84	0	51	17	10	7	64	1.48
2092517--2092578	23	2.8	22	87	4	63	25	30	24	19	1.98
2092529--2092578	23	2.3	23	93	6	86	20	38	22	20	1.94
2096906--2097012	53	2.0	54	90	5	173	37	13	21	28	1.91
2097377--2097521	22	6.6	22	92	0	245	33	15	12	38	1.85
2098347--2098923	122	4.7	122	90	2	883	40	14	18	25	1.89
2100705--2101089	143	2.7	142	79	8	345	38	6	8	46	1.61
2101089--2101124	17	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
2104039--2104132	39	2.4	39	83	7	118	26	30	6	36	1.82
2106355--2106785	47	9.1	47	88	1	601	46	12	20	20	1.83
2106355--2106785	96	4.5	95	89	2	625	46	12	20	20	1.83
2113567--2113946	96	3.9	96	88	1	575	45	13	20	20	1.85
2113567--2113948	145	2.6	144	89	3	574	45	13	20	20	1.85
2119648--2119722	29	2.6	28	79	8	87	24	33	9	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127286--2127321	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2128995--2129044	25	2.0	24	88	3	73	20	4	18	58	1.55
2137211--2137261	20	2.5	20	96	0	93	19	33	25	21	1.97
2142241--2142290	23	2.3	23	86	6	68	20	40	20	20	1.92
2142273--2142310	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
2147500--2147540	21	2.0	21	85	0	55	46	0	0	53	1.00
2154466--2154540	35	2.1	35	82	9	89	46	1	4	48	1.29
2158200--2158246	18	2.6	18	100	0	94	36	31	12	19	1.89
2160579--2160616	20	1.9	20	84	10	51	50	15	7	26	1.72
2165765--2165934	85	2.0	84	82	5	209	30	16	20	32	1.95
2168151--2168181	16	1.9	16	93	0	53	77	0	0	22	0.77
2168539--2168564	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
2168981--2169025	20	2.2	20	84	7	56	51	33	2	13	1.53
2169535--2169573	17	2.3	17	100	0	78	10	12	53	23	1.69
2169682--2169729	17	2.8	17	70	0	51	8	4	37	50	1.52
2169720--2169761	22	1.9	22	85	0	57	11	0	26	61	1.30
2183626--2183656	10	3.1	10	100	0	62	0	19	0	80	0.71
2184217--2184261	23	2.0	23	86	8	65	33	17	26	22	1.96
2184927--2184991	31	2.1	31	88	0	94	24	18	23	33	1.96
2191680--2191751	17	4.2	17	83	3	81	41	6	15	36	1.74
2191680--2191751	34	2.1	35	84	7	94	41	6	15	36	1.74
2191735--2191772	20	1.9	20	100	0	76	39	13	10	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192155--2192206	26	2.0	26	96	0	95	28	17	19	34	1.94
2193704--2193749	9	5.8	9	72	27	50	17	8	26	47	1.76
2193707--2193754	15	3.3	15	97	2	89	16	6	29	47	1.71
2193949--2193988	21	1.9	21	90	10	64	20	30	5	45	1.72
2194831--2194887	5	11.8	5	82	14	66	0	14	0	85	0.59
2194836--2194908	17	4.2	16	83	15	76	2	12	0	84	0.71
2194831--2194908	9	8.7	9	88	7	90	2	12	0	84	0.72
2194830--2194890	1	61.0	1	73	0	50	0	13	0	86	0.56
2194830--2194891	8	7.8	8	85	7	90	0	14	0	85	0.60
2206502--2206573	17	4.2	17	80	7	74	41	6	13	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15