genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  15  of  15  ( 1787 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2695884--2695986	26	3.8	26	79	13	111	33	0	0	65	1.06
2695890--2695985	37	2.5	36	76	15	95	33	1	1	64	1.07
2696343--2696376	17	1.9	18	88	5	52	55	11	23	8	1.63
2696699--2696758	29	2.1	29	100	0	120	25	20	15	40	1.90
2696994--2697037	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2697801--2697844	23	1.9	23	85	0	61	52	2	0	45	1.13
2697828--2697865	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
2697874--2697912	17	2.3	18	82	13	55	35	2	0	61	1.10
2704798--2704828	10	3.1	10	90	0	53	19	0	6	74	1.03
2704786--2704828	20	2.2	19	88	12	61	20	0	6	72	1.08
2709259--2709378	21	5.7	21	81	0	150	26	20	25	26	1.99
2709260--2709378	42	2.8	42	89	3	177	26	21	25	26	1.99
2713640--2713683	22	2.0	22	91	4	72	22	25	29	22	1.99
2720103--2720184	15	5.5	15	83	2	103	39	6	18	36	1.75
2720098--2720184	45	2.0	44	88	2	129	41	5	18	34	1.74
2720103--2720184	30	2.8	30	90	1	121	39	6	18	36	1.75
2720167--2720236	20	3.5	20	96	0	122	40	10	12	37	1.77
2720395--2720552	28	5.5	28	73	14	126	53	1	0	44	1.13
2720396--2720457	26	2.3	27	84	13	83	53	1	0	45	1.10
2720436--2720481	23	2.0	23	83	8	58	56	2	0	41	1.11
2720506--2720540	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
2720506--2720571	20	3.4	20	80	13	59	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2720519--2720577	21	2.7	21	82	15	66	52	0	0	47	1.00
2720749--2720868	42	2.9	42	98	0	231	44	19	20	15	1.87
2724238--2724283	24	1.9	24	82	8	58	52	0	0	47	1.00
2726053--2726113	27	2.3	27	100	0	122	34	13	16	36	1.87
2726709--2726740	16	1.9	17	93	6	57	75	3	6	15	1.14
2726707--2726759	25	2.1	24	83	13	63	77	5	3	13	1.09
2726713--2726759	12	3.5	13	77	11	51	76	6	4	12	1.12
2727167--2727459	115	2.7	107	84	8	342	39	16	19	23	1.91
2728090--2728128	13	3.0	13	84	0	51	43	41	2	12	1.56
2729958--2730004	24	2.0	24	95	0	85	38	12	10	38	1.78
2731539--2731873	132	2.5	130	84	2	411	28	17	21	32	1.96
2731776--2731981	108	1.9	108	90	0	331	30	18	21	29	1.97
2732863--2732967	52	2.0	52	87	7	149	44	17	8	29	1.78
2732965--2733094	42	3.1	41	76	5	127	32	23	19	25	1.97
2732958--2733688	262	2.8	262	86	2	1038	32	20	19	28	1.97
2735043--2735106	28	2.3	28	80	0	83	21	9	34	34	1.86
2735107--2735141	15	2.2	16	90	5	54	14	17	20	48	1.81
2739485--2739551	2	33.5	2	100	0	134	50	0	0	49	1.00
2739711--2739762	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
2739734--2739825	24	3.8	24	87	8	125	41	17	17	23	1.90
2739735--2739843	48	2.3	48	82	9	116	43	17	15	23	1.87
2742309--2742348	7	5.4	7	82	11	53	27	27	32	12	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2742300--2742364	8	8.5	8	77	19	68	23	27	35	13	1.93
2742300--2742348	15	3.1	15	88	5	71	26	28	32	12	1.92
2742359--2742418	18	3.6	18	72	21	67	15	21	46	16	1.83
2742338--2742395	13	4.5	13	97	0	98	17	24	43	15	1.87
2743976--2744014	17	2.4	16	82	4	51	74	5	5	15	1.17
2744375--2744410	14	2.6	13	91	8	54	86	0	2	11	0.68
2746877--2746925	23	2.1	24	88	3	73	40	4	6	48	1.47
2747281--2747375	3	31.7	3	93	0	163	34	2	0	63	1.07
2747817--2747891	28	2.7	27	79	6	78	66	6	26	0	1.16
2760166--2760201	11	3.2	11	92	4	54	86	0	13	0	0.58
2760171--2760204	15	2.2	15	94	5	59	91	0	8	0	0.43
2760540--2760582	20	2.1	21	87	8	63	32	4	11	51	1.59
2761343--2761991	84	7.7	84	98	0	1246	27	14	21	37	1.91
2762721--2764098	113	12.0	113	85	6	1766	37	13	19	29	1.90
2763106--2763150	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
2763572--2763616	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
2762851--2764100	466	2.7	466	96	1	2267	37	13	19	28	1.90
2763789--2764098	112	2.8	112	89	4	457	37	13	20	28	1.90
2763924--2763967	23	1.9	23	86	9	63	47	6	27	18	1.73
2764415--2764508	3	31.3	3	89	4	145	35	2	0	62	1.07
2764415--2764520	9	11.6	9	78	14	92	37	1	0	60	1.08
2764504--2764528	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2776236--2776277	20	2.2	19	83	8	50	28	16	19	35	1.93
2778941--2778984	22	2.0	22	95	0	79	13	20	20	45	1.85
2782884--2782978	43	2.2	43	90	3	147	40	35	8	15	1.78
2783090--2783212	24	5.1	24	92	3	185	40	20	13	25	1.89
2783090--2783230	48	2.9	47	85	4	183	41	19	13	24	1.88
2783090--2783230	72	2.0	72	84	5	187	41	19	13	24	1.88
2785768--2785806	18	2.2	18	90	0	60	12	23	46	17	1.83
2788117--2788235	24	5.0	24	90	4	177	39	20	14	26	1.90
2788120--2788253	48	2.8	48	85	4	128	41	19	14	25	1.89
2790773--2790811	18	2.2	18	90	0	60	15	20	48	15	1.81
2790802--2790826	13	1.9	13	100	0	50	28	16	40	16	1.89
2791836--2791869	16	2.1	16	100	0	68	38	11	44	5	1.65
2795667--2795693	11	2.5	11	100	0	54	40	0	22	37	1.54
2796236--2796403	37	4.5	38	81	5	184	47	2	5	45	1.38
2797399--2797436	20	2.0	20	89	5	60	34	0	2	63	1.09
2799432--2799595	37	4.4	37	79	7	156	46	4	4	44	1.44
2799432--2799588	74	2.1	74	81	6	176	46	4	3	45	1.41
2802042--2802103	24	2.5	25	84	7	74	72	3	4	19	1.17
2802872--2803140	37	7.5	36	80	9	268	44	6	4	44	1.48
2802872--2803110	112	2.2	109	82	10	276	43	5	4	45	1.48
2802908--2803136	73	3.1	74	73	16	213	44	6	4	44	1.49
2803167--2803233	31	2.2	31	86	2	91	44	7	2	44	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803244--2803274	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2803837--2804484	79	8.0	79	83	2	702	26	18	22	33	1.96
2803837--2804484	162	4.0	161	84	2	703	26	18	22	33	1.96
2805196--2805238	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2805196--2805366	66	2.6	66	88	2	245	29	26	27	16	1.97
2805978--2806036	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
2812062--2812104	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
2812084--2812231	65	2.3	65	92	3	244	29	28	26	16	1.97
2812838--2812896	22	2.6	23	91	2	93	18	25	30	25	1.98
2812838--2812904	23	3.0	23	88	2	82	19	23	28	28	1.98
2813459--2813773	83	3.9	82	85	5	379	25	16	24	33	1.96
2817672--2817799	59	2.2	59	81	14	140	67	3	6	22	1.30
2818868--2818902	3	11.7	3	93	0	52	71	0	0	28	0.86
2818924--2819253	33	9.5	33	73	18	187	43	5	2	47	1.40
2818920--2819104	68	2.7	69	79	14	204	45	4	2	47	1.36
2818920--2819283	35	10.3	35	75	17	221	43	5	3	47	1.43
2819118--2819305	32	5.5	33	72	15	114	43	6	4	45	1.52
2819296--2819337	13	2.8	16	79	17	54	45	2	0	52	1.13
2819278--2819337	30	2.0	31	83	6	79	45	3	3	48	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15

The End!