genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832311--832612	38	7.9	38	77	14	225	43	11	3	41	1.58
832480--832507	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
832311--832612	80	4.0	76	75	16	225	43	11	3	41	1.58
832449--832640	80	2.5	78	80	9	214	43	9	2	44	1.51
839970--840022	21	2.5	21	100	0	106	50	7	24	16	1.71
844668--844727	25	2.4	25	100	0	120	16	16	8	58	1.61
845662--845734	33	2.2	33	79	13	80	45	1	6	46	1.38
845750--845784	17	2.0	18	88	5	54	60	2	2	34	1.26
845858--846155	14	20.5	15	74	13	119	47	3	4	44	1.38
845858--846157	16	18.4	17	75	12	129	48	3	4	44	1.38
845825--845931	15	7.1	14	69	23	67	45	8	4	41	1.55
845922--846053	70	1.9	70	89	6	205	47	3	6	42	1.46
846030--846163	2	66.0	2	97	2	250	49	0	1	49	1.10
846376--846414	20	2.0	19	90	5	60	48	5	5	41	1.47
846387--846427	15	2.6	16	88	7	66	46	7	4	41	1.53
846340--846463	65	1.9	65	81	6	153	42	5	8	42	1.59
851449--851508	29	2.1	29	90	0	93	36	5	38	20	1.74
851528--851648	59	2.1	59	90	0	188	34	21	17	26	1.95
860019--860064	23	2.0	23	83	8	58	41	2	0	56	1.11
861061--861280	11	20.3	11	65	21	54	49	4	4	41	1.42
861242--861310	13	5.3	13	73	14	54	50	2	4	42	1.37
861181--861271	33	2.8	33	88	6	123	48	3	5	42	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861084--861280	33	6.2	31	72	12	105	48	4	5	42	1.44
861103--861370	11	24.6	11	63	20	73	47	3	5	44	1.42
861450--862335	30	30.1	30	69	23	338	52	1	8	37	1.42
861487--861666	92	2.0	92	84	10	244	53	2	7	36	1.42
861385--862322	43	20.3	48	66	23	164	52	1	7	37	1.41
861629--862132	275	1.9	268	86	6	719	51	1	8	38	1.40
861049--862047	2	503.0	2	63	22	141	51	2	6	39	1.41
861902--862340	22	20.4	21	73	18	113	51	1	8	38	1.42
861463--862294	8	112.2	8	69	23	291	51	1	8	38	1.42
861608--862322	43	16.2	44	67	24	176	51	1	8	38	1.42
862236--862340	8	14.6	7	77	22	69	55	2	7	34	1.43
862585--862824	81	3.0	80	95	1	408	52	5	6	36	1.50
863444--863516	21	3.5	21	83	3	94	20	21	19	38	1.94
863422--863516	41	2.3	41	83	7	122	22	23	18	35	1.96
863506--863575	20	3.5	20	80	2	77	40	20	20	20	1.92
863451--863572	41	3.0	41	80	4	104	31	19	18	29	1.96
863506--863597	20	4.6	20	75	12	73	39	20	19	20	1.93
864130--864222	33	2.8	33	85	1	114	45	22	19	12	1.84
864218--864363	19	8.1	19	70	17	105	13	22	17	45	1.84
864221--864314	33	2.8	33	90	0	152	12	23	18	45	1.83
865620--865692	21	3.7	20	72	15	62	31	41	12	15	1.84
866299--866365	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866280--866365	42	2.0	42	80	8	95	22	37	19	20	1.95
868912--868936	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
869719--869762	12	3.8	12	93	3	72	38	6	38	15	1.75
869898--870035	41	3.4	41	77	2	152	22	18	23	35	1.95
869918--870032	20	5.7	20	79	6	106	23	18	25	33	1.97
869972--870053	41	2.0	41	83	4	103	20	19	23	36	1.95
870021--870072	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
870062--870114	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
870501--870534	17	2.0	17	88	11	52	47	14	14	23	1.82
871950--871978	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
881084--881110	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
882475--882564	42	2.1	42	85	0	117	27	17	21	33	1.96
885772--885822	13	3.6	14	80	15	59	58	1	0	39	1.09
887354--887410	12	4.8	12	75	12	55	24	0	1	73	0.92
887353--887406	27	2.0	28	89	10	85	24	0	1	74	0.92
887351--887395	15	3.3	14	82	17	67	22	0	2	75	0.91
891323--891364	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
891323--891364	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
893102--893130	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
895694--895917	115	2.0	114	90	2	360	33	16	19	30	1.94
898362--898416	22	2.5	22	90	0	92	36	9	14	40	1.78
898853--899380	113	4.7	113	92	2	832	37	16	19	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899812--899868	12	4.8	12	75	12	55	24	0	1	73	0.92
899811--899864	27	2.0	28	89	10	85	24	0	1	74	0.92
899809--899853	15	3.3	14	82	17	67	22	0	2	75	0.91
899921--899960	17	2.4	17	86	0	53	30	42	12	15	1.83
909060--909106	19	2.5	19	86	10	62	31	19	23	25	1.98
909058--909224	64	2.6	63	84	11	225	31	17	22	28	1.96
909237--909274	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
911698--911735	19	2.0	20	89	5	60	23	7	23	44	1.79
911912--912010	45	2.2	45	82	8	114	26	19	23	31	1.98
920234--920374	64	2.2	63	89	8	216	29	16	24	30	1.96
920342--920442	18	5.6	18	100	0	202	22	16	32	27	1.96
931317--931694	185	2.0	186	95	3	692	43	9	10	36	1.72
931525--931855	114	2.8	116	82	7	397	43	10	9	36	1.72
933100--933164	28	2.4	28	94	5	116	21	15	41	21	1.90
934212--934313	40	2.5	41	92	3	172	18	22	9	49	1.77
934098--934425	153	2.1	154	94	0	586	25	20	12	41	1.87
934252--934770	113	4.6	113	97	0	950	26	20	15	37	1.92
933989--934538	266	2.1	265	94	2	973	26	20	14	39	1.90
934790--934970	76	2.4	75	88	2	265	34	20	19	25	1.96
935647--935701	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
936064--936221	54	2.9	54	92	0	262	23	24	15	36	1.94
938277--938499	114	2.0	114	91	0	365	29	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944557--944880	111	2.8	115	84	9	356	41	10	10	37	1.75
946925--946985	26	2.4	27	86	8	92	52	0	0	47	1.00
946938--947002	26	2.4	26	87	7	85	55	1	0	43	1.09
947213--947513	113	2.7	113	88	5	443	29	18	12	39	1.88
947213--947513	112	2.7	112	87	6	441	29	18	12	39	1.88
947335--947815	150	3.2	152	87	6	706	28	19	11	40	1.86
947448--947544	37	2.5	39	90	5	153	22	21	8	47	1.77
947635--947695	19	3.2	19	69	17	54	24	21	13	40	1.88
947598--947700	38	2.6	39	90	7	154	23	23	9	43	1.83
947641--948400	113	6.8	113	90	4	1082	28	19	14	37	1.91
949340--949559	83	2.7	83	91	0	359	39	22	12	26	1.89
950706--950755	9	6.0	8	82	13	57	0	16	0	84	0.63
950708--950758	7	7.0	7	79	16	59	0	15	0	84	0.63
950715--950756	19	2.3	19	92	8	70	0	14	0	85	0.59
958080--958111	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
963554--963609	3	18.3	3	85	3	58	57	0	0	42	0.99
963546--963605	9	6.8	9	74	9	52	55	0	0	45	0.99
969253--969327	30	2.5	29	89	6	105	17	34	13	34	1.89
972538--973005	258	1.8	258	96	0	875	29	23	24	22	1.99
972553--973038	36	13.3	36	83	6	523	30	23	24	21	1.99
972553--973091	294	1.8	294	95	0	970	29	23	23	23	1.99
974219--974250	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
981876--981930	22	2.5	22	91	2	85	12	40	9	38	1.75
987401--987426	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
991300--991360	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
991299--991410	35	3.2	35	90	6	172	31	4	20	43	1.72
991806--991837	16	1.9	17	93	6	57	34	3	25	37	1.72
995910--995970	21	3.2	21	63	29	55	32	4	19	42	1.73
995902--996021	35	3.3	36	87	6	172	32	5	19	43	1.72
997059--997168	31	3.6	30	79	6	96	36	13	5	44	1.67
997097--997174	31	2.5	31	87	0	111	41	11	2	44	1.54
998445--998562	57	2.1	57	100	0	236	25	5	13	55	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15