genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1408787--1409684	211	4.3	211	93	0	1476	33	25	18	22	1.96
1409690--1409934	124	2.0	124	88	1	366	32	25	18	24	1.97
1409994--1410131	37	3.8	37	85	7	135	26	21	12	40	1.88
1410017--1410131	37	3.1	36	91	5	178	26	20	13	39	1.90
1410134--1410225	29	2.8	34	79	20	124	39	18	9	32	1.84
1410117--1410223	29	3.4	29	80	17	117	36	19	10	33	1.86
1410295--1410521	85	2.7	84	84	4	264	33	23	19	24	1.97
1410743--1410792	3	17.3	3	80	15	61	36	0	0	64	0.94
1410743--1410792	14	3.6	14	86	13	77	36	0	0	64	0.94
1412061--1412102	19	2.2	19	83	8	50	19	11	2	66	1.34
1415061--1415120	7	8.3	7	77	17	52	81	3	15	0	0.81
1415057--1415120	21	3.0	21	81	6	76	81	3	15	0	0.82
1415060--1415115	14	3.9	14	80	11	60	83	3	12	0	0.76
1415741--1415788	22	2.2	22	88	3	71	45	22	10	20	1.81
1416511--1417089	211	2.7	212	92	1	964	34	25	18	22	1.96
1416510--1417089	317	1.8	317	92	0	982	34	25	18	22	1.96
1416511--1417089	106	5.5	106	93	0	946	34	25	18	22	1.96
1417099--1417343	124	2.0	124	86	1	348	32	24	18	24	1.97
1417403--1417541	36	3.8	37	83	8	119	25	20	11	41	1.86
1417426--1417541	36	3.1	36	91	3	169	26	19	12	40	1.88
1417544--1417635	29	2.8	34	79	20	124	39	18	9	32	1.84
1417527--1417633	29	3.4	29	80	17	117	36	19	10	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1417721--1417931	85	2.5	84	85	1	260	33	25	18	23	1.96
1418154--1418203	3	17.3	3	80	15	61	36	0	0	64	0.94
1418154--1418203	14	3.6	14	86	13	77	36	0	0	64	0.94
1419478--1419519	19	2.2	19	83	8	50	19	11	2	66	1.34
1420092--1420263	45	3.8	45	87	0	227	30	20	9	38	1.85
1420103--1420302	90	2.2	90	81	3	233	31	22	10	36	1.87
1420240--1420390	79	1.9	79	90	0	239	29	25	9	34	1.89
1420798--1420982	96	1.9	93	80	8	212	29	26	14	29	1.95
1424076--1424213	49	2.8	48	85	6	170	36	17	12	33	1.87
1424888--1424926	18	2.0	20	90	9	64	51	0	2	46	1.14
1425361--1425470	39	2.8	39	79	5	107	45	2	14	37	1.59
1425972--1426015	19	2.6	16	77	19	52	43	4	0	52	1.22
1427128--1427166	3	13.7	3	84	10	55	64	0	0	35	0.94
1427128--1427173	14	3.4	14	80	19	53	65	0	0	34	0.93
1427128--1427179	11	4.9	11	82	17	58	63	1	0	34	1.06
1428509--1428559	22	2.4	22	86	3	68	33	11	1	52	1.49
1430602--1430664	21	3.1	21	77	9	67	34	4	15	44	1.68
1430577--1430637	27	2.3	27	75	5	72	36	4	14	44	1.67
1430960--1430986	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
1430990--1431048	17	3.3	19	83	9	63	47	6	6	38	1.57
1431017--1431050	9	3.9	9	84	7	52	55	5	0	38	1.24
1431010--1431048	17	2.2	18	95	4	71	51	5	2	41	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1431032--1431140	48	2.2	49	85	3	139	52	10	4	33	1.55
1431123--1431194	7	10.3	7	73	5	56	51	30	0	18	1.46
1431561--1431593	15	2.1	16	94	5	59	51	6	3	39	1.42
1431581--1431675	48	2.0	48	85	2	127	51	7	7	33	1.58
1431672--1431743	21	3.4	21	73	7	58	54	25	0	20	1.45
1432926--1432952	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
1432976--1433012	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
1432996--1433104	48	2.2	48	83	3	128	51	10	4	33	1.56
1433087--1433158	7	10.3	7	73	5	56	51	30	0	18	1.46
1432745--1433848	553	2.0	544	93	3	1907	43	12	8	35	1.73
1433529--1433561	15	2.1	16	94	5	59	51	6	3	39	1.42
1433549--1433643	48	2.0	48	85	2	127	51	7	7	33	1.58
1433640--1433711	21	3.4	21	73	7	58	54	25	0	20	1.45
1434897--1434923	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
1434948--1434979	15	2.1	15	100	0	64	53	6	0	40	1.26
1435054--1435125	7	10.3	7	73	5	56	51	30	0	18	1.46
1435496--1435532	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
1435607--1435677	14	5.1	14	75	3	63	49	28	0	22	1.50
1435612--1435644	13	2.4	14	85	5	50	45	27	0	27	1.54
1435607--1435683	41	1.9	40	86	2	109	49	25	0	24	1.51
1435842--1435888	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
1435840--1435889	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1436157--1436227	16	4.4	16	94	0	115	40	14	26	18	1.88
1437461--1437499	5	7.8	5	91	8	62	35	0	0	64	0.94
1437461--1437499	16	2.6	15	92	8	62	35	0	0	64	0.94
1440815--1440868	13	3.9	13	78	9	54	62	11	1	24	1.37
1440815--1440868	14	3.9	14	79	13	67	62	11	1	24	1.37
1441351--1441409	21	2.8	21	92	0	91	22	16	32	28	1.96
1442144--1442195	26	2.0	26	82	14	63	50	9	0	40	1.35
1443084--1443128	23	1.9	23	82	13	56	62	0	4	33	1.15
1445967--1445994	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
1447743--1447922	41	4.3	42	83	4	231	20	11	20	47	1.81
1447741--1447922	83	2.2	83	95	2	321	20	11	20	47	1.81
1452198--1452264	29	2.3	29	84	2	82	40	1	13	44	1.53
1452216--1452408	29	6.7	28	81	4	188	39	5	8	46	1.57
1452246--1452405	87	1.8	87	85	2	223	39	5	8	46	1.57
1452217--1452408	58	3.3	58	81	2	217	40	5	8	45	1.58
1452365--1452430	29	2.4	28	85	7	82	48	3	4	43	1.38
1458334--1458373	21	1.9	20	85	10	53	30	7	30	32	1.85
1458417--1458465	23	2.1	23	88	0	71	48	8	10	32	1.66
1458691--1459134	197	2.2	201	82	6	539	31	13	14	40	1.85
1458691--1459262	200	2.9	197	80	8	506	30	12	14	42	1.83
1465557--1465626	18	3.7	18	76	14	77	20	22	31	25	1.98
1466813--1468066	200	6.3	199	88	2	1791	31	16	13	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1466554--1468066	399	3.8	397	87	3	2083	32	16	13	37	1.88
1468925--1469023	3	33.0	3	80	11	114	33	2	1	63	1.12
1468919--1469023	29	3.5	29	80	14	115	31	1	1	64	1.15
1470362--1470405	15	2.9	15	74	12	54	47	0	9	43	1.35
1470464--1470521	26	2.3	24	80	16	64	20	3	3	72	1.14
1472337--1472408	36	2.0	36	91	0	117	40	20	11	27	1.87
1480832--1480886	22	2.5	22	93	0	92	34	12	16	36	1.87
1481310--1481785	113	4.1	113	85	5	582	38	16	18	27	1.92
1482141--1482219	3	27.0	3	78	14	85	34	2	0	63	1.08
1482141--1482204	11	5.9	11	78	10	78	31	3	0	65	1.08
1482141--1482219	29	2.7	30	82	7	92	34	2	0	63	1.08
1483742--1483785	15	2.9	15	77	12	54	47	0	6	45	1.29
1483728--1483774	22	2.1	22	84	7	60	51	0	2	46	1.13
1483839--1483908	37	1.9	36	85	8	97	24	4	4	67	1.27
1486806--1488352	201	7.8	199	83	7	1895	32	15	14	37	1.88
1486806--1488352	401	3.9	397	86	6	2081	32	15	14	37	1.88
1487761--1488104	179	1.9	180	88	4	525	32	15	14	36	1.89
1487568--1488334	380	2.0	382	94	1	1308	31	15	15	37	1.89
1488703--1488750	19	2.5	19	93	0	78	54	12	2	31	1.49
1490310--1490348	18	2.2	18	90	0	60	2	43	0	53	1.14
1490532--1490597	33	2.0	33	90	0	105	22	45	0	31	1.53
1490656--1490708	21	2.7	19	83	11	79	15	33	7	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1490791--1490838	15	3.2	15	93	0	87	14	62	4	18	1.47
1492909--1493384	182	2.6	182	90	2	735	25	15	14	44	1.85
1494551--1494669	45	2.7	44	84	1	148	31	13	21	33	1.92
1494551--1494669	44	2.7	45	81	3	143	31	13	21	33	1.92
1496816--1496849	16	2.1	16	94	0	59	20	0	26	52	1.46
1500119--1500176	20	2.7	20	86	10	71	22	22	22	32	1.98
1504032--1504070	20	2.0	20	89	0	60	20	20	23	35	1.96
1508035--1508092	20	2.7	20	84	15	64	24	22	20	32	1.98
1514138--1514177	14	2.9	14	88	0	62	12	45	22	20	1.84
1514238--1514296	22	2.6	22	81	2	73	18	23	22	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15