genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2450984--2451033	19	2.7	18	78	9	55	12	30	32	26	1.92
2451029--2451067	17	2.3	17	95	0	69	17	43	23	15	1.87
2451057--2451100	21	2.2	20	95	4	79	15	25	29	29	1.96
2451057--2451100	7	6.4	7	86	5	63	15	25	29	29	1.96
2455951--2456021	35	2.0	35	86	0	97	54	1	19	23	1.52
2460571--2460649	39	2.1	38	81	11	90	41	3	20	34	1.70
2461982--2462015	3	12.0	3	87	12	54	67	0	0	32	0.91
2461979--2462015	14	2.6	14	95	0	65	67	0	0	32	0.91
2467029--2467068	21	2.0	21	85	5	55	72	5	2	20	1.15
2468709--2468919	115	1.8	116	86	1	307	29	14	24	32	1.94
2469002--2469182	48	3.8	48	83	7	233	35	16	19	28	1.94
2469181--2469435	37	6.9	37	93	0	420	24	16	19	39	1.91
2469478--2470180	151	4.7	149	89	4	1044	35	16	13	35	1.87
2469478--2470180	292	2.4	296	88	4	1060	35	16	13	35	1.87
2478288--2478312	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2479544--2479620	32	2.4	32	97	0	145	33	14	16	35	1.89
2480809--2480864	29	1.9	29	96	0	103	32	21	12	33	1.91
2483736--2483799	23	2.8	23	80	4	76	29	23	29	17	1.97
2484605--2484656	19	2.7	19	74	14	52	32	30	0	36	1.58
2490577--2490645	23	3.0	23	71	0	66	31	21	24	21	1.98
2492179--2492237	19	2.9	20	70	14	50	30	27	15	27	1.96
2492189--2492260	20	3.6	20	72	7	65	31	26	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492279--2492329	21	2.4	21	86	0	66	35	25	19	19	1.95
2492403--2492457	21	2.6	21	100	0	110	18	29	16	36	1.92
2493598--2493714	60	2.0	60	82	3	146	37	17	3	41	1.66
2497406--2497434	11	2.5	12	94	5	51	44	0	0	55	0.99
2501559--2501592	11	3.1	11	82	0	50	26	26	8	38	1.85
2503881--2505168	134	9.6	134	80	3	1294	31	21	16	29	1.96
2505304--2505329	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2505301--2505344	13	3.2	13	81	9	52	54	2	0	43	1.12
2505304--2505342	19	2.1	19	85	4	53	58	2	0	38	1.12
2506692--2506761	28	2.5	28	83	0	86	22	11	2	62	1.41
2507339--2507675	168	2.0	171	98	1	653	30	21	13	33	1.92
2508026--2508070	23	2.0	23	86	0	63	33	26	22	17	1.96
2508853--2508916	33	1.9	34	81	9	78	42	20	1	35	1.62
2509789--2509847	23	2.6	23	91	0	100	33	28	22	15	1.94
2515432--2515631	92	2.2	91	91	8	327	29	22	6	42	1.77
2516021--2516117	49	1.9	51	95	4	180	32	16	12	38	1.86
2520410--2520951	268	2.0	268	90	3	851	36	15	10	37	1.82
2522284--2522632	138	2.5	137	87	5	499	30	14	14	40	1.86
2539637--2539674	20	1.9	20	94	0	67	44	10	23	21	1.83
2544032--2544118	25	3.4	25	95	3	147	41	8	26	24	1.82
2546384--2546770	82	4.7	82	80	4	375	30	15	18	35	1.92
2546373--2546727	41	8.6	41	70	15	187	29	16	18	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546373--2546727	164	2.2	166	85	2	482	29	16	18	34	1.93
2548384--2548520	72	1.9	69	92	7	231	51	11	14	22	1.75
2549115--2549152	17	2.2	17	100	0	76	34	18	23	23	1.96
2555815--2555885	21	3.3	21	77	13	72	39	22	4	33	1.74
2555820--2555890	23	3.2	22	84	8	90	39	22	4	33	1.74
2555477--2556507	416	2.5	424	94	4	1867	38	12	7	41	1.71
2556195--2556233	20	2.0	20	89	0	60	48	10	15	25	1.76
2556246--2556308	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
2556723--2556807	39	2.2	39	89	2	127	20	14	17	48	1.81
2557527--2557577	22	2.5	20	81	12	66	37	19	5	37	1.76
2560033--2560688	181	3.6	182	95	1	1155	33	16	14	35	1.89
2562138--2562206	3	23.0	3	74	0	57	23	34	5	36	1.79
2562138--2562221	12	7.0	12	80	0	78	21	34	7	36	1.81
2562138--2562221	18	4.7	18	78	0	78	21	34	7	36	1.81
2562154--2562218	30	2.2	30	91	0	103	20	35	9	35	1.84
2562142--2562221	6	13.3	6	77	0	61	20	35	7	37	1.81
2563673--2564941	196	6.5	197	97	1	2383	32	16	15	35	1.90
2563673--2564941	586	2.2	588	96	1	2377	32	16	15	35	1.90
2565066--2565114	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
2566897--2566962	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2566995--2567059	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
2569284--2569326	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2569289--2569335	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2569456--2569501	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
2586890--2586928	16	2.4	16	86	0	60	48	25	0	25	1.51
2587350--2587480	37	3.6	37	88	6	187	28	21	13	36	1.92
2587329--2587474	37	4.0	36	81	8	161	29	21	13	34	1.92
2587627--2587815	101	1.9	101	83	4	249	33	16	10	39	1.82
2587655--2587845	101	1.9	101	82	5	242	36	17	8	37	1.81
2587820--2588184	67	5.5	67	83	5	391	29	17	13	40	1.87
2587866--2588193	137	2.4	135	86	5	461	28	16	13	41	1.86
2588201--2588687	131	3.7	131	81	3	501	28	32	14	24	1.95
2588867--2588911	23	2.1	22	84	12	58	40	6	0	53	1.27
2589685--2589730	24	1.9	25	86	8	69	71	0	6	21	1.08
2593218--2593243	10	2.6	10	100	0	52	80	7	0	11	0.89
2594066--2594124	16	3.9	14	76	12	55	0	20	5	74	1.00
2594101--2594138	6	6.5	6	91	8	53	0	15	2	81	0.80
2596113--2596155	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
2604284--2604458	47	3.7	47	94	0	289	17	21	12	48	1.81
2604345--2604432	27	3.5	27	70	20	91	15	22	14	46	1.83
2604375--2604452	20	3.5	20	75	21	84	17	26	11	43	1.84
2604861--2604932	19	3.6	19	73	12	63	30	22	13	33	1.93
2610543--2610694	47	3.3	46	89	2	225	20	21	12	46	1.83
2610607--2610767	27	6.5	27	71	18	118	20	21	12	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610607--2610767	74	2.2	73	89	3	243	20	21	12	45	1.84
2610681--2610800	46	2.6	46	90	1	177	23	20	11	44	1.84
2619729--2619804	16	4.3	16	70	18	53	69	2	0	27	1.01
2619725--2619806	37	2.2	37	84	4	110	70	2	0	26	0.99
2619728--2619813	15	5.6	16	71	23	51	68	2	0	29	1.02
2622230--2622279	21	2.4	19	78	18	55	32	8	18	42	1.79
2623860--2623914	23	2.4	23	96	0	101	30	30	18	20	1.96
2627512--2627546	2	17.5	2	87	0	52	48	0	2	48	1.16
2629589--2629812	116	1.9	117	96	0	414	38	8	4	48	1.53
2630913--2630965	20	2.7	19	80	11	63	43	13	11	32	1.79
2642538--2642583	6	7.7	6	86	13	60	84	0	15	0	0.62
2642537--2642582	5	9.0	5	82	17	51	82	0	17	0	0.67
2642543--2642583	14	2.7	15	92	7	66	85	0	14	0	0.60
2642538--2642577	20	2.1	19	95	4	71	85	0	15	0	0.61
2648988--2649049	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
2652939--2654474	44	34.7	44	67	4	616	28	20	20	29	1.98
2652928--2654548	133	12.2	134	90	2	2416	28	21	20	30	1.98
2652928--2654548	398	4.1	399	92	1	2545	28	21	20	30	1.98
2663440--2663490	23	2.5	20	77	22	54	52	0	1	45	1.12
2664463--2664505	21	2.1	21	95	4	79	51	4	0	44	1.22
2681580--2681908	162	2.0	166	95	4	605	20	14	18	45	1.84
2684518--2684575	3	20.0	3	85	7	84	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2684506--2684575	26	2.8	26	79	14	67	37	0	1	61	1.05
2684518--2684581	26	2.4	27	85	15	89	39	0	0	60	0.97
2686466--2686503	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2687879--2687945	36	1.9	35	84	6	91	41	17	11	28	1.85
2688518--2688558	7	6.0	7	83	13	50	17	17	9	56	1.67
2693810--2693917	55	2.0	55	88	0	162	35	13	25	25	1.93
2694988--2695204	73	3.0	74	90	4	334	31	19	11	37	1.87
2694988--2695169	37	5.0	36	70	6	152	32	18	10	39	1.84
2695226--2695692	122	3.8	122	88	3	632	41	15	17	25	1.89
2695893--2695986	3	31.7	3	76	8	86	34	1	1	63	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15