genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204885--204971	22	4.1	21	78	10	88	31	19	13	35	1.91
205036--205094	22	2.9	21	78	16	61	30	20	15	33	1.93
205043--205094	19	2.5	21	77	20	56	28	19	17	34	1.94
208233--208262	15	1.9	16	93	6	53	40	26	6	26	1.81
212339--212379	20	2.0	20	100	0	82	46	9	24	19	1.80
212631--212990	134	2.7	133	84	2	461	33	20	16	29	1.95
213159--213207	3	16.0	3	91	4	80	32	0	0	67	0.91
215370--215861	131	3.8	131	84	1	585	30	11	18	39	1.86
216377--216430	17	3.5	14	79	18	54	50	0	1	48	1.11
222034--222096	21	3.2	20	78	14	60	53	1	1	42	1.19
223173--223234	26	2.4	26	100	0	124	30	11	11	46	1.75
227619--227679	32	1.9	31	83	12	79	45	1	1	50	1.21
227748--227961	117	1.9	112	81	12	258	49	1	4	44	1.32
231619--231667	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
233654--234502	54	15.7	54	88	1	940	30	18	18	32	1.95
234183--234266	26	3.2	26	64	18	64	34	19	17	28	1.95
234842--234900	22	2.9	21	78	16	61	30	20	15	33	1.93
234849--234900	19	2.5	21	77	20	56	28	19	17	34	1.94
238055--238084	15	1.9	16	93	6	53	40	26	6	26	1.81
242122--242170	19	2.5	19	93	3	80	22	32	16	28	1.95
244302--244331	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
247906--247949	22	2.0	22	95	0	79	45	34	4	15	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253391--253458	27	2.4	28	80	7	75	48	25	5	20	1.72
255139--255218	40	2.2	38	81	16	98	26	31	7	35	1.84
255164--255218	20	2.8	20	97	0	101	27	29	7	36	1.84
255238--255313	32	2.4	32	84	2	91	19	25	27	27	1.99
256655--256732	31	2.5	30	87	2	111	16	28	28	26	1.97
257638--257694	29	2.0	29	89	0	87	17	33	28	21	1.96
257751--257806	29	1.9	29	96	0	103	12	37	30	19	1.89
257810--257893	33	2.6	32	83	9	98	8	36	27	27	1.85
257875--257975	14	6.4	14	83	12	76	8	29	37	23	1.85
257894--257947	20	2.7	20	100	0	108	9	29	37	24	1.86
257894--257947	10	5.4	10	83	16	76	9	29	37	24	1.86
262987--263026	20	2.1	20	86	9	57	47	2	7	42	1.45
264487--264522	18	1.9	19	88	5	56	38	0	8	52	1.32
269606--269681	21	3.6	21	76	13	84	21	21	22	35	1.96
269612--269709	42	2.3	42	91	3	162	23	18	20	37	1.94
269631--269702	21	3.5	20	75	17	67	22	16	19	41	1.90
269799--269823	12	2.1	12	100	0	50	36	40	16	8	1.77
269788--269870	40	2.1	39	86	2	112	37	31	20	10	1.87
270604--270857	21	12.3	20	73	20	106	35	24	19	20	1.96
270600--270748	42	3.5	42	91	1	235	35	24	19	20	1.95
270646--270801	63	2.5	61	88	4	186	36	26	18	18	1.94
270625--270841	42	5.2	42	84	6	216	34	26	19	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270684--270830	63	2.3	62	89	4	233	34	25	20	20	1.97
270853--270905	21	2.5	21	93	0	88	16	20	32	30	1.95
271105--271152	19	2.5	19	100	0	96	39	14	10	35	1.80
271260--271305	16	2.9	16	86	0	65	45	10	13	30	1.77
278563--278602	14	2.8	15	88	7	57	25	7	27	40	1.82
279908--279945	16	2.4	16	86	4	51	39	5	18	36	1.73
279999--280092	27	3.5	27	94	0	152	26	21	17	35	1.95
280146--280188	22	2.0	21	86	8	61	23	23	27	25	2.00
281492--281543	15	3.5	15	97	0	95	46	0	0	53	1.00
281522--281838	32	9.4	32	69	21	132	34	0	12	52	1.42
281569--281616	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
281540--282492	80	11.7	81	73	18	536	33	0	13	52	1.43
281551--281808	128	2.0	133	93	3	454	32	0	13	52	1.44
281778--281836	18	3.5	17	67	19	52	32	0	11	55	1.36
281865--281972	32	3.7	32	76	23	146	34	0	13	51	1.42
281898--281940	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
281786--282248	134	3.5	134	92	3	773	33	0	13	52	1.44
281754--281989	54	4.3	54	75	13	248	33	0	13	52	1.44
281866--282358	54	9.4	53	77	13	402	34	0	13	52	1.44
282000--282339	32	11.7	31	65	27	128	34	0	12	52	1.44
282033--282074	22	1.9	22	95	0	75	35	2	14	47	1.57
282211--282253	22	2.0	22	95	0	77	34	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282000--282568	233	2.5	234	85	10	721	33	0	12	53	1.42
282265--282307	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
282415--282518	28	3.7	29	81	13	121	30	0	15	53	1.42
282444--282615	77	2.2	79	83	9	215	34	0	10	54	1.35
282528--282578	17	3.2	17	71	23	56	35	0	3	60	1.15
282436--282785	105	3.2	105	82	9	298	33	0	11	54	1.41
282524--282705	32	5.4	32	75	15	172	34	0	8	56	1.35
282765--282807	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
283008--283033	10	2.6	10	100	0	52	23	26	30	19	1.98
293434--293506	36	2.0	36	84	5	94	21	4	9	64	1.40
294136--294183	25	2.0	24	83	4	60	60	0	6	33	1.22
297987--298049	31	2.0	30	81	9	72	31	6	6	55	1.50
303989--304061	20	3.7	20	78	5	60	39	10	19	30	1.86
307006--307045	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
308687--308721	17	2.0	18	88	5	54	42	31	11	14	1.81
311065--311101	3	13.0	3	83	11	51	32	0	0	67	0.91
312159--312193	17	2.0	18	88	5	54	71	2	25	0	1.00
313151--313337	56	3.2	57	82	5	207	16	13	8	62	1.54
313131--313323	30	6.6	30	79	6	191	17	15	8	59	1.60
313151--313337	29	6.5	28	75	14	148	16	13	8	62	1.54
313176--313338	59	2.8	57	83	6	204	15	12	9	62	1.54
315341--315401	32	2.0	31	83	6	79	13	18	11	57	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319174--319243	32	2.2	32	89	0	104	28	15	24	31	1.96
319373--319531	67	2.4	65	80	10	162	28	15	14	40	1.87
319494--319559	34	1.9	34	93	6	116	28	21	13	36	1.91
319632--320109	130	3.7	130	86	1	616	25	32	17	24	1.97
319634--320109	260	1.8	260	86	0	693	25	32	17	24	1.97
320307--320351	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
320992--321031	19	2.2	19	91	8	66	65	2	32	0	1.06
322000--322161	59	2.7	58	77	8	155	17	11	9	61	1.55
322037--322140	29	3.6	29	86	1	136	18	12	9	59	1.59
322001--322149	30	5.1	29	79	8	131	16	12	10	60	1.58
323231--323324	20	4.6	20	79	10	118	11	22	23	42	1.86
327486--327535	20	2.5	21	84	12	70	28	16	14	42	1.86
334351--334381	14	2.3	13	94	5	53	0	12	3	83	0.75
335590--335614	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
335602--335645	21	2.1	21	100	0	88	77	4	4	13	1.08
336071--336112	21	2.0	21	85	4	57	69	4	4	21	1.26
337645--337676	10	3.3	10	95	4	57	0	9	0	90	0.45
337642--337676	9	3.8	9	92	7	61	0	11	0	88	0.51
338957--339027	32	2.2	32	82	7	81	71	4	7	16	1.24
339246--339284	7	5.6	7	96	0	69	48	0	51	0	1.00
339888--339939	21	2.5	22	87	9	74	34	15	23	26	1.94
340361--340931	59	9.7	59	91	0	734	38	11	20	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
341401--341440	20	1.9	22	90	10	66	37	35	12	15	1.85
344489--344566	20	3.8	19	69	15	57	21	35	23	19	1.96
344976--345046	34	2.1	33	86	2	97	30	14	29	25	1.94
360840--360889	20	2.5	20	93	0	82	34	16	22	28	1.95
361310--361380	34	2.1	33	86	2	97	32	15	29	22	1.95
364289--364332	20	2.2	20	87	0	61	34	9	22	34	1.86
368663--368693	16	1.9	16	100	0	62	48	0	6	45	1.28
371986--372025	17	2.4	17	91	4	64	77	0	17	5	0.94
372479--372525	22	2.1	22	84	4	58	38	2	2	57	1.23
374938--374993	18	3.1	18	89	0	85	28	17	30	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15