genome.fa.s8953.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112281_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2822058

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2206502--2206573	34	2.1	35	82	7	85	41	6	13	37	1.72
2206557--2206594	20	1.9	20	100	0	76	39	13	10	36	1.79
2209420--2209466	18	2.5	18	83	13	51	68	4	0	27	1.08
2209614--2209667	23	2.3	23	93	0	90	35	0	0	64	0.94
2209827--2209886	31	1.9	31	86	6	86	20	13	5	61	1.50
2211352--2211385	18	2.0	17	88	11	52	29	32	5	32	1.81
2214869--2214894	9	2.9	9	100	0	52	23	30	23	23	1.99
2223537--2223600	32	2.0	32	93	0	110	26	7	18	46	1.76
2224341--2224390	22	2.2	23	86	10	68	48	0	0	52	1.00
2224414--2224449	18	2.0	18	100	0	72	38	33	22	5	1.77
2232017--2232087	35	2.0	35	88	0	106	22	21	1	54	1.52
2232936--2233096	65	2.5	65	91	0	259	20	21	21	37	1.95
2236089--2236516	110	3.9	110	88	0	624	34	22	17	25	1.96
2236724--2237045	173	1.8	177	86	4	465	31	24	19	24	1.98
2237072--2237121	21	2.4	21	100	0	100	30	20	10	40	1.85
2237096--2237177	37	2.2	37	93	2	139	28	20	14	36	1.92
2237231--2237342	33	3.4	33	86	8	140	38	18	8	33	1.82
2237300--2237474	66	2.6	66	83	7	208	29	21	10	38	1.87
2238004--2238048	2	24.5	2	78	17	53	48	0	0	51	1.00
2238002--2238054	12	4.8	10	80	15	52	47	0	0	52	1.00
2239264--2239346	35	2.2	37	81	10	98	22	19	2	55	1.55
2239276--2239346	35	2.0	35	88	0	106	22	21	1	54	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2241879--2241936	17	3.4	17	97	0	107	17	43	24	15	1.87
2241926--2241962	7	5.4	7	93	6	67	16	29	29	24	1.96
2241926--2241958	13	2.5	13	95	5	57	15	30	30	24	1.95
2249138--2249195	17	3.4	17	97	0	107	17	43	24	15	1.87
2249185--2249228	7	6.4	7	94	5	81	15	29	29	25	1.96
2249185--2249228	20	2.1	21	95	4	81	15	29	29	25	1.96
2260603--2260758	31	5.0	31	94	1	260	37	22	19	20	1.94
2262978--2263034	26	2.2	26	100	0	114	21	21	22	35	1.96
2264115--2264140	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
2271758--2271783	6	4.3	6	100	0	52	19	15	34	30	1.93
2280977--2281039	22	2.9	22	95	0	108	28	26	20	23	1.99
2286861--2286915	12	4.8	12	71	8	51	43	16	20	20	1.88
2287565--2287621	22	2.9	18	72	18	60	31	29	19	19	1.96
2295301--2295335	17	2.1	17	100	0	70	11	34	28	25	1.91
2299021--2299139	23	5.2	23	94	0	193	23	19	16	40	1.91
2305587--2305616	13	2.3	13	94	0	51	0	20	0	80	0.72
2305636--2305680	22	2.1	21	84	12	56	6	15	8	68	1.36
2308502--2308544	21	2.0	22	86	13	63	44	0	18	37	1.50
2311619--2311683	32	2.0	32	93	0	112	26	26	4	43	1.74
2315191--2315255	32	2.0	32	93	0	112	26	26	4	43	1.74
2316244--2316285	22	1.9	22	85	9	59	30	33	0	35	1.58
2318536--2318588	27	2.0	27	81	7	63	64	3	1	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318805--2318864	31	1.9	31	89	0	93	40	18	11	30	1.86
2321412--2321498	44	2.0	44	95	0	156	1	29	13	55	1.46
2321436--2321500	15	4.4	15	68	24	57	1	29	12	56	1.45
2321875--2321937	3	21.0	3	83	6	83	65	1	0	33	1.03
2322276--2322724	113	4.0	113	92	1	708	27	19	16	37	1.93
2322276--2322724	225	2.0	224	90	2	704	27	19	16	37	1.93
2325681--2325724	7	6.4	7	89	5	72	27	29	27	15	1.96
2325682--2325724	20	2.1	21	91	4	70	27	30	25	16	1.97
2325731--2325811	10	8.3	9	78	15	81	30	28	28	12	1.93
2325737--2325811	30	2.5	30	85	10	100	32	29	26	12	1.92
2325731--2325811	20	4.2	20	86	7	105	30	28	28	12	1.93
2329991--2330032	21	2.0	21	86	9	59	64	0	9	26	1.24
2335645--2335677	15	2.2	15	100	0	66	27	12	30	30	1.92
2338561--2338603	18	2.4	18	96	0	77	27	32	13	25	1.94
2344520--2344830	37	8.3	38	71	19	156	43	3	8	44	1.52
2344615--2344708	35	2.6	36	80	11	111	46	5	7	40	1.55
2344514--2344838	75	4.4	73	72	17	224	43	4	8	44	1.53
2344786--2344816	16	1.9	16	93	0	53	35	6	9	48	1.62
2344809--2344858	24	2.1	24	89	10	77	54	4	0	42	1.19
2344514--2344838	38	8.7	36	71	18	197	43	4	8	44	1.53
2344930--2344984	28	2.0	27	86	13	76	38	0	9	52	1.33
2344968--2345030	21	3.0	21	74	21	60	33	1	1	63	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345894--2345920	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2352431--2352575	78	1.9	79	81	11	183	43	6	5	44	1.52
2360638--2361147	199	2.6	200	84	0	655	32	18	19	29	1.95
2361575--2361951	37	9.9	38	75	16	270	44	4	9	41	1.57
2361581--2361951	76	4.9	76	74	18	287	44	4	9	40	1.58
2361581--2361951	152	2.4	149	82	13	422	44	4	9	40	1.58
2361883--2361910	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
2361897--2362009	53	2.0	55	86	10	158	43	4	10	41	1.59
2361843--2362043	92	2.2	90	81	10	246	43	3	10	42	1.57
2361955--2362067	38	3.0	38	83	11	135	40	1	11	46	1.51
2362069--2362111	17	2.4	19	84	7	63	32	0	2	65	1.06
2364945--2365052	55	2.0	54	90	1	171	37	11	15	35	1.83
2372516--2372581	31	2.1	31	81	15	75	53	1	1	43	1.19
2374905--2374956	27	1.9	27	88	0	77	21	17	21	40	1.91
2380471--2380582	29	3.9	29	89	3	145	19	34	33	11	1.88
2380594--2380668	22	3.4	22	94	0	123	8	50	17	24	1.72
2380718--2380772	22	2.5	22	100	0	110	21	23	14	40	1.90
2381179--2381280	30	3.3	30	86	5	134	39	0	13	46	1.50
2381226--2381281	15	3.7	16	71	20	57	42	0	14	42	1.45
2381338--2381371	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
2383649--2383687	17	2.3	17	90	0	60	61	0	0	38	0.96
2383603--2383755	59	2.6	59	76	17	147	49	6	3	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2383820--2383846	14	1.9	14	100	0	54	44	7	3	44	1.49
2383840--2383894	9	6.2	9	83	12	78	38	10	0	50	1.37
2383821--2384046	49	4.6	47	73	15	172	42	9	2	45	1.48
2383849--2383908	23	2.5	24	86	8	77	40	10	0	50	1.36
2383849--2384080	26	9.3	25	80	13	212	43	9	2	44	1.48
2383870--2384153	124	2.3	123	90	6	438	44	8	1	45	1.45
2383991--2384107	52	2.2	52	80	8	132	46	9	2	41	1.50
2384102--2384160	12	5.1	12	90	10	88	42	5	0	52	1.23
2383896--2384159	98	2.7	94	82	10	261	45	9	1	43	1.46
2384335--2384369	17	2.0	18	94	5	63	37	5	0	57	1.23
2384367--2384603	49	4.8	49	96	0	420	47	10	0	42	1.38
2387816--2387876	17	3.4	17	72	16	59	47	11	0	40	1.40
2388294--2388395	46	2.3	46	85	6	140	49	9	0	41	1.36
2388373--2388420	21	2.3	20	82	7	60	52	16	0	31	1.45
2389031--2389090	29	2.1	29	90	0	93	15	35	30	20	1.93
2396739--2396778	22	1.9	20	85	10	53	70	5	2	22	1.19
2403690--2403747	22	2.6	22	81	10	66	46	0	0	53	1.00
2403741--2403768	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2413254--2413587	114	2.9	114	93	0	562	34	15	20	30	1.93
2415920--2415972	22	2.4	22	90	0	88	35	13	15	35	1.86
2416995--2417511	76	6.9	76	96	2	936	22	19	23	34	1.96
2416995--2417511	223	2.3	226	96	1	941	22	19	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417635--2417681	22	2.0	24	88	8	71	48	0	0	51	1.00
2421217--2421266	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2422202--2422228	12	2.2	12	100	0	54	70	22	0	7	1.12
2421935--2422475	277	1.9	272	96	1	830	42	12	9	34	1.75
2424906--2424960	2	28.0	2	85	3	76	43	0	0	56	0.99
2441271--2441475	100	2.0	102	96	2	378	26	18	13	41	1.87
2441465--2441524	3	20.0	3	83	6	77	33	0	1	65	1.03
2441662--2441709	17	2.8	17	87	0	69	10	56	20	12	1.65
2441927--2441992	29	2.3	29	94	0	114	54	12	31	1	1.46
2450984--2451033	9	5.3	9	79	9	55	12	30	32	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15