genome.fa.s8964.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008964.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112305_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2156694

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2--509	3	173.3	3	87	10	743	67	0	32	0	0.96
874--911	20	1.9	20	88	0	58	47	5	0	47	1.24
6022--6156	40	3.4	40	94	1	236	54	14	5	25	1.60
6102--6306	75	2.7	74	82	2	241	52	15	5	26	1.64
6250--6345	40	2.4	40	82	0	120	57	14	2	26	1.49
6176--6385	115	1.8	115	88	0	321	52	16	4	26	1.63
10139--10173	18	1.9	18	94	0	61	28	17	22	31	1.96
12293--12317	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12455--12515	29	2.1	29	84	0	77	22	21	8	47	1.77
12484--12813	81	4.1	81	84	1	421	29	21	9	40	1.85
12950--13351	55	7.3	55	87	1	522	28	19	18	33	1.95
13263--13444	93	2.0	93	90	2	285	28	18	20	33	1.96
13374--13602	54	4.2	54	87	0	332	30	20	17	32	1.95
13226--13493	147	1.8	148	90	0	430	28	19	19	32	1.96
13921--14138	94	2.3	95	86	3	298	24	22	15	37	1.93
17018--17052	18	1.9	18	88	0	52	28	20	22	28	1.98
24404--24444	21	1.9	22	90	5	66	24	21	14	39	1.91
24617--24667	20	2.5	20	100	0	102	33	19	19	27	1.96
26167--26250	43	2.0	43	92	0	141	36	21	17	23	1.94
28435--28510	13	5.3	13	77	17	71	17	43	22	17	1.88
28471--28517	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
28431--28476	18	2.6	18	89	0	74	19	50	19	10	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28487--28518	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
28471--28517	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
29828--29863	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
30972--31086	24	4.8	24	87	6	153	22	17	18	41	1.90
34391--34895	41	12.4	41	75	6	337	35	17	18	28	1.94
34393--34874	81	5.9	81	77	5	339	34	17	18	29	1.94
34939--34981	20	2.2	20	87	8	61	25	16	4	53	1.62
39020--39068	19	2.8	17	76	11	62	42	28	10	18	1.83
44194--44296	23	4.6	23	82	2	129	22	21	24	32	1.98
44194--44286	46	2.0	46	91	0	150	23	21	23	31	1.99
44193--44311	23	5.3	22	79	10	91	23	19	24	32	1.97
44425--44474	23	2.0	23	81	11	55	30	6	20	44	1.75
51170--51260	23	4.0	23	83	10	118	23	23	23	30	1.99
56312--56378	26	2.5	28	87	9	111	37	0	11	50	1.39
56288--56388	26	3.8	26	81	12	109	38	0	10	50	1.38
56284--56468	26	7.7	24	72	17	104	40	1	8	50	1.39
56274--56590	7	42.9	7	67	20	96	38	1	6	53	1.37
56284--56456	2	87.5	2	67	24	75	41	1	7	50	1.38
56511--56573	11	5.1	13	78	16	55	41	0	0	58	0.98
56518--56583	32	2.1	32	85	5	89	39	1	0	59	1.07
56520--56575	16	3.5	16	77	15	62	39	0	0	60	0.97
58651--58715	3	21.7	3	75	12	62	30	3	3	63	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60786--60810	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
66682--66920	105	2.3	102	83	7	288	30	19	12	38	1.88
66882--66985	36	3.0	36	83	4	133	33	18	11	36	1.87
67233--67395	29	5.4	29	72	15	127	33	10	14	42	1.79
67198--67457	92	2.8	93	91	4	389	32	11	14	41	1.81
67374--67494	37	3.5	37	67	19	105	33	11	11	43	1.77
67344--67513	67	2.5	67	92	0	277	31	12	11	44	1.78
67338--67555	67	3.3	66	85	4	269	30	12	12	44	1.80
68478--68554	28	2.6	28	82	17	95	25	15	11	46	1.80
68504--68574	28	2.5	28	84	4	90	25	14	12	47	1.79
68600--68791	40	4.6	40	72	14	145	25	31	18	24	1.98
68674--68933	91	2.9	89	83	7	332	25	31	17	25	1.97
69083--69144	3	20.7	3	77	12	65	30	1	3	64	1.19
70402--70459	29	2.0	29	100	0	116	17	13	27	41	1.87
73658--73716	23	2.4	25	75	5	68	54	0	3	42	1.17
74281--74374	2	47.0	2	100	0	188	50	0	0	50	1.00
74690--74715	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
75372--75456	31	2.8	28	76	18	73	44	2	0	52	1.13
75393--75479	37	2.3	35	77	14	84	44	3	0	51	1.18
75402--75473	15	4.8	15	73	17	60	43	4	0	52	1.20
75373--75464	23	3.9	24	75	16	77	43	3	0	53	1.17
76112--76179	32	2.1	32	88	0	100	27	30	0	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77649--78003	79	4.5	79	87	1	496	28	22	11	38	1.88
77827--77961	45	3.2	44	67	21	119	29	24	9	36	1.87
77852--77916	34	1.9	34	87	0	94	30	20	7	41	1.80
78409--78449	19	2.1	20	86	13	59	31	21	12	34	1.91
78501--78562	22	3.0	21	81	6	81	22	24	16	37	1.94
78621--78733	20	5.6	20	72	12	95	30	21	17	30	1.96
78641--78753	21	5.5	21	75	8	115	30	19	16	32	1.94
78620--78753	41	3.3	41	94	0	232	30	20	17	32	1.95
82124--82156	13	2.3	15	90	10	52	51	3	0	45	1.16
84437--84544	47	2.4	45	79	3	108	24	19	8	48	1.76
85097--85465	45	8.1	45	89	3	526	25	23	11	40	1.88
85894--86072	95	1.9	94	85	5	245	24	24	13	36	1.92
88882--88926	3	15.0	3	90	9	74	66	0	0	33	0.92
88882--88926	22	2.0	22	95	4	81	66	0	0	33	0.92
89096--89309	43	4.9	43	71	18	170	24	19	30	25	1.98
89178--89400	94	2.4	94	90	1	349	22	19	30	26	1.98
89190--89344	51	3.2	49	69	19	137	22	18	31	27	1.97
89325--89436	39	2.8	39	81	10	127	23	19	32	25	1.98
90419--90549	30	4.1	30	72	21	115	41	12	12	33	1.81
90365--90532	67	2.5	67	96	0	302	44	11	13	30	1.78
90481--90558	30	2.7	29	81	15	90	43	15	8	32	1.78
90537--90640	52	2.0	53	92	3	174	38	16	11	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90632--90716	30	3.0	30	84	11	124	45	12	14	27	1.81
90633--90717	26	3.1	27	88	8	118	45	12	14	27	1.81
90978--91081	36	3.0	36	83	4	133	36	11	19	32	1.87
90979--91097	36	3.4	36	80	6	120	36	12	20	30	1.90
91049--91281	105	2.3	101	84	9	285	36	12	19	30	1.90
91146--91437	156	1.9	157	86	3	428	39	11	17	31	1.85
91300--91547	105	2.4	105	85	3	340	40	11	17	30	1.84
91048--92227	261	4.5	261	98	0	2244	39	11	17	31	1.85
91404--91698	156	1.9	157	86	3	425	40	11	17	31	1.85
91561--91808	105	2.4	105	85	3	340	40	11	17	30	1.84
91668--91958	155	1.9	156	86	3	417	39	11	16	31	1.84
91824--92068	105	2.3	105	85	3	334	40	11	16	31	1.84
91048--92227	521	2.3	522	97	1	2244	39	11	17	31	1.85
91925--92219	156	1.9	157	86	3	425	40	11	17	31	1.85
92587--93362	4	195.0	4	98	1	1499	25	0	24	49	1.50
96625--96687	31	2.0	33	93	6	112	61	9	14	14	1.55
100331--100387	3	19.0	3	92	7	98	66	0	0	33	0.92
100332--100404	6	13.4	5	86	12	51	71	0	0	28	0.87
101419--101509	29	3.1	29	85	1	119	40	25	5	28	1.78
104945--105027	37	2.2	38	80	4	98	53	1	4	40	1.30
105024--105065	21	2.0	21	86	9	59	69	2	0	28	1.01
110552--110590	10	4.0	10	80	6	53	0	5	7	87	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113835--113871	18	2.1	18	89	0	56	27	29	18	24	1.98
114049--114125	30	2.6	29	75	8	73	35	22	7	35	1.83
115300--115399	35	2.9	35	92	0	173	33	23	33	11	1.89
115480--115543	24	2.7	24	87	4	85	37	23	18	20	1.94
120033--120106	24	3.1	24	84	0	58	39	18	17	24	1.92
127024--127085	23	2.7	23	82	0	88	32	27	22	17	1.97
127096--127132	18	2.1	18	89	0	56	29	29	18	21	1.97
134788--134826	20	2.0	20	89	0	60	28	10	2	58	1.44
135808--135867	30	2.0	30	96	0	111	28	15	20	36	1.92
138156--138180	13	1.9	13	100	0	50	20	0	24	56	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11