genome.fa.s8964.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008964.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112305_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2156694

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742169--742377	54	3.9	54	94	0	364	38	15	22	23	1.92
743641--744429	76	10.4	76	96	0	1402	23	19	22	34	1.96
743641--744429	227	3.5	227	95	0	1416	23	19	22	34	1.96
744559--744626	3	22.0	3	82	5	82	38	0	1	60	1.06
745186--745241	5	11.2	5	96	0	103	60	0	37	1	1.07
746413--746647	111	2.1	111	84	3	294	38	10	9	41	1.71
766850--767027	84	2.1	84	89	2	277	39	3	10	46	1.57
776168--776207	13	3.0	13	82	7	53	37	2	0	60	1.11
776912--777719	411	2.0	410	92	0	1364	39	11	14	34	1.83
789134--789314	94	1.9	94	85	2	247	40	12	22	24	1.88
789707--791160	81	18.0	80	88	1	1888	37	11	20	31	1.88
801776--801816	22	1.9	22	85	5	57	46	2	21	29	1.64
801723--802813	81	13.5	81	87	1	1458	37	12	20	29	1.89
801723--802769	161	6.5	162	86	2	1426	37	12	20	29	1.89
810531--810579	22	2.2	22	82	7	55	14	8	0	77	0.98
811795--811847	21	2.5	21	96	0	97	28	26	24	20	1.99
811837--811973	21	6.6	21	82	11	165	23	21	24	29	1.99
811816--811953	42	3.3	42	79	7	131	25	21	23	28	1.99
811837--811965	62	2.1	62	85	10	174	24	22	24	29	1.99
811843--812007	21	7.9	22	79	11	82	24	21	23	30	1.99
811857--812001	42	3.5	42	79	12	140	23	22	22	32	1.98
812619--812663	6	7.5	6	100	0	90	0	15	51	33	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812756--812887	21	6.3	21	78	15	141	38	19	20	21	1.93
812756--812887	63	2.1	63	94	4	232	38	19	20	21	1.93
814498--814658	60	2.7	60	91	0	252	37	16	9	36	1.82
814506--814602	30	3.2	31	66	16	94	38	16	10	35	1.83
821519--821549	16	1.9	16	100	0	62	35	19	19	25	1.95
822393--822489	43	2.2	44	77	13	103	50	7	3	39	1.46
832145--832224	27	2.8	28	77	7	90	33	7	7	51	1.58
838753--838798	24	1.9	24	86	8	67	28	26	15	30	1.96
846285--846336	26	2.0	27	81	11	63	30	3	9	55	1.50
848802--848845	18	2.6	18	85	7	56	45	2	0	52	1.13
848997--849287	150	1.9	149	84	8	385	34	15	5	45	1.69
851484--851519	19	1.9	19	88	5	56	63	11	5	19	1.46
851856--851918	26	2.4	26	84	7	92	50	15	6	26	1.68
851854--851983	68	1.9	68	82	6	165	47	14	6	31	1.69
851916--852007	26	3.5	26	77	1	94	45	16	7	30	1.75
851916--852015	52	1.9	52	81	4	121	46	17	8	29	1.76
855321--855364	21	2.0	22	82	4	54	40	2	2	54	1.25
865749--865861	57	2.0	58	89	5	176	45	15	6	32	1.72
865749--865861	29	3.9	28	79	12	122	45	15	6	32	1.72
870238--870317	17	4.9	16	72	15	58	43	0	2	53	1.14
870266--870316	3	17.3	3	77	4	50	43	0	0	56	0.99
870267--870311	23	2.0	23	90	0	72	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880400--880664	36	7.4	36	86	5	306	34	20	20	24	1.96
880402--880664	107	2.4	105	85	6	330	34	20	20	24	1.96
880402--880664	143	1.8	142	86	3	375	34	20	20	24	1.96
880810--880994	42	4.5	42	78	4	205	25	20	22	31	1.98
880810--880994	83	2.2	83	95	0	325	25	20	22	31	1.98
880651--881209	298	1.9	299	93	1	969	31	16	19	31	1.94
881106--881209	42	2.5	41	76	6	111	25	23	22	29	1.99
880891--881454	215	2.6	215	94	1	979	31	16	20	31	1.95
881729--881804	3	25.3	3	75	10	57	42	1	1	55	1.16
883323--883435	35	3.2	34	87	5	163	42	22	0	34	1.60
884444--884552	35	3.1	34	83	6	121	37	0	19	42	1.58
885130--885157	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
894270--894328	19	2.9	20	85	11	84	37	15	18	28	1.91
894698--895035	109	3.1	108	88	4	486	33	12	18	35	1.89
894698--895035	108	3.1	110	88	5	494	33	12	18	35	1.89
894698--895035	53	6.2	55	88	6	494	33	12	18	35	1.89
900408--900466	22	2.9	20	83	11	75	38	13	16	30	1.88
900839--901240	55	7.3	55	89	3	562	33	11	18	35	1.88
900839--901195	164	2.2	166	89	4	553	33	11	18	36	1.87
909307--909479	54	3.2	54	85	0	247	35	19	18	26	1.95
909328--909533	54	3.8	52	78	5	187	36	18	17	27	1.94
909313--909538	108	2.1	108	85	3	294	35	19	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
914105--914317	55	3.9	55	87	1	295	27	20	19	32	1.97
914105--914311	109	1.9	109	86	2	299	27	20	19	32	1.97
914645--914698	22	2.5	22	85	5	67	31	24	14	29	1.95
917706--917938	54	4.4	53	80	6	231	36	19	18	26	1.94
920763--921071	152	2.0	153	98	1	593	41	11	5	41	1.64
921586--921624	20	1.9	21	84	5	53	33	0	38	28	1.57
925761--925821	25	2.5	24	77	15	63	8	14	6	70	1.32
925778--925832	17	3.5	15	75	20	51	5	14	5	74	1.18
930632--930670	2	20.5	2	89	10	64	48	0	0	51	1.00
930595--930640	23	2.0	23	87	8	67	36	8	6	47	1.60
930632--930670	15	2.7	15	96	4	71	48	0	0	51	1.00
930632--930664	13	2.6	13	95	4	59	48	0	0	51	1.00
930826--930875	16	3.2	16	82	5	75	26	20	20	34	1.96
930826--930867	15	2.7	15	88	3	57	28	19	23	28	1.98
931531--931573	22	2.0	22	85	0	59	34	37	2	25	1.69
934736--934804	33	2.1	33	94	0	120	36	18	20	24	1.95
940732--940772	22	1.9	21	90	5	64	34	34	2	29	1.71
946695--946903	57	3.6	57	84	8	232	37	4	23	33	1.75
946766--946869	28	3.6	28	72	8	93	38	4	19	37	1.73
947843--947919	31	2.5	30	81	8	75	67	2	7	22	1.29
947904--947968	26	2.5	26	80	11	71	69	3	10	16	1.30
947912--947968	27	2.1	27	80	6	62	71	3	10	14	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
949031--949077	10	4.9	10	79	10	62	78	0	2	19	0.85
949125--949595	37	13.1	37	84	7	575	43	8	3	43	1.52
949508--949532	13	1.9	13	100	0	50	52	8	0	40	1.31
949561--949610	26	2.0	25	92	4	82	50	6	0	44	1.26
950811--950853	22	2.0	22	90	0	68	20	25	13	39	1.90
960571--960610	20	2.0	21	85	14	57	17	10	32	40	1.83
966718--966758	8	4.9	8	82	11	55	2	19	2	75	1.03
966713--966777	16	3.7	18	73	21	57	3	16	3	76	1.03
966729--966781	18	2.9	18	88	8	72	5	13	5	75	1.16
969240--969275	9	4.0	9	85	0	54	52	0	13	33	1.41
971294--971367	32	2.4	30	84	4	85	68	2	10	17	1.30
971848--971901	10	5.5	10	77	16	51	5	27	0	66	1.13
971844--971893	16	3.3	16	72	16	52	4	26	0	70	1.05
971819--971906	39	2.2	41	86	8	119	7	29	0	62	1.23
974915--975284	37	9.9	37	82	10	443	42	9	3	44	1.54
975269--975300	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
975233--975341	51	2.2	52	93	5	188	45	5	1	46	1.36
974985--975306	114	2.9	109	83	7	387	43	8	3	45	1.50
977484--977586	47	2.2	46	84	5	127	19	20	24	35	1.95
977484--977610	23	5.4	23	73	11	91	18	21	24	35	1.96
979301--979421	22	5.5	22	93	0	215	33	12	14	40	1.83
980234--980756	112	4.6	113	86	4	658	37	14	21	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
980826--980888	17	3.4	17	69	26	56	49	6	25	19	1.71
980680--981038	139	2.6	139	88	1	526	38	15	20	25	1.92
982853--982947	47	2.0	46	87	2	136	16	22	28	32	1.96
982853--982934	23	3.5	23	90	3	128	17	24	29	29	1.97
989476--989536	8	7.1	8	76	20	61	83	1	14	0	0.72
989477--989530	13	4.3	13	77	17	69	83	1	14	0	0.73
989471--989555	37	2.3	37	86	8	111	81	4	12	1	0.91
990153--990202	22	2.3	22	93	3	84	34	28	12	26	1.92
991168--991904	106	7.0	106	91	0	1134	33	25	18	22	1.96
996697--996743	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11