genome.fa.s8964.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008964.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112305_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2156694

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139069--139103	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
139635--139666	12	2.4	14	90	10	50	31	0	6	62	1.20
143398--143449	18	2.9	18	94	0	95	19	19	34	26	1.95
145479--145514	18	1.9	19	94	5	65	25	19	5	50	1.69
151069--151151	31	2.7	31	80	14	91	38	4	14	42	1.67
151529--151568	21	1.9	21	84	0	53	42	0	17	40	1.49
153678--153726	19	2.7	17	87	9	62	28	20	26	24	1.99
153678--153857	65	2.8	65	85	5	215	28	19	22	28	1.98
153698--153907	65	3.3	63	78	13	180	27	19	23	30	1.98
155100--155192	30	3.1	30	78	4	91	53	11	16	18	1.72
155125--155198	30	2.5	30	84	0	94	51	9	16	22	1.73
156522--156568	3	15.3	3	95	4	85	68	0	0	31	0.90
156781--156843	21	2.9	22	82	17	78	46	1	6	46	1.38
159874--159898	9	2.8	9	100	0	50	8	12	56	24	1.62
160641--160689	14	3.3	15	76	20	50	57	0	0	42	0.99
160650--160683	17	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
160841--160899	28	2.1	28	87	3	84	37	37	3	22	1.71
162120--162184	22	2.9	22	72	19	62	24	1	4	69	1.16
166303--166547	76	3.2	76	89	5	354	29	15	15	40	1.87
166295--166507	36	5.7	36	69	12	135	28	14	15	40	1.87
166550--166870	39	8.2	39	89	1	464	28	17	16	37	1.92
166550--166870	157	2.1	155	90	2	500	28	17	16	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166979--167032	20	2.6	21	75	16	67	31	22	25	20	1.98
167510--167562	28	1.9	28	88	3	81	33	45	1	18	1.61
168799--168840	17	2.5	17	78	14	52	28	2	0	69	1.01
168794--168854	22	2.7	22	75	12	61	26	1	3	68	1.14
170623--170655	14	2.4	14	90	10	50	75	0	15	9	1.03
170787--170927	41	3.5	41	86	1	212	15	21	24	39	1.92
170812--170924	20	5.6	20	84	2	154	12	23	23	40	1.88
171057--171082	6	4.3	6	100	0	52	34	46	19	0	1.50
171584--171632	6	8.2	6	95	0	80	0	16	63	20	1.31
179454--179479	12	2.2	12	100	0	52	46	38	0	15	1.46
180627--180766	55	2.5	55	85	0	190	36	8	17	37	1.80
183047--183187	33	4.5	32	69	28	99	60	0	2	36	1.11
183095--183452	2	187.5	2	72	20	261	54	3	1	40	1.27
183044--183454	78	5.5	70	74	18	266	55	2	2	39	1.26
183079--183454	134	2.8	130	80	15	396	54	2	2	40	1.27
183044--183453	55	7.7	52	75	19	268	55	2	2	39	1.26
183971--184132	72	2.2	72	92	0	261	23	17	24	33	1.96
184521--184598	22	3.6	22	84	1	104	34	26	16	21	1.95
187753--187796	21	2.0	24	86	13	67	27	11	13	47	1.77
187748--187808	21	3.0	20	75	22	56	27	11	11	49	1.73
188029--188102	22	3.3	22	77	7	87	32	27	16	24	1.96
188032--188102	23	3.1	23	78	8	83	30	28	16	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188967--189037	23	3.1	23	82	6	83	21	16	29	32	1.95
188962--189040	22	3.6	22	81	5	97	21	16	26	35	1.94
189282--189312	16	1.9	16	93	0	53	54	12	9	22	1.67
201282--201942	54	12.2	54	86	3	827	27	19	20	32	1.97
202290--202341	19	2.5	21	87	9	72	28	15	17	38	1.90
203387--203769	54	7.1	54	90	2	513	32	20	19	27	1.97
206918--207209	2	154.5	2	69	21	159	54	3	2	39	1.30
206917--207209	7	39.9	7	75	16	224	54	3	2	39	1.30
206918--207209	5	51.5	6	70	18	159	54	3	2	39	1.30
206927--207202	23	11.8	23	74	17	189	55	3	1	39	1.29
209618--209652	16	2.2	16	100	0	70	57	0	0	42	0.99
218345--218399	29	1.9	29	92	3	94	49	9	18	23	1.76
219889--219944	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
220869--220905	17	2.3	16	90	9	58	64	0	2	32	1.07
222606--222816	104	2.0	104	96	2	386	45	12	19	22	1.84
223630--223684	24	2.3	24	80	0	65	41	21	20	16	1.90
223718--223794	21	3.6	21	81	10	102	40	20	15	23	1.91
232141--234820	4	669.0	4	89	3	2895	44	22	5	27	1.76
234615--234700	33	2.6	33	98	0	163	40	26	5	26	1.78
234896--235284	169	2.3	168	86	3	521	33	18	17	30	1.94
235203--235393	94	2.0	94	86	0	265	28	22	15	32	1.95
235047--235563	264	2.0	264	84	0	683	32	19	17	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234911--235732	434	1.9	433	83	1	1072	33	18	18	29	1.95
235298--236067	170	4.6	168	86	3	922	34	19	17	28	1.95
236140--236201	16	3.7	17	77	10	56	33	32	0	33	1.58
236152--236199	8	6.0	8	85	0	60	31	35	0	33	1.58
236151--236198	24	2.0	24	87	0	69	29	35	0	35	1.58
237720--237782	30	2.1	30	100	0	126	39	20	6	33	1.78
239389--239456	27	2.6	26	81	9	84	30	5	5	57	1.46
239419--239479	28	2.3	26	86	11	79	29	6	8	55	1.54
239530--239639	25	4.5	24	84	5	132	46	30	1	21	1.62
239530--239639	49	2.3	49	85	4	143	46	30	1	21	1.62
239978--240048	34	2.1	33	86	2	97	26	26	14	32	1.94
240411--240532	63	1.9	64	93	1	210	16	22	28	32	1.95
241091--241137	19	2.4	20	85	3	60	31	8	6	53	1.57
241482--241506	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
242433--242556	64	1.9	64	91	3	205	14	22	29	33	1.94
244295--244340	22	2.0	24	84	12	62	4	21	2	71	1.14
248746--248794	2	24.5	2	91	8	82	48	0	2	48	1.12
249835--249864	15	1.9	16	93	6	53	33	3	3	60	1.30
250691--250719	14	2.1	14	100	0	58	37	27	13	20	1.91
262836--262909	36	2.1	36	94	0	130	31	9	24	35	1.87
263579--264033	54	8.4	54	90	0	705	33	17	17	31	1.94
270503--270983	54	8.9	53	86	3	606	34	17	16	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270529--270983	162	2.8	162	88	2	671	34	18	16	30	1.93
276158--276738	289	2.0	289	84	1	761	28	14	20	36	1.92
281311--281369	15	3.9	15	70	16	50	28	11	18	40	1.86
281559--281635	23	3.5	22	83	7	75	16	24	24	33	1.96
281581--281635	21	2.5	23	85	8	78	14	21	27	36	1.93
281862--281912	23	2.2	23	85	0	66	31	5	19	43	1.75
285420--285483	21	3.0	21	81	9	67	17	20	28	34	1.95
285431--285491	21	2.9	22	80	14	74	16	18	27	37	1.92
285708--285759	23	2.3	23	89	0	77	32	5	19	42	1.75
288578--288613	19	1.9	19	88	5	56	41	0	13	44	1.44
300015--300635	309	2.0	309	93	0	1053	36	13	11	38	1.81
300972--301040	29	2.3	30	90	2	104	31	8	13	46	1.73
301105--301181	29	2.6	29	87	2	109	33	9	12	44	1.75
300953--301298	141	2.5	141	86	1	480	35	10	11	41	1.77
301193--301412	114	1.9	114	90	0	350	32	9	13	44	1.76
301359--301435	29	2.6	29	85	2	91	29	7	12	49	1.69
302211--302274	29	2.2	30	91	2	103	46	12	9	31	1.73
302242--302504	111	2.4	113	88	3	392	41	12	10	35	1.78
302470--302533	29	2.2	29	91	0	101	45	9	9	35	1.69
302364--302682	138	2.3	138	92	2	523	41	11	10	36	1.76
302615--302670	28	2.0	29	92	3	96	48	10	10	30	1.72
302844--302880	16	2.3	16	95	0	65	48	2	5	43	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303815--303878	30	2.2	29	82	2	74	23	6	28	42	1.78
303815--303887	29	2.5	30	81	2	76	24	6	26	42	1.79
307128--307159	16	2.0	16	93	0	55	50	3	6	40	1.43
310061--310094	17	2.0	17	88	0	50	52	0	2	44	1.16
310019--310094	25	3.1	25	82	1	100	52	0	3	43	1.19
310142--310192	24	2.1	25	92	3	86	54	0	1	43	1.11
315995--316287	148	2.0	148	94	1	516	37	7	7	47	1.60
317109--317145	18	2.2	18	85	9	51	67	0	5	27	1.12
317256--317329	37	2.0	36	82	7	87	66	1	9	22	1.29
317286--317323	20	1.9	20	88	0	58	63	2	7	26	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11