genome.fa.s9572.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2529503

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12067--12135	25	2.8	26	80	8	81	75	0	15	8	1.04
12088--12117	9	3.3	9	95	0	51	86	0	10	3	0.67
12082--12134	8	6.5	8	83	14	56	79	0	13	7	0.93
13063--13662	108	5.6	108	89	1	798	30	14	27	26	1.95
13063--13670	161	3.8	161	89	1	862	30	14	27	26	1.95
13062--13662	269	2.2	269	98	0	1166	30	14	27	26	1.95
17018--17168	3	48.7	3	76	9	124	38	2	3	54	1.33
17048--17099	19	2.7	20	82	8	63	38	1	5	53	1.36
17467--17498	12	2.4	14	90	10	50	21	43	15	18	1.87
19278--19628	131	2.7	132	87	1	490	33	9	16	40	1.81
20664--20731	22	3.1	22	86	0	100	13	16	11	58	1.62
23912--23978	30	2.2	32	75	24	74	37	5	1	55	1.34
27327--27354	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29088--29165	21	3.6	22	75	17	65	43	8	6	41	1.62
29099--29148	23	2.1	24	88	3	75	46	8	10	36	1.67
29099--29164	21	2.9	24	84	8	77	45	9	7	37	1.64
32391--32439	25	1.9	26	87	4	73	44	6	4	44	1.47
37041--37123	18	4.6	18	95	0	139	37	15	28	18	1.91
37234--37279	22	2.1	22	92	4	76	41	2	2	54	1.25
46204--46242	21	1.9	21	89	5	62	30	15	17	35	1.91
49501--49616	21	5.7	21	83	6	139	26	20	8	43	1.81
49500--49638	42	3.4	42	82	6	158	26	20	7	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49516--49633	39	2.9	40	83	5	139	24	18	8	48	1.76
51643--51696	21	2.5	21	88	8	65	44	44	3	7	1.49
51650--51696	21	2.2	21	92	3	76	42	46	2	8	1.46
51650--51705	22	2.6	21	86	8	60	46	42	1	8	1.45
72042--72207	31	5.3	30	71	11	111	16	25	28	29	1.97
72042--72185	62	2.3	62	77	2	146	15	26	28	29	1.96
73086--73136	24	2.1	24	85	7	68	21	1	15	60	1.44
77005--77068	31	2.1	31	85	5	85	29	28	26	15	1.96
77766--77823	22	2.6	22	80	0	71	39	22	13	24	1.90
78108--78188	42	1.9	42	90	5	128	19	13	16	50	1.77
78109--78199	42	2.1	42	86	6	121	19	14	15	50	1.78
78424--78483	30	1.9	32	87	12	90	45	1	0	53	1.10
78424--78503	32	2.5	32	78	17	85	46	2	0	51	1.14
78524--78659	54	2.5	54	80	12	136	50	1	2	46	1.23
78591--78659	19	3.6	18	71	21	52	49	1	1	47	1.19
78543--78639	27	3.6	27	72	17	76	48	1	2	48	1.20
78667--78836	91	1.9	87	82	9	209	52	3	0	43	1.22
79075--79104	14	2.1	14	93	0	51	43	20	0	36	1.52
81184--81227	22	2.0	22	90	0	70	43	20	18	18	1.89
81184--81229	12	4.0	12	80	11	60	41	23	17	17	1.90
87085--87158	31	2.4	30	80	13	87	31	28	25	14	1.95
88713--88945	3	77.3	3	74	10	172	60	2	4	31	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94012--94070	30	2.0	30	86	0	82	52	0	15	32	1.43
95019--95130	54	2.1	54	94	0	197	41	6	8	42	1.61
95052--95130	27	2.9	28	68	19	76	40	6	7	45	1.58
95024--95113	27	3.4	26	67	17	67	41	5	7	45	1.56
95893--96329	217	2.0	218	99	0	867	30	19	15	33	1.93
97044--97141	47	2.1	47	100	0	196	27	16	23	32	1.96
97144--97280	70	1.9	72	94	5	244	28	18	19	33	1.95
102915--103015	31	3.3	31	92	0	157	23	18	14	42	1.88
118875--118905	15	2.1	15	93	0	53	25	25	6	41	1.79
121025--121078	12	4.3	12	75	9	54	81	16	1	0	0.78
121025--121078	18	2.8	19	80	8	65	81	16	1	0	0.78
121022--121073	7	7.6	7	76	10	54	80	17	1	0	0.80
121025--121078	19	2.9	18	83	5	63	81	16	1	0	0.78
125542--125578	17	2.2	17	86	13	51	35	5	0	59	1.20
125680--125712	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
130283--130314	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
131899--132001	31	3.4	31	81	6	113	42	16	3	36	1.67
134067--134105	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
135852--136026	90	2.0	89	91	1	287	45	6	12	36	1.67
137322--137358	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
137455--138651	81	14.8	81	88	0	1651	31	22	10	35	1.89
143010--143880	81	10.8	81	88	0	1190	30	22	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147051--147115	25	2.6	25	95	2	114	24	21	23	30	1.99
154376--154436	24	2.5	24	97	0	113	26	18	22	32	1.97
155081--155118	16	2.4	16	91	8	60	26	5	13	55	1.59
155147--155246	30	3.4	30	81	15	127	41	7	8	44	1.61
172176--172220	21	2.2	21	88	4	65	42	11	17	28	1.84
184027--184075	2	25.0	2	84	12	66	51	0	2	46	1.12
184567--184599	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
187091--187150	20	3.0	20	71	22	61	28	21	18	31	1.97
187071--187150	41	2.0	41	87	5	117	28	20	20	31	1.97
189301--189349	19	2.6	19	100	0	98	28	6	28	36	1.81
193117--193146	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
196661--196738	39	2.0	40	87	7	115	53	7	34	3	1.48
197263--197288	12	2.2	12	100	0	52	15	7	7	69	1.35
200869--200951	39	2.1	40	84	10	109	3	34	7	54	1.46
201134--202163	513	2.0	506	97	1	1574	32	19	13	35	1.90
205331--205387	15	3.7	15	81	6	62	12	21	8	57	1.61
210618--210685	21	3.3	21	75	2	75	36	14	7	41	1.74
210668--210717	25	2.0	25	84	7	66	40	0	14	46	1.44
212354--212434	32	2.5	32	91	0	135	16	16	19	48	1.82
212418--212466	24	2.0	24	96	0	89	14	12	14	59	1.62
212561--212609	24	2.0	24	96	0	89	44	0	2	53	1.12
213800--213857	3	18.3	3	81	13	64	34	0	1	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213797--213854	20	3.0	20	87	7	84	32	0	3	63	1.11
213800--213896	12	9.9	10	77	18	66	40	0	2	57	1.10
213833--213895	2	33.5	2	84	12	89	46	0	1	52	1.10
217020--217744	55	13.3	54	85	4	276	28	24	16	30	1.96
217196--217647	110	4.1	110	92	1	766	29	27	13	28	1.95
217196--217647	165	2.8	164	91	2	755	29	27	13	28	1.95
218708--218747	17	2.3	18	87	8	57	20	27	5	47	1.70
222583--222651	21	3.3	21	80	13	79	13	18	20	47	1.81
222598--222660	21	3.0	21	83	0	81	11	20	22	46	1.82
224728--224761	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
226799--226839	3	13.7	3	90	10	66	63	0	0	36	0.95
232406--232448	3	14.3	3	80	9	52	41	0	0	58	0.98
233917--234541	312	2.0	310	96	3	1150	28	10	14	45	1.78
234649--234707	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
238344--238369	13	2.0	13	100	0	52	30	38	7	23	1.83
238983--239010	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
239152--239565	78	5.1	82	73	10	302	32	22	20	24	1.98
241322--241408	3	27.7	3	74	21	56	33	2	2	62	1.21
241311--241377	20	3.3	20	83	8	82	34	2	1	61	1.20
241301--241393	23	4.4	21	82	14	88	33	2	1	63	1.13
241301--241393	46	2.1	44	86	11	127	33	2	1	63	1.13
241325--241393	20	3.3	20	88	10	86	34	1	1	62	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241820--241895	11	7.1	10	71	16	55	14	3	2	78	1.00
241802--241835	18	1.9	18	88	5	52	11	5	2	79	1.02
241799--241864	29	2.2	30	84	7	82	15	6	1	77	1.04
241841--241896	16	3.5	16	76	13	62	14	3	3	78	1.02
241820--241895	32	2.4	31	82	12	91	14	3	2	78	1.00
241857--241904	20	2.3	20	82	10	53	14	2	8	75	1.13
241833--241917	32	2.6	31	77	15	82	15	4	4	75	1.14
241902--241959	22	2.8	20	80	16	66	13	12	0	74	1.08
241911--241967	22	2.6	21	83	10	69	14	10	0	75	1.05
241834--242010	92	1.9	91	80	13	202	16	9	2	71	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13