genome.fa.s9572.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2529503

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1979000--1979980	500	2.0	499	88	1	1471	23	19	30	26	1.98
1981183--1981212	13	2.3	13	94	0	51	60	0	26	13	1.34
1986732--1986805	37	2.0	37	100	0	148	21	16	32	29	1.95
1991601--1991635	6	5.7	6	86	6	52	57	0	28	14	1.38
1991601--1991635	13	2.8	12	83	8	52	57	0	28	14	1.38
1994268--1994312	21	2.1	21	100	0	90	35	20	22	22	1.96
2005510--2005812	154	2.0	150	87	3	430	37	6	14	41	1.72
2008689--2008738	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2009188--2009219	14	2.4	13	94	5	55	56	0	0	43	0.99
2009239--2009310	25	3.2	24	65	29	59	45	2	2	48	1.31
2009355--2009403	14	3.6	13	83	8	53	53	0	6	40	1.26
2009685--2009729	18	2.5	18	92	0	72	26	37	6	28	1.82
2010407--2010512	36	2.9	36	79	6	126	35	17	20	25	1.95
2013162--2013201	20	2.0	20	90	9	64	30	22	17	30	1.97
2013757--2014081	162	2.0	162	98	1	634	19	16	39	24	1.92
2014080--2014130	23	2.2	23	85	0	66	21	17	5	54	1.63
2014089--2014136	23	2.1	23	100	0	96	27	22	0	50	1.50
2020057--2020201	69	2.1	69	89	0	218	52	11	7	28	1.65
2029286--2029549	133	2.0	132	92	0	438	35	18	15	30	1.92
2040042--2040071	13	2.3	13	94	0	51	26	0	16	56	1.40
2040241--2040330	21	4.2	21	68	20	60	24	7	27	40	1.83
2040277--2040346	21	3.2	22	72	22	65	25	5	27	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2042907--2042948	22	1.9	22	95	0	75	38	19	16	26	1.92
2045053--2045099	20	2.3	20	86	13	62	63	0	19	17	1.30
2045061--2045100	10	4.3	9	82	17	55	62	0	22	15	1.32
2051992--2052045	20	2.7	20	100	0	108	31	16	22	29	1.96
2052480--2052509	13	2.3	13	94	0	51	20	0	16	63	1.31
2052668--2052746	21	3.8	21	91	6	117	18	15	27	37	1.91
2052669--2052796	44	3.0	44	84	11	142	21	16	28	34	1.95
2053346--2053388	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2054677--2054768	3	30.7	3	100	0	184	33	0	0	66	0.92
2059152--2059278	62	2.1	61	86	1	173	39	14	14	32	1.86
2059771--2059837	3	22.0	3	96	3	125	34	0	0	65	0.93
2060007--2060078	26	2.8	26	77	8	74	20	51	11	16	1.75
2060667--2060825	75	2.1	76	84	7	202	23	13	15	47	1.81
2061666--2062276	131	4.7	131	86	2	714	32	12	16	39	1.85
2068421--2068520	42	2.4	42	76	5	105	24	24	21	31	1.98
2068826--2069024	93	2.1	93	84	1	247	33	21	16	28	1.95
2068951--2069673	133	5.5	134	84	6	818	33	23	14	28	1.94
2069181--2069638	252	1.8	253	88	3	699	34	22	15	27	1.94
2069673--2069714	3	13.7	3	85	5	57	33	2	2	61	1.21
2071543--2071675	66	2.0	67	98	1	259	36	15	13	35	1.86
2082590--2082702	42	2.7	43	77	8	126	24	23	19	31	1.98
2082985--2083953	134	7.3	133	85	1	1179	33	21	15	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2082985--2083953	267	3.6	267	86	1	1293	33	21	15	29	1.94
2086286--2086556	131	2.1	130	84	4	350	32	10	17	39	1.84
2089545--2089580	17	2.2	16	90	5	54	30	0	5	63	1.17
2089554--2089592	17	2.3	17	86	8	53	38	0	2	58	1.12
2090380--2090410	15	2.0	16	93	6	55	41	0	0	58	0.98
2090856--2090894	21	1.9	21	84	5	53	35	0	5	58	1.20
2090852--2090905	19	2.7	19	76	15	56	35	1	3	59	1.26
2090897--2090942	17	2.8	17	80	3	58	32	4	0	63	1.14
2098013--2098040	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2098989--2099040	22	2.4	22	100	0	104	3	23	36	36	1.73
2099652--2099685	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
2099864--2099950	34	2.6	34	75	15	94	28	9	29	32	1.88
2100674--2100739	16	4.1	16	94	0	105	45	0	1	53	1.09
2107691--2107849	35	4.5	35	77	5	160	20	7	15	56	1.63
2107707--2107843	34	3.9	35	74	12	93	21	8	16	54	1.67
2109602--2109655	28	1.9	28	92	0	90	31	5	18	44	1.73
2110146--2110178	17	1.9	17	93	0	57	42	0	0	57	0.98
2110261--2110286	13	2.0	13	100	0	52	23	7	15	53	1.67
2110736--2110863	60	2.1	60	81	2	141	42	4	23	29	1.74
2110763--2110864	31	3.4	30	68	10	73	39	3	25	31	1.74
2110764--2110894	60	2.2	60	83	2	165	39	6	21	32	1.80
2111083--2111158	27	2.9	27	88	2	109	51	2	0	46	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111085--2111170	27	3.2	26	75	14	77	51	2	0	46	1.13
2111085--2111175	13	6.8	13	66	13	51	50	2	1	46	1.20
2111249--2111297	23	2.2	21	78	7	53	12	20	10	57	1.64
2116630--2116703	30	2.5	30	84	0	112	37	16	24	21	1.93
2117378--2117563	60	3.1	60	83	6	227	33	23	4	38	1.76
2117681--2117856	60	2.9	59	78	3	183	42	5	21	31	1.74
2125286--2125333	19	2.5	19	89	3	69	35	29	14	20	1.93
2125352--2125531	41	4.6	36	87	4	130	31	25	18	25	1.97
2125380--2125531	20	7.4	20	74	12	130	31	25	17	25	1.97
2125381--2125531	41	3.7	41	91	0	248	31	25	17	24	1.97
2126339--2126374	16	2.2	16	100	0	72	27	13	16	41	1.87
2128973--2129217	34	6.6	39	79	9	214	35	20	18	25	1.95
2128978--2129177	54	3.6	53	76	11	188	34	21	18	26	1.96
2128973--2129177	20	10.9	20	78	12	218	33	20	18	26	1.96
2129216--2129279	20	3.2	20	93	0	110	12	18	23	45	1.84
2129368--2129472	36	3.2	35	67	23	100	53	14	3	28	1.58
2129345--2129514	63	2.6	65	88	6	256	53	15	2	28	1.56
2129473--2129507	13	2.7	13	81	0	52	57	14	0	28	1.38
2130888--2130979	42	2.2	42	84	3	114	21	18	36	22	1.95
2130888--2130957	21	3.3	20	70	7	59	21	20	35	22	1.96
2130961--2130999	20	2.0	20	90	9	64	28	15	30	25	1.96
2131482--2131524	19	2.2	20	87	4	61	48	23	11	16	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131515--2131559	20	2.2	20	92	0	72	35	26	20	17	1.95
2131672--2131760	20	4.4	20	87	2	108	21	22	21	34	1.97
2132307--2132355	18	2.7	18	100	0	98	12	12	46	28	1.77
2133685--2133767	20	4.2	20	71	3	78	40	20	18	20	1.91
2134143--2134192	22	2.3	22	92	0	82	20	14	42	24	1.88
2134357--2134428	20	3.6	20	74	7	65	25	20	25	29	1.99
2134415--2134489	20	3.8	20	82	3	80	26	13	29	30	1.94
2139880--2139981	42	2.4	42	87	6	145	23	12	12	50	1.74
2140168--2140299	30	4.6	29	75	20	91	48	0	0	50	1.11
2140168--2140248	31	2.5	33	81	16	84	49	1	0	49	1.08
2140270--2140330	27	2.4	26	77	20	74	49	0	1	49	1.10
2140334--2140378	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
2140657--2140712	15	3.9	15	83	6	80	30	19	5	44	1.73
2140983--2141116	1	134.0	1	72	0	88	14	0	0	85	0.61
2140989--2141116	8	16.2	8	90	3	206	14	0	0	85	0.61
2140985--2141355	15	22.8	16	70	17	107	17	4	1	75	1.07
2141190--2141355	13	12.0	14	66	25	52	16	7	1	74	1.10
2141200--2141355	42	3.7	41	69	19	99	16	7	1	75	1.10
2141231--2141366	9	14.1	9	71	21	73	16	5	2	75	1.11
2141276--2141364	25	3.6	25	79	8	74	16	6	1	75	1.08
2140985--2141364	24	16.3	22	69	23	162	17	4	2	75	1.08
2141260--2141381	59	2.1	59	80	9	133	16	8	2	72	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142031--2142057	12	2.2	12	100	0	54	0	22	0	77	0.76
2145887--2145911	12	2.1	12	100	0	50	76	24	0	0	0.80
2148030--2148074	3	15.3	3	88	4	65	62	2	0	35	1.08
2155836--2156049	20	10.6	20	75	6	198	38	24	17	19	1.93
2155836--2156047	41	5.2	41	89	1	302	38	24	17	19	1.93
2156390--2156532	68	2.1	68	94	5	252	30	17	10	41	1.83
2156655--2156723	34	2.0	34	100	0	138	52	15	20	11	1.74
2156648--2156760	20	5.9	20	73	17	80	47	17	21	13	1.81
2156663--2156786	34	3.5	34	75	18	119	45	19	22	12	1.83
2156697--2156802	20	5.7	19	76	14	87	44	22	21	11	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13