genome.fa.s9572.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2529503

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765513--765547	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
767073--767126	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
768962--769049	40	2.2	40	89	0	131	36	21	18	23	1.95
768944--769410	41	11.3	41	80	8	389	28	18	19	33	1.96
771987--772339	43	8.2	42	82	5	368	23	21	20	33	1.97
771989--772319	128	2.6	129	82	4	384	24	22	20	33	1.97
779809--779862	26	2.1	26	96	0	99	24	14	16	44	1.85
781067--781097	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
782666--782717	24	2.1	25	86	10	72	63	0	1	34	1.06
786177--786271	42	2.3	42	81	3	102	21	32	18	27	1.97
786255--786315	21	2.9	21	87	0	77	16	36	19	27	1.93
786827--786899	34	2.1	34	92	0	119	52	6	4	36	1.48
787007--787037	14	2.2	14	100	0	62	58	16	0	25	1.38
787360--788012	137	4.7	138	91	2	1044	32	23	21	22	1.98
787897--788115	117	1.9	116	91	2	359	33	21	24	20	1.97
788092--788131	16	2.5	16	95	0	71	20	37	37	5	1.74
787898--788152	117	2.2	117	83	4	293	31	24	23	20	1.98
791007--791055	22	2.1	24	85	7	66	44	0	2	53	1.12
792211--792261	20	2.5	21	81	9	52	19	7	5	66	1.38
792293--792355	20	3.4	18	83	10	83	20	1	0	77	0.85
792303--792404	12	7.6	13	71	22	52	19	2	1	75	1.03
792325--792377	9	5.6	9	82	12	54	15	0	1	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792303--792368	24	2.8	24	79	9	71	18	1	0	80	0.79
792303--792391	20	4.5	19	77	19	76	17	2	2	77	0.98
792293--792411	33	3.5	32	79	14	98	21	2	1	74	1.02
792293--792355	4	16.0	4	75	15	60	20	1	0	77	0.85
792293--792408	11	10.4	11	71	17	62	21	2	1	74	1.03
794680--794744	31	2.1	31	85	5	87	21	18	23	36	1.95
794730--794921	30	6.4	30	90	0	269	23	16	24	35	1.95
798120--798157	15	2.6	15	83	4	51	76	5	18	0	0.97
798120--798194	12	5.9	13	75	17	52	76	4	14	5	1.12
798137--798221	38	2.3	36	80	6	91	77	2	12	7	1.06
798172--798218	11	4.4	11	78	2	51	82	0	10	6	0.82
800489--800617	36	3.6	34	83	11	150	25	20	14	39	1.91
800544--800608	21	3.4	21	68	24	70	24	21	12	41	1.87
800514--800800	36	8.1	36	82	8	322	27	20	13	38	1.90
800514--800767	138	1.8	138	89	1	402	27	20	13	38	1.90
800527--800800	73	3.9	71	75	11	249	26	20	13	39	1.90
800519--800858	174	1.9	175	89	2	533	26	20	13	39	1.90
800853--800938	34	2.6	33	89	7	138	40	18	9	31	1.82
800931--801096	84	2.0	85	90	1	262	35	23	16	24	1.95
803329--803454	5	24.6	5	68	16	55	15	4	3	76	1.09
803395--803453	22	2.5	22	83	8	64	16	1	3	77	0.98
803338--803454	19	6.1	19	69	25	68	14	5	3	76	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803379--803462	6	13.8	6	69	23	52	14	3	3	78	1.02
803379--803476	42	2.3	41	81	15	103	14	4	4	77	1.06
803379--803463	18	4.7	18	73	17	70	14	3	3	78	1.01
807056--807115	20	3.0	20	78	9	68	16	25	35	23	1.95
808524--808615	46	2.0	46	100	0	184	39	15	6	39	1.73
815313--815362	24	2.1	24	88	7	75	58	14	2	26	1.47
816469--816509	9	4.7	9	81	6	57	2	12	0	85	0.70
816469--816509	17	2.3	18	87	4	57	2	12	0	85	0.70
820904--820953	24	2.1	24	88	7	75	58	14	2	26	1.47
825479--825513	15	2.3	15	95	0	61	45	5	0	48	1.26
825388--825559	88	1.9	90	91	2	285	43	7	9	39	1.66
829178--829208	15	2.1	15	100	0	62	19	6	38	35	1.77
829781--829875	34	2.8	34	85	0	136	49	22	11	16	1.78
832330--832377	24	2.0	24	95	0	87	25	35	0	39	1.56
832624--832688	8	7.5	8	71	21	51	53	30	0	15	1.42
832622--832690	16	4.1	16	80	14	68	52	28	0	18	1.46
834429--834486	23	2.5	23	88	5	91	27	22	27	22	1.99
840711--840795	42	2.0	42	100	0	170	40	14	14	31	1.85
842444--842549	55	1.9	55	84	7	144	33	25	14	26	1.94
842570--842915	55	6.3	55	84	0	406	30	21	18	29	1.97
856532--857003	55	8.6	55	83	4	308	32	22	16	29	1.95
856532--857003	110	4.3	109	84	5	497	32	22	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856532--857003	165	2.9	163	84	5	576	32	22	16	29	1.95
865983--866237	35	7.4	33	68	18	121	46	7	5	41	1.53
865983--866245	70	3.8	68	78	9	248	46	6	5	41	1.53
872497--872577	29	2.8	28	76	10	81	38	7	19	34	1.80
873626--873759	12	11.2	12	63	12	51	28	16	20	35	1.94
873624--873800	24	7.4	24	86	0	228	27	17	20	34	1.95
873624--873794	72	2.4	72	86	0	252	28	17	19	33	1.95
874070--874134	29	2.2	29	81	10	80	50	3	15	30	1.59
876340--876469	46	2.8	46	87	8	183	31	15	10	42	1.81
876354--876469	21	5.1	21	64	22	65	32	15	11	40	1.83
876883--876930	18	2.6	19	90	6	80	27	10	8	54	1.63
882619--882675	28	2.0	28	100	0	114	28	7	7	57	1.51
885459--885508	21	2.3	23	79	6	59	62	10	10	18	1.54
886541--886582	3	13.7	3	80	14	50	64	2	4	28	1.26
886879--886959	42	1.9	42	85	5	110	37	19	18	24	1.94
886703--887072	192	2.0	189	83	4	478	34	15	15	34	1.89
886882--887978	233	4.8	231	84	4	1358	34	16	15	33	1.90
887761--887864	41	2.5	42	85	1	129	33	22	18	25	1.96
890045--890156	24	4.5	24	81	3	116	4	8	0	87	0.66
890045--890173	58	2.3	56	86	9	181	4	9	0	86	0.71
890051--890173	23	5.6	21	80	13	117	4	8	0	86	0.71
890043--890171	11	11.1	12	74	17	87	4	10	0	85	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890045--890156	1	112.0	1	74	0	98	4	8	0	87	0.66
897161--897234	29	2.7	26	84	16	87	60	5	9	24	1.48
898589--898757	81	2.1	80	98	1	313	43	8	5	42	1.59
900737--900831	48	2.0	49	97	2	183	50	5	15	28	1.66
901033--901073	17	2.4	18	88	8	59	36	0	0	63	0.95
901049--901090	14	2.8	15	82	10	50	23	0	2	73	0.94
903022--903061	17	2.3	18	91	4	64	37	0	0	62	0.95
904635--904678	14	3.2	13	87	6	52	36	4	11	47	1.60
904641--904681	14	3.0	14	89	3	57	31	9	9	48	1.69
904649--904775	66	1.9	65	91	6	209	25	22	5	45	1.74
906850--906888	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
914317--914454	60	2.3	60	79	2	152	34	13	18	33	1.90
914674--914718	2	22.5	2	95	0	81	46	0	0	53	1.00
919362--919467	37	2.9	37	85	4	115	23	10	36	29	1.88
919382--919471	37	2.4	37	90	5	146	22	12	36	28	1.90
921482--921512	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
921990--922026	5	7.6	5	87	6	58	78	0	0	21	0.75
923657--923774	24	5.1	23	69	17	75	55	0	0	43	1.05
923624--923809	68	2.8	64	83	13	238	56	1	0	41	1.10
923742--923785	23	1.9	24	90	0	56	54	0	0	45	0.99
923771--923821	12	4.3	12	76	18	54	66	1	0	31	1.03
924077--924150	27	2.7	28	89	4	107	45	22	6	24	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924162--924244	43	1.9	43	92	4	141	39	22	9	27	1.85
924553--924623	32	2.2	32	97	0	133	22	5	7	64	1.39
925716--926022	41	7.3	41	79	6	256	35	17	16	30	1.92
925722--925813	48	1.9	48	86	0	130	40	16	13	30	1.86
925792--926017	123	1.8	123	86	3	330	35	16	16	30	1.91
925790--926204	41	10.1	41	76	7	299	34	16	16	32	1.92
930627--930699	21	3.5	21	83	1	85	41	17	23	17	1.90
930692--930802	20	5.5	20	78	6	89	33	24	17	25	1.96
930685--930822	61	2.3	61	81	0	168	36	23	15	24	1.93
930990--931033	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13