genome.fa.s9572.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2529503

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2156809--2156925	33	3.6	32	87	5	164	12	23	19	43	1.86
2156890--2156945	20	2.8	20	86	10	87	16	23	19	41	1.90
2158272--2158514	123	2.0	123	98	1	470	23	31	21	23	1.99
2158727--2159091	94	4.0	93	86	8	536	22	12	18	47	1.81
2158727--2159068	177	1.9	176	92	1	578	22	12	17	46	1.82
2159139--2159299	19	8.7	19	76	12	138	46	21	19	12	1.82
2159344--2159430	20	4.3	20	89	0	129	20	17	21	40	1.92
2159914--2159955	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
2159939--2160030	42	2.2	42	80	7	98	26	34	17	21	1.95
2161370--2161405	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2161968--2162297	20	16.5	20	80	7	303	20	18	23	38	1.94
2161967--2162236	98	2.7	100	82	4	296	20	18	22	38	1.94
2161990--2162297	81	3.9	78	81	10	313	19	18	23	37	1.94
2162265--2162358	42	2.3	42	76	9	95	22	21	21	35	1.96
2162347--2162400	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
2164682--2164717	17	2.0	19	89	10	58	30	13	5	50	1.65
2164917--2165073	59	2.7	58	83	7	194	39	5	22	33	1.76
2165395--2165436	21	2.0	21	86	4	59	45	9	4	40	1.58
2166488--2166529	2	21.5	2	95	4	77	52	0	0	47	1.00
2167881--2167938	28	2.1	28	96	3	109	39	6	13	39	1.72
2167801--2168048	33	7.4	33	71	15	136	40	7	9	42	1.65
2168069--2168114	17	2.5	20	72	17	53	47	4	4	43	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2177862--2177902	3	13.3	3	89	5	55	60	2	0	36	1.10
2177853--2177902	22	2.3	22	85	0	64	58	2	0	40	1.10
2178243--2178854	45	13.7	45	88	2	878	35	20	20	22	1.96
2178386--2178505	25	5.2	25	64	28	68	36	19	20	24	1.95
2179577--2179655	22	3.6	22	92	0	131	37	12	15	34	1.85
2180021--2180239	108	2.0	108	86	1	305	30	20	12	37	1.89
2180021--2180239	54	4.1	54	74	2	179	30	20	12	37	1.89
2180546--2180604	27	2.2	27	96	0	109	52	13	15	18	1.74
2181174--2181383	75	2.8	75	91	0	339	30	22	15	31	1.95
2181138--2181404	75	3.6	75	84	1	329	31	20	14	32	1.93
2183429--2183697	135	2.0	135	94	2	470	31	21	14	32	1.93
2186204--2186288	43	2.0	43	90	0	134	37	20	8	34	1.82
2189478--2189534	29	2.0	29	92	0	96	19	26	33	21	1.97
2189480--2189542	29	2.2	29	88	0	90	20	25	33	20	1.97
2189788--2189831	3	14.3	3	90	4	61	61	2	0	36	1.09
2189779--2189831	25	2.1	25	85	0	70	58	1	0	39	1.09
2198019--2198064	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
2205027--2205146	47	2.5	48	81	9	131	41	15	26	16	1.88
2205053--2205146	48	2.0	49	85	8	131	42	13	25	18	1.87
2206942--2207016	35	2.1	36	85	2	98	48	6	8	37	1.59
2207227--2207292	27	2.4	27	92	0	114	22	31	28	16	1.96
2208259--2208318	15	3.7	17	72	17	56	25	8	1	65	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208871--2209369	251	2.0	250	91	1	811	35	18	12	33	1.88
2213239--2213303	27	2.4	27	100	0	130	36	15	18	29	1.91
2214258--2214301	21	2.1	21	91	0	70	47	15	9	27	1.76
2219089--2219153	33	2.0	33	100	0	130	23	21	18	36	1.95
2227439--2227482	22	2.0	23	90	4	72	22	15	22	38	1.92
2227440--2227489	22	2.2	23	85	3	66	22	16	20	42	1.89
2227643--2227717	38	2.0	38	83	0	96	41	14	14	29	1.86
2232911--2232986	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
2241466--2241510	18	2.9	14	77	22	54	22	17	8	51	1.73
2242256--2242303	24	2.0	24	100	0	96	37	12	8	41	1.73
2252400--2252452	20	2.6	20	82	14	72	32	1	0	66	1.03
2252437--2252486	17	2.8	18	82	14	59	24	8	0	68	1.16
2252530--2252571	17	2.5	17	84	11	59	19	9	4	66	1.38
2253780--2253809	15	1.9	16	93	6	53	16	10	0	73	1.09
2256635--2256815	94	1.9	95	89	3	285	30	19	19	29	1.97
2258183--2258440	110	2.4	110	84	3	319	34	24	17	23	1.96
2258806--2258888	37	2.2	37	93	0	139	30	20	13	36	1.91
2259090--2259245	37	4.2	37	93	0	260	29	21	13	35	1.91
2258629--2259172	284	1.9	284	95	0	971	34	22	14	28	1.93
2259247--2259311	34	2.0	32	84	6	85	44	18	6	30	1.74
2259651--2259680	15	2.0	15	100	0	60	26	33	20	20	1.97
2260072--2260119	23	2.2	22	85	10	64	37	2	8	52	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261493--2261566	20	3.8	20	76	18	66	29	5	0	64	1.15
2261607--2261648	17	2.5	17	84	11	59	19	9	4	66	1.38
2261684--2261733	17	3.1	16	78	16	50	20	6	2	72	1.16
2263455--2263512	25	2.4	25	97	2	109	68	3	20	6	1.27
2263505--2263604	8	11.9	8	78	15	87	78	0	21	1	0.82
2263497--2263579	19	4.2	19	73	18	71	79	0	19	1	0.80
2263545--2263604	5	11.8	5	78	16	61	78	0	21	0	0.75
2263509--2263588	23	3.1	24	80	14	81	80	0	18	1	0.79
2263499--2263604	21	5.2	21	71	18	64	77	0	21	0	0.83
2265567--2265648	42	2.0	42	87	4	121	23	21	24	30	1.99
2266063--2266156	42	2.3	42	81	5	111	29	15	23	30	1.96
2269765--2269800	18	1.9	19	88	5	56	38	2	0	58	1.13
2270521--2270556	18	2.1	18	89	5	56	52	8	5	33	1.55
2271934--2271982	25	2.0	25	91	0	80	46	2	10	40	1.49
2273418--2273618	44	4.6	44	78	1	152	30	13	22	32	1.93
2274021--2274075	21	2.6	21	75	11	58	3	34	16	45	1.65
2282329--2282496	42	4.0	42	70	5	135	35	17	15	32	1.91
2282419--2282507	42	2.1	42	85	4	117	32	17	16	32	1.93
2282329--2282597	125	2.2	125	83	0	324	34	17	16	30	1.92
2282459--2282613	83	1.9	83	83	0	202	35	19	16	28	1.94
2282456--2282632	83	2.1	83	80	2	194	31	19	18	30	1.96
2284061--2284117	23	2.5	23	91	0	87	28	26	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290011--2290219	82	2.5	82	83	0	256	32	21	17	29	1.96
2290009--2290282	82	3.3	80	79	2	224	34	20	15	30	1.93
2293043--2293077	16	2.1	17	89	5	54	37	2	0	60	1.12
2294181--2294223	22	2.0	22	81	9	52	41	2	2	53	1.26
2295271--2295315	22	2.1	21	84	12	56	40	2	13	44	1.56
2295315--2295439	34	3.4	37	85	12	154	42	4	11	41	1.62
2295315--2295439	37	3.4	38	86	10	156	42	4	11	41	1.62
2295424--2295478	21	2.4	23	79	8	60	41	3	10	43	1.57
2295485--2295550	2	35.5	2	73	24	56	42	0	4	53	1.21
2295486--2295584	7	14.7	7	74	17	77	39	0	4	56	1.18
2295498--2295590	9	9.7	9	72	23	50	37	0	3	59	1.14
2296978--2297016	20	2.0	20	89	0	60	25	5	0	69	1.09
2298140--2298192	23	2.3	23	93	0	88	26	26	3	43	1.72
2298548--2298595	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2299173--2299214	22	1.9	22	85	0	57	28	0	2	69	1.01
2299251--2299315	22	2.9	22	83	2	76	46	36	9	7	1.65
2300026--2300235	109	2.0	107	86	4	298	22	15	15	46	1.83
2300016--2300256	106	2.2	106	82	8	308	21	15	16	46	1.83
2300479--2300519	22	1.9	21	90	5	64	12	0	12	75	1.05
2300512--2300582	30	2.2	32	82	7	83	22	7	7	63	1.44
2300827--2300919	45	2.0	46	97	2	179	34	17	6	41	1.75
2301527--2301624	49	2.0	49	91	0	160	23	22	24	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306053--2306103	22	2.3	22	100	0	102	23	27	17	31	1.97
2313274--2313312	18	2.2	18	86	9	53	28	2	0	69	1.02
2313273--2313327	24	2.3	24	78	6	67	34	3	0	61	1.13
2315374--2315462	43	2.1	43	100	0	178	24	28	13	33	1.93
2317776--2317844	1	69.0	1	79	0	75	89	0	10	0	0.47
2317769--2317844	13	5.9	13	83	16	97	88	0	11	0	0.52
2317776--2317844	27	2.6	27	90	4	104	89	0	10	0	0.47
2317902--2317934	17	1.9	17	88	11	50	75	0	21	3	0.93
2321000--2321067	12	5.6	12	70	15	50	26	2	1	69	1.12
2321050--2321097	2	26.0	2	80	16	59	43	0	2	54	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13