genome.fa.s9572.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009572.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116937_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2529503

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321122--2321168	17	2.6	18	81	18	62	21	6	4	68	1.30
2321175--2321208	13	2.6	13	90	0	50	17	8	0	73	1.08
2323292--2323583	139	2.1	138	86	5	412	32	13	13	41	1.83
2323336--2323635	139	2.2	138	85	6	401	31	14	13	42	1.83
2326685--2326772	24	3.7	24	87	0	113	21	15	19	43	1.88
2327247--2327290	21	2.2	20	84	12	54	77	0	9	13	0.99
2327281--2327354	2	37.5	2	94	2	132	52	0	0	47	1.00
2327392--2327468	20	3.8	20	75	14	77	75	0	9	15	1.04
2327429--2327533	8	12.4	8	70	13	50	74	0	7	18	1.05
2327453--2327483	14	2.1	15	94	5	55	77	0	0	22	0.77
2327374--2327474	41	2.5	41	79	12	102	75	0	8	15	1.04
2327429--2327524	25	3.8	25	72	17	65	73	0	7	18	1.05
2328306--2328345	20	2.1	20	86	9	57	7	5	27	60	1.45
2328783--2328864	36	2.4	34	81	8	94	51	4	2	41	1.36
2328836--2329031	36	5.6	35	78	15	226	44	6	5	43	1.51
2328812--2329075	71	3.7	68	74	18	220	44	6	4	43	1.51
2329064--2329096	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2331063--2331126	21	3.0	21	79	0	83	18	50	18	12	1.78
2333523--2333693	45	3.8	45	90	1	263	30	21	6	41	1.78
2335173--2335660	240	2.0	240	96	0	904	36	18	13	31	1.90
2336698--2336753	24	2.3	24	90	0	94	21	17	19	41	1.91
2337494--2337533	19	2.1	19	100	0	80	20	30	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2337553--2338166	138	4.5	138	81	7	579	27	13	14	44	1.82
2342164--2342196	15	2.2	15	94	0	57	42	12	6	39	1.67
2343619--2343729	60	1.9	57	81	5	132	33	18	15	32	1.92
2347020--2347303	54	5.3	54	79	6	272	33	18	15	32	1.92
2347095--2347300	108	1.9	108	89	4	317	33	17	14	34	1.90
2347357--2347388	15	2.1	15	100	0	64	50	18	6	25	1.70
2349654--2349680	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2357997--2358117	42	2.9	42	81	0	143	23	19	20	36	1.95
2358132--2358243	37	3.0	37	88	5	172	41	16	20	22	1.90
2363952--2364159	95	2.2	95	80	3	231	38	11	15	34	1.83
2365506--2365539	17	2.0	17	100	0	68	17	11	23	47	1.81
2371466--2371656	89	2.1	90	89	1	294	28	25	23	22	1.99
2378012--2378061	19	2.7	19	75	3	57	44	16	4	36	1.66
2378398--2378525	31	4.1	31	77	6	123	32	21	16	28	1.95
2378434--2378519	32	2.7	31	77	10	84	31	20	13	33	1.92
2382248--2382285	20	1.9	20	88	0	58	36	21	18	23	1.95
2382307--2382345	14	2.9	13	84	3	51	20	20	30	28	1.98
2387672--2387870	101	2.0	103	88	4	305	34	12	9	43	1.75
2388544--2388640	48	2.0	48	92	4	160	30	17	16	35	1.92
2388626--2388716	22	4.2	22	71	23	77	46	0	29	24	1.53
2393856--2393895	18	2.2	18	86	8	55	67	2	5	25	1.23
2406768--2406807	20	2.0	20	85	9	55	22	2	20	55	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2408545--2408615	7	10.6	7	77	18	62	66	1	0	32	1.01
2408544--2408615	26	2.8	26	79	12	76	66	1	0	31	1.00
2408649--2408698	20	2.4	21	83	10	66	46	6	2	46	1.39
2408736--2408826	18	4.6	21	86	9	77	46	7	1	45	1.39
2408739--2408813	18	4.0	18	89	5	105	48	6	1	44	1.37
2409708--2409787	40	2.0	40	85	0	106	22	27	22	27	1.99
2411545--2411612	31	2.3	29	82	10	75	33	22	5	38	1.78
2412563--2412628	29	2.2	30	81	5	89	34	15	6	43	1.71
2415788--2416039	134	1.9	135	92	0	425	26	22	12	38	1.89
2418481--2418518	19	2.0	19	89	0	58	31	15	18	34	1.92
2418562--2418796	29	8.1	29	85	3	260	31	2	16	49	1.59
2418564--2418796	86	2.7	87	85	2	299	31	2	16	49	1.59
2426774--2426827	20	2.7	20	76	2	54	42	9	16	31	1.80
2426949--2427006	21	2.8	21	89	0	89	41	5	18	34	1.73
2428871--2428929	22	2.7	22	97	0	109	38	0	32	28	1.57
2430309--2430369	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
2433178--2433238	32	1.9	32	100	0	122	26	22	3	47	1.67
2434937--2435772	83	10.0	83	81	4	713	26	17	22	33	1.96
2434937--2435772	165	5.0	167	81	4	744	26	17	22	33	1.96
2436355--2436460	43	2.5	43	87	3	144	19	17	33	29	1.95
2436139--2436552	204	2.0	200	87	4	598	22	19	26	30	1.98
2441689--2441729	16	2.5	17	85	14	59	0	17	7	75	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2444738--2444811	25	2.9	25	68	9	60	63	6	9	20	1.47
2444729--2444811	26	3.2	26	70	5	69	65	6	9	19	1.43
2445694--2445725	14	2.2	15	94	5	57	68	3	6	21	1.26
2446347--2446402	16	3.5	16	95	0	103	57	23	12	7	1.60
2447428--2447475	10	4.4	10	78	19	51	54	25	12	8	1.65
2447415--2447469	24	2.3	24	90	0	83	60	18	10	10	1.59
2447435--2447476	14	3.3	14	75	25	56	52	26	14	7	1.67
2447428--2447476	24	2.0	24	100	0	98	53	24	14	8	1.68
2448650--2449030	85	4.6	83	80	8	393	24	19	22	33	1.97
2449105--2449212	43	2.6	40	82	5	108	22	15	33	28	1.95
2449437--2449537	43	2.3	43	86	0	130	20	18	31	28	1.97
2449576--2449674	32	3.1	32	74	8	110	28	16	20	35	1.94
2449551--2449663	33	3.4	33	75	8	122	23	15	23	38	1.92
2449549--2449674	65	1.9	66	93	1	218	25	15	22	36	1.94
2450596--2450650	27	2.0	27	100	0	110	18	32	23	25	1.97
2451168--2451216	17	2.7	17	81	12	53	6	14	14	65	1.45
2451182--2451216	17	2.0	18	88	5	54	8	14	17	60	1.58
2451363--2451406	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
2453359--2453780	210	2.0	212	96	3	782	25	22	20	31	1.98
2454290--2454328	6	6.5	6	96	0	60	58	0	0	41	0.98
2454289--2454333	13	3.5	13	84	6	65	57	0	0	42	0.98
2454439--2454481	18	2.5	16	85	11	50	76	2	4	16	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2454466--2454541	26	2.8	26	78	6	71	63	2	10	23	1.39
2455630--2455672	3	14.7	3	85	4	61	60	0	2	37	1.10
2456900--2457062	87	1.9	87	93	0	281	42	11	13	33	1.79
2457444--2458120	182	3.7	181	85	5	913	27	15	12	44	1.82
2457445--2458120	362	1.9	362	91	1	1124	27	15	12	44	1.82
2461585--2462130	201	2.7	198	82	3	657	34	13	15	36	1.87
2461587--2462360	201	3.8	196	78	7	633	31	13	15	38	1.87
2464665--2464708	15	2.9	15	87	12	72	27	4	45	22	1.72
2465052--2466528	199	7.5	199	77	10	1410	27	14	15	42	1.86
2466883--2466932	19	2.6	19	93	0	82	58	10	2	30	1.42
2468404--2468442	18	2.2	18	90	0	60	5	38	0	56	1.22
2469122--2469177	24	2.5	21	76	20	60	48	8	1	41	1.45
2470432--2470499	19	3.6	19	93	0	109	36	16	0	47	1.47
2470887--2471975	182	6.0	182	87	2	1584	26	15	13	43	1.84
2470887--2471967	545	2.0	545	88	2	1638	27	15	13	44	1.84
2472625--2472663	14	2.8	14	81	14	53	46	2	0	51	1.14
2478451--2478492	21	2.0	21	90	0	66	30	16	16	35	1.92
2478453--2478526	21	3.5	21	76	10	62	31	12	14	41	1.83
2478576--2478647	35	2.1	35	94	0	126	40	15	9	34	1.80
2481550--2481596	21	2.2	21	80	0	58	40	8	12	38	1.74
2481736--2481765	3	9.7	3	92	7	51	33	0	0	66	0.92
2482987--2483034	21	2.4	20	78	21	64	14	6	2	77	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483075--2483117	19	2.3	18	81	14	52	13	16	0	69	1.19
2486783--2488433	106	15.6	106	93	0	2782	34	25	18	22	1.96
2488642--2488696	3	17.3	3	82	14	58	30	0	1	67	1.01
2489917--2489957	21	2.0	21	90	9	66	17	7	2	73	1.17
2491013--2491073	2	30.5	2	100	0	122	50	0	49	0	1.00
2492692--2492733	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
2500194--2500231	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2501354--2501403	24	2.1	23	85	3	64	6	42	0	52	1.26
2503698--2503749	25	2.1	25	85	0	68	30	40	5	23	1.78
2503855--2503942	38	2.4	37	84	7	124	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13