genome.fa.s9581.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009581.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116958_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2551150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2049--2084	17	2.1	18	89	5	56	44	2	0	52	1.15
9190--9234	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
11085--11136	17	2.9	17	81	13	61	36	0	0	63	0.95
12719--12775	11	5.7	10	75	21	57	42	1	0	56	1.10
12711--12778	31	2.2	31	86	2	91	42	1	1	54	1.18
12840--12864	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
13503--13572	31	2.2	33	84	7	90	55	2	1	40	1.23
13517--13588	31	2.3	31	80	4	83	54	4	1	40	1.28
15946--15979	15	2.2	16	89	5	52	52	17	0	29	1.45
17295--17340	18	2.6	18	86	3	67	26	30	8	34	1.86
21530--21567	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
26552--26578	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
30704--30728	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
31204--31282	37	2.2	36	84	11	99	31	26	20	21	1.98
31321--31434	35	3.3	35	79	2	124	28	19	19	33	1.96
31415--31552	33	4.0	34	69	15	86	30	28	14	26	1.95
35211--35695	188	2.6	188	78	8	470	39	9	19	31	1.84
45406--45788	142	2.7	142	86	1	509	36	12	11	39	1.79
46737--46786	25	2.0	27	84	11	70	60	2	4	34	1.27
49689--49729	15	2.9	15	79	13	52	53	7	0	39	1.29
59627--59668	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
61892--61954	13	4.5	13	78	18	72	15	47	22	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61906--61960	18	2.9	18	91	8	83	16	47	21	14	1.82
61888--61954	31	2.2	31	97	0	125	16	49	20	13	1.79
61928--61967	8	5.5	8	77	22	52	15	40	25	20	1.90
63272--63307	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
64432--64539	24	4.5	23	73	7	90	21	14	16	47	1.83
64700--64742	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
65569--65726	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
65693--65886	20	9.6	20	81	5	212	36	25	19	18	1.95
65693--65886	60	3.2	60	82	0	244	36	25	19	18	1.95
66033--66086	22	2.5	22	78	3	65	24	38	16	20	1.92
66268--66338	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
66416--66494	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
66417--66494	41	1.9	41	94	0	138	44	16	26	11	1.82
66481--66533	14	3.5	14	76	18	61	41	24	26	7	1.81
66490--66538	16	3.1	16	72	21	57	44	22	24	8	1.79
66470--66538	32	2.1	33	94	2	122	46	20	26	7	1.76
66545--66642	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
66567--66656	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
66550--66664	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
68358--68738	185	2.1	185	97	1	728	22	12	18	45	1.83
68358--68736	93	4.1	93	98	0	726	22	12	18	45	1.83
68780--68908	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68816--68908	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
68780--68908	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
68904--69020	19	6.8	18	72	23	101	8	19	24	47	1.78
68909--68999	32	2.8	33	90	3	150	8	19	24	47	1.78
68939--69036	19	5.4	19	75	19	93	9	17	27	45	1.78
70811--70847	12	3.2	12	84	7	58	18	0	18	62	1.34
70911--70946	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
71053--71152	19	5.5	19	84	12	147	45	17	23	15	1.85
71053--71169	53	2.2	53	95	1	209	43	17	24	14	1.86
71159--71307	19	8.6	19	73	21	139	15	22	18	43	1.87
71159--71275	52	2.2	52	95	0	207	16	21	17	44	1.87
71216--71307	33	2.8	33	98	1	175	13	23	18	44	1.85
71235--71289	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
71365--71461	19	5.4	19	82	15	134	45	17	22	14	1.85
71365--71480	52	2.2	52	96	3	216	43	18	24	13	1.86
73780--73804	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
73977--74023	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
74706--74955	20	12.5	20	84	3	261	19	18	24	37	1.94
74942--75024	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
74922--75020	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
78936--79145	65	3.2	65	80	8	214	26	18	23	31	1.97
79390--79455	28	2.4	27	84	5	78	37	25	19	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81629--81698	30	2.4	29	90	2	113	41	4	4	50	1.42
87722--87769	19	2.5	20	78	18	57	45	0	2	52	1.12
88466--88605	41	3.4	40	67	12	104	30	19	14	35	1.91
95008--95064	30	1.9	29	85	3	78	35	8	10	45	1.70
95855--95896	22	1.9	22	85	9	59	50	11	0	38	1.40
104310--104352	18	2.4	18	80	7	52	41	6	4	46	1.51
105509--105664	60	2.6	59	79	4	152	42	8	19	30	1.80
106035--106142	56	1.9	57	86	5	157	43	5	2	48	1.41
106132--106458	163	2.0	164	91	1	532	40	11	11	36	1.78
109906--109964	29	2.0	29	90	0	91	27	15	15	42	1.86
118533--118579	24	2.0	24	91	0	76	51	10	19	19	1.75
120277--120304	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
138066--138575	187	2.7	187	78	9	502	42	8	10	39	1.69
140812--140873	30	2.1	29	82	8	72	27	25	1	45	1.63
151177--151565	191	2.0	189	97	1	733	25	28	10	36	1.88
152532--152628	42	2.3	42	83	5	124	32	13	14	39	1.85
153503--153580	20	3.7	20	89	6	102	32	19	21	26	1.97
154688--154727	21	1.9	21	89	0	62	45	5	12	37	1.64
155136--155197	23	2.7	23	79	0	70	22	24	24	29	1.99
155161--155205	23	2.0	23	81	0	54	22	24	24	28	1.99
157375--157477	31	3.3	31	75	12	111	30	15	17	36	1.91
157461--157555	29	3.2	29	83	4	93	17	20	27	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157694--157769	35	2.1	36	81	13	86	31	0	21	47	1.51
161180--161343	63	2.6	62	80	10	172	32	18	25	23	1.97
161315--161388	20	3.5	20	74	15	60	31	17	21	29	1.96
162932--162992	23	2.7	23	89	0	95	18	26	26	29	1.98
164424--164723	40	7.5	41	70	13	106	37	16	16	30	1.90
164424--164506	42	2.0	42	83	2	105	34	14	18	32	1.91
164580--164732	40	3.8	40	84	1	189	35	17	16	30	1.93
176249--176635	193	2.0	196	94	1	681	28	11	24	35	1.91
177530--177894	187	2.0	185	92	2	606	21	17	19	41	1.90
179481--179546	22	3.0	22	75	6	80	21	12	21	45	1.84
179482--179540	11	5.4	11	70	13	50	22	10	22	45	1.81
184903--185001	30	3.1	29	67	25	74	56	6	28	9	1.54
190386--190422	18	2.0	19	89	5	58	16	2	18	62	1.45
192833--192884	22	2.3	23	93	6	88	40	17	11	30	1.85
192833--192898	22	2.9	22	84	4	78	40	16	10	31	1.83
193358--193499	2	72.0	2	69	15	64	41	6	4	47	1.50
194138--194199	27	2.3	27	94	0	106	40	25	14	19	1.90
194629--194663	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
198769--198840	33	2.2	33	97	2	135	52	13	11	22	1.72
199230--199718	242	2.0	242	100	0	978	43	17	13	25	1.86
211348--211414	20	3.3	21	62	8	57	14	32	17	34	1.91
211344--211445	40	2.5	40	98	0	195	18	28	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212361--212391	16	1.9	16	93	0	53	29	16	0	54	1.42
214261--214291	13	2.4	13	88	0	53	83	3	6	6	0.88
214280--214317	19	2.1	18	85	14	51	81	5	0	13	0.85
215283--215722	122	3.6	122	85	2	507	27	12	15	45	1.81
217235--217296	28	2.3	27	76	17	74	30	3	20	45	1.67
219139--219202	27	2.4	26	92	2	101	35	28	4	31	1.78
219593--219658	27	2.4	27	92	0	114	37	12	24	25	1.90
226014--226068	20	2.6	22	80	8	60	34	29	9	27	1.87
226334--226383	20	2.5	20	90	0	73	30	12	28	30	1.92
226334--226389	20	2.8	20	88	0	67	30	10	28	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13