genome.fa.s9581.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009581.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116958_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2551150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843204--843246	14	2.9	15	79	6	61	30	20	6	41	1.79
845094--845171	23	3.3	23	78	1	84	25	20	21	32	1.98
848332--848382	16	3.2	16	73	13	52	13	3	21	60	1.49
850636--850804	42	4.0	42	89	3	250	31	18	23	26	1.97
851086--851119	9	3.9	9	84	7	52	73	0	0	26	0.83
854266--854430	78	2.1	79	96	1	305	43	5	13	36	1.68
854677--854852	47	3.8	46	75	10	117	23	26	19	31	1.98
857203--857290	45	2.0	45	88	0	131	32	12	21	32	1.91
857292--857337	16	2.7	18	83	6	60	30	2	10	56	1.46
863158--863194	18	2.1	18	94	0	65	40	0	10	48	1.38
873193--873222	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
877777--877844	19	3.4	19	67	21	57	51	5	2	39	1.41
877768--877854	42	2.1	42	100	0	174	49	4	4	41	1.44
878550--878647	20	4.8	20	77	3	88	36	22	18	22	1.95
878491--878647	41	3.9	41	72	8	133	38	24	17	19	1.93
878634--878804	20	8.6	20	84	5	107	35	26	18	20	1.95
878491--878666	61	2.9	61	76	6	171	38	25	17	18	1.92
878614--878823	60	3.5	58	80	7	208	37	25	17	20	1.94
878668--878823	20	7.8	20	87	4	174	35	25	17	21	1.95
878634--878823	40	4.8	40	86	5	208	36	25	17	20	1.94
879506--879552	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
879727--879751	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882033--882377	19	19.4	19	82	14	452	47	17	21	13	1.82
882033--882399	33	10.5	34	85	10	387	46	17	21	13	1.83
882061--882344	52	5.2	52	95	2	433	47	16	21	14	1.82
882337--882391	14	3.6	14	76	21	56	47	20	21	10	1.80
882033--882377	52	6.5	55	90	8	376	47	17	21	13	1.82
882406--882507	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
882614--882650	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
884626--884682	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
884607--884699	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
884570--884704	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
884700--884828	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
884700--884791	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
884876--885158	93	3.1	93	98	0	550	45	19	12	22	1.83
886863--886952	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
886855--886969	33	3.5	33	96	0	212	46	20	22	9	1.79
886877--886974	19	5.7	19	70	22	81	44	22	22	10	1.82
886986--887042	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
887000--887088	19	4.9	19	72	15	80	11	23	21	43	1.84
886970--887088	33	3.4	33	87	6	148	10	23	21	44	1.82
887398--887452	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
887600--887793	20	9.6	20	79	5	203	19	20	24	35	1.95
887602--887773	60	2.8	60	84	0	236	20	19	25	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887599--887914	60	5.2	60	77	8	232	20	18	25	36	1.95
887760--887857	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
887760--887916	61	2.6	60	80	7	176	19	17	25	38	1.93
887760--887916	41	3.9	41	70	14	110	19	17	25	38	1.93
890800--890903	53	2.0	53	98	0	199	42	5	18	33	1.74
897801--897898	20	4.8	20	77	3	88	36	23	18	21	1.95
897742--897898	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	18	1.93
897885--898058	20	8.6	20	79	5	118	34	25	20	20	1.96
897865--898059	40	4.9	39	80	3	183	35	24	20	19	1.95
897865--898058	60	3.2	60	83	0	244	35	24	20	19	1.95
898441--898511	33	2.2	33	92	0	115	12	22	16	47	1.80
898591--898698	19	5.8	20	72	17	97	44	18	24	12	1.85
898649--898705	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
898603--898721	33	3.4	33	89	6	157	45	21	22	10	1.82
898739--898842	14	6.7	14	76	20	100	9	25	22	43	1.83
898753--898851	33	3.0	33	95	0	180	11	24	20	44	1.83
898767--898851	14	5.0	19	65	26	64	11	23	20	44	1.84
900548--901016	93	5.1	93	98	0	904	21	12	19	46	1.83
901064--901192	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
901100--901192	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
901064--901192	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
901188--901322	19	7.6	19	73	16	119	11	19	22	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901210--901266	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
901193--901281	33	2.7	33	94	0	160	10	21	21	47	1.80
903244--903279	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
903385--903434	20	2.5	20	96	3	93	44	18	22	16	1.87
903463--903840	19	21.4	19	81	15	474	14	21	18	46	1.83
903441--903812	52	7.0	52	82	11	395	14	22	17	46	1.84
903441--903840	90	4.6	90	91	6	632	14	21	18	46	1.84
903733--903787	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
906123--906147	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
906321--906367	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
907050--907259	20	10.5	20	85	2	215	20	17	25	37	1.94
907226--907323	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
907226--907382	41	3.9	41	70	14	110	18	17	25	38	1.93
908259--908292	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
909057--909139	26	3.4	26	75	16	104	54	3	9	32	1.50
909067--909107	21	2.0	21	90	0	64	53	4	12	29	1.58
913562--913658	42	2.4	42	76	10	101	34	21	11	32	1.89
913896--913948	20	2.7	20	74	11	54	32	7	24	35	1.84
914042--914096	22	2.5	22	82	5	58	23	10	27	38	1.88
913863--914141	140	2.0	139	80	8	309	31	10	22	36	1.88
923318--923423	45	2.4	45	84	6	135	34	19	16	28	1.94
923365--923506	64	2.2	64	82	8	173	33	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924455--924543	30	3.0	30	93	1	144	20	21	25	32	1.97
927779--927884	45	2.4	45	84	6	135	34	19	16	28	1.94
927826--927967	64	2.2	64	82	8	173	33	20	19	26	1.96
928584--928668	2	42.5	2	100	0	170	49	0	0	50	1.00
928942--929035	30	3.1	30	87	3	136	22	20	24	32	1.97
932549--932579	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
936895--937313	201	2.1	201	92	3	702	32	19	13	34	1.91
940029--940054	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
940329--940370	16	2.7	15	85	14	59	61	2	28	7	1.35
940087--940627	294	1.8	293	88	3	820	39	22	16	21	1.92
947460--947495	10	3.5	10	88	7	54	55	13	11	19	1.68
947459--947501	11	4.0	11	81	6	52	53	16	9	20	1.70
949112--949499	195	2.0	195	94	1	688	36	22	12	28	1.91
954953--955108	31	5.0	31	90	1	242	37	22	19	20	1.95
955286--955332	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
955843--955886	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
958865--959020	31	5.0	31	90	1	242	37	22	19	20	1.95
959197--959243	23	2.0	24	91	4	78	34	21	0	44	1.52
959755--959798	21	2.1	21	86	0	61	15	25	27	31	1.96
960611--960649	17	2.3	17	95	0	69	56	15	10	17	1.66
961249--961369	39	3.1	39	77	4	127	33	17	26	22	1.96
961343--961559	44	4.9	44	93	0	344	30	22	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
966972--967142	31	5.5	30	89	7	254	21	17	19	40	1.91
967647--967706	18	3.3	18	68	25	54	45	1	18	35	1.60
967642--967752	36	3.1	36	89	1	150	39	2	19	37	1.66
969118--969146	14	2.1	14	100	0	58	34	13	0	51	1.42
972662--972701	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
979604--979666	20	2.9	20	77	15	63	23	26	19	30	1.98
979604--979668	24	2.9	22	80	13	71	24	26	18	30	1.98
985131--985181	15	3.4	15	71	10	50	68	1	9	19	1.27
986383--986436	3	17.7	3	81	11	65	68	0	3	27	1.06
986383--986445	22	2.9	22	83	4	83	69	0	3	26	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13