genome.fa.s9581.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009581.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116958_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2551150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2009890--2009944	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2010090--2010282	20	9.6	20	80	5	210	19	19	25	35	1.95
2010090--2010282	60	3.2	60	81	0	242	19	19	25	35	1.95
2010338--2010389	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
2013426--2013733	156	2.0	156	88	1	465	47	12	13	25	1.78
2014959--2015003	19	2.4	19	96	0	81	60	2	0	37	1.09
2015869--2015897	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2019799--2019833	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2021665--2021718	17	2.9	19	76	20	60	29	1	0	68	1.00
2021686--2021719	8	4.2	8	88	11	52	23	2	0	73	0.97
2022867--2022908	15	2.8	15	100	0	84	26	7	11	54	1.62
2030164--2030197	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
2036634--2036868	117	2.0	117	86	3	330	39	18	10	32	1.84
2037287--2037342	26	2.3	24	82	14	71	35	5	3	55	1.40
2037404--2037456	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
2037512--2037671	30	5.6	27	76	11	108	53	1	6	38	1.36
2037547--2037642	30	3.3	30	82	5	117	52	1	7	39	1.36
2046398--2046434	17	2.1	19	90	10	60	72	0	5	21	1.04
2047978--2048183	105	1.9	107	90	1	326	20	19	25	34	1.96
2048509--2048687	66	2.6	67	80	6	200	36	11	21	30	1.89
2048643--2048756	33	3.5	33	88	7	153	31	11	19	37	1.87
2048797--2049131	36	9.9	37	70	19	159	39	11	17	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2048915--2048986	29	2.5	28	78	13	74	38	12	13	34	1.83
2048935--2049210	101	2.8	100	88	6	402	36	12	18	31	1.88
2049065--2049147	37	2.3	36	83	6	98	39	12	20	27	1.88
2049100--2049272	63	2.7	64	83	6	217	34	11	20	33	1.89
2049042--2049337	163	1.8	164	93	2	517	35	10	19	33	1.86
2049202--2049396	99	1.9	103	92	4	335	37	12	19	30	1.89
2055145--2055171	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2056446--2056475	16	1.9	16	93	6	53	80	6	0	13	0.91
2061038--2061071	17	2.1	16	88	5	50	41	20	20	17	1.91
2061102--2061151	16	3.3	16	67	16	52	56	2	6	36	1.36
2066999--2067073	31	2.6	27	78	17	80	34	22	22	20	1.96
2066999--2067076	27	2.7	30	79	16	92	34	21	24	19	1.96
2071888--2072027	60	2.3	61	80	2	149	38	4	25	31	1.75
2072195--2072251	22	2.5	24	82	5	64	50	8	0	40	1.33
2072216--2072270	24	2.3	24	83	0	74	50	9	0	40	1.34
2072682--2072905	112	2.0	112	82	3	272	39	24	11	25	1.88
2073281--2073307	13	2.1	13	100	0	54	40	14	0	44	1.46
2083805--2083913	42	2.6	42	80	2	121	31	22	22	22	1.99
2083575--2084603	213	4.8	215	75	10	963	32	20	15	31	1.93
2083877--2084263	172	2.2	173	91	0	623	33	19	13	33	1.91
2084216--2084283	21	3.3	21	68	12	68	30	23	14	30	1.94
2084237--2084299	20	3.1	20	65	13	56	33	23	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2084204--2084346	41	3.5	41	89	1	214	31	23	20	25	1.98
2084032--2084558	255	2.1	254	89	1	831	33	20	15	31	1.94
2095430--2095481	7	7.9	7	83	16	67	69	0	0	30	0.89
2095430--2095481	3	16.0	3	81	18	52	69	0	0	30	0.89
2096031--2096088	3	19.3	3	83	13	75	68	0	0	31	0.89
2097073--2097330	110	2.4	106	83	5	329	24	18	23	33	1.96
2101305--2101364	3	18.3	3	83	16	59	71	0	0	28	0.86
2101305--2101364	18	3.0	20	88	11	97	71	0	0	28	0.86
2101300--2101372	18	4.1	17	87	10	94	69	0	2	27	1.02
2101845--2101926	33	2.5	33	88	4	121	26	13	20	39	1.90
2101980--2102016	3	12.7	3	83	16	51	70	0	0	29	0.88
2102955--2103168	106	2.0	106	98	0	410	39	5	21	33	1.76
2104772--2104865	8	12.5	8	72	20	87	82	2	14	0	0.75
2104784--2104865	21	3.8	22	79	19	93	82	1	15	0	0.72
2104772--2104865	9	10.2	10	70	22	57	82	2	14	0	0.75
2104784--2104867	29	3.0	28	85	13	102	82	1	16	0	0.74
2104772--2104867	36	2.7	37	87	10	146	82	2	15	0	0.77
2113463--2113610	74	2.0	74	100	0	296	27	20	18	33	1.96
2113488--2113604	37	3.2	37	62	13	96	26	19	20	33	1.97
2122085--2122109	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2122857--2122905	22	2.2	22	81	0	53	20	26	24	28	1.99
2122867--2122918	22	2.4	22	87	3	70	19	21	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123677--2123784	31	3.5	31	81	5	112	19	25	23	31	1.98
2123730--2123799	31	2.3	31	82	5	79	28	24	20	27	1.99
2130509--2130560	20	2.5	21	81	6	61	15	19	7	57	1.62
2134047--2134469	214	2.0	209	97	2	792	36	8	25	29	1.86
2137077--2137254	88	2.0	89	96	3	333	39	12	16	31	1.86
2141052--2141092	13	3.2	13	89	3	57	82	4	12	0	0.81
2141052--2141092	12	3.3	12	83	6	55	82	4	12	0	0.81
2142875--2143231	101	3.5	99	83	6	432	28	21	12	37	1.90
2143048--2143128	35	2.3	35	93	2	135	27	25	12	34	1.92
2142942--2143537	36	17.4	35	73	16	464	27	22	13	36	1.91
2142942--2143606	136	4.9	137	83	8	754	27	21	13	36	1.91
2142875--2143502	238	2.6	234	77	12	713	28	21	13	36	1.91
2143488--2143670	67	2.8	64	84	8	217	28	20	12	38	1.88
2143640--2143853	73	2.9	73	76	9	211	29	22	12	35	1.91
2144111--2144600	133	3.6	134	81	5	531	35	16	21	26	1.94
2145962--2146001	20	2.0	21	85	5	55	35	12	5	47	1.63
2152136--2152184	21	2.3	21	100	0	98	28	18	20	32	1.96
2152167--2152231	16	4.0	16	75	11	69	33	15	15	35	1.89
2157007--2157168	21	7.8	21	74	11	138	20	19	24	35	1.96
2157032--2157168	42	3.3	41	95	2	240	20	18	24	35	1.95
2157799--2157829	6	5.2	6	100	0	62	32	0	32	35	1.58
2157924--2158077	21	7.4	21	67	19	108	36	21	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2157920--2158140	42	5.3	42	87	5	315	34	24	19	21	1.96
2157945--2158226	21	13.6	21	77	8	274	33	26	19	20	1.96
2157924--2158226	124	2.4	123	81	7	321	34	25	19	20	1.96
2157990--2158226	103	2.3	105	91	2	383	33	27	19	19	1.96
2169089--2169140	20	2.6	20	96	0	95	48	5	5	40	1.51
2169807--2169892	22	3.9	22	73	11	70	38	20	18	22	1.94
2170168--2170212	20	2.2	20	88	0	63	20	17	28	33	1.95
2172514--2172582	23	3.0	23	84	0	93	33	26	23	17	1.96
2177322--2177676	45	8.0	45	95	1	601	41	7	21	29	1.81
2177522--2177595	24	3.2	24	62	30	61	47	4	18	29	1.67
2182511--2182574	23	2.8	23	85	0	101	35	25	23	15	1.94
2197451--2197482	9	3.7	9	95	4	57	12	6	0	81	0.87
2197461--2197510	26	1.9	26	84	8	66	20	8	0	72	1.10
2198548--2198627	35	2.4	34	83	8	101	37	0	1	61	1.04
2198515--2198622	35	3.1	33	80	11	94	34	0	3	62	1.13
2200349--2200396	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
2200400--2200472	21	3.5	21	87	7	103	17	32	27	21	1.96
2200994--2201091	33	2.9	34	84	4	119	57	4	2	36	1.30
2200993--2201098	34	3.2	32	81	10	115	56	4	1	36	1.31
2201491--2202117	128	4.9	128	95	0	1017	31	19	24	23	1.98
2202189--2202229	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
2203063--2203134	36	2.0	36	100	0	144	27	8	27	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208623--2208712	26	3.4	26	74	18	78	42	4	1	52	1.29
2208672--2208742	24	2.8	25	77	18	76	39	4	0	56	1.19
2211143--2211235	25	3.7	25	76	19	88	41	1	1	55	1.14
2211189--2211270	25	3.2	26	75	20	84	43	0	0	56	0.99
2211210--2211252	20	2.2	20	87	8	61	44	0	0	55	0.99
2211144--2211271	51	2.5	52	78	14	133	43	0	0	54	1.11
2211376--2211430	28	2.0	28	92	0	92	60	3	0	36	1.15
2211730--2211769	21	2.0	20	90	5	62	42	0	2	55	1.13
2214601--2214653	23	2.3	23	86	3	70	62	0	3	33	1.13
2214609--2214653	23	2.0	23	90	0	72	64	0	2	33	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13