genome.fa.s9581.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009581.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116958_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2551150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640681--640730	23	2.3	21	82	6	55	24	8	18	50	1.73
641625--641657	15	2.2	15	89	10	50	63	0	3	33	1.10
641899--641932	15	2.2	16	89	5	52	64	0	2	32	1.08
642067--642116	23	2.2	22	82	13	57	26	4	0	70	1.05
642834--642867	14	2.5	14	90	4	52	23	8	0	67	1.18
643236--643262	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
645449--645488	17	2.4	17	91	0	62	75	7	0	17	1.03
646894--647017	25	5.0	25	95	1	214	31	14	20	33	1.92
647147--647210	3	22.0	3	84	12	89	67	0	1	31	1.00
648141--648175	18	1.9	18	94	0	61	48	2	0	48	1.16
659888--659932	18	2.6	18	83	13	58	55	0	4	40	1.20
662039--662068	14	2.1	14	93	0	51	40	30	0	30	1.57
663471--663505	18	1.9	18	88	0	52	68	2	0	28	1.04
664972--665036	21	3.3	20	73	20	57	24	0	1	73	0.91
664974--665036	29	2.2	29	85	5	83	23	0	1	74	0.90
665288--665348	13	4.8	13	78	11	72	72	1	0	26	0.94
665283--665336	22	2.5	22	84	3	65	74	1	0	24	0.92
665283--665348	21	3.3	21	77	16	77	72	1	0	25	0.93
668626--668684	23	2.6	23	83	5	66	20	15	8	55	1.65
668633--668692	23	2.6	23	84	5	77	20	15	10	55	1.68
673422--673544	63	2.0	63	83	3	158	34	18	21	24	1.96
674118--674152	18	1.9	18	94	0	61	25	17	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680068--680115	21	2.3	22	79	17	57	45	0	20	33	1.52
680596--680665	32	2.3	30	90	5	104	45	2	2	48	1.32
680625--680665	21	2.0	21	90	0	64	48	0	2	48	1.14
681511--681681	59	2.9	59	82	2	200	45	8	8	37	1.66
681543--681717	59	2.9	59	77	13	155	41	7	13	37	1.72
682517--682554	21	1.9	19	85	15	51	31	7	15	44	1.75
682763--682843	20	4.0	20	76	9	83	39	22	14	23	1.91
683401--683451	20	2.5	20	84	6	68	47	21	15	15	1.83
684984--685149	42	4.0	42	84	5	178	26	36	13	23	1.92
685261--685309	21	2.3	21	92	0	80	20	14	28	36	1.92
685261--685315	21	2.6	21	91	0	74	21	12	29	36	1.91
685245--685363	21	5.7	21	70	11	66	22	10	34	31	1.89
685329--685424	42	2.3	43	78	8	117	20	9	33	36	1.85
685261--685425	63	2.6	62	76	10	163	21	11	31	35	1.89
685329--685424	21	4.6	21	71	12	81	20	9	33	36	1.85
685329--685438	42	2.6	41	77	8	114	19	11	33	35	1.88
685715--685776	21	3.0	21	87	0	79	22	35	11	30	1.89
685763--685818	21	2.7	20	83	10	67	17	41	16	25	1.89
687363--687451	34	2.6	34	85	0	115	42	21	11	24	1.85
687472--687644	94	1.8	94	86	4	251	21	11	21	45	1.83
687472--687666	20	10.1	20	80	11	178	22	11	22	43	1.86
690250--690309	24	2.5	24	83	0	84	38	18	18	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
691230--691420	20	9.6	20	79	6	156	40	9	23	26	1.85
691224--691405	40	4.6	40	78	5	199	42	8	22	26	1.82
691224--691438	60	3.6	59	75	11	195	40	9	22	27	1.85
691474--691528	21	2.5	23	77	14	62	29	14	23	32	1.94
691346--691549	62	3.3	60	75	8	171	30	12	23	32	1.92
700442--700669	114	2.0	114	100	0	456	38	9	11	40	1.74
704639--704670	16	2.1	16	94	5	57	43	0	0	56	0.99
706524--706565	21	2.0	21	90	0	66	33	0	23	42	1.55
706538--706636	32	3.1	32	80	0	126	33	2	21	43	1.64
707085--707193	27	4.2	26	72	19	77	50	0	1	47	1.11
707085--707179	50	1.9	49	85	6	129	48	0	1	50	1.07
707076--707187	50	2.2	50	78	7	120	50	0	2	46	1.21
710296--710375	31	2.6	30	84	7	106	42	0	5	52	1.23
710332--710378	20	2.4	19	80	13	60	40	0	4	55	1.19
711065--711132	31	2.2	31	84	7	84	52	4	1	41	1.30
711065--711148	31	2.7	31	81	3	80	53	4	1	40	1.30
716699--716728	7	4.3	7	95	0	51	56	0	20	23	1.42
720092--720131	21	2.0	20	95	5	71	57	0	0	42	0.98
720097--720142	13	4.1	12	78	21	55	54	0	0	45	0.99
720094--720145	16	3.2	16	75	17	54	55	0	0	44	0.99
720721--720857	60	2.3	60	79	2	150	33	21	3	41	1.70
721385--721420	17	2.1	18	94	5	65	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721691--721783	29	3.1	29	86	8	125	51	5	4	38	1.44
726532--726587	28	2.0	28	85	0	76	41	26	5	26	1.77
726546--726588	16	2.7	16	77	0	50	39	27	6	25	1.81
731681--731773	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
731681--731773	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
731700--731834	41	3.3	41	82	6	132	38	20	21	19	1.94
731762--731876	20	5.7	20	82	2	113	32	25	18	24	1.97
731759--731896	41	3.4	41	78	2	143	34	23	17	23	1.96
732064--732107	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
732386--732428	20	2.2	20	95	0	77	9	18	18	53	1.70
735066--735196	19	7.7	19	64	23	85	43	19	22	14	1.87
735066--735192	33	3.8	33	87	4	193	43	19	22	14	1.88
735067--735199	66	2.0	66	95	0	239	42	19	21	16	1.89
735192--735234	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
735227--735264	14	2.7	14	100	0	76	7	26	23	42	1.81
735389--735425	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
736782--736848	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
736782--736904	42	2.9	41	79	7	104	23	17	35	22	1.95
738906--739085	19	9.8	19	72	14	101	45	21	21	12	1.83
738931--739029	33	3.0	33	86	1	135	39	25	23	12	1.89
739001--739090	19	4.7	19	90	2	135	48	21	18	11	1.78
739001--739090	39	2.3	38	94	1	153	48	21	18	11	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739086--739152	19	3.5	19	83	2	89	8	16	23	50	1.73
739705--739778	20	3.7	20	98	0	139	25	18	24	31	1.98
741733--741776	23	1.9	23	95	0	79	43	2	11	43	1.53
741848--741922	34	2.2	34	97	0	141	52	2	10	34	1.50
748403--748523	30	3.9	30	88	6	170	33	21	19	25	1.97
749395--749434	20	2.0	20	95	0	71	20	22	15	42	1.88
751098--751164	20	3.3	20	77	8	73	46	11	10	31	1.75
769906--769941	18	1.9	18	88	5	54	38	8	5	47	1.57
777303--777327	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
780827--780958	60	2.2	60	84	1	174	35	18	16	29	1.93
781213--781260	25	1.9	25	100	0	96	33	12	12	41	1.80
781827--782022	95	2.1	95	99	0	383	38	17	12	31	1.87
782417--782578	80	2.0	80	100	0	324	22	31	17	29	1.96
783366--783403	16	2.5	15	87	8	51	60	0	2	36	1.11
787155--787266	59	1.9	58	83	5	145	31	16	16	35	1.91
791381--791420	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
793384--793622	57	4.2	56	73	5	192	23	15	23	38	1.92
793417--793640	114	2.0	114	84	5	292	23	15	23	37	1.93
794340--794736	198	2.0	199	98	0	778	36	18	20	24	1.95
810078--810280	101	2.0	101	100	0	406	41	14	18	25	1.89
828365--828492	65	2.0	65	100	0	256	26	26	7	39	1.83
833149--833247	49	2.0	49	100	0	198	26	12	30	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837274--837325	27	1.9	27	84	0	68	44	0	1	53	1.11
840211--840278	33	2.1	33	100	0	136	39	2	23	33	1.70
840588--840643	24	2.3	24	81	6	60	30	21	5	42	1.75
840742--841176	216	2.0	218	97	2	824	22	20	16	40	1.91
842366--842477	41	2.7	41	88	1	170	18	17	16	47	1.83
842660--842732	29	2.5	30	77	18	75	46	1	0	52	1.09
842672--842803	55	2.5	49	74	15	129	48	0	1	49	1.15
842681--842828	56	2.6	55	79	10	149	49	0	1	48	1.14
843164--843202	14	2.8	14	92	0	60	33	17	17	30	1.94
843192--843230	20	2.0	20	84	0	51	33	17	7	41	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13