genome.fa.s9581.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009581.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116958_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2551150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216155--2216194	16	2.5	17	84	12	57	42	7	0	50	1.30
2216202--2216246	22	2.0	22	82	4	54	40	4	4	51	1.42
2220443--2220557	29	3.9	30	72	13	87	37	4	6	51	1.49
2220653--2220704	3	16.7	3	80	7	59	32	0	0	67	0.91
2221924--2221975	20	2.7	18	79	8	50	23	3	3	69	1.22
2222169--2222377	114	1.8	116	81	4	262	40	8	8	42	1.65
2223418--2223473	29	1.9	29	81	0	67	30	5	5	58	1.42
2227220--2227259	15	2.4	16	88	12	55	30	12	22	35	1.91
2231137--2231227	48	1.9	46	80	8	103	18	19	25	36	1.95
2231686--2231715	11	2.6	11	94	5	51	90	10	0	0	0.47
2231686--2231742	13	4.3	13	79	16	55	84	8	7	0	0.79
2231686--2231742	18	3.0	17	77	22	60	84	8	7	0	0.79
2231694--2231754	14	4.4	14	82	13	65	80	9	9	0	0.91
2231686--2231742	27	2.2	25	82	17	71	84	8	7	0	0.79
2231712--2231754	12	3.3	12	90	9	59	76	9	13	0	1.01
2235374--2235473	49	2.2	44	81	15	107	34	2	15	49	1.56
2239086--2239210	59	2.1	59	87	0	178	28	18	24	29	1.98
2247238--2247268	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2247406--2247443	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2253769--2253805	19	2.1	18	90	10	58	40	8	5	45	1.56
2271845--2271871	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2277510--2277534	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2277795--2277831	16	2.3	16	100	0	74	37	10	37	13	1.80
2278776--2278901	59	2.1	60	85	4	166	40	13	2	43	1.57
2291305--2291409	50	2.1	51	81	1	122	35	8	20	36	1.83
2292376--2292498	62	2.0	61	82	7	151	35	15	16	32	1.90
2293562--2293596	18	1.9	18	88	0	52	60	0	14	25	1.35
2298061--2298085	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
2299973--2300041	31	2.2	31	86	2	93	43	5	15	34	1.71
2299981--2300041	31	2.0	31	90	0	95	42	4	18	34	1.71
2300040--2300251	94	2.3	94	96	0	388	38	16	8	37	1.78
2300162--2300333	81	2.1	80	92	1	281	36	16	8	38	1.79
2300290--2300533	66	3.7	66	76	8	278	39	16	8	36	1.78
2300294--2300585	134	2.2	137	85	4	387	38	15	8	37	1.78
2301421--2301512	30	3.1	30	78	12	91	61	5	14	18	1.51
2301546--2301592	4	12.0	4	88	4	69	23	0	2	74	0.93
2301585--2301840	37	6.9	37	74	12	154	46	3	6	44	1.45
2301615--2301784	74	2.3	75	79	7	204	46	2	6	44	1.44
2301825--2301892	34	2.0	33	88	2	100	48	4	5	41	1.47
2301971--2302030	3	20.7	3	80	16	65	26	3	0	70	1.03
2301968--2302034	25	2.8	24	86	11	84	25	2	0	71	1.00
2301974--2302030	10	5.5	11	76	16	59	26	3	0	70	1.03
2303661--2303692	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2304771--2304803	17	1.9	17	93	0	57	6	12	9	72	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2305424--2305468	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
2308871--2309665	84	9.7	82	79	6	779	29	25	21	24	1.99
2308871--2309650	165	4.7	164	91	2	1161	28	25	21	24	1.99
2310260--2310297	4	9.2	4	83	16	51	26	0	0	73	0.83
2310351--2310472	36	3.4	36	82	7	140	45	4	8	42	1.53
2310313--2310472	74	2.2	73	83	7	198	46	4	6	42	1.50
2310313--2310535	37	6.0	38	74	12	176	46	4	6	42	1.50
2310354--2310497	73	1.9	72	82	12	175	45	4	8	42	1.53
2310287--2310541	37	7.0	36	72	11	171	45	4	6	43	1.50
2310520--2310587	34	2.0	34	91	0	109	47	4	5	42	1.48
2310666--2310715	3	17.7	3	80	15	54	26	4	0	70	1.05
2311999--2312033	12	2.9	12	91	0	52	22	0	0	77	0.78
2312733--2312809	2	38.0	2	88	7	111	50	1	2	45	1.23
2313218--2313256	18	2.2	18	85	0	51	58	5	2	33	1.33
2313537--2313587	20	2.7	20	90	6	79	19	11	27	41	1.86
2317512--2317574	23	2.7	23	87	0	90	36	14	19	30	1.91
2320568--2320605	2	19.0	2	94	0	67	50	0	2	47	1.15
2321348--2321383	18	2.0	18	94	0	63	25	22	30	22	1.99
2323296--2323346	13	4.0	12	82	10	57	47	0	13	39	1.43
2323445--2323470	10	2.6	10	100	0	52	42	0	0	57	0.98
2324106--2324136	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
2324488--2324555	33	2.1	33	100	0	136	36	19	20	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2324612--2324665	2	27.0	2	88	0	72	48	5	0	46	1.25
2331115--2331142	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2337416--2337465	21	2.4	21	80	6	57	36	40	4	20	1.71
2340373--2340413	21	1.9	22	85	5	57	48	2	0	48	1.14
2341805--2341845	21	1.9	22	85	5	57	46	4	7	41	1.53
2342554--2342588	12	2.8	13	83	16	56	71	5	0	22	1.07
2342558--2342592	15	2.3	15	86	13	54	74	2	0	22	0.95
2342544--2342605	20	3.0	20	76	19	65	66	3	1	29	1.17
2346079--2346149	24	3.0	24	85	2	90	22	23	22	30	1.99
2348268--2348385	60	2.0	60	83	5	150	33	16	5	44	1.71
2349049--2349175	60	2.2	59	78	8	134	43	4	20	31	1.72
2357570--2357678	12	8.8	12	73	16	80	36	31	1	30	1.68
2357571--2357666	24	3.9	23	80	10	93	35	31	2	31	1.70
2357571--2357678	27	4.2	27	74	13	102	37	30	1	30	1.68
2357613--2357689	36	2.1	36	97	0	145	38	31	0	29	1.57
2357597--2357678	24	3.4	24	81	6	94	40	29	2	28	1.69
2358670--2358744	2	38.0	2	83	2	98	45	0	52	2	1.15
2361525--2361640	57	2.0	57	94	0	205	45	2	7	43	1.46
2363164--2363202	20	2.0	20	89	0	60	43	2	2	51	1.29
2363617--2363668	27	1.9	27	96	0	95	44	3	1	50	1.31
2364343--2364369	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
2365681--2365705	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2372513--2372558	21	2.2	21	92	0	74	23	17	23	34	1.96
2373133--2373164	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2375215--2375250	17	2.1	17	90	10	56	38	11	0	50	1.38
2375286--2375323	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2381038--2381097	18	3.3	18	97	0	111	21	16	40	21	1.92
2382502--2382617	60	1.9	60	91	0	187	25	10	19	43	1.83
2383392--2383492	41	2.5	41	90	0	157	21	19	22	35	1.96
2383418--2383489	20	3.5	20	66	3	63	18	20	23	37	1.94
2384102--2384127	6	4.3	6	100	0	52	0	15	50	34	1.45
2384192--2384285	41	2.3	41	86	0	134	40	21	15	22	1.91
2384214--2384285	22	3.4	21	70	18	60	37	22	18	22	1.94
2384277--2384321	20	2.2	20	96	0	81	44	22	22	11	1.84
2384558--2384595	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2386948--2386985	15	2.3	17	78	21	53	28	34	26	10	1.90
2386954--2386988	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
2389347--2389458	26	4.4	26	78	4	120	14	16	44	24	1.85
2389649--2389695	12	4.0	11	80	20	51	65	0	0	34	0.93
2402494--2402553	23	2.7	23	77	7	63	20	36	25	18	1.94
2402535--2402574	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2404529--2404572	17	2.6	17	85	7	63	13	0	29	56	1.38
2409921--2411791	106	17.7	106	91	1	2937	22	17	25	34	1.96
2411792--2411929	37	3.8	36	80	8	147	39	14	19	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2420164--2420214	20	2.6	20	84	3	59	41	1	1	54	1.22
2423082--2423124	22	1.9	23	90	4	70	48	2	0	48	1.14
2423482--2423574	25	3.7	25	77	11	68	48	0	2	49	1.13
2423512--2423568	23	2.4	23	85	5	69	49	0	1	49	1.11
2423935--2423988	24	2.2	24	83	6	65	7	29	22	40	1.81
2428674--2428698	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2429580--2429644	2	32.5	2	96	0	121	50	1	0	47	1.10
2429729--2429811	43	1.9	43	100	0	166	33	20	13	32	1.91
2431122--2431165	19	2.3	19	88	7	63	43	15	2	38	1.60
2431131--2431169	19	2.1	19	100	0	78	35	15	5	43	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13