genome.fa.s9581.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009581.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116958_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2551150

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1697055--1697093	15	2.6	15	83	0	60	33	15	10	41	1.81
1707625--1707705	27	3.0	27	96	0	153	22	17	22	38	1.93
1716128--1716618	229	2.1	228	96	0	910	45	7	7	39	1.62
1716667--1716713	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
1716848--1716894	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
1719106--1719149	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
1719183--1719248	33	2.0	33	87	0	96	28	1	46	22	1.61
1720444--1720468	4	6.2	4	100	0	50	24	0	28	48	1.52
1721048--1721096	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
1721780--1722326	183	3.0	182	92	1	959	36	14	16	33	1.89
1724796--1724860	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
1725207--1725279	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
1725707--1725743	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
1725688--1725751	24	2.6	25	72	13	62	34	4	10	50	1.59
1726002--1726088	39	2.2	39	87	0	129	50	18	12	18	1.77
1726510--1726582	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
1726723--1726794	30	2.4	29	81	11	74	52	4	0	43	1.20
1726940--1727012	23	3.2	23	86	0	92	35	4	20	39	1.72
1726307--1727362	430	2.5	430	98	0	2013	42	7	11	38	1.70
1727158--1727224	30	2.2	29	82	10	73	53	4	0	41	1.21
1729142--1729190	17	2.8	18	96	3	91	24	30	4	40	1.74
1730168--1730228	25	2.5	23	75	17	61	49	3	13	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1730681--1730778	2	53.0	2	70	15	59	47	0	0	52	1.00
1730684--1730778	44	2.2	42	85	7	136	48	0	0	51	1.00
1730776--1730806	12	2.6	12	89	0	53	19	45	22	12	1.84
1732312--1732354	23	2.0	22	86	9	61	34	2	6	55	1.39
1733062--1733111	20	2.5	21	80	9	59	28	32	12	28	1.92
1733139--1733243	20	5.3	19	75	19	72	40	20	15	22	1.90
1733362--1733421	22	2.7	22	86	0	75	25	38	13	23	1.91
1735436--1735485	21	2.4	21	86	0	73	20	16	30	34	1.94
1735698--1735747	4	12.5	4	82	0	64	26	2	4	68	1.18
1735900--1735978	21	3.8	21	77	9	72	24	36	18	20	1.95
1736053--1736124	19	3.8	19	84	12	76	30	11	20	37	1.88
1738122--1738172	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
1740018--1740098	30	2.7	30	75	11	85	37	14	2	45	1.59
1748714--1748780	28	2.3	29	82	12	84	40	5	5	47	1.52
1749302--1749402	41	2.5	39	85	9	125	39	3	2	53	1.35
1750415--1750852	217	2.0	220	98	1	846	39	10	15	34	1.82
1751008--1751165	40	3.8	41	72	12	135	35	17	18	27	1.94
1750999--1751161	84	1.9	85	87	3	240	34	15	18	30	1.92
1752271--1752323	17	3.4	17	71	28	62	66	7	7	18	1.41
1752271--1752327	30	1.9	30	100	0	114	64	7	7	21	1.42
1752717--1752754	18	2.1	19	85	5	51	44	0	2	52	1.14
1752933--1752979	23	2.2	20	82	17	58	46	2	0	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1761060--1761104	16	2.6	17	86	6	56	35	6	31	26	1.82
1761882--1761963	33	2.5	32	86	4	110	40	37	7	14	1.74
1761685--1762135	249	1.8	242	90	4	724	37	26	11	24	1.89
1762088--1762198	57	1.9	59	96	3	208	21	25	17	36	1.95
1763210--1763249	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
1764667--1764735	3	23.0	3	81	0	84	57	1	1	39	1.16
1765059--1765697	116	5.6	113	95	1	926	26	20	15	37	1.92
1766529--1766855	82	4.0	82	94	2	575	36	22	13	28	1.92
1768008--1768076	10	7.1	10	78	16	74	0	18	0	81	0.70
1768021--1768075	18	3.1	17	92	7	65	0	14	0	85	0.60
1768031--1768075	7	6.3	7	90	10	65	0	15	0	84	0.62
1778679--1778729	19	2.7	18	72	16	50	66	3	3	25	1.26
1778722--1778774	25	2.1	24	86	6	70	62	1	1	33	1.17
1779423--1779462	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
1780902--1780977	3	25.0	3	86	2	98	59	0	1	39	1.06
1783735--1783778	4	11.0	4	80	0	52	27	2	27	43	1.67
1783735--1783778	16	2.8	16	92	0	70	27	2	27	43	1.67
1783994--1784043	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
1790250--1790306	28	2.0	28	93	0	96	29	21	8	40	1.83
1791391--1791428	18	2.3	17	86	13	53	28	23	18	28	1.98
1798380--1798460	42	1.9	42	92	0	135	55	9	23	11	1.64
1801228--1801263	18	2.0	18	88	0	54	25	30	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1807317--1807378	20	3.1	20	76	6	63	14	27	33	24	1.94
1814413--1814494	22	3.9	21	82	6	103	15	29	35	19	1.93
1814400--1814492	41	2.2	43	92	3	154	16	26	38	18	1.91
1814400--1814493	21	4.5	21	82	5	118	15	26	38	19	1.92
1814834--1814896	24	2.6	24	100	0	126	23	42	0	33	1.55
1815978--1816060	20	4.1	20	90	1	130	15	28	36	19	1.93
1823189--1823228	18	2.2	18	86	0	53	70	0	2	27	1.01
1825483--1825513	16	1.9	16	93	0	53	41	9	9	38	1.71
1831892--1831926	14	2.5	14	95	0	61	42	17	25	14	1.86
1833093--1833190	20	4.8	20	77	3	88	36	23	18	21	1.95
1833034--1833190	41	3.9	41	70	11	126	38	25	17	18	1.93
1833177--1833347	20	8.6	20	84	5	107	35	26	18	20	1.95
1833157--1833366	60	3.5	58	80	7	208	37	25	17	20	1.94
1833211--1833366	20	7.8	20	87	4	174	35	25	17	21	1.95
1833177--1833366	40	4.8	40	86	5	208	36	25	17	20	1.94
1834045--1834091	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
1834265--1834289	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
1836555--1836771	19	12.4	19	78	19	249	47	18	21	13	1.82
1836555--1836644	34	2.7	33	88	6	128	46	20	20	13	1.83
1836555--1836719	33	4.8	33	75	17	158	46	18	21	13	1.83
1836622--1836771	71	2.1	71	98	0	291	47	17	21	14	1.82
1836641--1836793	33	4.5	33	89	8	234	46	16	22	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1836583--1836793	52	4.0	52	86	11	315	46	16	22	14	1.83
1836800--1836881	19	4.6	19	79	17	104	13	24	18	43	1.85
1836988--1837024	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
1838986--1839042	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
1838967--1839059	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
1838930--1839064	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
1839060--1839205	19	8.5	19	72	21	142	6	17	28	46	1.74
1839076--1839131	14	3.6	14	74	21	58	7	19	30	42	1.78
1839090--1839205	52	2.2	50	81	11	135	6	18	28	46	1.74
1839060--1839183	33	3.8	33	95	2	214	7	18	29	45	1.76
1839090--1839221	19	7.4	18	72	17	82	8	18	28	45	1.78
1839269--1839828	93	6.1	93	98	1	1072	46	18	12	22	1.83
1839269--1839828	277	2.0	278	97	1	1070	46	18	12	22	1.83
1841528--1841617	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
1841520--1841634	33	3.5	33	96	0	212	46	20	22	9	1.79
1841542--1841639	19	5.7	19	70	22	81	44	22	22	10	1.82
1841651--1841707	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
1841635--1841764	33	3.7	33	82	12	161	10	23	23	43	1.85
1841691--1841766	20	3.8	20	80	3	91	13	25	19	42	1.87
1841847--1841913	30	2.2	31	86	5	91	46	17	22	13	1.83
1842093--1842147	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
1842292--1842485	20	9.6	20	79	5	203	19	20	24	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1842294--1842465	60	2.8	60	84	0	236	20	19	25	34	1.96
1842291--1842606	60	5.2	60	77	8	232	20	18	25	36	1.95
1842452--1842549	20	4.8	20	77	3	79	21	18	23	36	1.95
1842452--1842608	61	2.6	60	80	7	176	19	17	25	38	1.93
1842452--1842608	41	3.9	41	70	14	110	19	17	25	38	1.93
1842714--1842747	14	2.6	14	90	9	54	70	5	5	17	1.28
1851215--1851276	4	15.2	4	78	9	63	67	0	4	27	1.10
1852878--1853363	105	4.7	103	81	8	511	19	20	26	33	1.97
1852993--1853366	98	3.6	97	80	11	318	19	19	26	34	1.96
1852887--1853252	203	1.8	203	93	1	635	19	21	25	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13