genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  11  of  15  ( 1714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2142657--2142767	52	2.2	51	83	4	134	30	16	12	40	1.85
2143700--2143751	14	3.6	15	71	10	54	73	0	1	25	0.94
2143712--2143753	7	6.0	7	81	8	50	71	0	2	26	0.98
2144605--2144682	23	3.3	23	87	1	84	56	20	12	10	1.65
2144619--2144684	23	2.9	23	90	0	96	59	21	10	9	1.58
2150170--2150258	20	4.7	20	69	29	77	32	16	12	38	1.86
2150190--2150276	13	7.4	13	76	19	93	34	14	13	36	1.86
2150193--2150236	23	1.9	23	100	0	88	38	13	13	34	1.84
2150216--2150292	33	2.3	33	91	8	122	33	18	12	35	1.89
2150875--2150952	19	3.9	18	74	15	66	33	29	1	35	1.66
2150879--2150954	22	3.8	21	76	13	70	34	28	1	35	1.66
2150873--2150955	20	4.2	20	73	14	82	31	27	1	39	1.64
2152921--2152959	18	2.2	19	86	9	55	53	17	0	28	1.44
2156083--2156138	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
2156123--2156149	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2156104--2156168	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
2158097--2158141	21	2.1	21	95	0	81	42	15	8	33	1.78
2158187--2158248	21	3.0	21	73	21	67	72	6	16	4	1.23
2158187--2158248	11	5.8	11	73	22	53	72	6	16	4	1.23
2163069--2163143	39	1.9	39	86	0	105	30	17	25	26	1.97
2163315--2164979	57	28.3	56	78	10	1051	22	17	30	30	1.97
2163307--2164979	85	18.9	85	77	9	1169	22	17	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163315--2164529	32	40.6	32	82	6	743	21	18	29	30	1.97
2163306--2164979	28	56.9	28	81	6	1238	22	17	30	30	1.97
2170340--2170365	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2176664--2176709	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2179120--2179145	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2182528--2182578	20	2.5	20	87	0	66	41	15	9	33	1.80
2182837--2183041	44	4.7	44	69	13	125	21	20	15	41	1.89
2182798--2183084	132	2.2	132	85	1	389	21	19	17	42	1.90
2183131--2183757	44	14.2	44	74	11	414	20	23	14	41	1.89
2183131--2183664	132	4.0	132	86	0	712	19	22	14	42	1.88
2182787--2183363	310	1.9	310	83	5	763	21	21	15	41	1.89
2183131--2183761	132	4.8	131	82	3	520	20	23	14	41	1.88
2183866--2184315	42	10.7	41	78	7	368	18	26	16	39	1.91
2183936--2184298	125	2.9	128	82	6	391	17	26	15	39	1.91
2184856--2184910	15	3.6	15	75	4	56	72	0	1	25	0.94
2184860--2184910	20	2.7	18	84	9	66	72	0	1	25	0.95
2186516--2186816	166	1.8	166	80	9	371	26	14	15	42	1.86
2188694--2188734	20	2.0	20	100	0	82	36	29	4	29	1.78
2190037--2190478	79	5.6	78	77	5	381	28	20	10	40	1.86
2190017--2190478	158	2.9	156	79	6	466	28	20	11	39	1.87
2190016--2190476	237	1.9	237	79	5	511	28	19	11	39	1.87
2192743--2192778	9	4.1	9	92	7	56	0	0	16	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192746--2192775	8	3.6	8	95	4	51	0	0	13	86	0.57
2192746--2192778	17	1.9	17	93	0	57	0	0	15	84	0.61
2192741--2192773	15	2.3	15	94	5	59	0	0	15	84	0.61
2193661--2193690	8	3.8	8	90	0	51	0	10	10	80	0.92
2194013--2194054	16	2.5	17	82	17	61	0	19	2	78	0.86
2194012--2194070	8	7.1	8	73	7	55	1	18	1	77	0.93
2197278--2197823	154	3.6	154	79	5	523	36	20	18	23	1.94
2200167--2200241	20	3.8	18	80	16	78	41	13	14	30	1.84
2200571--2200643	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2200589--2200664	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2200571--2200664	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2200703--2200728	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2204790--2204820	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2206834--2206912	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2206899--2206937	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2208732--2208791	30	2.0	30	100	0	120	26	3	23	46	1.68
2209413--2209485	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2209431--2209506	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2209413--2209506	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2209545--2209570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2210332--2210385	20	2.6	21	91	2	83	33	18	9	38	1.83
2211469--2211505	10	3.9	9	86	13	56	8	16	0	75	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212150--2212174	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2212130--2212196	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2214452--2214504	26	2.1	26	89	6	83	24	39	15	20	1.91
2215541--2215977	165	2.6	166	80	5	438	49	9	11	29	1.69
2221152--2221691	165	3.4	152	79	11	469	31	11	7	49	1.67
2221160--2221693	160	3.3	160	82	8	538	31	11	7	49	1.67
2222061--2222117	15	3.9	15	76	10	57	71	0	28	0	0.86
2223186--2223531	184	1.8	190	79	6	402	42	11	10	35	1.76
2223794--2224329	155	3.5	154	81	6	557	24	16	18	41	1.90
2226487--2226544	20	2.8	21	77	10	66	31	15	10	43	1.80
2228916--2229069	79	1.9	79	85	5	213	28	25	13	32	1.94
2239281--2239306	9	2.9	9	100	0	52	53	23	0	23	1.46
2241381--2241796	39	9.7	39	70	17	265	27	19	26	26	1.99
2241333--2241850	87	5.9	87	89	0	775	28	19	26	26	1.98
2241770--2242196	101	4.4	98	84	7	516	33	17	24	24	1.97
2242058--2242203	43	3.3	43	78	11	175	32	17	25	24	1.97
2241904--2242195	49	6.0	49	80	9	344	33	17	24	24	1.96
2242304--2243006	31	22.6	30	80	7	746	31	15	29	23	1.95
2242288--2243010	154	4.7	154	85	5	906	32	15	29	23	1.95
2244285--2244327	16	2.6	16	88	7	59	2	0	11	86	0.67
2244284--2244343	20	3.0	20	85	11	79	3	1	11	83	0.84
2244802--2244851	20	2.5	20	78	12	66	32	16	14	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244815--2244952	53	2.6	52	89	6	208	26	18	14	40	1.89
2249911--2249975	19	3.8	18	71	24	68	30	12	16	40	1.86
2249913--2249983	32	2.2	32	94	0	124	30	12	18	38	1.88
2250007--2250071	20	3.6	20	69	26	72	29	18	13	38	1.89
2250007--2250072	33	2.0	33	96	0	123	28	18	13	39	1.89
2252204--2252253	27	2.0	26	81	14	61	24	44	16	16	1.86
2259011--2259035	12	2.1	12	100	0	50	52	0	16	32	1.44
2259490--2259517	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
2259471--2259535	32	2.0	33	93	3	114	36	12	12	38	1.80
2275007--2275094	29	3.0	29	84	1	113	25	29	17	28	1.97
2275065--2275193	36	3.8	34	83	9	156	20	30	13	36	1.90
2275072--2275209	68	2.0	71	83	7	176	19	31	12	36	1.89
2275197--2275455	33	7.9	33	89	2	391	29	32	18	19	1.96
2275461--2275643	43	3.8	48	80	12	207	25	25	16	32	1.96
2275553--2275674	52	2.3	55	82	4	160	26	25	13	35	1.92
2275656--2275782	67	1.9	68	85	1	175	25	24	12	37	1.90
2276619--2276747	52	2.5	52	96	0	240	36	16	17	30	1.91
2282025--2282091	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2282549--2282574	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2282614--2282689	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
2282634--2282707	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
2282614--2282707	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284233--2284289	10	5.7	10	85	6	80	87	10	1	0	0.61
2284232--2284277	17	2.6	17	89	3	74	89	10	0	0	0.50
2284233--2284277	1	45.0	1	81	0	54	91	8	0	0	0.43
2284233--2284305	20	3.7	18	77	20	58	83	9	4	2	0.87
2293939--2294020	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
2294004--2294388	52	7.4	51	74	12	289	32	12	25	30	1.92
2294209--2294279	27	2.6	27	82	6	81	23	19	30	25	1.98
2296192--2296227	16	2.4	14	86	13	54	0	0	13	86	0.58
2296760--2296785	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2296739--2296805	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15