genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  14  of  15  ( 1714 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2578241--2578268	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
2578414--2578440	5	5.4	5	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2579976--2580023	2	24.0	2	95	0	87	50	0	2	47	1.12
2582361--2582453	6	15.5	6	100	0	186	0	16	49	34	1.46
2587657--2587689	13	2.5	13	95	0	57	39	0	3	57	1.14
2587955--2587996	18	2.3	19	80	12	52	57	0	2	40	1.12
2587968--2588006	18	2.2	18	95	0	69	56	0	0	43	0.99
2588058--2588129	34	2.1	36	82	15	89	51	1	1	45	1.18
2588064--2588153	37	2.6	33	77	11	83	52	2	2	43	1.26
2589977--2590020	17	2.9	15	86	10	54	36	0	2	61	1.09
2591342--2591391	23	2.1	24	85	10	68	50	10	4	36	1.55
2592963--2592993	15	2.1	15	100	0	62	32	12	0	54	1.38
2594495--2594570	27	2.7	29	75	10	84	44	10	15	28	1.80
2594633--2594701	36	1.9	36	84	0	93	52	7	20	20	1.70
2596475--2596519	21	2.2	21	80	7	58	20	13	15	51	1.76
2602673--2602707	14	2.5	13	90	9	52	88	11	0	0	0.51
2602672--2602707	16	2.2	17	90	5	56	88	11	0	0	0.50
2602672--2602717	23	2.0	22	87	4	65	84	10	2	2	0.79
2603988--2604231	62	4.0	60	77	10	206	20	28	13	36	1.91
2603975--2604260	30	9.2	31	78	9	212	20	28	13	36	1.91
2603975--2604261	95	3.1	94	82	7	304	20	28	13	36	1.91
2604222--2604694	34	14.3	33	72	10	279	21	27	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2604039--2604650	131	4.7	132	73	11	374	20	28	12	39	1.88
2604282--2604694	99	4.2	99	75	8	293	21	27	11	39	1.88
2604680--2604759	27	3.0	27	79	0	97	26	32	11	30	1.91
2605005--2605396	32	12.4	31	77	5	313	30	29	18	22	1.97
2604988--2605396	63	6.5	64	78	6	327	30	28	18	22	1.97
2605005--2605391	95	4.1	94	84	4	467	30	29	17	22	1.97
2605042--2605392	189	1.9	188	87	3	517	30	29	17	22	1.97
2605408--2605491	43	2.0	43	92	0	141	27	23	17	30	1.97
2605422--2605488	19	3.3	19	67	18	53	25	22	19	32	1.97
2607465--2607538	20	3.8	19	80	18	89	29	16	12	41	1.84
2609982--2610054	28	2.6	28	83	10	96	23	31	16	28	1.96
2609971--2610218	109	2.3	107	82	4	284	25	25	15	34	1.95
2612364--2612404	21	1.9	22	90	5	66	43	17	17	21	1.87
2613290--2613317	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2613369--2613474	19	5.8	19	74	15	89	35	16	13	33	1.88
2613389--2613451	32	2.0	32	93	0	108	34	19	12	33	1.89
2615196--2615317	48	2.5	48	89	0	154	36	14	26	22	1.93
2615429--2615497	28	2.4	29	78	11	79	30	20	20	28	1.97
2615442--2615677	28	8.4	28	75	5	201	28	18	25	27	1.98
2615666--2616043	32	12.1	32	86	4	475	20	18	28	32	1.96
2615638--2616025	124	3.1	124	86	2	496	21	18	28	31	1.97
2615458--2616045	32	19.6	28	81	5	312	23	18	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616098--2616170	27	2.6	28	82	6	96	28	15	32	23	1.95
2616154--2616187	17	2.0	17	88	0	50	23	17	35	23	1.95
2616066--2616243	72	2.5	73	82	10	212	28	15	33	23	1.95
2616168--2616278	28	4.0	28	88	5	163	30	14	29	25	1.95
2616168--2616278	55	2.0	56	89	1	170	30	14	29	25	1.95
2617561--2617632	23	3.2	22	70	18	60	8	12	8	70	1.32
2625097--2625215	52	2.3	52	85	2	150	28	21	14	35	1.93
2625394--2625476	42	2.0	42	100	0	166	19	21	14	44	1.86
2626030--2626248	102	2.1	102	98	0	420	36	13	12	37	1.83
2629957--2629995	19	2.0	19	85	5	51	35	0	7	56	1.28
2631150--2631361	64	3.3	63	68	22	186	38	6	6	49	1.54
2631102--2631365	131	2.0	131	96	0	492	37	7	7	48	1.59
2631102--2631297	66	3.0	66	65	21	167	35	7	8	48	1.62
2631135--2631339	67	3.1	67	66	17	201	36	7	5	50	1.56
2636151--2636175	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2638401--2638483	16	5.3	16	68	22	52	37	0	0	62	0.95
2638420--2638489	33	2.3	30	76	19	74	40	0	0	60	0.97
2638400--2638490	22	4.7	19	70	23	66	38	0	0	61	0.96
2638431--2638498	16	4.2	16	80	17	70	39	0	0	60	0.97
2638438--2638510	32	2.4	29	77	20	78	43	0	0	56	0.99
2639507--2639568	28	2.3	27	75	8	63	45	1	0	53	1.10
2643539--2643578	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2645037--2645072	8	4.6	8	93	6	65	91	0	8	0	0.41
2645037--2645072	15	2.3	15	95	4	63	91	0	8	0	0.41
2646611--2646659	19	2.3	23	76	20	61	32	2	8	57	1.40
2646616--2646656	21	2.0	21	86	9	59	36	2	4	56	1.34
2648777--2648849	31	2.3	33	86	11	100	56	1	2	39	1.22
2651305--2651497	79	2.4	79	85	5	273	34	15	25	25	1.94
2652988--2653045	21	2.8	21	92	2	91	50	36	10	3	1.54
2657046--2657107	29	2.1	29	82	5	72	32	12	11	43	1.79
2659992--2660017	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2659974--2660037	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
2663918--2663984	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2663938--2663962	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2664025--2664049	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2671298--2671333	16	2.2	16	90	0	54	86	5	8	0	0.72
2672467--2672932	99	4.6	99	86	8	596	21	34	12	31	1.90
2672341--2672937	34	17.9	33	85	8	603	21	32	12	32	1.91
2672942--2673011	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
2673011--2674350	49	27.7	49	86	4	1884	25	25	17	31	1.97
2673011--2674350	190	6.9	193	94	2	2018	25	25	17	31	1.97
2674016--2674475	49	8.7	55	83	7	340	25	24	15	34	1.95
2675257--2675323	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2675277--2675301	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2675364--2675388	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2680993--2681039	22	2.3	20	78	10	51	36	19	4	40	1.71
2682740--2682780	20	2.0	22	90	9	68	36	2	26	34	1.70
2683422--2683447	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2683404--2683467	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
2686935--2686963	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2687572--2687619	20	2.3	20	85	3	69	58	0	0	41	0.98
2688080--2688116	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2688659--2688692	6	5.8	6	93	3	52	52	8	35	2	1.47
2690384--2690415	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
2691908--2691932	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2692029--2692080	20	2.5	21	82	11	63	76	0	5	17	0.97
2692033--2692092	17	3.6	17	78	14	63	76	0	5	18	0.96
2692017--2692092	36	2.1	36	83	11	95	75	0	6	18	1.02
2692028--2692094	20	3.3	20	76	11	57	77	0	4	17	0.93
2692593--2692623	15	2.0	16	93	6	55	64	9	12	12	1.50
2692760--2692803	15	2.9	15	79	0	52	45	31	20	2	1.64
2692817--2692872	16	3.6	16	78	4	69	48	30	17	3	1.65
2692875--2692937	20	3.5	20	71	24	66	58	25	15	0	1.37
2692894--2692954	14	4.2	14	71	22	54	57	29	13	0	1.36
2692870--2692936	34	2.0	34	90	0	107	56	25	16	1	1.48
2692876--2692955	20	3.8	20	69	15	54	57	27	15	0	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2696169--2696296	49	2.6	49	83	3	161	33	19	27	19	1.96
2696408--2697192	28	27.0	28	82	6	721	24	17	27	30	1.97
2696408--2697481	56	18.7	56	77	9	686	26	16	27	29	1.97
2696783--2697080	29	9.8	31	82	5	170	21	19	28	30	1.97
2696367--2697185	208	4.0	206	81	6	874	24	17	27	30	1.97
2697206--2697511	27	11.2	27	81	5	303	31	13	28	27	1.94
2697189--2697487	82	3.6	82	84	5	361	30	13	28	27	1.94
2697505--2697586	30	2.7	30	86	0	110	39	17	19	24	1.92
2698837--2698884	25	2.0	24	84	8	62	10	10	6	72	1.26
2704487--2704668	91	2.0	91	97	0	346	39	12	17	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15