genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357--2429	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2357--2451	41	2.3	41	96	1	172	40	12	17	29	1.87
2490--2515	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
3259--8216	476	10.5	475	82	4	5596	31	17	13	37	1.89
8594--8724	19	7.8	19	72	27	136	34	12	18	35	1.88
8614--8702	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
8595--8721	32	4.0	32	100	0	254	33	12	18	34	1.89
12271--12760	158	3.1	158	89	2	698	30	18	13	37	1.89
13804--16667	475	6.0	475	83	2	3229	31	17	13	37	1.88
12587--16667	950	4.3	946	83	4	4603	31	17	13	37	1.89
18839--18959	42	2.9	42	87	2	163	9	43	2	43	1.51
21824--21864	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
21904--21974	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
21944--22080	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
22104--22134	10	3.1	10	100	0	62	29	29	0	41	1.56
22122--22176	21	2.5	22	91	5	85	30	23	9	36	1.86
22235--22288	20	2.7	20	100	0	108	42	16	11	29	1.83
28948--29004	20	2.8	20	81	0	78	42	15	12	29	1.84
29575--32303	476	5.7	476	84	3	3456	31	18	13	36	1.89
32051--32561	258	2.0	258	87	1	729	30	18	12	39	1.87
32301--37442	475	10.8	476	85	2	6417	31	18	13	36	1.90
32301--37442	951	5.4	949	84	4	6324	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37732--37804	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
37750--37825	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
37732--37825	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
37864--37889	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41951--41981	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
43996--44074	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
44061--44099	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
46542--46614	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
46560--46635	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
46542--46635	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
46674--46699	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
48681--48731	20	2.6	20	87	3	68	27	13	15	43	1.85
51054--51100	21	2.3	20	78	10	51	40	4	19	36	1.71
63047--63126	20	3.7	20	72	18	70	28	16	15	40	1.88
63113--63151	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
65052--65077	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65034--65097	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
66052--67386	470	2.8	470	83	5	1611	32	18	13	36	1.89
67407--68742	476	2.8	469	82	5	1618	31	17	13	36	1.90
68521--68973	249	1.8	245	83	6	599	30	16	13	39	1.87
68763--73538	475	9.9	475	74	10	3533	31	17	13	36	1.89
71045--71128	43	2.0	43	90	0	132	36	15	15	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75280--75812	268	2.0	266	89	3	813	30	17	13	38	1.89
75546--77486	476	4.0	477	77	9	1813	31	17	14	36	1.90
76025--77059	520	2.0	519	83	3	1285	31	18	14	35	1.90
77488--83726	476	13.2	477	82	3	7186	31	17	13	36	1.90
87383--87424	13	3.2	13	86	0	66	28	11	19	40	1.87
88194--90218	475	4.3	475	82	4	2300	32	18	13	36	1.90
88194--90206	951	2.1	948	83	4	2570	31	18	13	36	1.90
89363--91102	884	2.0	883	86	2	2427	30	18	14	36	1.90
90227--91215	476	2.1	475	87	2	1459	30	18	14	37	1.90
91743--91803	21	3.0	21	78	7	72	36	13	16	34	1.87
91855--91945	13	7.8	13	71	24	87	35	14	15	35	1.88
91855--91965	33	3.3	33	93	1	177	37	13	15	33	1.86
91866--91908	21	2.0	21	100	0	86	27	13	18	39	1.89
91900--91965	20	3.7	20	73	26	83	42	12	15	30	1.83
99954--99992	18	2.1	19	95	4	71	53	0	33	12	1.39
99988--100062	35	2.1	37	87	5	109	37	2	29	30	1.71
100001--100062	18	3.5	17	73	14	63	35	1	33	29	1.67
100616--100671	21	2.8	21	83	8	71	35	12	17	33	1.88
100767--100803	18	2.1	18	94	0	65	35	13	21	29	1.92
102258--106611	476	9.2	476	82	3	4792	30	18	13	36	1.90
108107--108538	220	2.0	221	97	0	821	34	21	23	20	1.97
113193--113218	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113422--113459	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
115932--115956	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
116035--116093	13	5.0	13	69	23	58	38	18	13	28	1.89
116047--116110	20	3.5	20	70	27	70	40	20	12	26	1.88
116017--116110	33	2.9	33	93	1	154	39	20	13	26	1.90
116858--120054	475	6.7	476	83	2	3791	31	17	13	36	1.90
120060--125447	476	11.3	476	82	3	6196	31	17	14	36	1.90
125451--126801	475	2.9	474	84	4	1713	31	18	13	35	1.90
126810--133989	475	15.1	476	79	6	6828	30	18	14	36	1.90
127866--128469	317	1.9	317	87	2	883	31	17	13	37	1.88
133991--145254	475	23.7	476	87	2	14834	35	15	18	30	1.92
139688--139760	23	3.2	23	98	0	137	35	8	20	35	1.83
145530--145589	30	2.0	29	90	3	93	26	16	18	38	1.92
145682--146027	184	1.9	184	98	0	665	36	20	16	26	1.93
155378--155453	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
155377--155462	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
155368--155486	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
156322--188921	476	67.1	476	72	12	15193	36	14	18	30	1.91
156322--181845	952	26.3	949	76	10	17586	36	14	18	30	1.91
161461--161691	119	1.9	119	98	0	444	40	9	20	29	1.84
161577--161923	184	1.9	184	100	0	694	40	12	17	29	1.86
170157--170387	119	1.9	119	98	0	444	40	9	20	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170273--170619	184	1.9	184	100	0	694	40	12	17	29	1.86
171726--171956	119	1.9	119	98	0	444	40	9	20	29	1.84
171842--172188	184	1.9	184	100	0	694	40	12	17	29	1.86
173295--173525	119	1.9	119	98	0	444	40	9	20	29	1.84
173411--173757	184	1.9	184	100	0	694	40	12	17	29	1.86
184876--185972	159	6.9	158	66	8	364	35	15	17	30	1.91
199080--199198	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
199113--199188	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
199104--199189	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
199095--199165	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
200816--204802	476	8.4	476	87	3	5645	35	15	18	30	1.92
204406--205179	394	2.0	394	90	1	1219	34	13	19	32	1.91
209325--221167	476	25.0	476	88	1	16429	35	15	18	30	1.91
217978--218619	158	4.1	158	68	10	403	36	15	18	29	1.92
221165--237315	476	34.0	476	87	1	21772	35	15	18	30	1.92
227796--227858	30	2.1	30	87	0	90	25	7	26	39	1.83
237027--237594	291	2.0	290	84	4	750	36	14	17	30	1.90
236552--238082	767	2.0	766	85	1	2055	35	14	19	30	1.91
237318--239529	476	4.7	476	86	2	2849	36	14	18	30	1.91
245045--245163	42	2.8	42	92	0	193	9	45	1	43	1.46
245078--245153	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
246446--247668	475	2.6	475	87	1	1819	35	15	18	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247582--247750	82	2.1	82	92	2	277	34	15	14	36	1.88
247125--248226	558	2.0	556	88	1	1625	35	14	17	31	1.91
247664--248766	479	2.3	474	86	2	1542	36	14	17	30	1.90
248778--249706	472	2.0	469	88	4	1377	37	14	18	30	1.90
252840--252915	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
252839--252924	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
252830--252948	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
261553--261671	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
261586--261661	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
261577--261662	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15