genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634942--635238	28	10.6	29	82	7	325	20	17	27	34	1.95
636373--636407	19	1.9	19	88	11	56	51	8	20	20	1.73
636662--636711	23	2.2	23	81	0	55	4	2	14	80	0.95
636685--636738	1	54.0	1	77	0	54	1	0	9	88	0.58
636674--636737	13	5.4	12	80	10	53	3	0	10	85	0.69
636674--636735	14	4.4	14	78	17	56	3	0	11	85	0.71
636674--636738	20	3.2	20	82	10	78	3	0	10	86	0.69
636672--636738	23	2.8	25	86	8	95	2	0	11	85	0.72
636674--636736	10	6.5	10	79	3	67	3	0	11	85	0.70
650483--650510	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
650464--650530	33	2.0	33	88	5	100	41	13	14	29	1.85
652547--652664	21	5.8	20	71	18	84	42	13	10	33	1.78
652547--652662	40	2.9	40	84	2	144	43	13	10	32	1.78
654713--654756	5	8.0	5	81	18	52	20	0	4	75	0.98
656639--657027	153	2.5	153	82	2	467	24	14	19	41	1.88
661071--661170	52	1.9	53	87	2	148	30	25	10	35	1.88
661183--661246	27	2.3	27	86	2	83	26	32	17	23	1.96
661254--661352	51	1.9	51	85	4	137	30	23	9	37	1.86
671009--671061	20	2.7	20	96	0	97	32	20	11	35	1.88
673514--673694	52	3.5	52	96	0	335	28	18	17	35	1.94
673703--673727	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
673770--673867	19	5.8	18	66	28	63	38	17	12	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673765--673858	32	2.9	32	91	1	152	36	18	11	34	1.87
673789--673845	13	3.9	13	74	24	51	35	19	12	33	1.89
674598--675609	49	21.3	49	77	14	581	33	17	23	24	1.96
674621--675601	92	10.4	92	87	6	1062	32	18	23	25	1.97
674621--675606	236	4.2	233	86	8	1204	33	18	23	24	1.97
674621--675601	328	3.0	328	95	0	1730	32	18	23	25	1.97
675623--676018	29	13.6	30	83	5	384	24	15	30	29	1.96
675664--676018	59	6.1	59	87	1	482	25	16	30	28	1.96
675623--676019	88	4.5	87	86	2	467	24	15	29	29	1.96
676873--676917	23	2.0	23	100	0	90	17	20	13	48	1.80
677530--677618	1	89.0	1	76	0	70	2	1	10	86	0.71
677528--677620	15	6.2	14	76	19	82	2	1	11	84	0.75
677519--677618	17	5.9	17	78	11	98	2	1	12	85	0.75
677519--677618	31	3.2	30	83	9	112	2	1	12	85	0.75
681004--681152	52	2.9	52	86	2	201	31	17	17	33	1.93
681152--681214	26	2.7	24	88	11	87	30	11	17	41	1.84
681201--681225	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
682088--682575	49	9.9	52	82	8	338	33	16	23	26	1.95
682155--682575	95	4.3	95	81	10	430	32	16	24	26	1.96
682156--682575	147	2.9	143	87	5	592	32	16	24	26	1.96
682156--682575	49	8.6	49	84	8	495	32	16	24	26	1.96
682575--682644	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682642--683231	34	17.9	35	79	15	483	33	11	34	20	1.89
682825--683014	63	3.0	62	84	11	271	33	12	33	21	1.90
682649--683172	159	3.2	159	87	8	662	33	11	33	20	1.89
682984--683260	62	4.5	62	83	9	325	32	12	32	22	1.92
682681--683231	159	3.4	154	84	10	595	33	11	34	21	1.89
682887--683261	63	5.9	62	79	11	324	32	12	33	22	1.91
684709--684807	6	16.3	6	80	14	89	0	1	14	84	0.67
684724--684810	1	87.0	1	76	0	84	0	1	10	88	0.57
684702--684812	22	4.9	22	80	12	109	0	0	14	84	0.67
684731--684810	13	6.2	13	83	9	101	0	1	10	88	0.56
684721--684808	17	5.1	16	79	17	97	0	1	11	87	0.60
684703--684810	30	3.5	30	78	14	112	0	0	13	85	0.66
694463--694489	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
698616--698764	52	2.9	51	85	4	199	31	18	17	32	1.94
698822--698884	33	1.9	33	86	0	90	42	14	9	33	1.78
712689--712921	52	4.5	52	96	0	394	29	17	17	35	1.93
712930--712954	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
712992--713091	32	3.1	32	95	0	173	36	19	12	33	1.88
713016--713072	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
713029--713112	19	4.7	19	81	18	117	35	19	11	33	1.88
715482--715513	8	4.0	8	95	0	55	34	0	0	65	0.93
716357--716424	17	3.9	17	78	16	59	2	17	0	79	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716362--716427	14	4.8	14	77	17	50	3	18	0	78	0.87
716373--716427	24	2.3	24	84	9	76	1	18	0	80	0.81
716357--716414	10	5.7	10	83	4	71	1	17	0	81	0.78
717094--717465	163	2.3	166	83	3	484	50	9	11	29	1.69
720377--720402	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
722615--722659	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
726498--726575	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
729102--729127	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
731938--732086	52	2.9	51	85	4	217	30	16	18	34	1.93
732075--732099	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
732119--732185	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
732141--732165	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
732966--733250	49	5.7	52	81	9	251	33	17	24	24	1.96
733072--733261	43	4.1	44	82	12	256	32	17	25	24	1.97
732966--733258	95	2.9	98	83	9	355	33	17	24	24	1.96
733278--733401	28	4.3	29	80	9	130	17	15	29	37	1.91
733442--733618	29	6.0	30	77	9	121	25	17	29	27	1.98
733480--733557	27	2.8	27	84	5	93	16	20	32	30	1.95
733443--733622	59	3.0	60	82	5	186	26	17	28	27	1.97
733537--733622	29	2.8	32	82	10	124	27	18	23	30	1.98
734998--735046	1	49.0	1	79	0	53	0	0	10	89	0.48
734998--735046	14	3.4	14	88	5	80	0	0	10	89	0.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734998--735046	23	2.1	22	92	7	80	0	0	10	89	0.48
748883--749010	52	2.5	52	89	1	204	29	16	17	35	1.92
748883--749030	51	2.9	51	83	6	208	31	16	18	34	1.93
749019--749043	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
749937--750213	49	5.6	52	81	9	235	33	17	23	25	1.96
750035--750224	43	4.1	44	81	12	247	32	17	24	24	1.97
749929--750221	95	2.9	98	82	9	346	34	16	24	24	1.96
750241--750364	28	4.3	28	81	7	126	17	14	30	37	1.90
750405--750581	29	6.0	29	79	8	169	25	16	29	27	1.97
750406--750585	59	3.0	60	82	5	195	26	16	28	27	1.97
754518--754556	20	2.0	20	90	10	62	7	12	2	76	1.09
754951--755466	166	3.2	161	80	12	463	51	7	10	30	1.64
755055--755497	166	2.6	166	83	4	516	51	8	9	30	1.63
760253--760281	14	2.0	15	93	6	51	27	0	0	72	0.85
761483--761508	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
763729--763773	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
765577--765607	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
767692--767727	13	2.8	13	95	0	63	27	11	16	44	1.82
770274--770299	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
773714--773754	20	2.0	20	95	0	73	31	4	34	29	1.79
773980--774714	87	7.8	101	83	6	322	31	19	25	23	1.98
773936--775152	48	25.8	48	75	13	982	31	19	25	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774231--774881	87	7.3	88	83	9	618	29	19	25	25	1.99
774082--775150	314	3.3	315	86	7	1371	31	19	24	24	1.98
774856--774901	19	2.4	19	92	0	74	32	21	19	26	1.97
774768--774991	110	2.0	110	84	8	287	31	20	23	24	1.98
774878--775153	43	6.0	43	78	13	255	32	19	24	23	1.97
774878--775153	95	3.0	91	88	4	426	32	19	24	23	1.97
775180--775406	33	7.0	32	76	13	198	37	12	30	19	1.88
775283--775336	25	2.1	27	89	6	85	33	14	31	20	1.93
775248--775359	59	1.9	58	81	5	136	39	13	29	17	1.88
775331--775397	34	1.9	34	87	3	98	46	7	25	20	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15