genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1363830--1364271	157	2.8	153	73	7	410	35	11	23	29	1.90
1366778--1366830	20	2.5	22	79	14	67	28	15	13	43	1.84
1367789--1367815	10	2.7	10	100	0	54	0	7	0	92	0.38
1367850--1367898	13	3.8	13	80	20	66	4	0	10	85	0.71
1367840--1367901	26	2.4	26	86	5	90	6	1	11	80	0.96
1367852--1367893	22	1.9	23	90	9	70	4	0	9	85	0.72
1375729--1375754	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1375711--1375775	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
1376041--1376093	23	2.3	23	96	0	97	22	11	15	50	1.75
1379843--1379873	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1381956--1381992	13	2.8	13	91	0	65	37	18	13	29	1.90
1382103--1382148	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1382417--1382457	20	2.0	20	85	0	55	21	41	26	9	1.84
1384457--1384512	21	2.7	21	100	0	112	44	14	10	30	1.79
1384562--1384587	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1391517--1392112	44	13.6	44	69	9	254	21	24	15	38	1.92
1391503--1391807	88	3.5	88	79	3	326	20	26	15	38	1.92
1391652--1391931	132	2.1	131	82	4	332	19	26	16	38	1.92
1391785--1392104	87	3.7	87	82	3	349	21	24	15	39	1.91
1392208--1392363	42	3.7	42	74	5	143	16	23	17	42	1.89
1392218--1392402	85	2.2	85	81	3	205	17	23	17	40	1.91
1392218--1392402	42	4.4	42	73	8	133	17	23	17	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1392427--1392630	42	4.8	42	77	3	160	17	23	19	40	1.91
1392477--1393004	85	6.2	84	76	4	416	17	25	19	37	1.93
1392477--1393004	42	12.5	42	76	4	407	17	25	19	37	1.93
1392477--1393004	127	4.2	124	78	5	452	17	25	19	37	1.93
1392482--1392877	169	2.3	169	80	2	445	17	25	18	37	1.93
1393759--1393788	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
1394233--1394501	42	6.3	42	77	7	220	21	27	15	34	1.94
1394881--1394946	13	6.2	12	65	31	51	34	15	13	36	1.87
1398852--1398903	17	2.7	21	77	22	76	34	13	15	36	1.87
1398981--1399006	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1399030--1399088	22	2.8	21	82	14	77	35	11	11	40	1.79
1402973--1403351	155	2.5	155	83	2	476	25	18	17	38	1.93
1402975--1403408	155	2.8	152	79	7	462	24	19	18	37	1.93
1404566--1404696	51	2.6	51	81	1	147	41	14	13	29	1.84
1404754--1404809	20	2.8	20	86	2	76	33	14	7	44	1.72
1406348--1406481	70	1.9	70	96	0	250	30	12	16	40	1.86
1411041--1411125	35	2.4	36	80	9	104	47	0	1	51	1.08
1411025--1411152	63	2.0	63	81	11	147	45	3	1	50	1.27
1411519--1411556	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
1411509--1411606	46	2.2	44	79	16	112	57	0	2	40	1.10
1412195--1412230	18	2.0	18	89	10	56	58	0	0	41	0.98
1414339--1414373	15	2.2	16	90	5	54	62	0	5	31	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1415638--1415859	51	4.3	51	81	4	232	34	12	23	28	1.92
1415945--1416063	51	2.3	51	86	2	159	30	14	25	30	1.95
1415981--1416109	51	2.5	50	83	5	143	34	11	25	28	1.91
1416046--1416220	79	2.2	79	87	4	246	30	14	28	26	1.95
1416173--1416247	27	2.7	27	85	2	96	22	20	34	22	1.96
1418717--1418742	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1418696--1418762	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
1418786--1418837	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1418794--1418879	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
1418786--1418858	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
1419496--1419593	42	2.4	42	77	8	103	41	12	29	16	1.84
1419706--1419792	28	3.1	28	62	21	65	22	21	29	25	1.99
1419732--1419819	26	3.3	26	65	14	70	21	19	31	27	1.97
1419686--1420329	55	11.3	55	83	10	721	24	20	27	27	1.99
1419686--1420334	170	3.8	170	85	7	840	25	20	27	27	1.99
1421313--1421367	13	4.6	12	85	14	62	0	3	10	85	0.72
1421330--1421366	19	1.9	20	94	5	67	0	2	10	86	0.67
1431688--1431720	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
1433795--1433915	52	2.3	50	83	8	145	30	10	26	32	1.90
1433947--1434024	27	2.8	28	82	7	97	21	19	34	24	1.96
1433895--1434082	102	1.8	105	83	4	256	28	15	29	26	1.96
1434108--1434250	51	2.8	50	86	3	196	34	11	24	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1436591--1436654	34	1.9	33	90	3	101	42	12	17	28	1.85
1436689--1436761	19	3.7	19	83	5	92	38	16	12	32	1.86
1438186--1438239	20	2.7	20	91	2	81	37	7	18	37	1.79
1439927--1439982	20	2.8	20	91	2	87	33	10	16	39	1.83
1446911--1446960	21	2.3	23	89	6	77	34	4	16	46	1.65
1447546--1447583	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
1447611--1447674	33	2.0	32	87	9	94	35	15	17	31	1.91
1450037--1450085	24	2.0	24	88	0	71	26	20	22	30	1.98
1451861--1451913	18	2.8	18	86	11	63	79	0	1	18	0.83
1452527--1452999	32	15.1	32	66	12	110	43	13	23	19	1.87
1452800--1453052	94	2.7	94	75	8	237	42	13	22	20	1.88
1455567--1455654	35	2.5	37	78	17	107	32	22	9	35	1.86
1455567--1455654	36	2.5	34	78	14	99	32	22	9	35	1.86
1456073--1456110	20	1.9	20	94	0	67	39	13	13	34	1.83
1456313--1456355	21	2.0	21	86	8	61	41	11	11	34	1.78
1457251--1457284	16	2.1	17	88	5	52	52	14	20	11	1.73
1457643--1457667	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1457622--1457685	33	2.0	32	84	9	85	31	15	14	39	1.87
1463102--1463193	43	2.2	42	82	9	107	44	0	26	29	1.54
1464700--1464953	123	2.1	122	97	1	490	34	22	15	27	1.94
1466473--1466518	19	2.4	19	85	7	58	34	15	8	41	1.78
1467919--1467983	32	2.0	33	87	3	96	29	15	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467947--1468004	19	3.0	19	87	2	80	32	15	15	36	1.89
1468033--1468085	19	2.7	20	88	2	72	35	15	15	33	1.88
1468036--1468085	20	2.6	19	87	3	64	38	16	14	32	1.88
1469502--1469566	33	2.0	32	85	11	87	32	16	15	35	1.91
1469596--1469651	19	2.9	18	82	10	67	33	16	17	32	1.92
1470222--1470274	22	2.5	20	77	14	52	43	18	1	35	1.62
1471971--1472020	21	2.4	21	83	9	59	50	0	18	32	1.47
1471978--1472020	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
1478324--1478348	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1479646--1479680	15	2.3	15	90	0	52	42	2	25	28	1.69
1480433--1480511	39	2.0	40	92	7	135	43	11	6	39	1.66
1483947--1483971	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1483927--1483993	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1484069--1484143	32	2.3	32	95	0	132	34	21	17	26	1.95
1484102--1484227	52	2.4	52	89	0	189	36	18	15	29	1.92
1487846--1487885	20	2.0	21	95	5	73	40	10	17	32	1.83
1490316--1490353	10	3.8	10	85	0	58	7	15	0	76	1.01
1490659--1490692	16	2.3	15	90	10	52	58	8	5	26	1.51
1493594--1493672	20	3.8	20	78	15	72	34	15	11	39	1.83
1501389--1501427	20	1.9	21	94	5	71	35	10	10	43	1.73
1501482--1501507	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1501546--1501621	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1501567--1501639	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1501546--1501639	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1504082--1504120	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1504106--1504184	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
1510198--1510236	20	1.9	21	94	5	71	35	10	10	43	1.73
1510291--1510316	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1510355--1510430	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
1510376--1510448	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
1510355--1510448	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
1510739--1510847	52	2.1	52	94	0	191	31	16	17	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15