genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2430160--2430204	23	1.9	24	82	13	58	55	0	8	35	1.31
2431282--2431359	11	7.5	11	67	23	53	69	0	29	1	0.97
2431282--2431368	30	2.9	28	83	13	95	70	0	28	1	0.95
2431284--2431366	21	4.1	21	69	14	68	72	0	26	1	0.92
2431285--2431366	35	2.3	35	83	8	96	71	0	26	1	0.93
2432049--2432525	239	2.0	238	94	1	830	28	16	14	40	1.87
2433112--2433216	51	2.0	52	90	5	169	19	18	10	52	1.73
2438736--2438793	17	3.6	17	73	21	63	32	0	5	62	1.18
2438737--2438794	30	1.9	31	92	3	100	31	0	5	63	1.16
2439216--2439259	13	3.2	13	76	17	52	63	0	4	31	1.14
2439183--2439267	29	2.9	29	79	8	91	55	1	5	37	1.32
2439477--2439544	9	7.6	9	73	14	52	20	1	4	73	1.08
2439495--2439546	17	3.0	18	75	8	54	21	0	5	73	1.04
2439655--2439708	26	2.1	26	85	0	72	25	3	3	66	1.25
2441627--2441663	16	2.2	18	85	9	51	43	0	0	56	0.99
2442049--2442111	31	2.1	31	85	5	85	63	0	0	36	0.95
2442063--2442143	20	4.2	19	72	16	60	61	0	0	38	0.96
2442051--2442124	17	3.9	18	78	14	69	67	0	0	32	0.91
2442031--2442133	47	2.1	49	80	7	122	62	0	0	36	1.02
2442051--2442140	37	2.3	39	81	9	96	63	0	0	36	0.95
2451094--2451127	15	2.3	15	95	5	61	58	2	5	32	1.37
2458545--2458585	9	4.8	9	82	8	50	29	0	2	68	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2458543--2458585	17	2.5	17	85	7	61	27	0	4	67	1.10
2458668--2458715	17	2.9	17	78	3	53	39	0	0	60	0.97
2459011--2459100	17	5.6	15	69	25	51	43	0	0	56	0.99
2459092--2459129	19	2.0	19	89	0	58	26	0	0	73	0.83
2459335--2459419	24	3.4	25	75	15	79	50	0	0	49	1.00
2459348--2459420	23	3.1	24	79	13	89	49	0	0	50	1.00
2459332--2459448	48	2.5	46	78	14	116	50	0	0	49	1.00
2459401--2459453	19	2.6	21	85	11	67	54	0	0	45	0.99
2459628--2459669	22	1.9	22	85	0	57	54	0	4	40	1.21
2460955--2460994	21	1.9	21	90	10	64	42	0	0	57	0.98
2461225--2461278	19	3.0	18	82	15	67	37	0	0	62	0.95
2461232--2461298	35	1.9	35	85	11	93	32	0	2	64	1.09
2461821--2461872	18	2.8	18	78	13	52	63	0	1	34	1.06
2462001--2462043	14	3.3	13	76	23	54	62	0	0	37	0.95
2462900--2462937	3	13.0	3	94	5	69	31	0	0	68	0.90
2463649--2463693	16	2.8	16	96	0	81	37	6	0	55	1.26
2463882--2463916	13	2.7	13	86	0	52	17	2	2	77	1.02
2464347--2464412	2	34.5	2	78	14	59	42	3	1	53	1.25
2464319--2464412	47	2.0	47	93	4	161	38	4	2	55	1.31
2464691--2464727	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
2464745--2464779	15	2.2	16	95	5	63	54	0	37	8	1.31
2464745--2464779	8	4.5	8	92	7	63	54	0	37	8	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466471--2466536	23	2.9	23	84	2	89	51	19	0	28	1.47
2470433--2470465	17	1.9	17	93	0	57	27	15	6	51	1.66
2474253--2474278	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
2483977--2484016	21	1.9	21	84	0	53	37	7	22	32	1.82
2484781--2484832	17	3.0	17	81	13	61	44	0	5	50	1.26
2485429--2485787	179	2.0	179	98	0	691	37	17	19	26	1.93
2492184--2492220	2	18.5	2	94	0	65	45	0	51	2	1.15
2493121--2493183	33	1.9	33	87	6	92	50	20	15	12	1.77
2493537--2493567	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
2494375--2494413	18	2.1	19	86	13	55	53	0	2	43	1.14
2494458--2494500	18	2.6	16	80	16	52	41	0	2	55	1.12
2494521--2494562	15	2.5	17	82	17	61	38	0	0	61	0.96
2494521--2494566	18	2.7	18	87	12	71	39	0	0	60	0.97
2494740--2494782	17	2.4	19	80	11	54	37	2	2	58	1.24
2494787--2494840	26	2.1	27	82	6	67	48	1	0	50	1.11
2495036--2495114	28	2.8	29	77	9	83	50	2	2	44	1.29
2496901--2497180	115	2.4	115	83	2	364	36	6	10	46	1.63
2497857--2497906	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
2502491--2502581	19	5.1	18	70	21	66	36	13	14	36	1.85
2502513--2502582	32	2.2	32	94	0	122	35	12	14	37	1.84
2502628--2502655	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2507867--2507925	27	2.2	27	93	0	100	27	42	1	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2512719--2512772	22	2.5	23	84	6	69	29	16	14	38	1.89
2517491--2517548	13	4.9	12	75	12	50	32	1	0	65	1.03
2522807--2522837	6	5.2	6	96	0	53	61	0	0	38	0.96
2523065--2523096	16	2.0	16	93	0	55	46	6	3	43	1.44
2523859--2523901	23	1.9	22	86	13	61	25	9	0	65	1.22
2525962--2526010	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2527204--2527229	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2527543--2527578	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2528119--2528156	19	2.0	20	89	5	60	63	10	0	26	1.27
2528363--2528420	22	2.6	22	81	10	64	22	1	1	74	1.01
2528363--2528422	23	2.6	23	82	12	70	21	1	3	73	1.07
2530807--2530849	16	2.9	15	86	6	52	37	0	2	60	1.10
2531147--2531173	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
2531150--2531188	20	2.0	20	84	0	51	30	0	2	66	1.05
2534951--2534993	22	2.0	22	95	0	77	27	6	25	39	1.81
2536489--2536517	14	2.0	15	93	6	51	75	6	3	13	1.13
2536506--2536549	16	2.6	17	82	7	54	70	0	0	29	0.88
2537474--2537539	27	2.5	28	80	14	77	66	0	1	31	1.01
2537534--2537619	27	3.3	27	73	9	72	53	0	1	45	1.07
2537515--2537608	30	2.8	32	74	15	77	55	0	1	43	1.06
2537447--2537617	8	20.9	8	69	18	86	60	0	1	38	1.04
2537965--2538032	22	3.0	21	74	14	64	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537967--2538026	20	3.0	20	76	11	68	45	0	0	55	0.99
2538517--2538560	3	14.7	3	95	0	79	65	0	2	31	1.05
2538722--2538773	21	2.6	20	74	17	54	40	0	0	59	0.97
2539537--2539571	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2539930--2540010	24	3.5	24	73	16	80	45	0	0	54	0.99
2540227--2540390	61	2.7	61	86	6	217	53	4	0	40	1.27
2540785--2540814	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2542543--2542573	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
2544016--2544057	11	3.7	11	79	14	50	69	0	28	2	1.01
2550476--2550555	36	2.3	35	81	12	85	71	10	13	5	1.29
2551889--2552355	27	17.0	27	90	2	709	23	33	14	29	1.94
2551889--2552355	55	8.5	54	92	2	709	23	33	14	29	1.94
2552338--2552811	32	14.8	32	92	1	745	31	33	18	16	1.94
2554032--2554073	11	3.7	11	79	14	50	69	0	28	2	1.01
2557234--2557267	16	2.1	16	88	0	50	23	2	0	73	0.97
2557236--2557281	15	3.0	15	84	6	56	26	2	0	71	0.97
2557775--2559061	42	29.6	42	74	10	786	38	19	30	11	1.87
2557798--2559062	89	14.5	89	80	9	779	38	18	31	11	1.87
2557839--2559064	132	9.4	131	83	5	1059	38	18	31	11	1.87
2557798--2559062	221	5.8	221	90	3	1723	38	18	31	11	1.87
2571386--2571416	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
2572540--2572573	16	2.1	16	88	0	50	23	2	0	73	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572542--2572587	15	3.0	15	84	6	56	26	2	0	71	0.97
2573029--2573065	9	4.3	9	83	13	51	37	0	0	62	0.96
2573027--2573097	16	4.3	16	74	15	56	42	0	0	57	0.98
2573016--2573152	32	4.1	33	74	20	101	41	0	0	57	1.04
2573017--2573150	36	3.5	35	72	19	101	41	0	0	58	1.03
2573772--2573811	19	2.2	18	90	4	62	47	0	0	52	1.00
2574153--2574219	33	2.0	34	85	8	93	53	2	0	43	1.16
2574148--2574215	11	6.4	11	69	17	54	55	2	0	41	1.15
2575857--2575925	28	2.5	28	82	0	84	46	8	10	34	1.69
2578070--2578133	25	2.7	24	76	18	62	42	0	1	56	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15