genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775408--775523	31	3.7	31	76	13	94	27	14	31	26	1.95
775372--775528	30	5.2	30	75	13	117	31	13	31	23	1.93
783717--783771	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
787978--788042	17	3.9	17	69	18	55	41	0	3	55	1.15
788240--788265	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
788872--788918	23	2.0	23	83	0	58	38	4	0	57	1.18
789226--789266	22	1.9	21	85	5	55	39	2	0	58	1.11
789672--789713	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
791510--791544	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
792978--793013	19	1.9	18	94	5	63	36	0	0	63	0.94
795534--795612	41	1.9	41	82	5	97	45	1	2	50	1.23
796161--796203	16	2.7	16	85	0	50	58	4	2	34	1.32
798693--798744	21	2.5	21	96	0	95	38	3	23	34	1.73
799393--799418	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
802204--802229	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
802184--802247	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
803190--803233	22	2.0	23	86	4	63	34	2	9	54	1.44
803812--804267	168	2.7	166	80	4	515	30	11	8	49	1.68
803750--804256	167	3.0	166	78	5	554	29	12	8	49	1.70
804550--804576	10	2.7	10	100	0	54	29	0	11	59	1.32
804835--804881	21	2.1	21	84	7	58	61	2	4	31	1.27
805217--805250	16	2.0	18	88	11	54	50	8	5	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805564--805607	20	2.2	20	84	11	56	54	6	2	36	1.40
807495--807532	13	2.9	13	81	11	51	65	0	34	0	0.93
807493--807531	17	2.3	17	90	0	60	64	0	35	0	0.94
810781--810875	22	4.5	22	89	5	133	38	9	25	26	1.86
810781--810857	22	3.5	22	94	3	138	37	10	24	27	1.88
810845--810875	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
810899--811035	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
811115--811155	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
815885--816021	53	2.6	53	92	1	229	27	16	17	37	1.92
816727--816753	5	5.4	5	100	0	54	0	0	18	81	0.69
819424--819491	21	3.2	22	71	12	61	75	4	8	11	1.18
820680--820755	30	2.5	29	81	12	73	27	26	19	26	1.99
820719--821757	62	17.0	62	87	1	1185	27	25	19	27	1.99
821692--821840	80	1.9	80	91	0	244	26	22	18	32	1.97
821868--822045	62	2.9	62	81	1	187	28	31	22	17	1.96
821839--822039	31	6.5	31	75	2	145	30	31	20	17	1.95
822065--822216	32	4.8	31	72	13	94	26	25	18	28	1.98
822062--822240	96	1.9	96	81	4	218	27	25	18	27	1.98
823321--823356	14	2.6	14	95	0	63	63	0	36	0	0.94
823324--823358	17	2.0	18	94	5	63	62	0	37	0	0.95
825996--826023	12	2.3	12	100	0	56	71	0	0	28	0.86
825988--826035	18	2.7	18	74	25	57	77	0	0	22	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826035--826134	14	8.2	14	62	28	50	41	6	33	20	1.76
826030--826199	35	4.9	35	98	0	331	42	5	31	20	1.76
826055--826190	21	7.5	20	64	30	83	42	5	31	19	1.75
827590--828198	79	7.8	79	88	3	858	27	25	15	32	1.95
827590--828200	157	3.9	157	87	5	880	27	25	15	32	1.95
828075--828445	107	3.5	106	71	10	337	26	27	14	30	1.95
828209--828376	51	3.3	51	83	1	158	30	23	13	33	1.92
828102--828483	209	1.8	209	91	0	629	27	26	14	31	1.95
828389--828570	79	2.3	79	81	3	215	23	28	17	30	1.97
837241--837757	75	6.8	78	88	6	722	27	26	14	31	1.95
837241--837757	78	6.8	79	88	7	723	27	26	14	31	1.95
837635--838007	104	3.6	103	69	13	266	28	27	14	29	1.95
1163425--1163465	15	2.7	14	85	14	55	87	9	2	0	0.62
1164442--1165290	55	15.4	55	91	3	1295	28	30	20	20	1.97
1164604--1164854	26	9.2	26	62	17	80	29	32	19	19	1.96
1164993--1165075	28	3.0	27	63	13	69	28	33	19	18	1.95
1165722--1165747	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
1165759--1165815	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1165871--1165938	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1165892--1165916	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1165873--1165935	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1165978--1166003	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1165958--1166024	33	2.0	33	88	0	98	23	14	17	43	1.87
1168470--1168542	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1168525--1168695	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1168678--1168759	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
1173814--1173886	20	3.7	20	77	0	74	35	9	13	41	1.77
1181771--1181816	15	3.1	15	74	22	51	39	43	0	17	1.49
1187778--1187881	14	7.0	15	77	17	85	82	12	4	0	0.81
1187781--1187861	13	6.2	13	84	9	94	82	11	6	0	0.83
1187781--1187871	14	6.7	14	84	14	102	83	10	5	0	0.80
1187780--1187871	27	3.4	28	86	7	118	83	10	5	0	0.79
1187787--1187892	12	7.9	13	77	17	71	82	13	3	0	0.86
1187786--1187893	14	7.9	14	76	18	72	82	12	3	0	0.85
1187778--1187893	22	5.3	22	72	13	78	81	12	4	0	0.87
1187778--1187893	16	7.4	15	70	21	78	81	12	4	0	0.87
1187779--1187882	1	104.0	1	70	0	55	83	11	4	0	0.79
1189168--1189854	28	24.6	28	81	4	688	29	29	16	24	1.96
1189169--1189854	84	8.2	84	83	4	762	29	29	16	24	1.96
1190954--1191070	53	2.3	50	86	4	153	29	18	9	42	1.82
1194870--1195786	51	17.6	51	69	12	420	32	11	26	29	1.91
1194762--1195775	262	3.9	262	91	1	1635	32	12	27	28	1.92
1195334--1195410	28	2.8	28	85	0	91	24	19	32	23	1.97
1194801--1195768	522	1.9	523	93	1	1681	32	11	27	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1198146--1198171	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1198195--1198246	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1198203--1198263	19	3.6	18	75	25	69	36	16	13	34	1.87
1198195--1198263	32	2.2	32	97	0	129	36	17	13	33	1.88
1199063--1199142	42	1.9	42	84	5	108	40	16	25	18	1.91
1199126--1199955	55	14.3	56	86	7	908	24	20	28	26	1.99
1199126--1199955	287	2.9	284	88	5	1161	24	20	28	26	1.99
1199876--1200058	100	1.8	100	95	0	330	27	19	28	24	1.98
1202589--1202623	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
1205574--1205612	20	1.9	21	94	5	71	25	15	23	35	1.94
1210433--1210487	7	7.9	7	84	11	60	87	9	1	1	0.70
1210434--1210486	6	8.8	6	86	14	58	86	9	1	1	0.71
1219426--1219452	11	2.5	11	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1220036--1220065	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
1220787--1220826	20	2.0	20	85	9	55	35	2	0	62	1.09
1223275--1223304	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
1223238--1223319	29	2.7	30	79	7	78	45	4	2	47	1.37
1223605--1223639	14	2.4	14	90	4	52	42	2	0	54	1.15
1224114--1224265	53	3.0	52	73	12	145	21	9	13	55	1.67
1224071--1224256	101	1.8	103	83	4	252	19	9	15	55	1.67
1224222--1224301	35	2.3	34	80	6	88	27	6	8	57	1.53
1224312--1224365	23	2.3	23	81	6	65	29	7	0	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1224628--1224681	13	3.8	13	75	15	54	44	1	3	50	1.30
1224635--1224704	29	2.4	29	85	4	88	40	2	8	48	1.49
1226535--1226589	19	2.8	19	83	2	56	30	20	9	40	1.83
1226613--1226671	20	3.0	19	80	7	73	35	8	22	33	1.84
1227895--1227951	16	3.3	17	88	11	73	36	0	1	61	1.07
1227905--1227959	16	3.4	16	80	12	67	34	0	3	61	1.13
1227986--1228018	14	2.2	16	89	10	52	15	0	18	66	1.25
1230265--1230327	19	3.7	18	74	24	64	34	9	17	38	1.82
1230263--1230335	32	2.3	32	92	0	119	35	9	17	36	1.83
1230352--1230393	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15