genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2744999

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  6  of  15  ( 1714 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1230380--1230405	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1232724--1233060	51	6.6	50	80	7	331	28	25	12	33	1.92
1232995--1233179	76	2.4	76	93	0	316	27	25	15	31	1.95
1233200--1233299	51	2.0	50	88	5	148	34	27	8	31	1.85
1240226--1240251	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1241337--1241375	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1241361--1241439	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
1241580--1241608	8	3.6	8	100	0	58	65	20	0	13	1.26
1243467--1243497	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1245301--1245345	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1247563--1247588	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1247971--1248719	61	12.3	61	87	4	973	25	25	18	30	1.98
1247971--1248719	121	6.2	121	86	4	1003	25	25	18	30	1.98
1248725--1248917	55	3.4	55	80	10	208	26	28	20	23	1.99
1248801--1248929	61	2.1	60	82	5	161	23	31	18	27	1.98
1248783--1249569	155	4.8	160	79	10	823	26	29	20	24	1.99
1249020--1249413	55	7.0	53	78	12	369	27	28	20	23	1.99
1248935--1249421	116	4.3	113	79	12	441	26	28	20	24	1.99
1248936--1249567	170	3.8	170	85	7	786	26	28	20	24	1.99
1249427--1249567	62	2.4	57	87	11	198	26	28	21	24	1.99
1249550--1249729	42	4.1	43	79	15	174	18	27	12	41	1.87
1249550--1249729	89	2.1	85	84	6	227	18	27	12	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250282--1250310	14	2.1	14	100	0	58	13	44	6	34	1.71
1250455--1250527	32	2.3	32	92	0	119	35	10	16	36	1.84
1250457--1250519	19	3.7	18	70	24	55	34	11	15	38	1.83
1252896--1253176	51	5.6	50	78	7	264	29	25	11	33	1.91
1252907--1253176	102	2.7	105	82	7	310	29	25	11	32	1.92
1253116--1253299	76	2.4	76	89	0	287	26	25	14	33	1.95
1253267--1253438	51	3.4	51	84	0	209	30	25	12	31	1.93
1255751--1255995	122	2.0	122	96	0	454	38	22	11	26	1.89
1257855--1257904	26	1.9	26	100	0	100	46	12	16	26	1.81
1257855--1257920	26	2.5	26	90	7	98	46	13	13	25	1.80
1258186--1258218	16	2.1	16	100	0	66	24	18	18	39	1.92
1259766--1259844	40	2.0	42	82	12	103	60	5	5	29	1.39
1259764--1259851	11	8.3	11	69	16	51	61	4	4	29	1.36
1259901--1259943	18	2.5	17	82	14	52	60	0	0	39	0.97
1260335--1260385	20	2.6	20	87	3	68	33	11	17	37	1.86
1266883--1267038	50	3.1	50	93	0	267	34	21	17	26	1.96
1268052--1268100	25	2.0	25	83	0	62	59	2	4	34	1.28
1268064--1268191	45	2.8	45	78	11	129	57	2	1	39	1.21
1269414--1269460	3	15.3	3	95	4	85	31	0	0	68	0.90
1269563--1269604	20	2.0	22	86	9	61	47	0	14	38	1.44
1269564--1269604	21	1.9	22	85	5	57	48	0	14	36	1.44
1269960--1269989	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1270300--1270335	16	2.2	17	90	5	56	41	0	2	55	1.14
1276289--1276353	31	2.1	32	82	2	78	40	0	0	60	0.97
1276316--1276366	24	2.0	26	88	7	79	49	0	0	50	1.00
1276369--1276426	22	2.6	22	79	12	57	34	1	3	60	1.24
1276869--1276998	28	4.6	27	74	11	102	34	10	4	50	1.56
1278228--1278374	20	6.8	20	70	17	105	30	12	13	42	1.82
1278228--1278373	40	3.8	40	73	17	157	30	13	13	42	1.82
1278217--1278356	72	1.9	72	95	0	253	29	12	14	43	1.82
1278623--1278698	39	1.9	39	97	0	143	30	26	13	30	1.94
1292284--1292367	1	84.0	1	75	0	51	84	9	3	2	0.83
1292284--1292367	11	7.7	11	75	11	66	84	9	3	2	0.83
1292294--1292367	13	5.7	12	77	17	60	85	10	4	0	0.73
1292294--1292367	17	4.2	17	75	16	60	85	10	4	0	0.73
1292294--1292356	30	2.1	30	88	2	101	85	9	4	0	0.72
1292294--1292367	29	2.6	27	84	14	96	85	10	4	0	0.73
1292283--1292366	30	2.7	30	82	10	91	83	10	3	2	0.86
1293634--1293999	28	12.9	28	85	4	455	28	32	17	21	1.96
1298292--1298326	11	3.3	11	88	4	54	42	0	2	54	1.15
1303295--1303342	7	7.1	7	88	6	73	70	0	29	0	0.87
1303295--1303344	11	4.5	11	76	16	50	70	0	30	0	0.88
1308849--1308898	20	2.5	20	75	12	57	34	16	12	38	1.85
1319652--1320255	61	10.1	62	83	8	743	25	26	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1319627--1320249	177	3.5	177	86	4	816	25	26	19	28	1.99
1320288--1320525	41	5.6	41	75	9	183	21	26	11	40	1.87
1320284--1320510	83	2.7	85	79	8	230	19	26	11	43	1.84
1323468--1323673	79	2.6	80	86	3	274	29	25	10	33	1.90
1323607--1323724	51	2.4	50	81	5	141	28	29	14	27	1.95
1323527--1323883	129	2.7	128	81	7	400	29	27	12	31	1.93
1323736--1323853	51	2.3	50	86	4	164	30	27	11	30	1.91
1323658--1323809	78	1.9	77	80	7	173	25	27	15	31	1.95
1323834--1323907	28	2.6	28	83	8	89	29	25	16	28	1.97
1323862--1324122	79	3.3	78	78	5	265	24	25	17	32	1.97
1325754--1325812	21	2.8	21	82	7	75	27	18	11	42	1.85
1326573--1326935	32	11.9	32	80	7	275	20	17	33	28	1.96
1326576--1326934	97	3.9	92	76	12	307	20	17	33	28	1.96
1326642--1327107	28	15.9	28	77	9	319	21	17	31	28	1.97
1326644--1327129	115	4.1	114	77	9	403	21	17	31	29	1.96
1328707--1328772	32	2.0	33	97	2	125	51	0	16	31	1.45
1328742--1329266	232	2.3	231	81	8	584	37	12	22	27	1.90
1328742--1329284	154	3.5	153	80	6	508	37	12	22	27	1.90
1328742--1329292	79	7.1	78	80	4	503	38	12	22	27	1.90
1331649--1331704	20	2.7	20	83	5	67	44	12	14	28	1.81
1331692--1331732	20	2.0	20	90	0	64	31	17	7	43	1.76
1332531--1332631	35	2.9	35	83	2	114	35	15	26	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1332682--1332829	63	2.4	61	87	2	215	33	19	21	25	1.97
1337584--1337684	32	3.1	32	92	1	166	34	10	16	37	1.84
1337582--1337679	19	5.8	18	70	28	81	33	11	16	38	1.84
1337755--1337883	52	2.5	52	93	0	222	35	17	18	28	1.93
1346594--1346675	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
1346658--1346828	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
1346811--1346886	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
1349356--1349381	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1349335--1349401	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1349421--1349488	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1349443--1349467	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1349424--1349486	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1349524--1349601	21	3.8	21	84	8	106	33	12	15	38	1.85
1355894--1355979	23	4.2	20	75	17	70	81	11	3	3	0.94
1355894--1355979	34	2.7	31	77	16	88	81	11	3	3	0.94
1355894--1355976	19	4.5	17	75	14	67	81	10	3	3	0.93
1355910--1355982	23	3.3	21	79	11	83	82	10	4	2	0.91
1357433--1357522	29	3.1	30	78	12	116	30	28	15	25	1.96
1357495--1357638	33	4.3	32	80	7	144	20	29	13	36	1.90
1357495--1357655	34	4.8	35	79	9	158	19	29	14	37	1.91
1357495--1357656	35	4.9	34	79	7	147	19	29	14	37	1.91
1357629--1357699	30	2.5	28	83	4	88	35	30	16	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1357715--1357844	43	3.0	43	90	0	197	26	26	19	27	1.99
1357948--1358299	52	7.0	49	72	9	219	24	25	15	34	1.95
1357962--1358146	97	1.9	99	85	3	257	23	24	17	34	1.96
1357946--1358310	149	2.4	151	80	7	384	24	25	15	35	1.94
1358964--1359020	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1358944--1359044	32	3.1	32	95	1	175	34	10	17	36	1.85
1358942--1359039	19	5.8	18	70	28	81	33	11	17	37	1.85
1359082--1359106	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1359115--1359243	52	2.5	52	92	0	213	34	18	18	27	1.95
1363830--1364271	78	5.7	78	76	7	355	35	11	23	29	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15