genome.fa.s140.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold140
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3130556

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4634--4672	18	2.3	18	82	8	55	53	5	0	41	1.23
15317--15364	16	2.7	17	81	15	53	33	0	4	62	1.14
15785--15868	18	4.9	18	69	24	65	42	0	0	57	0.99
21567--21627	19	3.0	21	79	16	65	63	0	0	36	0.94
21613--21667	8	6.9	8	72	15	51	58	1	0	40	1.09
28763--28790	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29141--29183	21	2.0	23	81	9	54	60	11	0	27	1.31
40158--40190	4	8.5	4	93	6	59	75	0	24	0	0.80
42111--42153	22	1.9	23	90	4	70	53	0	2	44	1.13
42177--42220	11	4.1	11	80	16	56	63	0	0	36	0.95
42160--42213	20	2.7	21	82	8	67	61	1	0	37	1.07
42439--42463	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
44358--44393	14	2.6	14	91	4	56	52	0	0	47	1.00
46266--46292	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
59553--59675	64	2.0	62	82	12	153	58	0	0	40	1.04
59598--59680	16	5.2	16	70	15	66	56	0	0	43	0.99
59553--59680	32	4.1	31	77	15	104	58	0	0	40	1.03
61473--61529	21	2.7	21	82	15	73	38	0	0	61	0.96
61662--61700	11	3.6	11	79	6	53	33	0	2	64	1.08
61661--61700	21	1.9	21	94	0	71	32	0	2	65	1.06
63025--63049	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
68446--68527	40	2.0	40	81	9	96	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68526--68571	19	2.4	19	85	0	56	58	0	0	41	0.98
70495--70532	20	1.9	20	100	0	76	42	18	7	31	1.79
71388--71442	15	3.5	15	72	13	56	45	10	29	14	1.79
71385--71440	18	3.3	18	65	14	55	48	10	28	12	1.74
71388--71462	33	2.3	33	100	0	150	46	8	28	17	1.76
71403--71460	18	3.4	18	72	13	68	44	5	29	20	1.73
73755--73779	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
73809--73845	19	1.9	19	94	0	65	59	0	0	40	0.97
74066--74098	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
75272--75297	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
88302--88379	20	3.6	21	72	14	61	47	2	0	50	1.15
88274--88381	23	5.1	20	69	20	67	48	1	1	48	1.23
88311--88399	43	2.2	40	80	17	94	48	0	0	51	1.00
94296--94346	22	2.2	23	86	6	68	52	1	0	45	1.12
95047--95097	2	25.5	2	100	0	102	50	0	49	0	1.00
103013--103055	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
103213--103269	17	3.4	16	73	21	55	50	1	1	45	1.22
103676--103715	15	2.7	15	96	0	71	32	15	22	30	1.94
108516--108554	20	1.9	20	84	5	51	51	0	0	48	1.00
116502--116534	15	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
118602--118650	19	2.5	20	81	15	59	44	0	2	53	1.12
121073--121119	22	2.1	23	88	11	71	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121844--121890	14	3.4	14	76	8	51	70	0	2	27	0.99
121842--121893	12	4.5	11	80	20	54	69	0	1	28	0.99
121871--121968	37	2.6	38	75	16	96	57	0	4	38	1.18
121936--121983	17	2.8	18	78	12	57	66	0	4	29	1.10
123619--123659	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
126294--126327	15	2.4	14	90	9	52	50	0	0	50	1.00
130129--130195	21	3.1	21	79	12	64	56	0	0	43	0.99
130128--130176	23	2.1	23	85	7	64	51	0	0	48	1.00
130148--130253	37	3.0	36	78	18	109	55	0	0	44	0.99
130308--130355	24	2.0	25	83	4	62	50	0	0	50	1.00
130537--130585	21	2.4	20	83	10	64	53	0	2	44	1.12
130575--130636	33	1.9	32	83	9	81	53	0	0	46	1.00
131774--131828	26	2.2	26	90	3	85	20	29	5	45	1.73
133160--133195	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
135138--135162	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
135932--136065	39	3.4	39	85	2	144	39	16	23	20	1.92
145774--145812	19	2.1	18	95	4	69	15	7	5	71	1.26
146346--146381	11	3.3	11	85	14	56	44	0	0	55	0.99
146377--146460	28	3.0	28	76	15	77	52	0	2	45	1.13
146401--146456	28	2.1	27	90	6	87	55	0	3	41	1.17
146529--146577	20	2.3	22	86	10	66	44	0	0	55	0.99
147229--147267	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150568--150596	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
150596--150621	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
151469--151734	131	2.0	131	98	0	514	30	17	19	33	1.94
152986--153034	23	2.2	21	78	7	53	63	2	0	34	1.06
153994--154046	2	26.5	2	84	7	72	47	3	1	47	1.31
154444--154495	22	2.4	22	84	9	63	63	0	1	34	1.06
155468--155519	10	5.4	9	76	19	52	59	0	1	38	1.08
155506--155559	16	3.3	17	76	7	58	59	0	1	38	1.08
155943--155967	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
155994--156022	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
156353--156392	11	3.5	11	82	3	53	52	2	0	45	1.14
156677--157015	118	2.9	118	96	0	624	44	3	2	49	1.31
158241--158283	22	2.0	22	90	0	68	23	4	2	69	1.18
166932--167008	33	2.4	33	78	10	88	55	3	0	40	1.18
166954--167004	15	3.2	15	72	22	50	56	1	0	41	1.10
166910--167046	17	8.4	17	65	24	55	58	2	0	38	1.13
166993--167040	22	2.2	22	84	0	60	62	0	0	37	0.95
167614--167647	13	2.5	13	90	9	50	61	0	0	38	0.96
170235--170359	8	15.8	8	72	23	54	41	0	1	56	1.09
170239--170287	20	2.6	18	76	20	55	38	0	2	59	1.09
170309--170366	28	2.1	28	100	0	116	39	0	3	56	1.16
180641--180687	2	23.5	2	86	0	67	51	0	46	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194957--194986	12	2.5	12	88	0	51	33	0	30	36	1.58
195791--195848	30	1.9	30	89	6	91	39	6	6	46	1.57
201081--201133	17	2.9	17	73	13	52	43	16	5	33	1.72
201786--201859	13	5.7	13	69	12	53	45	1	0	52	1.09
201781--201831	27	1.9	26	84	11	68	47	0	0	52	1.00
201783--201859	40	2.0	40	87	5	113	45	1	0	53	1.08
202141--202191	24	2.2	22	82	6	57	39	0	0	60	0.97
202174--202219	23	2.0	23	87	4	67	43	4	4	47	1.42
202526--202576	16	3.0	16	77	13	50	50	1	3	43	1.31
203524--203579	20	2.9	19	82	10	60	48	0	1	50	1.11
203511--203565	18	2.9	18	81	10	58	47	1	0	50	1.11
203525--203623	32	3.2	32	71	16	82	42	0	1	56	1.06
203536--203591	20	2.9	20	77	12	55	50	0	1	48	1.11
203571--203622	23	2.2	24	80	10	63	38	0	0	61	0.96
203582--203628	22	2.2	22	81	14	62	31	0	0	68	0.90
203586--203628	21	2.0	21	86	8	61	32	0	0	67	0.91
203917--203952	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
204752--204780	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
207204--207288	28	2.8	31	79	17	97	41	0	0	58	0.98
207235--207323	10	9.0	10	70	21	55	35	1	1	61	1.11
207234--207321	28	3.4	25	81	12	81	35	1	1	62	1.10
207927--207962	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208110--208167	19	2.9	20	76	14	57	34	1	0	63	1.04
208427--208478	9	5.9	9	73	13	54	63	0	1	34	1.06
209589--209632	2	22.0	2	90	0	70	50	4	0	45	1.22
216365--216424	16	3.6	16	72	24	52	45	0	0	55	0.99
216353--216431	34	2.4	32	75	10	79	50	0	0	49	1.00
217506--217626	60	2.0	60	98	0	233	23	22	9	44	1.82
219002--219035	10	3.4	10	87	0	50	41	0	8	50	1.34
219623--219673	25	2.2	24	82	10	61	35	0	9	54	1.33
225370--225401	10	3.1	11	91	8	50	28	0	6	65	1.16
226503--226531	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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