genome.fa.s140.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold140
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3130556

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769508--769533	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
770141--770191	24	2.2	24	86	6	70	39	0	1	58	1.09
770156--770211	23	2.3	24	84	9	69	42	1	0	55	1.10
770576--770603	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
773947--773989	2	22.0	2	80	4	52	41	0	2	55	1.12
791190--791226	2	19.5	2	89	10	60	0	54	0	45	1.00
794808--794862	21	2.3	23	82	17	69	45	1	1	50	1.22
794846--794900	19	2.8	19	83	8	67	41	7	0	50	1.30
794846--794900	20	2.9	17	82	17	56	41	7	0	50	1.30
796211--796267	29	1.9	30	86	10	82	56	0	1	42	1.10
796220--796277	29	2.0	28	83	3	71	51	0	5	43	1.24
796811--796859	19	2.6	20	87	9	68	40	0	0	59	0.98
796811--796872	18	3.5	17	79	14	63	43	0	0	56	0.99
796840--796873	16	2.1	16	88	0	50	50	0	0	50	1.00
797301--797351	17	3.1	17	74	23	54	70	0	0	29	0.87
797297--797358	24	2.6	24	82	10	65	72	0	0	27	0.85
797660--797697	19	2.0	20	94	5	69	52	0	0	47	1.00
797686--797766	37	2.1	40	82	13	98	46	0	0	53	1.00
797680--797761	41	2.0	40	80	15	98	47	0	0	52	1.00
804765--804791	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
806905--806976	36	2.0	37	83	8	94	37	2	9	50	1.50
814134--814200	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814154--814178	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
814241--814265	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814274--814393	52	2.3	52	95	0	213	35	17	17	30	1.93
819461--819493	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
820897--820982	32	2.8	30	75	14	86	38	0	0	61	0.96
820897--820983	31	2.8	30	74	16	79	37	0	0	62	0.96
821659--821700	3	14.0	3	94	0	75	66	2	0	30	1.04
822730--822779	20	2.4	21	76	3	57	46	0	2	52	1.12
823068--823108	20	2.1	19	86	4	55	43	0	0	56	0.99
824856--824889	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
827049--827089	15	2.7	16	79	20	52	51	0	0	48	1.00
827270--827350	25	3.2	25	87	5	119	58	6	4	30	1.44
827722--827774	29	1.9	26	85	11	70	58	1	0	39	1.09
833295--833327	16	2.1	16	88	5	50	54	3	6	36	1.41
840099--840145	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
841742--841767	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
843536--843600	28	2.3	29	78	7	71	52	0	3	44	1.16
845179--845216	18	2.1	19	90	5	60	55	0	0	44	0.99
845201--845270	29	2.5	27	79	9	79	58	1	0	40	1.07
852375--852401	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
854392--854479	26	3.2	26	75	18	79	43	0	0	56	0.99
854413--854474	32	1.9	32	90	6	99	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854411--854497	8	10.8	8	72	19	65	40	0	0	59	0.97
854389--854480	16	5.6	16	72	19	73	42	0	0	57	0.98
854765--854800	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
861971--862001	16	1.9	16	93	0	53	25	6	0	67	1.14
864339--864419	20	4.2	20	66	21	55	40	0	1	58	1.06
864380--864424	17	2.6	16	83	13	54	48	0	0	51	1.00
866337--866390	24	2.2	24	80	6	65	51	0	0	48	1.00
867096--867129	15	2.2	16	89	5	52	55	0	2	41	1.15
873375--873529	82	1.9	82	85	2	213	38	21	13	27	1.91
874661--874707	21	2.2	21	96	0	85	36	23	4	36	1.75
878183--878245	24	2.6	24	82	12	67	30	0	0	69	0.88
878190--878242	20	2.7	19	80	8	61	28	0	0	71	0.86
878183--878243	10	5.9	10	74	14	52	27	0	0	72	0.85
878194--878241	9	5.1	9	82	5	51	29	0	0	70	0.87
878194--878242	19	2.5	20	83	6	66	28	0	0	71	0.86
878710--878766	11	5.4	11	77	6	64	21	0	1	77	0.86
878709--878764	21	2.6	21	75	13	60	23	0	1	75	0.90
878853--878920	24	2.8	24	74	20	68	39	1	0	58	1.07
878833--878936	28	3.5	30	73	16	76	43	2	0	53	1.15
879574--879616	14	3.0	14	79	3	50	58	0	2	39	1.11
879622--879662	21	1.9	22	85	14	59	56	0	4	39	1.21
880803--880878	32	2.3	33	86	11	111	52	0	1	46	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
880803--880891	32	2.8	31	80	14	85	51	0	1	47	1.08
880862--880931	21	3.0	21	66	18	50	52	1	0	45	1.09
881374--881408	7	5.1	7	86	6	54	45	0	0	54	0.99
882705--882792	24	3.7	24	93	0	122	44	26	6	22	1.78
887299--887398	27	3.7	27	86	1	121	52	11	0	37	1.37
888599--888698	46	2.2	46	90	1	157	47	8	12	33	1.70
894069--894689	81	7.7	81	89	0	927	23	32	15	28	1.95
894270--894392	29	4.4	29	67	12	87	19	36	16	27	1.93
894634--894746	57	2.0	57	94	0	199	26	29	15	28	1.96
894757--894872	51	2.2	53	83	7	141	26	30	18	25	1.98
894557--894852	138	2.2	138	82	7	358	26	31	15	26	1.96
894966--895007	22	1.9	22	85	0	57	26	30	21	21	1.98
897999--898041	15	2.8	15	80	13	52	41	0	0	58	0.98
897997--898084	26	3.4	25	70	18	72	46	0	0	53	1.00
897997--898050	26	2.1	26	86	3	74	46	0	0	53	1.00
899126--899162	12	3.2	12	92	3	58	35	0	0	64	0.94
899229--899290	26	2.3	27	80	8	72	29	4	0	66	1.12
899904--899964	29	2.1	28	82	8	70	39	0	1	59	1.08
900314--900433	33	3.5	35	77	10	113	40	2	0	57	1.12
900374--900459	38	2.4	37	84	11	115	36	3	0	60	1.14
900381--900442	21	3.1	21	65	21	53	30	3	0	66	1.08
900716--900752	12	3.1	12	96	0	65	37	2	0	59	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900745--900788	23	1.9	23	86	9	63	52	0	0	47	1.00
903107--903151	21	2.2	20	88	4	63	60	0	4	35	1.17
903380--903465	43	2.0	43	93	0	145	31	18	19	30	1.96
904233--904270	16	2.3	17	90	4	60	36	0	0	63	0.95
904250--904299	25	2.0	26	88	11	77	44	0	2	54	1.11
906565--906593	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
907543--907578	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
908231--908255	6	4.2	6	100	0	50	36	16	32	16	1.90
909091--909128	19	2.0	19	85	10	51	39	0	0	60	0.97
909372--909439	34	2.0	34	97	0	127	36	13	8	41	1.75
910445--910488	6	7.3	6	89	0	52	45	2	6	45	1.42
910446--910488	12	3.6	12	83	0	59	44	2	6	46	1.43
910497--910557	30	2.0	30	93	0	104	37	3	11	47	1.56
910678--910718	22	1.9	21	85	14	57	39	0	2	58	1.11
912051--912083	15	2.1	16	88	5	50	63	0	0	36	0.95
913532--913749	34	6.5	34	84	5	273	40	27	7	24	1.81
913530--913749	67	3.3	67	87	1	314	40	27	7	24	1.81
917815--917877	19	3.3	19	88	0	90	36	19	15	28	1.92
918184--918399	34	6.4	34	85	5	278	40	27	7	24	1.83
918182--918399	67	3.2	67	88	1	319	40	27	7	24	1.82
918693--918730	2	19.0	2	88	0	58	50	0	2	47	1.15
920019--920049	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
920117--920167	18	2.9	19	75	24	58	66	0	3	29	1.09
920195--920247	19	2.8	19	76	18	56	60	0	0	39	0.97
920849--920903	28	2.0	29	85	7	78	52	5	3	38	1.42
928112--928158	23	2.1	23	84	4	60	42	2	0	55	1.12
928110--928159	22	2.3	21	80	10	55	40	2	0	58	1.10
928365--928400	19	1.9	18	88	5	54	44	5	11	38	1.63
928492--928516	13	1.9	13	100	0	50	40	20	0	40	1.52
928621--928658	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
935218--935286	26	2.7	26	100	0	138	52	0	0	47	1.00
935218--935320	26	4.1	25	87	9	131	53	0	0	45	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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