genome.fa.s140.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold140
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3130556

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2675581--2676317	27	27.0	27	90	2	1118	27	13	35	24	1.93
2675581--2676317	82	9.0	81	89	3	1118	27	13	35	24	1.93
2683825--2683878	21	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
2684789--2684863	20	3.8	20	78	3	71	40	10	13	36	1.79
2684786--2684863	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
2686646--2686691	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2688571--2688636	27	2.4	28	87	7	91	24	6	22	46	1.74
2691695--2691748	24	2.2	24	83	3	63	38	5	11	44	1.63
2691703--2691749	24	1.9	25	86	4	69	40	4	12	42	1.63
2692049--2692245	109	1.8	109	82	6	256	44	7	3	45	1.46
2692647--2692700	23	2.4	23	84	3	74	29	24	16	29	1.97
2695775--2695800	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2695807--2695843	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
2696904--2696939	12	2.8	12	91	8	54	86	0	13	0	0.58
2701700--2701890	34	5.7	34	82	1	215	26	6	25	41	1.80
2701700--2701890	68	2.8	68	87	3	244	26	6	25	41	1.80
2702650--2702700	25	2.0	27	81	14	63	37	7	13	41	1.74
2706796--2706831	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2710835--2710868	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2711923--2712004	19	4.4	18	71	22	64	52	0	0	47	1.00
2712755--2712792	2	19.0	2	88	0	58	44	2	2	50	1.30
2713594--2713626	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713626--2713680	2	27.5	2	100	0	110	50	0	49	0	1.00
2724945--2724976	13	2.4	14	90	10	50	56	6	28	9	1.55
2726608--2726659	28	2.0	25	85	14	70	46	3	3	46	1.39
2729051--2729080	15	2.0	15	93	0	51	56	0	3	40	1.16
2729699--2729733	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2731363--2731414	22	2.3	22	81	15	54	50	0	0	50	1.00
2732423--2732454	2	16.0	2	93	0	55	0	3	50	46	1.17
2732419--2732451	10	3.3	10	95	0	57	0	6	51	42	1.26
2732415--2732445	14	2.2	14	94	0	53	0	9	51	38	1.35
2734033--2734057	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2737690--2737719	15	2.0	15	93	0	51	83	3	13	0	0.77
2740028--2740053	11	2.4	11	100	0	52	73	0	26	0	0.84
2740280--2740321	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2743925--2744009	39	2.2	39	85	4	109	8	23	14	54	1.67
2745172--2745209	20	1.9	19	89	5	58	28	2	2	65	1.19
2745316--2745347	3	10.7	3	93	0	55	71	0	0	28	0.86
2749217--2749281	28	2.4	28	84	7	80	35	0	1	63	1.04
2749207--2749305	13	9.6	11	72	22	58	36	1	1	61	1.10
2749783--2749818	16	2.2	16	90	5	54	36	0	0	63	0.94
2749888--2749937	11	4.6	11	74	20	52	40	0	0	60	0.97
2750563--2750635	27	2.7	27	79	14	71	41	1	4	53	1.28
2751335--2751418	37	2.3	37	81	8	91	52	5	1	40	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2751395--2751441	16	2.9	17	84	6	62	55	2	0	42	1.12
2751372--2751419	22	2.2	21	85	10	62	52	4	0	43	1.20
2751737--2751790	22	2.5	21	76	8	63	31	3	5	59	1.38
2752278--2752308	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2752618--2752688	33	2.2	32	85	9	92	46	0	0	53	1.00
2752694--2752748	14	4.0	14	80	17	53	27	0	0	72	0.85
2761516--2761551	13	2.8	13	86	0	54	36	2	2	58	1.27
2762580--2762773	21	9.3	20	69	22	107	53	2	1	42	1.24
2762584--2762773	11	18.0	11	68	23	74	53	2	1	42	1.24
2762646--2762748	34	2.9	35	72	16	95	55	0	0	42	1.13
2762679--2762773	10	9.6	9	73	18	73	57	1	1	40	1.12
2762677--2762785	41	2.7	40	77	18	118	56	1	1	39	1.20
2762646--2762772	31	4.1	31	80	9	152	56	0	0	41	1.10
2762690--2762785	10	9.3	10	76	19	83	57	1	1	40	1.13
2763151--2763198	21	2.3	21	85	7	62	56	0	0	43	0.99
2763176--2763205	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2763179--2763251	24	2.9	27	82	15	95	45	0	0	54	0.99
2763197--2763251	26	2.1	27	90	10	87	41	0	0	58	0.98
2765276--2765332	27	2.1	27	96	0	105	35	7	17	40	1.77
2767763--2767807	22	2.0	22	82	0	54	55	0	2	42	1.12
2770638--2770666	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
2773471--2773514	16	2.8	16	82	6	54	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2774011--2774059	23	2.1	23	85	7	64	55	0	0	44	0.99
2774377--2774421	20	2.2	20	84	0	54	44	0	0	55	0.99
2782512--2782553	17	2.5	17	84	0	57	64	2	2	30	1.19
2783487--2783518	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2784386--2784602	34	6.4	34	86	4	280	26	7	25	40	1.82
2784386--2784602	102	2.1	101	89	3	337	26	7	25	40	1.82
2789018--2789230	34	6.5	34	80	8	235	25	6	26	41	1.80
2789018--2789230	102	2.2	95	85	6	282	25	6	26	41	1.80
2789841--2789884	15	3.0	15	80	3	54	79	0	13	6	0.92
2789904--2789971	22	2.8	23	79	20	77	35	0	0	64	0.94
2789909--2789971	26	2.6	24	83	14	76	36	0	0	63	0.95
2789997--2790068	3	23.3	3	76	20	53	27	2	1	68	1.12
2790015--2790072	16	3.7	17	78	21	65	29	5	0	65	1.14
2789997--2790086	46	2.0	46	88	0	135	27	7	1	63	1.29
2789954--2790068	62	1.9	60	82	7	142	27	2	4	65	1.25
2790527--2790553	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2791136--2791180	23	2.0	23	90	0	72	26	0	2	71	0.98
2791223--2791257	10	3.3	10	85	14	52	25	0	0	74	0.82
2791221--2791296	22	3.4	22	80	7	91	31	0	1	67	0.99
2791221--2791258	12	3.3	12	85	14	62	23	0	0	76	0.79
2791247--2791309	33	1.9	32	84	9	83	39	0	1	58	1.07
2791334--2791406	12	6.1	12	72	19	55	30	1	1	67	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791339--2791448	37	2.9	35	80	14	96	28	2	3	65	1.23
2792326--2792350	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
2792343--2792386	19	2.2	20	88	4	63	29	0	0	70	0.88
2792330--2792396	32	2.1	32	82	0	80	26	0	2	70	1.02
2793520--2793572	27	2.0	27	85	7	72	43	0	0	56	0.99
2793529--2793595	20	3.3	20	73	18	59	37	0	0	62	0.95
2793552--2793583	12	2.8	11	90	9	55	28	0	0	71	0.86
2794757--2794801	21	2.2	21	85	14	60	37	0	0	62	0.96
2795607--2795655	22	2.3	21	80	13	55	46	2	0	51	1.12
2803881--2803909	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2815284--2815336	21	2.5	21	84	0	61	54	0	9	35	1.33
2817930--2817993	21	3.0	20	68	18	58	50	1	0	48	1.10
2817875--2817993	44	2.7	44	80	16	124	49	0	0	48	1.12
2818165--2818316	32	4.7	32	71	19	118	44	0	0	53	1.09
2818169--2818225	15	3.7	15	74	19	55	40	0	0	59	0.97
2818247--2818358	35	3.1	35	77	13	102	40	2	0	56	1.20
2818861--2818895	19	1.9	19	88	11	56	62	0	0	37	0.95
2818977--2819030	25	2.1	26	83	10	67	31	1	7	59	1.36
2818957--2819034	41	1.9	41	82	10	97	32	3	6	57	1.42
2819144--2819204	20	3.0	20	68	2	59	37	4	4	52	1.45
2820068--2820104	17	2.2	16	90	4	56	51	0	0	48	1.00
2820129--2820159	15	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2820180--2820245	17	4.1	17	68	18	50	59	3	0	37	1.13
2820222--2820254	16	2.0	17	88	5	50	54	3	0	42	1.15
2820594--2820691	13	7.1	14	67	18	55	58	0	1	40	1.05
2820619--2820700	18	4.5	18	70	18	62	58	0	1	40	1.06
2820614--2820688	18	4.1	20	74	25	76	58	0	1	40	1.06
2821024--2821076	16	3.4	16	74	25	60	39	0	0	60	0.97
2821391--2821428	20	1.9	19	89	5	58	52	0	0	47	1.00
2821395--2821458	24	2.8	23	79	9	69	57	0	0	42	0.98
2821621--2821665	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
2823149--2823178	9	3.3	9	90	0	51	76	3	0	20	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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