genome.fa.s140.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold140
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3130556

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  13  of  20  ( 2326 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011820--2011889	20	3.5	19	78	7	68	21	1	2	74	1.03
2011800--2011856	26	2.2	24	84	9	69	21	0	3	75	0.95
2011832--2011898	33	2.0	34	82	8	84	19	2	7	70	1.25
2012005--2012053	15	3.7	13	79	12	55	24	2	2	71	1.07
2012002--2012038	15	2.4	15	95	4	65	27	0	0	72	0.84
2020611--2020655	2	22.5	2	100	0	90	48	0	51	0	1.00
2028063--2028107	21	2.1	22	83	4	56	35	4	8	51	1.54
2028507--2028572	25	2.7	24	81	9	71	34	1	1	62	1.14
2028592--2028664	26	2.8	26	72	2	67	56	0	0	43	0.99
2031860--2031884	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
2033890--2033943	2	27.0	2	96	0	99	50	1	0	48	1.11
2041896--2041951	29	1.9	29	92	0	94	10	19	10	58	1.60
2043276--2043300	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2048911--2048959	20	2.5	21	83	12	68	44	0	0	55	0.99
2048911--2048975	24	2.5	26	73	11	64	46	0	0	53	1.00
2048911--2048960	19	2.6	19	81	9	57	44	0	0	56	0.99
2051061--2051141	21	3.9	21	91	0	126	34	23	4	37	1.77
2056144--2056199	21	2.7	21	86	5	69	30	25	5	39	1.78
2058579--2058625	11	4.4	11	78	5	60	68	0	31	0	0.90
2058552--2058623	5	14.6	5	74	11	51	62	0	36	1	1.04
2058577--2058624	21	2.3	21	85	0	69	64	0	35	0	0.94
2058564--2058618	26	2.1	27	82	3	67	63	0	34	1	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2058577--2058639	21	3.0	21	79	4	65	61	0	36	1	1.05
2059459--2059484	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
2060161--2060212	24	2.1	25	96	3	97	26	25	0	48	1.52
2061288--2061364	37	2.1	36	95	2	136	35	6	6	51	1.53
2061905--2061957	22	2.4	23	75	9	56	22	1	3	71	1.12
2065418--2065460	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2065939--2065966	1	28.0	1	100	0	56	0	0	100	0	0.00
2070943--2070988	12	3.6	12	78	16	56	39	10	8	41	1.71
2070939--2070980	14	3.1	14	74	19	52	35	11	11	40	1.79
2070943--2070989	13	3.6	13	76	18	53	40	10	8	40	1.70
2072233--2072289	27	2.1	27	96	0	105	42	14	12	31	1.82
2074279--2074308	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2074595--2074634	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2076478--2076517	18	2.2	18	95	0	71	7	17	27	47	1.74
2076836--2076881	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2079777--2079820	11	4.1	11	77	16	56	31	0	0	68	0.90
2080464--2080504	21	1.9	22	85	14	59	7	26	2	63	1.33
2080464--2080508	22	2.0	22	83	8	56	6	26	2	64	1.30
2080564--2080590	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
2081469--2081570	31	3.7	25	71	21	71	53	0	1	44	1.11
2081526--2081611	44	2.0	44	84	9	113	58	0	0	41	0.98
2081575--2081599	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2081577--2081617	15	3.2	13	83	16	50	73	0	0	26	0.84
2081571--2081632	22	2.5	26	75	17	69	64	0	0	35	0.94
2085080--2085112	14	2.4	14	90	10	50	18	0	3	78	0.87
2085609--2085636	1	28.0	1	100	0	56	0	0	100	0	0.00
2091516--2091563	18	2.7	18	81	18	64	68	0	2	29	1.01
2091818--2091866	25	2.0	25	87	0	71	77	2	10	10	1.07
2091818--2091873	25	2.2	25	83	0	67	73	1	16	8	1.17
2091949--2091992	18	2.4	19	88	3	63	40	0	0	59	0.98
2091946--2091990	19	2.4	18	85	10	63	37	0	0	62	0.96
2095480--2095506	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
2096693--2096739	17	2.7	18	83	9	53	63	2	0	34	1.06
2096677--2096739	33	1.9	33	81	12	76	61	1	0	36	1.05
2096755--2096803	23	2.1	22	85	7	62	63	2	0	34	1.06
2097003--2097053	22	2.4	21	81	12	68	58	0	0	41	0.98
2096998--2097034	16	2.2	18	85	9	51	62	0	0	37	0.96
2101242--2101280	14	2.8	14	84	7	53	71	2	2	23	1.10
2101574--2101646	21	3.5	21	78	17	98	67	0	0	32	0.91
2101574--2101652	41	1.9	41	97	0	149	65	1	0	32	1.00
2101954--2101979	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2107340--2107384	22	2.0	22	95	0	81	24	2	22	51	1.60
2107338--2107386	24	2.0	24	92	0	80	24	2	22	51	1.59
2107342--2107382	20	2.0	20	95	0	73	24	2	21	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2112869--2113000	66	2.0	66	100	0	264	34	16	19	28	1.94
2114867--2114902	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
2115469--2115510	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2115912--2115944	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
2116478--2116521	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2125087--2125128	6	7.0	6	91	0	57	50	42	0	7	1.30
2125089--2125152	18	3.6	18	82	0	74	53	35	1	9	1.43
2125137--2125176	12	3.3	12	82	0	53	65	25	2	7	1.32
2125137--2125176	18	2.2	18	90	0	62	65	25	2	7	1.32
2130098--2130123	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2131504--2131551	23	2.1	24	84	7	64	50	0	4	45	1.21
2131667--2131693	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2138895--2138931	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2139655--2139703	22	2.2	22	85	7	64	48	0	0	51	1.00
2140057--2140136	19	4.2	18	71	20	56	41	2	0	56	1.13
2140064--2140111	16	2.6	19	78	15	57	41	2	0	56	1.11
2144290--2144324	3	11.7	3	100	0	70	68	0	31	0	0.90
2144765--2144810	23	2.0	23	87	8	67	54	2	0	43	1.12
2144773--2144822	17	2.9	16	80	11	55	50	2	2	46	1.24
2145142--2145186	23	2.0	23	86	0	63	53	8	0	37	1.32
2145793--2145836	22	2.0	23	90	4	72	54	0	0	45	0.99
2145828--2145878	25	2.2	24	82	10	61	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146896--2146927	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2154466--2154523	16	3.7	16	81	4	64	65	3	0	31	1.09
2154477--2154529	22	2.4	22	78	12	63	62	5	0	32	1.19
2156604--2156684	32	2.6	32	72	18	80	48	0	0	51	1.00
2158549--2158600	22	2.6	19	80	16	61	26	1	0	71	0.97
2159121--2159154	4	8.5	4	100	0	68	76	0	0	23	0.79
2159656--2159734	25	3.3	23	68	25	58	64	0	2	32	1.07
2160321--2160354	14	2.3	15	95	5	61	55	0	2	41	1.15
2160415--2160457	21	2.0	22	90	4	70	58	0	0	41	0.98
2161226--2161250	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2161532--2161557	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2163657--2163697	14	2.8	16	82	17	52	68	2	0	29	1.03
2163672--2163712	17	2.5	17	81	14	50	65	2	0	31	1.05
2164322--2164386	19	3.6	17	78	15	69	67	4	0	27	1.10
2165216--2165294	24	3.3	23	77	13	63	34	7	1	56	1.35
2165238--2165293	24	2.4	23	82	5	67	35	7	1	55	1.38
2166233--2166273	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
2169220--2169249	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2169249--2169276	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2169624--2169655	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
2169654--2169694	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2169973--2170002	15	2.0	15	93	0	51	46	3	0	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2173984--2174008	11	2.3	11	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2175138--2175199	29	2.3	27	83	13	74	27	4	1	66	1.21
2175678--2175717	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2180361--2180395	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2180395--2180423	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2181563--2181613	21	2.4	21	83	6	68	49	0	1	49	1.12
2181687--2181746	17	3.6	16	79	16	59	53	1	0	45	1.10
2181700--2181782	5	17.2	5	71	24	54	57	1	0	40	1.06
2181700--2181784	9	9.4	9	73	18	70	56	1	0	42	1.07
2181687--2181765	35	2.1	37	84	9	99	54	2	0	43	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20