genome.fa.s140.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold140
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3130556

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  18  of  20  ( 2326 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823247--2823280	18	1.9	17	88	5	50	50	2	5	41	1.42
2828351--2828391	12	3.2	13	86	10	57	60	2	0	36	1.10
2829215--2829251	14	2.5	15	91	8	58	56	0	0	43	0.99
2830464--2830498	17	2.1	17	88	0	52	31	0	2	65	1.07
2831582--2831608	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
2832027--2832063	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2832663--2832711	15	3.6	14	76	20	50	51	0	0	48	1.00
2833481--2833534	26	2.1	26	92	0	90	29	24	20	25	1.99
2836056--2836114	21	3.2	19	72	15	52	59	0	5	35	1.20
2837765--2837817	24	2.1	26	86	6	74	41	0	1	56	1.10
2837768--2837824	24	2.4	24	75	13	64	42	0	1	56	1.10
2838474--2838506	10	3.2	10	95	4	57	33	0	0	66	0.92
2839524--2839565	20	2.1	20	100	0	84	45	11	4	38	1.62
2841886--2841948	32	1.9	33	83	3	83	36	15	17	30	1.91
2842812--2842837	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2842876--2842951	21	3.7	21	78	3	100	28	17	11	42	1.84
2842896--2842969	20	3.7	20	80	3	94	31	18	13	36	1.90
2842876--2842969	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2843520--2843777	128	2.0	128	99	0	507	28	27	6	36	1.83
2845548--2845586	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2845572--2845650	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
2849490--2849534	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2851749--2851774	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2851813--2851888	21	3.7	21	78	3	100	28	17	11	42	1.84
2851833--2851906	20	3.7	20	80	3	94	31	18	13	36	1.90
2851813--2851906	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
2855187--2855216	16	1.9	16	93	6	53	36	6	0	56	1.26
2861830--2861854	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2873802--2873882	28	2.9	28	83	7	85	54	0	1	44	1.08
2873832--2873882	14	3.6	14	76	10	50	58	0	0	41	0.98
2874205--2874287	20	4.2	20	70	21	66	59	3	1	36	1.23
2874218--2874283	18	3.9	17	72	25	59	59	4	0	36	1.18
2874214--2874289	32	2.3	33	88	9	118	57	3	0	38	1.17
2874207--2874286	10	7.9	10	70	19	51	58	3	1	36	1.24
2874536--2874611	34	2.2	34	81	9	93	53	0	0	46	1.00
2875302--2875370	30	2.2	33	80	17	85	33	1	0	65	1.02
2876665--2876712	13	3.6	14	72	27	50	60	0	2	37	1.09
2876659--2876721	26	2.4	27	81	5	85	63	0	1	34	1.04
2876979--2877094	60	1.9	59	86	6	155	46	18	10	25	1.80
2878439--2878496	12	4.8	12	95	0	80	50	5	0	44	1.24
2878448--2878496	2	24.5	2	95	0	89	51	2	0	46	1.12
2879735--2879761	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2880204--2880257	28	1.9	28	81	7	65	59	0	3	37	1.15
2880281--2880320	19	2.2	19	86	4	55	45	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2882847--2882882	15	2.6	13	84	16	54	36	0	0	63	0.94
2882850--2882880	15	2.1	15	100	0	62	41	0	0	58	0.98
2882976--2883012	14	2.6	14	95	0	65	43	0	0	56	0.99
2882979--2883021	14	3.2	13	90	6	52	48	0	0	51	1.00
2888150--2888185	15	2.2	17	90	9	58	58	0	0	41	0.98
2888185--2888228	18	2.6	17	89	10	72	40	0	0	59	0.98
2888808--2888852	18	2.6	18	86	10	58	55	0	0	44	0.99
2888793--2888846	17	3.2	16	80	15	56	59	1	0	38	1.08
2889255--2889310	28	2.0	28	89	0	85	37	0	0	62	0.95
2889359--2889417	29	2.1	28	84	9	75	47	1	6	44	1.39
2889416--2889489	29	2.6	29	79	12	82	52	0	9	37	1.34
2889657--2889708	21	2.5	22	81	9	63	48	1	3	46	1.31
2892218--2892300	42	2.0	42	97	0	157	19	14	16	49	1.80
2892781--2892826	20	2.1	23	84	11	62	47	0	0	52	1.00
2893571--2893633	10	6.2	10	75	10	56	52	3	1	42	1.27
2908545--2908573	11	2.5	12	88	11	51	65	0	0	34	0.93
2908548--2908574	11	2.5	11	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2908872--2908907	17	2.1	17	90	10	56	55	0	0	44	0.99
2908919--2909018	25	4.1	25	70	15	84	53	2	1	44	1.19
2912550--2912581	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2913340--2913369	15	2.1	15	93	6	53	70	0	0	30	0.88
2914686--2914718	17	2.0	17	88	5	50	60	0	3	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2914729--2914789	11	5.1	11	71	24	52	60	0	3	36	1.13
2914727--2914793	20	3.5	18	70	25	57	56	0	2	40	1.14
2914890--2914946	13	4.3	13	74	12	53	63	0	0	36	0.95
2914770--2914922	82	1.9	81	84	4	209	54	5	1	37	1.34
2914915--2914947	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
2914848--2914942	27	3.4	27	75	11	102	61	3	0	35	1.12
2915727--2915757	14	2.2	14	94	0	53	54	12	9	22	1.67
2916076--2916121	24	1.9	24	95	0	83	34	13	4	47	1.62
2916633--2916669	19	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
2916732--2916790	28	2.1	28	81	9	68	49	0	1	49	1.11
2917113--2917172	20	3.0	20	71	14	52	51	0	0	48	1.00
2918055--2918122	30	2.3	29	80	12	75	35	0	1	63	1.04
2923152--2923218	21	3.0	21	72	10	55	61	0	2	35	1.12
2923208--2923258	14	3.4	14	75	19	57	49	0	0	50	1.00
2923192--2923281	16	5.5	16	73	20	62	54	0	1	44	1.07
2923209--2923273	32	2.0	33	93	3	114	49	0	0	50	1.00
2923551--2923589	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2923899--2923942	6	7.3	6	89	0	70	27	50	2	20	1.60
2924261--2924288	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
2924525--2924598	2	37.5	2	79	2	60	47	9	1	41	1.44
2924525--2924557	13	2.4	14	90	10	59	48	6	0	45	1.27
2927088--2927122	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2927675--2927706	6	5.3	6	96	0	55	15	31	15	37	1.89
2927945--2927975	3	10.3	3	92	0	53	35	0	64	0	0.94
2928309--2928346	13	2.7	14	84	8	51	42	0	0	57	0.98
2929438--2929509	34	2.1	35	84	7	94	40	0	1	58	1.07
2930171--2930226	15	3.9	15	71	19	57	48	0	0	51	1.00
2930899--2930950	12	4.2	12	78	9	59	38	0	0	61	0.96
2930887--2930964	26	2.9	27	77	11	72	42	1	0	56	1.07
2930905--2930952	13	3.6	14	81	13	57	37	0	0	62	0.95
2930935--2931003	33	2.1	33	81	7	79	44	1	0	53	1.09
2934021--2934058	3	12.7	3	89	10	60	68	0	0	31	0.90
2935299--2935356	15	4.1	14	77	22	59	60	0	0	39	0.97
2936266--2936299	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
2937538--2937590	17	3.2	17	79	12	65	30	0	0	69	0.88
2937948--2938010	20	3.1	20	83	2	72	66	1	1	30	1.10
2939022--2939081	12	5.4	12	75	18	51	65	0	3	31	1.09
2939004--2939085	31	2.6	31	84	5	94	62	0	2	35	1.09
2939099--2939140	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
2939610--2939648	20	1.9	21	89	5	62	56	0	0	43	0.99
2939620--2939684	23	2.9	22	82	8	69	60	0	1	38	1.07
2939681--2939731	13	3.8	13	78	12	59	56	0	0	43	0.99
2939651--2939734	28	3.2	27	87	11	113	57	0	1	41	1.06
2939665--2939725	19	3.3	19	75	22	58	57	0	1	40	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2940858--2940955	13	8.2	12	71	13	69	52	2	1	44	1.19
2940900--2940942	22	1.9	24	81	13	56	55	0	2	41	1.12
2941297--2941337	7	5.9	7	82	0	55	46	0	2	51	1.14
2941278--2941337	28	2.1	28	84	6	77	48	0	1	50	1.11
2945826--2945875	20	2.6	19	87	3	64	48	2	4	46	1.32
2946083--2946131	14	3.6	13	81	8	53	77	2	6	14	1.05
2946332--2946377	16	2.8	16	80	3	56	39	0	0	60	0.97
2946334--2946409	26	2.8	28	80	15	79	39	0	0	60	0.97
2946324--2946410	35	2.4	37	80	18	101	40	0	0	59	0.97
2946322--2946410	45	2.0	45	85	14	123	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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