genome.fa.s140.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold140
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3130556

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388663--2388692	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2391223--2391309	30	2.9	30	72	9	72	36	5	4	52	1.46
2396509--2396551	20	2.2	20	86	0	59	37	0	0	62	0.95
2397247--2397306	25	2.4	26	80	5	70	41	6	0	51	1.28
2397247--2397313	25	2.6	25	79	9	64	40	5	0	53	1.25
2404768--2404805	14	2.9	13	84	7	51	47	10	10	31	1.72
2406483--2406517	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2407535--2407589	16	3.4	16	76	2	56	52	3	5	38	1.42
2408600--2408652	20	2.4	24	73	26	62	62	0	0	37	0.96
2409688--2409734	15	3.2	15	80	14	53	53	0	0	46	1.00
2409946--2409977	3	10.3	3	93	6	55	65	3	0	31	1.08
2410716--2410744	12	2.5	12	94	5	51	51	0	0	48	1.00
2410651--2410752	43	2.3	46	83	13	124	55	0	0	44	0.99
2410782--2410807	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2410933--2410969	14	2.6	14	91	0	56	48	0	2	48	1.15
2411234--2411276	15	2.9	15	83	10	52	51	0	2	46	1.13
2430713--2430774	32	1.9	31	84	12	81	64	4	1	29	1.23
2430842--2430892	22	2.3	22	83	10	59	43	1	1	52	1.23
2430855--2430918	22	2.7	23	80	9	58	50	4	3	42	1.39
2431760--2431799	21	2.0	20	85	14	55	45	7	5	42	1.54
2432572--2432616	13	3.5	13	85	8	56	8	15	0	75	1.03
2433364--2433520	81	1.9	81	80	6	183	34	15	7	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438012--2438049	12	2.9	13	88	7	51	15	2	0	81	0.80
2438431--2438475	22	2.0	22	83	8	56	44	6	2	46	1.42
2447918--2447945	6	4.7	6	100	0	56	50	32	17	0	1.47
2448469--2448527	30	2.0	30	100	0	118	50	6	6	35	1.55
2451115--2451170	17	3.5	16	73	7	51	35	5	0	58	1.21
2451113--2451192	32	2.6	29	72	16	70	35	3	0	61	1.14
2451422--2451461	18	2.4	16	87	8	53	37	0	0	62	0.95
2451738--2451852	10	11.1	11	71	19	70	66	0	0	33	0.92
2453749--2453786	20	1.9	19	89	5	58	55	0	5	39	1.23
2453934--2453962	15	1.9	15	100	0	58	48	6	0	44	1.29
2453975--2454021	11	4.1	12	81	10	53	36	0	0	63	0.94
2453975--2454022	22	2.2	22	85	7	62	35	0	0	64	0.94
2454529--2454579	20	2.4	21	75	15	52	52	0	3	43	1.19
2457737--2457779	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2463255--2463315	2	30.5	2	83	6	70	52	1	3	42	1.27
2463899--2463954	26	2.2	26	93	0	94	25	1	10	62	1.37
2464632--2464688	29	2.0	30	83	13	75	36	0	5	57	1.21
2464608--2464856	73	3.4	72	79	8	249	33	2	8	55	1.45
2465009--2465052	23	2.0	22	86	4	61	43	2	0	54	1.12
2466061--2466093	16	2.2	15	89	10	50	63	3	0	33	1.10
2466426--2466455	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2466443--2466592	74	2.0	75	80	6	171	42	2	1	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466966--2467016	22	2.3	22	86	6	68	60	1	3	33	1.26
2467711--2467776	21	3.1	21	81	16	75	45	1	1	51	1.19
2467819--2467847	12	2.3	13	94	5	51	62	0	0	37	0.96
2468073--2468107	5	6.8	5	87	6	52	20	0	0	80	0.72
2468072--2468108	11	3.5	11	85	7	58	18	0	0	81	0.70
2468074--2468103	16	1.9	15	93	6	51	23	0	0	76	0.78
2472542--2472583	3	14.0	3	94	0	75	0	35	0	64	0.94
2473626--2473727	49	2.1	50	86	1	143	45	11	15	27	1.81
2473765--2473831	33	2.0	34	82	8	84	55	0	0	44	0.99
2475217--2475244	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2475581--2475694	60	1.9	60	85	7	160	33	17	20	28	1.95
2480399--2480448	24	2.1	23	85	3	64	46	10	2	42	1.49
2480724--2480771	24	2.0	24	83	4	60	29	0	0	70	0.87
2480734--2480780	18	2.4	19	82	13	60	34	0	0	65	0.93
2486932--2486991	29	2.1	29	93	0	102	35	0	0	65	0.93
2486941--2487017	29	2.6	29	85	4	91	36	2	2	58	1.26
2488749--2488777	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2490438--2490484	21	2.1	23	84	7	62	72	0	0	27	0.85
2490843--2490880	10	3.8	10	80	13	51	50	0	0	50	1.00
2491262--2491393	42	3.1	42	80	7	142	27	5	18	48	1.70
2495689--2495832	43	3.4	42	86	2	189	30	13	15	40	1.86
2497206--2497355	74	2.0	74	89	2	230	33	18	22	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2500373--2500410	20	1.9	20	88	0	58	39	10	28	21	1.86
2501451--2501475	13	1.9	13	100	0	50	68	8	16	8	1.38
2501844--2501881	10	3.9	10	83	16	53	68	0	0	31	0.90
2501812--2501881	18	3.8	18	78	14	63	61	0	0	38	0.96
2501762--2501880	43	2.7	44	74	18	113	59	2	1	36	1.21
2502360--2502400	19	2.2	19	86	8	57	48	0	0	51	1.00
2502359--2502409	26	2.0	26	84	7	68	50	0	0	49	1.00
2503377--2503424	23	2.1	23	88	0	69	64	2	0	33	1.05
2503683--2503716	17	2.0	17	88	0	50	41	0	5	52	1.25
2504749--2504807	22	2.5	22	84	15	75	57	1	1	38	1.19
2504801--2504843	19	2.3	19	84	8	52	51	2	0	46	1.13
2505482--2505530	16	3.1	16	88	8	64	69	2	0	28	1.00
2505563--2505609	4	12.0	4	78	13	53	70	0	0	29	0.88
2505949--2505981	3	11.3	3	87	6	50	30	3	0	66	1.06
2506946--2506986	12	3.2	13	76	16	50	48	0	0	51	1.00
2507151--2507192	20	2.0	20	86	9	57	45	0	0	54	0.99
2507162--2507206	14	3.3	14	81	3	56	48	0	0	51	1.00
2515036--2515099	27	2.6	23	70	23	58	48	1	9	40	1.45
2515669--2515698	16	1.9	15	93	6	51	53	3	16	26	1.59
2516340--2516382	18	2.6	16	79	13	50	53	2	0	44	1.13
2516579--2516621	16	2.7	16	81	0	50	51	23	11	13	1.74
2519294--2519323	14	2.1	14	93	0	51	80	0	20	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2521169--2521198	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
2521253--2521315	26	2.5	25	77	10	74	50	1	0	47	1.10
2522435--2522489	21	2.7	20	80	8	65	54	0	5	40	1.23
2523834--2523870	19	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
2524083--2524208	61	2.1	60	90	1	198	38	11	19	30	1.88
2524378--2524425	14	3.4	14	85	2	60	58	2	0	39	1.10
2524401--2524437	16	2.2	17	90	4	58	40	0	5	54	1.24
2524543--2524693	62	2.4	61	79	7	169	29	11	9	49	1.71
2524772--2524810	20	2.0	20	89	0	60	46	5	15	33	1.68
2524773--2524818	20	2.3	20	84	0	56	45	8	13	32	1.73
2525327--2525715	72	5.4	71	72	10	265	31	3	11	53	1.52
2525471--2525654	73	2.6	70	80	10	185	31	3	8	57	1.44
2526571--2526617	24	2.0	23	84	12	60	42	4	4	48	1.42
2526846--2527281	159	2.7	157	81	5	502	49	9	5	35	1.58
2527374--2527423	19	2.7	19	81	9	59	2	18	0	80	0.82
2527371--2527432	11	5.6	11	75	7	54	1	17	0	80	0.79
2527374--2527430	18	3.3	17	80	9	62	1	17	0	80	0.79
2527370--2527432	22	3.0	21	79	9	74	1	17	0	80	0.78
2527469--2527681	73	3.0	72	81	6	245	57	9	0	32	1.32
2527638--2527701	27	2.4	26	80	17	69	62	7	0	29	1.23
2528108--2528177	21	3.4	21	69	20	58	44	0	0	55	0.99
2528094--2528185	41	2.1	46	82	11	113	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2528108--2528263	72	2.2	68	80	14	154	42	0	1	56	1.07
2528226--2528269	22	1.9	23	81	9	54	38	2	2	56	1.24
2528364--2528442	23	3.3	23	70	22	65	53	1	0	45	1.08
2528350--2528442	46	2.0	48	93	4	163	53	1	0	45	1.07
2528360--2528456	46	2.1	46	83	7	117	56	2	0	41	1.11
2529639--2529748	52	2.1	54	84	6	145	46	1	5	46	1.36
2534646--2534696	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
2537140--2537191	6	8.7	6	86	0	50	26	5	1	65	1.26
2538602--2538626	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2539200--2539224	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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