genome.fa.s154.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold154
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1945843

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147--177	15	2.1	15	93	0	53	64	0	0	35	0.94
447--477	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
482--617	32	4.0	35	79	17	128	43	0	0	55	1.10
499--588	16	5.4	16	69	15	67	46	0	1	52	1.07
1055--1088	12	2.8	12	86	4	50	20	0	0	79	0.73
1077--1162	43	2.0	45	83	4	113	34	1	0	63	1.02
1881--1918	11	3.5	11	82	3	51	86	0	7	5	0.69
2033--2068	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
2910--2983	31	2.3	32	83	2	96	45	2	1	50	1.24
3119--3172	5	10.4	5	88	4	54	48	0	0	51	1.00
3758--3819	22	2.8	22	74	13	65	43	3	4	48	1.40
3836--3877	14	3.1	14	86	6	61	52	0	0	47	1.00
3937--4027	18	4.7	18	70	27	62	51	1	2	45	1.20
3990--4041	19	2.7	19	84	3	68	51	0	3	44	1.19
4620--4653	13	2.4	14	85	14	52	67	0	0	32	0.91
5415--5451	19	1.9	19	88	0	56	62	2	0	35	1.10
5409--5480	20	3.5	21	75	12	60	63	1	0	34	1.03
5508--5567	4	14.8	4	80	13	61	0	18	0	81	0.69
5508--5563	16	3.5	16	80	9	69	0	17	0	82	0.68
5507--5568	32	1.9	33	90	3	99	0	17	0	82	0.67
7261--7301	10	4.2	10	82	17	59	41	0	0	58	0.98
7265--7322	22	2.7	22	78	2	64	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7322--7357	17	2.2	16	90	5	54	63	0	5	30	1.17
10880--10915	15	2.2	17	90	9	58	50	0	0	50	1.00
11741--11797	17	3.4	17	73	23	57	64	0	0	35	0.93
12101--12164	10	6.7	10	79	13	73	39	1	1	57	1.17
12301--12344	18	2.4	19	81	11	56	59	0	0	40	0.98
12695--12722	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
12991--13032	21	2.0	20	86	13	59	59	0	2	38	1.10
13307--13334	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17619--17668	24	2.1	24	85	7	66	30	4	6	60	1.39
18830--20808	989	2.0	989	97	0	3744	34	20	20	24	1.96
27256--27315	24	2.5	24	83	5	68	28	5	5	61	1.38
27900--27963	33	1.9	33	84	12	87	57	4	3	34	1.35
27907--27974	34	2.0	34	83	11	86	57	2	1	38	1.23
28168--28199	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
31656--31695	21	2.0	20	85	5	53	47	7	0	45	1.31
32611--32648	19	2.0	20	84	5	51	26	2	5	65	1.27
33039--33072	17	1.9	18	88	5	52	61	0	5	32	1.20
33957--34013	16	4.0	15	76	19	52	47	0	0	52	1.00
50966--51013	5	9.8	5	81	4	62	60	0	0	39	0.97
50966--51013	20	2.5	19	93	3	78	60	0	0	39	0.97
51624--51668	19	2.4	21	82	17	55	48	6	13	31	1.68
52430--52470	22	1.9	21	90	5	64	60	2	0	36	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52562--52659	14	6.9	14	69	22	62	45	2	1	51	1.19
53274--53303	5	5.8	5	92	7	51	23	0	0	76	0.78
53274--53303	11	2.9	10	90	9	51	23	0	0	76	0.78
53374--53418	23	2.0	23	82	8	56	17	11	15	55	1.68
53871--53908	18	2.1	18	90	0	58	42	0	0	57	0.98
55625--55800	91	1.9	91	96	1	327	60	2	4	32	1.30
57251--57291	16	2.7	16	81	11	50	39	2	0	58	1.11
57552--57581	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
57890--57942	25	2.1	24	83	13	63	49	5	0	45	1.26
58598--58628	14	2.1	15	94	5	55	51	0	6	41	1.27
59110--59174	29	2.2	29	81	5	78	49	0	0	50	1.00
59129--59195	29	2.3	29	78	19	77	40	1	1	56	1.17
59333--59385	27	1.9	27	84	3	70	50	0	0	49	1.00
59479--59592	28	4.0	27	73	18	106	64	1	0	33	1.04
59479--59592	27	4.0	27	72	22	83	64	1	0	33	1.04
59515--59600	31	2.9	28	77	17	102	65	4	0	30	1.13
61184--61531	115	3.0	115	80	8	354	40	7	7	44	1.61
61184--61471	116	2.5	118	83	6	340	42	7	6	43	1.57
68445--68802	79	4.5	78	78	6	348	32	13	26	28	1.93
68445--68824	158	2.4	158	79	6	412	31	13	26	28	1.94
70976--71026	20	2.5	20	87	6	68	43	13	13	29	1.83
71679--71933	42	5.8	42	73	12	151	43	13	24	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71679--71934	88	2.9	85	80	8	257	43	13	24	18	1.86
71926--72452	61	8.6	61	91	0	822	29	18	27	24	1.98
73417--73496	8	9.5	8	78	15	54	1	6	7	85	0.81
73431--73497	1	67.0	1	75	0	62	1	1	8	88	0.65
73431--73497	15	4.5	15	83	3	82	1	1	8	88	0.65
73434--73497	26	2.5	26	87	5	87	1	1	9	87	0.68
75297--75372	33	2.3	33	88	2	109	28	10	9	51	1.67
80040--80103	26	2.5	26	97	0	119	15	12	23	48	1.79
80592--80825	96	2.4	97	85	3	278	28	11	28	31	1.92
80613--80820	96	2.2	97	87	2	294	29	9	29	30	1.89
83738--84311	27	20.7	27	86	4	743	32	13	29	23	1.94
83738--84311	55	10.4	54	86	4	743	32	13	29	23	1.94
83824--83894	35	2.0	35	94	0	124	26	11	36	25	1.90
83857--84311	109	4.2	108	88	2	667	32	13	30	23	1.93
83857--84311	82	5.6	81	88	1	649	32	13	30	23	1.93
85673--85712	21	1.9	21	84	0	53	5	5	10	80	1.02
85650--85724	23	3.4	22	75	15	66	6	9	10	73	1.25
90192--90239	25	1.9	25	83	8	62	52	6	14	27	1.66
90403--90616	96	2.2	97	87	3	306	32	11	27	28	1.92
94026--94086	27	2.3	27	97	0	113	44	3	9	42	1.54
98781--98825	23	2.0	22	87	8	65	24	15	17	42	1.88
98787--98830	23	2.0	22	86	8	63	18	15	18	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99167--99191	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
101177--101209	16	2.1	16	100	0	66	48	12	18	21	1.80
105239--105275	15	2.3	17	86	9	51	51	27	8	13	1.69
105729--105755	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
114525--114565	2	20.5	2	89	0	64	51	4	0	43	1.23
116974--117038	24	2.8	25	76	19	68	49	0	0	50	1.00
117566--117622	29	1.9	30	89	3	89	59	0	1	38	1.08
117567--117632	29	2.2	30	84	7	82	56	1	3	39	1.24
123696--123736	22	1.9	22	95	5	75	36	14	21	26	1.93
125834--125889	26	2.1	27	86	3	78	66	0	0	33	0.92
126118--126157	21	1.9	21	84	0	53	47	0	0	52	1.00
129555--129611	5	11.0	5	81	12	62	64	0	0	35	0.93
129555--129611	11	5.0	11	80	16	71	64	0	0	35	0.93
129551--129662	35	3.3	34	80	9	106	57	0	0	42	0.99
129607--129682	16	4.4	17	71	17	59	51	0	0	48	1.00
129553--129662	34	3.2	34	82	10	127	56	0	0	43	0.99
129619--129671	17	3.2	17	76	23	60	52	0	0	47	1.00
129630--129679	25	1.9	27	92	8	86	52	0	0	48	1.00
133524--133575	22	2.6	21	82	14	65	26	3	13	55	1.55
133615--133676	21	3.0	21	90	0	70	40	4	4	50	1.45
133763--133788	11	2.4	11	100	0	52	15	7	15	61	1.55
133748--133808	31	1.9	31	87	9	88	26	4	11	57	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133775--133869	20	4.6	20	75	10	93	29	4	11	54	1.55
133774--133869	41	2.3	42	83	5	115	29	4	11	55	1.54
133774--133869	21	4.7	20	81	5	95	29	4	11	55	1.54
134344--134433	40	2.3	38	86	9	119	26	10	10	53	1.66
134616--134737	62	2.0	61	86	1	172	43	15	13	27	1.84
135273--135311	18	2.2	18	100	0	78	28	0	15	56	1.40
135359--135434	21	3.5	21	72	13	64	31	2	7	57	1.41
135375--135424	24	2.1	24	84	0	64	26	4	8	62	1.41
135603--135658	21	2.7	21	88	0	85	28	0	7	64	1.20
135632--135688	30	1.9	30	85	0	78	28	1	3	66	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12