genome.fa.s154.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold154
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1945843

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1254168--1254224	10	5.4	10	80	17	62	78	0	19	1	0.83
1261887--1262690	32	26.2	32	82	8	774	31	30	17	20	1.96
1261887--1262607	186	3.9	184	87	5	918	31	30	17	20	1.96
1262721--1262844	49	2.7	46	82	7	151	20	27	20	31	1.98
1266158--1266364	96	2.1	96	80	7	231	28	23	11	36	1.89
1266183--1266361	96	1.8	98	84	2	245	29	20	11	37	1.88
1266278--1266433	70	2.2	70	89	3	235	30	21	13	33	1.92
1269066--1269143	19	4.4	18	71	21	58	47	10	10	32	1.71
1271490--1271520	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1271470--1271536	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
1271587--1271651	32	2.0	32	84	3	85	41	13	16	27	1.87
1273005--1273165	63	2.6	63	77	4	173	35	14	14	36	1.86
1274033--1274071	4	9.5	4	83	5	51	76	0	23	0	0.78
1274036--1274083	12	4.0	12	86	7	62	77	0	22	0	0.78
1274036--1274082	25	1.9	24	86	4	67	76	0	23	0	0.78
1274033--1274088	11	5.0	11	75	18	53	73	0	25	1	0.93
1277175--1277200	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1277157--1277220	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
1283334--1283366	13	2.5	13	95	0	57	33	15	18	33	1.92
1283394--1283943	274	2.0	274	100	0	1100	33	24	5	36	1.77
1284084--1284128	20	2.1	22	84	8	58	17	46	28	6	1.73
1285461--1285577	51	2.3	51	98	0	225	38	3	27	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1286140--1286164	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1286264--1286289	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1286246--1286309	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
1291151--1291202	20	2.7	19	88	5	77	32	15	15	36	1.89
1291230--1291275	20	2.3	21	81	11	60	36	15	15	32	1.88
1292880--1292917	18	2.1	18	95	0	67	42	0	28	28	1.56
1292884--1292917	9	3.8	9	88	0	50	44	0	26	29	1.55
1299816--1299870	21	2.6	21	85	8	67	30	5	16	47	1.69
1300076--1300126	20	2.5	20	84	6	59	39	15	13	31	1.87
1303097--1303163	35	1.9	35	84	0	89	37	10	10	41	1.74
1312635--1312780	72	2.0	72	100	0	292	45	17	15	21	1.85
1314367--1314404	14	2.5	16	83	12	53	7	7	0	84	0.79
1314568--1314620	16	3.3	17	84	12	76	66	1	0	32	1.03
1314567--1314614	15	3.1	15	83	13	62	70	0	0	29	0.87
1314724--1315149	154	2.8	154	76	7	372	50	8	8	32	1.63
1314836--1315137	153	2.0	151	83	7	378	49	7	8	34	1.64
1316785--1316841	19	2.9	19	86	2	78	31	15	15	36	1.90
1320162--1320200	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
1320258--1320312	21	2.5	22	94	5	103	36	10	25	27	1.89
1320300--1320330	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1320354--1320490	53	2.6	53	92	1	229	26	16	18	37	1.92
1320478--1320532	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1320571--1320611	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1324522--1324558	13	2.8	13	83	0	56	35	13	13	37	1.84
1327003--1327029	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1327013--1327069	19	2.9	19	78	2	69	31	15	17	35	1.92
1330718--1330754	17	2.2	17	90	9	58	18	0	0	81	0.70
1332345--1332377	15	2.3	15	94	5	59	0	15	0	84	0.61
1332346--1332380	19	1.9	19	88	11	56	0	14	0	85	0.59
1333648--1333683	14	2.6	14	91	8	56	30	2	0	66	1.06
1334229--1334363	43	3.2	42	72	14	123	37	11	28	21	1.89
1334257--1335868	42	38.2	42	73	6	939	36	17	27	18	1.93
1335900--1336013	45	2.5	45	72	13	110	41	14	24	20	1.89
1348715--1349123	188	2.2	190	85	1	543	43	14	11	31	1.81
1349711--1349755	1	45.0	1	81	0	54	0	8	0	91	0.43
1349711--1349755	11	4.2	11	91	2	74	0	8	0	91	0.43
1350197--1350276	36	2.2	36	82	8	92	11	15	8	65	1.48
1350478--1350546	29	2.4	29	90	0	102	11	20	15	52	1.74
1351027--1351087	14	4.4	14	78	11	56	24	1	1	72	1.03
1351037--1351087	12	4.1	12	76	16	50	21	0	1	76	0.88
1352571--1352965	88	4.5	88	79	3	386	40	16	23	19	1.91
1352571--1352965	44	9.0	44	78	6	327	40	16	23	19	1.91
1353466--1353782	171	1.9	171	81	2	386	29	13	27	29	1.94
1354622--1354734	50	2.3	49	82	1	145	33	17	9	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1357536--1357585	12	4.1	13	78	19	54	72	0	28	0	0.86
1357536--1357583	23	2.0	23	92	4	78	70	0	29	0	0.87
1357563--1357594	15	2.1	15	94	0	55	84	0	15	0	0.63
1357539--1357597	24	2.5	23	83	5	64	77	0	22	0	0.76
1358189--1358243	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
1358283--1358308	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1360779--1360851	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1360834--1360969	52	2.6	52	81	3	159	29	25	12	32	1.92
1360670--1361062	211	1.9	211	86	2	565	29	27	12	30	1.93
1367665--1367807	52	2.8	50	80	8	144	30	24	9	36	1.86
1367497--1367887	211	1.9	211	86	2	570	30	27	11	30	1.92
1374985--1375035	22	2.2	24	80	13	63	74	7	13	3	1.18
1375016--1375058	19	2.3	18	81	14	52	79	6	11	2	1.02
1376445--1376751	110	2.7	112	84	6	379	25	32	14	28	1.94
1376445--1377022	28	20.4	28	82	6	368	27	30	15	26	1.96
1376733--1377307	56	9.8	58	80	9	487	30	29	16	23	1.96
1376442--1377377	29	32.1	29	80	10	579	28	30	15	25	1.96
1377424--1377537	54	2.1	53	84	7	142	23	26	14	35	1.94
1378569--1378618	17	3.1	16	83	8	57	76	0	22	2	0.89
1382753--1382828	39	1.9	39	86	0	107	26	19	23	30	1.98
1382651--1382863	87	2.4	87	87	0	282	27	19	27	25	1.99
1382792--1382922	43	2.9	46	80	9	151	30	19	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1382660--1382919	48	6.0	43	70	16	169	28	20	26	25	1.99
1382941--1383321	28	13.7	28	80	5	416	18	17	30	34	1.94
1382941--1383321	55	6.8	55	85	4	435	18	17	30	34	1.94
1382966--1383321	111	3.2	110	87	3	457	18	17	30	34	1.94
1383683--1383764	37	2.2	37	97	0	155	45	13	14	26	1.82
1384790--1384826	13	2.7	14	80	20	51	2	0	13	83	0.74
1384788--1384855	14	4.8	14	73	18	52	1	5	7	85	0.80
1384788--1384836	23	2.2	22	85	10	64	2	2	10	85	0.76
1400652--1400699	26	1.9	26	87	8	73	29	27	14	29	1.95
1402645--1402684	20	2.0	20	95	0	71	27	20	12	40	1.88
1403287--1403381	31	3.1	31	74	6	93	21	27	23	28	1.99
1404196--1404514	167	1.9	164	87	4	462	28	12	8	50	1.68
1404196--1404606	167	2.5	164	82	7	451	28	10	9	51	1.67
1405563--1405606	22	2.0	23	95	4	81	70	0	29	0	0.88
1410808--1410834	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1410788--1410852	32	2.0	33	93	3	114	32	12	16	38	1.86
1410895--1411023	52	2.5	52	96	0	240	35	17	17	29	1.93
1426255--1426412	30	5.0	30	74	15	124	22	33	13	31	1.92
1426279--1426428	36	4.4	34	74	13	139	21	34	11	33	1.89
1426415--1426482	33	2.0	34	97	2	129	26	33	17	22	1.96
1426482--1426720	43	5.1	49	79	12	277	24	25	18	31	1.98
1426482--1426713	92	2.5	95	92	2	389	24	25	19	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1427549--1427575	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1427529--1427593	32	2.0	33	93	3	114	32	12	16	38	1.86
1431234--1431433	99	2.0	100	89	0	303	43	13	9	35	1.75
1431477--1431606	58	2.2	58	80	8	156	49	11	10	29	1.71
1432324--1432393	25	2.8	24	81	14	70	7	12	1	78	1.01
1432325--1432379	19	2.8	20	83	8	78	7	10	0	81	0.86
1434080--1434114	2	17.0	2	88	5	52	45	2	2	48	1.32
1435148--1435190	17	2.5	18	81	11	54	27	0	2	69	1.00
1439231--1439272	16	2.6	16	84	0	57	42	2	4	50	1.36
1439436--1439501	33	2.0	33	84	0	87	42	1	9	46	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12