genome.fa.s154.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold154
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1945843

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1624747--1624772	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1625529--1625569	20	2.0	20	100	0	82	48	9	0	41	1.36
1626876--1626918	20	2.1	20	82	4	50	11	25	41	20	1.86
1629474--1629504	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1630993--1631037	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1632919--1632977	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
1633248--1633273	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1636510--1636611	46	2.2	46	82	3	116	33	16	11	38	1.85
1645117--1645157	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
1653709--1653748	13	3.1	13	96	0	71	27	17	15	40	1.89
1656256--1656280	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1656264--1656320	19	2.9	19	86	2	78	31	15	19	33	1.93
1656365--1656417	13	4.5	13	69	26	55	32	13	15	39	1.85
1656349--1656417	33	2.1	33	89	5	104	30	13	17	39	1.87
1660711--1660759	17	2.7	18	81	12	57	42	8	0	48	1.32
1661149--1661207	10	6.6	9	75	12	59	74	0	1	23	0.91
1661149--1661208	19	3.3	19	76	4	70	75	0	1	23	0.90
1661261--1661357	2	51.5	2	74	19	75	52	1	4	42	1.27
1661278--1661357	11	7.3	11	79	12	85	53	1	5	40	1.31
1661254--1661358	45	2.3	45	82	9	117	53	1	3	40	1.30
1661261--1661357	7	12.9	8	71	18	75	52	1	4	42	1.27
1661443--1662107	89	7.4	89	82	2	616	38	14	16	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1665740--1665764	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1665720--1665787	33	2.1	32	86	2	91	35	16	14	33	1.89
1668361--1668427	33	2.0	33	85	0	89	34	10	13	41	1.79
1668381--1668405	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1668468--1668492	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1668501--1668672	52	3.3	52	98	0	326	35	18	17	29	1.93
1675634--1675672	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1675804--1675844	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
1678195--1678245	20	2.6	20	87	3	68	39	19	13	27	1.90
1679108--1679152	21	2.2	20	84	8	54	80	8	2	8	1.00
1679245--1679422	2	97.0	2	70	22	106	44	2	3	49	1.33
1679234--1679422	11	16.2	12	70	23	77	43	2	3	49	1.34
1679234--1679364	27	4.8	26	75	13	113	40	3	4	51	1.38
1679261--1679348	37	2.5	37	83	7	103	43	3	2	51	1.31
1679356--1679414	25	2.5	24	88	5	84	52	1	0	45	1.10
1679665--1679858	97	2.0	97	97	0	370	33	18	11	36	1.87
1680278--1680328	20	2.5	20	87	3	66	43	11	17	27	1.84
1680385--1680523	52	2.7	52	88	3	201	29	15	14	40	1.87
1682733--1682923	98	2.0	97	82	5	233	34	21	7	36	1.83
1682719--1682932	98	2.2	97	77	4	225	32	23	7	36	1.84
1689043--1689179	52	2.7	50	82	3	150	42	12	14	30	1.83
1689236--1689289	20	2.7	20	85	2	72	31	16	11	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1696503--1696567	31	2.1	31	97	0	121	40	4	6	49	1.48
1696499--1696555	17	3.6	17	65	15	50	43	3	7	45	1.48
1697031--1697152	48	2.8	43	73	20	101	50	0	0	49	1.06
1697460--1697488	12	2.3	13	94	5	51	31	6	6	55	1.53
1698004--1698052	6	8.0	6	79	20	57	63	0	0	36	0.95
1698005--1698052	11	4.0	11	80	19	60	62	0	0	37	0.95
1698008--1698051	13	3.2	15	69	24	51	63	0	0	36	0.95
1697996--1698080	26	3.2	27	81	9	95	63	1	0	35	1.02
1698016--1698071	19	2.8	19	81	10	60	58	0	0	41	0.98
1700763--1700798	16	2.4	14	83	16	54	16	27	11	44	1.82
1700767--1700799	16	2.1	16	100	0	66	18	24	12	45	1.83
1701849--1701873	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1702777--1702821	23	2.0	22	91	4	72	53	0	0	46	1.00
1702816--1702892	32	2.5	30	81	10	84	45	0	0	54	0.99
1702817--1702897	36	2.2	36	81	14	96	46	0	0	53	1.00
1704655--1704694	21	2.0	20	85	14	55	40	0	0	60	0.97
1705474--1705517	18	2.5	17	82	7	52	0	34	4	61	1.16
1706134--1706184	21	2.3	22	80	13	59	58	0	1	39	1.09
1706436--1706485	22	2.3	22	86	6	66	58	10	20	12	1.62
1708754--1708832	28	2.9	28	85	7	101	21	6	22	49	1.72
1708790--1708858	24	2.8	24	82	4	75	21	5	26	46	1.74
1711384--1711429	21	2.1	22	84	4	58	30	17	30	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712122--1712206	41	2.1	41	93	0	143	37	12	25	23	1.91
1713374--1713428	28	2.0	28	100	0	110	18	10	21	49	1.78
1723201--1723329	52	2.5	52	94	0	240	27	17	18	35	1.94
1723338--1723362	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1723407--1723490	13	5.5	13	71	28	60	36	16	13	33	1.87
1723415--1723511	19	5.7	19	72	26	101	38	16	12	32	1.86
1723407--1723509	32	3.2	32	98	0	197	36	17	12	33	1.88
1724441--1724997	49	12.1	44	82	9	575	30	17	25	26	1.97
1724393--1725004	92	6.6	88	83	9	586	30	18	25	25	1.98
1724259--1724979	141	5.2	141	85	6	652	30	18	25	26	1.98
1724858--1724925	21	3.2	21	62	25	52	27	19	27	25	1.98
1724879--1724946	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
1724985--1725092	33	3.4	33	94	3	186	16	17	36	29	1.92
1724985--1725111	33	4.0	32	88	7	179	16	17	37	28	1.91
1725096--1725358	35	7.6	35	87	3	327	35	11	31	21	1.89
1725096--1725396	70	4.4	67	86	3	338	36	11	30	21	1.89
1725338--1725481	31	4.7	30	79	10	139	27	15	29	27	1.96
1726481--1726515	15	2.2	16	90	5	54	0	8	5	85	0.73
1738118--1738266	52	2.9	51	87	4	217	30	16	18	34	1.93
1738255--1738279	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1738320--1738386	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1738342--1738366	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1739871--1739997	64	2.0	64	98	0	245	36	17	19	26	1.94
1754865--1755013	69	2.2	69	88	0	217	38	11	20	30	1.87
1756013--1756069	19	3.1	19	75	12	64	7	17	38	36	1.77
1756792--1756846	14	3.5	15	80	11	58	23	3	3	69	1.21
1756787--1756867	41	1.9	43	80	14	98	22	2	4	70	1.19
1757501--1757619	61	2.0	61	84	3	159	39	12	24	23	1.89
1757576--1758231	52	12.9	49	75	8	426	32	16	25	25	1.96
1757576--1758231	98	6.5	99	75	9	452	32	16	25	25	1.96
1757635--1758231	147	3.9	151	76	9	427	32	16	25	24	1.96
1758081--1758231	53	2.9	52	85	1	203	34	15	23	25	1.95
1758280--1758539	32	8.0	32	84	4	315	22	17	28	31	1.97
1758280--1758539	65	4.0	65	88	1	344	22	17	28	31	1.97
1758670--1758724	27	2.0	27	89	0	83	27	10	34	27	1.90
1758693--1759397	33	21.9	33	75	12	170	36	13	28	22	1.91
1758758--1758950	93	2.1	93	88	2	280	36	11	30	21	1.89
1758825--1758884	27	2.2	27	93	0	102	33	13	33	20	1.91
1758671--1758986	159	2.0	159	83	3	404	35	12	30	22	1.91
1758971--1759405	33	13.5	33	84	5	532	36	13	26	22	1.92
1758686--1759051	159	2.3	159	81	6	400	36	12	28	21	1.90
1759011--1759374	163	2.2	162	88	1	523	37	13	26	22	1.91
1765366--1765516	69	2.2	69	86	0	212	38	14	19	27	1.91
1766526--1766568	19	2.3	19	91	0	68	6	18	41	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1767916--1767966	19	2.6	20	84	6	68	37	15	13	33	1.87
1767952--1767978	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1767933--1767994	32	1.9	33	90	3	99	38	14	16	30	1.88
1776539--1776612	20	3.7	20	90	3	105	37	16	13	32	1.87
1777159--1777217	17	3.5	17	70	22	52	18	0	3	77	0.90
1777137--1777221	27	3.3	27	76	14	72	20	2	2	75	1.03
1777175--1777223	23	2.3	23	86	10	68	18	0	2	79	0.83
1779772--1779813	8	5.2	8	100	0	84	23	23	26	26	2.00
1779837--1780022	52	3.7	49	78	7	178	32	16	26	24	1.96
1779930--1780022	49	1.9	49	86	4	136	32	16	25	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12