genome.fa.s154.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold154
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1945843

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  2  of  12  ( 1433 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135689--135759	10	7.0	10	69	24	51	35	2	12	49	1.56
135689--135972	41	7.1	41	67	19	118	37	3	8	50	1.50
135684--135962	21	14.1	20	68	16	111	36	3	7	51	1.49
135918--135991	11	6.9	11	75	20	52	37	0	9	52	1.34
140792--140825	16	2.1	17	88	5	52	58	0	0	41	0.98
140881--140954	35	2.1	35	92	0	121	43	18	18	18	1.89
149868--149988	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
149868--150008	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
149997--150021	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
150085--150109	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
150064--150129	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
151099--151232	43	2.9	45	83	8	182	32	18	23	26	1.97
151056--151242	49	3.9	49	81	10	224	33	17	22	26	1.96
151055--151232	92	1.9	94	91	3	297	33	17	23	25	1.97
150918--151498	266	2.2	266	97	0	1081	35	15	24	24	1.94
151322--151649	49	6.9	49	83	9	419	32	17	24	25	1.96
151322--151649	92	3.4	96	91	3	402	32	17	24	25	1.96
151729--152295	49	11.6	49	84	6	717	32	17	25	24	1.97
151099--152295	407	3.0	406	92	4	1867	33	16	25	24	1.96
151728--152295	98	5.9	95	93	3	817	32	17	25	24	1.97
152365--153015	71	9.4	69	88	7	791	34	12	33	20	1.90
152362--153015	170	3.8	173	86	9	830	34	12	33	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152679--152732	27	2.0	27	92	0	90	24	16	33	25	1.96
152367--153015	241	2.7	237	88	8	911	34	12	33	20	1.90
154065--154097	8	4.2	8	92	3	50	0	6	3	90	0.52
154058--154099	15	2.8	16	82	13	54	0	7	7	85	0.73
161267--161387	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
161267--161407	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
161396--161420	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
161484--161508	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
161463--161528	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
163241--163292	21	2.5	20	87	6	77	26	7	5	59	1.48
164975--165106	43	3.2	43	64	23	100	47	3	6	42	1.46
165249--165316	29	2.3	29	82	0	82	52	0	4	42	1.21
166332--166394	34	1.9	33	93	6	110	44	12	12	30	1.80
170435--170465	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
172480--172584	45	2.3	45	85	8	133	29	15	16	39	1.89
172547--172597	13	3.9	13	89	0	84	31	19	15	33	1.93
172711--172753	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
176236--176463	79	2.9	76	88	5	305	30	10	28	30	1.90
176317--176592	130	2.1	130	82	1	347	31	11	26	30	1.91
176395--176513	51	2.3	52	79	1	132	29	10	28	31	1.91
183738--183773	18	2.0	18	100	0	72	16	16	16	50	1.79
186743--186773	16	1.9	16	93	0	53	45	9	16	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186813--186941	51	2.5	51	84	1	170	31	12	12	43	1.80
187855--187893	21	1.9	21	84	5	53	20	10	17	51	1.74
200954--200998	10	4.5	10	81	10	56	84	13	2	0	0.72
200957--200998	17	2.4	17	88	4	66	85	11	2	0	0.68
200956--200993	6	6.5	6	84	6	51	86	10	2	0	0.66
200956--200999	23	2.0	22	86	8	63	84	11	4	0	0.77
202310--202374	28	2.4	27	86	2	85	26	27	20	26	1.99
202554--202675	32	3.8	32	87	5	176	31	31	18	17	1.94
202684--202917	95	2.4	96	82	3	267	24	24	17	32	1.97
202776--202858	43	1.9	43	87	0	121	25	21	20	32	1.98
202819--203331	52	9.8	51	71	10	302	25	24	15	34	1.95
203075--203405	52	6.3	51	71	13	224	24	25	15	35	1.94
204044--204177	51	2.7	50	89	1	205	28	15	13	42	1.85
206356--206406	26	2.0	26	88	0	75	25	31	17	25	1.97
208826--208850	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
208806--208874	32	2.1	33	91	2	113	36	10	17	36	1.84
208946--209073	52	2.5	52	96	0	238	35	19	17	27	1.95
218014--219032	62	16.9	62	80	6	875	27	23	19	29	1.98
218008--219032	120	8.5	121	82	3	1050	27	23	19	29	1.98
218040--219032	241	4.1	240	82	4	1020	27	23	19	29	1.98
219066--219181	52	2.2	52	81	3	135	25	25	15	33	1.95
228867--228899	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233661--233790	52	2.5	52	90	3	201	31	16	16	35	1.91
233661--233810	52	2.9	51	86	6	171	32	16	16	34	1.92
233799--233823	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
233864--233930	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
233886--233910	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
234713--234828	50	2.3	51	82	4	146	34	13	23	28	1.93
234815--234884	28	2.5	28	81	11	90	27	18	27	27	1.98
234870--234986	51	2.3	51	85	4	164	29	12	27	29	1.93
234922--235220	79	3.8	79	84	5	376	31	14	25	28	1.95
235156--235336	51	3.5	51	81	3	204	33	11	26	29	1.91
237610--237717	20	5.8	20	75	18	115	43	15	14	25	1.86
237610--237679	33	2.1	33	94	0	122	41	15	15	27	1.88
237629--237659	13	2.4	13	94	0	53	41	16	12	29	1.85
238189--238241	25	2.2	23	83	6	61	33	1	3	60	1.26
242637--242944	153	2.0	153	95	0	553	30	15	13	40	1.86
244321--244370	20	2.5	20	87	6	66	34	14	10	42	1.78
244406--244526	21	5.8	21	96	0	217	38	14	10	37	1.80
244583--244623	20	2.0	20	85	0	55	31	9	14	43	1.78
247882--247951	32	2.2	32	92	0	122	37	11	8	42	1.72
252152--252290	51	2.7	52	86	3	174	27	15	13	43	1.84
252175--252290	52	2.3	51	89	1	169	25	15	14	43	1.85
254657--255034	157	2.4	160	79	5	426	26	24	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
254656--255082	79	5.4	78	81	7	425	27	24	12	34	1.92
260195--260313	51	2.3	51	83	0	139	29	13	28	28	1.94
260299--260630	79	4.2	79	90	2	488	31	15	26	26	1.96
260246--260630	158	2.4	158	86	3	515	31	15	26	27	1.95
262990--263015	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
263045--263098	19	2.7	21	88	5	85	35	14	12	37	1.85
263847--263946	42	2.4	42	89	3	148	46	14	25	15	1.82
263847--263981	42	3.1	42	85	5	146	41	14	27	17	1.87
263970--264193	122	1.8	121	85	2	315	27	20	26	25	1.99
263964--264199	61	3.9	61	83	4	282	28	19	25	25	1.99
264238--265498	61	21.4	60	77	10	928	26	20	27	26	1.99
264238--265476	121	10.5	117	76	12	884	26	20	27	25	1.99
264238--264897	55	11.4	56	86	6	776	25	20	26	26	1.99
264825--265065	94	2.6	94	85	2	342	25	19	29	25	1.98
265517--266102	61	9.9	62	78	13	542	26	20	26	25	1.99
265361--265653	155	1.9	155	89	2	455	25	20	27	26	1.99
265516--266122	116	5.2	120	78	11	584	26	20	26	25	1.99
266140--266587	61	7.4	61	87	3	582	28	19	26	25	1.99
273383--273446	19	3.7	19	70	23	68	34	7	18	39	1.80
273384--273454	32	2.2	32	89	0	115	33	8	19	38	1.82
284096--284139	12	3.5	12	90	9	70	88	6	4	0	0.62
284096--284139	13	3.4	13	87	6	63	88	6	4	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284095--284142	18	2.6	18	86	3	60	85	8	6	0	0.74
285141--285442	63	4.8	63	80	2	302	27	23	17	31	1.97
286032--286169	51	2.7	51	81	2	143	30	16	13	39	1.88
288521--288847	79	4.1	80	82	2	336	29	25	10	34	1.90
288501--288816	160	2.0	157	82	5	386	29	23	10	36	1.88
294122--294198	20	3.8	20	84	0	100	33	14	11	40	1.82
307860--307962	1	103.0	1	74	0	71	85	10	2	0	0.75
307861--307960	10	9.9	10	78	9	105	85	11	3	1	0.77
307860--307960	28	3.5	28	83	12	118	85	10	2	0	0.76
307868--307958	18	4.7	19	82	11	98	84	10	3	1	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12