genome.fa.s154.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold154
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1945843

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1433 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728481--728535	20	2.8	20	86	5	67	41	12	12	32	1.81
731583--731658	20	3.8	20	81	10	93	38	11	15	34	1.84
733581--733699	51	2.3	52	85	4	161	31	16	12	38	1.87
734382--734457	14	5.9	13	74	21	63	68	0	1	30	0.98
734371--734463	25	3.9	24	76	17	81	70	0	1	27	0.94
734371--734459	8	11.2	8	73	12	69	70	0	1	28	0.94
738369--738399	13	2.4	13	94	0	53	38	16	16	29	1.90
738347--738415	33	2.1	33	89	5	104	37	20	13	28	1.90
738443--738516	20	3.8	19	90	3	103	36	16	14	32	1.89
740870--740908	21	1.9	21	89	5	62	43	0	23	33	1.54
745603--745637	18	1.9	18	94	0	61	25	28	5	40	1.78
747198--747224	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
749594--749632	21	1.9	21	89	5	62	43	0	23	33	1.54
755930--755983	20	2.7	20	80	5	65	35	18	12	33	1.89
756011--756068	19	3.1	18	83	11	80	32	15	15	36	1.89
756052--756078	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
756033--756097	33	2.0	32	87	3	94	40	13	15	30	1.86
768405--768981	42	13.7	42	74	7	386	19	28	18	33	1.95
768410--768992	84	6.9	84	77	5	428	19	28	17	34	1.95
768405--768992	126	4.7	125	79	4	468	19	28	17	34	1.95
769583--769627	19	2.2	22	88	11	69	77	0	0	22	0.76
769593--769635	14	3.2	14	87	12	56	72	0	2	25	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769583--769634	11	5.0	11	86	11	58	75	0	1	23	0.91
770277--770328	15	3.3	15	76	10	50	78	5	11	3	1.05
772750--772805	20	2.8	20	89	2	78	28	14	12	44	1.81
773709--773755	21	2.4	21	79	10	55	23	21	10	44	1.83
784565--784960	51	7.6	51	72	9	289	32	10	26	30	1.90
784768--784844	28	2.8	28	86	7	95	22	18	35	24	1.96
784467--784950	262	1.9	252	90	4	779	32	11	27	29	1.91
787324--787365	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
787390--787474	19	4.7	19	72	22	76	34	14	14	37	1.86
787382--787454	32	2.3	32	92	0	128	35	15	12	36	1.84
788117--788207	42	2.2	42	86	9	127	38	12	30	18	1.87
788309--788892	55	10.5	54	76	15	496	23	20	28	27	1.99
788473--788700	63	3.7	63	82	11	303	23	21	29	26	1.99
788309--788892	173	3.5	165	76	15	475	23	20	28	27	1.99
788309--788862	118	4.9	116	81	10	550	23	20	28	27	1.99
788658--788884	51	4.3	50	77	15	194	22	22	28	27	1.99
791156--791221	33	2.0	33	88	5	98	42	13	15	28	1.85
791240--791313	32	2.3	32	90	0	112	33	16	13	36	1.88
792025--792734	49	14.9	49	78	13	662	30	18	26	24	1.98
792025--792467	101	4.4	101	94	0	744	31	18	26	23	1.97
792025--792729	175	3.7	202	86	6	769	29	18	26	24	1.98
792429--792680	39	6.0	39	70	20	186	25	20	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792381--792729	87	4.0	88	88	3	533	27	19	26	26	1.99
792797--793417	33	20.7	29	80	12	425	31	13	32	22	1.93
792963--793417	28	15.7	27	80	11	424	29	14	33	23	1.93
792861--793516	176	3.7	176	82	8	697	31	13	32	22	1.92
792924--793396	149	3.2	149	92	2	789	31	13	33	22	1.92
793391--793522	34	3.9	34	82	5	144	34	13	31	20	1.91
793391--793522	65	2.0	66	80	5	149	34	13	31	20	1.91
793459--793609	31	4.9	30	78	7	142	27	15	31	25	1.96
794926--794979	11	5.2	11	80	19	71	0	0	11	88	0.50
794910--794989	29	2.8	28	81	9	90	0	0	16	83	0.64
794927--794988	18	3.3	18	91	8	90	0	0	12	87	0.55
794926--794972	1	47.0	1	82	0	58	0	0	8	91	0.42
794910--794979	11	6.5	11	79	15	58	0	0	15	84	0.63
794928--794989	17	3.9	17	77	12	60	0	0	12	87	0.55
801811--801869	19	3.4	19	73	26	76	35	18	11	33	1.88
801796--801869	32	2.3	32	95	0	130	35	17	13	33	1.89
811866--812406	65	7.9	66	78	10	443	25	22	14	38	1.91
812188--813035	75	11.5	75	76	10	591	24	22	13	38	1.91
812232--812941	221	3.2	217	77	10	679	25	23	13	37	1.91
812219--813041	70	11.2	70	75	11	463	24	23	13	38	1.91
812512--812679	81	2.1	82	82	3	205	23	23	11	42	1.86
812188--812887	297	2.4	297	77	9	721	25	22	13	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813655--813768	52	2.2	51	87	1	156	28	16	12	42	1.84
819327--819387	19	3.6	18	75	25	69	37	19	8	34	1.82
819312--819389	32	2.4	32	91	0	129	34	17	11	35	1.86
822254--822659	79	5.1	80	80	5	414	30	26	9	33	1.88
825313--825380	32	2.2	31	86	7	93	57	5	14	22	1.59
825413--825459	24	2.0	24	87	8	69	53	0	2	44	1.12
827513--827546	17	2.0	17	94	0	59	50	2	17	29	1.61
827905--827937	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
828605--828633	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
831293--831317	11	2.3	11	100	0	50	76	16	0	8	1.02
833644--833831	93	2.0	94	86	7	267	34	14	12	38	1.85
834150--834188	18	2.2	18	86	9	53	74	7	17	0	1.05
835543--835572	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
835836--835903	35	1.9	35	85	5	93	30	17	5	45	1.72
837250--837283	17	2.0	18	88	11	54	41	5	5	47	1.52
840340--840386	21	2.2	22	78	17	55	42	0	0	57	0.98
841268--841326	21	2.6	23	79	17	70	47	0	0	52	1.00
847183--847301	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
847216--847291	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
847207--847292	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
847198--847268	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
854657--854686	12	2.5	12	94	0	51	60	6	0	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855449--855489	2	20.5	2	100	0	82	51	0	48	0	1.00
856188--856219	15	2.2	15	94	5	57	68	0	0	31	0.90
857316--857355	16	2.7	15	81	11	55	47	0	0	52	1.00
857784--857890	14	7.6	14	73	17	69	37	0	0	62	0.95
857860--857890	15	2.1	15	94	5	55	25	0	0	74	0.82
858047--858099	21	2.6	21	82	8	56	56	1	0	41	1.10
858048--858099	19	2.8	18	76	23	54	57	1	0	40	1.10
858469--858515	24	2.0	24	87	8	69	51	0	4	44	1.21
859948--860016	16	4.2	16	75	17	61	49	0	1	49	1.09
860161--860206	23	2.0	24	86	4	67	43	2	4	50	1.34
860680--860704	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
861122--861189	24	2.7	23	75	16	64	69	1	1	27	1.06
861155--861191	17	2.1	17	90	10	56	67	0	0	32	0.91
861242--861288	10	4.4	11	81	10	53	65	0	0	34	0.93
861252--861293	21	2.0	20	86	9	57	71	0	0	28	0.86
861559--861590	2	16.0	2	93	0	55	50	0	3	46	1.17
866890--866915	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
866872--866935	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
872196--872221	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
872178--872241	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
873758--873786	15	1.9	15	100	0	58	17	0	6	75	1.01
874768--874904	67	2.1	65	81	8	154	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878342--878558	77	2.7	81	76	11	194	43	11	25	20	1.84
878443--879094	42	15.5	42	77	9	480	40	12	26	20	1.88
878668--878853	41	4.5	41	78	9	164	39	10	27	22	1.86
879063--879723	62	10.6	62	90	1	991	30	19	27	23	1.98
881846--882143	130	2.3	129	82	6	352	34	14	24	26	1.94
881998--882116	51	2.3	50	88	4	184	31	15	26	27	1.95
882099--882175	28	2.8	27	92	7	120	24	18	32	24	1.97
882159--882273	50	2.3	51	83	6	153	30	10	26	32	1.90
882233--882380	76	1.9	76	90	0	233	31	14	27	27	1.95
882364--882543	51	3.5	51	80	5	186	35	12	25	27	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12