genome.fa.s154.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold154
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1945843

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1443512--1443556	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
1446628--1446701	20	3.7	20	72	15	71	36	14	14	33	1.88
1446633--1446714	41	2.0	42	90	2	130	35	14	18	31	1.91
1448470--1448495	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
1457069--1457165	1	97.0	1	77	0	77	86	5	8	0	0.70
1457067--1457165	29	3.5	29	90	8	152	84	5	10	0	0.75
1457069--1457165	42	2.3	41	82	10	115	86	5	8	0	0.70
1459935--1459979	21	2.1	21	87	0	63	17	22	0	60	1.37
1459950--1459993	21	2.1	21	86	0	61	20	20	0	59	1.39
1460415--1460456	21	2.0	21	85	0	57	23	23	4	47	1.70
1461548--1461611	32	1.9	35	87	9	98	35	23	10	29	1.89
1462059--1462133	20	3.7	20	74	13	80	36	12	16	36	1.85
1462060--1462146	42	2.1	42	91	0	138	36	11	17	34	1.86
1462203--1462227	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1462673--1462731	21	2.9	21	97	2	111	15	23	16	44	1.86
1467370--1467405	6	6.0	6	100	0	72	16	16	50	16	1.79
1468617--1468694	36	2.2	36	83	0	93	42	0	7	50	1.31
1474970--1474995	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1474952--1475016	34	2.0	33	90	6	105	44	13	12	29	1.81
1479024--1479054	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1481128--1481165	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1481277--1481322	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483672--1483736	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
1483690--1483715	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1483672--1483736	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
1487203--1487268	26	2.5	26	92	0	105	21	12	16	50	1.77
1491284--1491966	49	14.1	49	78	9	638	32	17	25	24	1.96
1491646--1491966	43	7.1	43	76	11	309	31	18	24	25	1.97
1491302--1491960	92	6.9	93	83	8	706	32	17	25	24	1.97
1492027--1492476	33	13.9	32	75	10	299	34	12	31	20	1.91
1492027--1492476	66	7.0	65	73	10	332	34	12	31	20	1.91
1492042--1492192	68	2.3	66	84	3	194	37	11	30	20	1.88
1492166--1492218	27	2.0	27	92	0	88	32	13	30	24	1.93
1492127--1492248	60	2.0	60	80	3	138	36	13	28	20	1.91
1492338--1492423	30	2.8	30	82	12	102	32	15	29	23	1.95
1492284--1492467	34	5.8	32	79	14	159	32	13	34	20	1.91
1492032--1492476	193	2.3	192	80	5	488	34	13	31	20	1.91
1493936--1494032	8	11.4	8	73	14	79	1	2	16	80	0.87
1493936--1494016	4	20.2	4	75	14	53	1	2	16	80	0.89
1493926--1494031	22	5.1	21	75	12	87	0	1	16	81	0.84
1493926--1494030	40	2.6	40	82	13	133	0	1	16	80	0.84
1493926--1494032	18	5.4	18	73	22	81	0	1	16	80	0.86
1497133--1497257	52	2.4	52	91	0	205	27	17	18	36	1.93
1497133--1497277	52	2.8	51	86	4	193	28	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1497266--1497290	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1497356--1497380	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1497334--1497400	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1503348--1503623	140	2.0	141	94	5	497	21	21	26	30	1.98
1514874--1515005	48	2.8	48	88	0	201	36	17	25	20	1.94
1515141--1516141	28	35.2	28	83	7	461	26	16	30	27	1.97
1515325--1515481	64	2.6	62	81	7	178	20	18	29	31	1.96
1515569--1516506	28	34.1	28	86	3	1153	28	14	31	24	1.95
1515449--1516506	56	19.2	56	83	5	1113	28	14	31	25	1.95
1516329--1516469	73	1.9	74	89	1	221	25	16	33	24	1.96
1517885--1517946	22	2.8	23	80	11	67	8	12	8	70	1.32
1522645--1522885	97	2.5	97	90	0	392	26	14	31	27	1.95
1525151--1525176	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1527403--1527447	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1529251--1529281	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1531360--1531385	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1533140--1533298	78	2.0	78	98	0	309	44	4	23	27	1.73
1534006--1534031	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1534975--1535012	20	1.9	20	94	0	67	39	13	18	28	1.88
1536032--1536088	19	2.9	20	73	5	62	33	14	12	40	1.83
1536075--1536099	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1538544--1538585	21	2.0	21	90	0	66	42	9	19	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1540868--1540979	51	2.2	52	81	10	133	32	26	8	33	1.86
1540913--1541181	79	3.5	78	84	6	352	27	25	13	33	1.94
1541201--1541318	51	2.3	51	83	2	139	28	24	13	33	1.93
1541256--1541441	79	2.4	78	84	2	246	28	26	12	32	1.92
1542755--1542781	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1546694--1546738	20	2.2	20	100	0	90	22	20	0	57	1.40
1548941--1548994	20	2.7	21	80	8	67	31	16	14	37	1.89
1549024--1549096	20	3.7	19	85	7	85	35	15	15	34	1.88
1550108--1550203	50	1.9	50	93	0	165	45	9	15	29	1.77
1550841--1551008	61	2.8	59	76	6	156	32	16	26	25	1.96
1550959--1551154	52	3.8	50	74	4	149	34	18	23	23	1.96
1552203--1552227	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1555081--1555106	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1563792--1563918	19	7.6	19	71	28	128	40	15	15	28	1.88
1563810--1563929	13	7.8	13	71	28	78	40	15	15	29	1.88
1563792--1563929	32	4.3	32	100	0	276	39	15	15	28	1.88
1575862--1575959	1	98.0	1	70	0	52	83	9	4	3	0.87
1575882--1575957	16	4.9	15	72	15	66	82	11	1	3	0.86
1575862--1575959	9	10.6	9	74	17	76	83	9	4	3	0.87
1575862--1575959	20	5.3	18	77	13	83	83	9	4	3	0.87
1575862--1575959	29	3.6	27	76	10	92	83	9	4	3	0.87
1577270--1577503	52	4.7	49	87	2	263	25	24	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1577270--1577733	91	4.8	99	81	8	277	24	23	18	33	1.97
1577413--1577682	91	3.0	91	89	1	416	23	22	21	32	1.98
1577595--1577735	49	2.8	49	84	5	176	22	24	19	33	1.97
1577595--1577783	101	1.9	101	83	4	247	22	24	19	33	1.97
1591169--1591230	33	1.9	32	87	9	90	27	11	20	40	1.87
1591274--1591325	20	2.5	21	81	9	63	26	17	17	38	1.92
1591313--1591338	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1591348--1591386	20	2.0	19	90	5	60	30	7	25	35	1.84
1593804--1593841	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
1600139--1600177	20	2.0	19	90	5	60	28	10	25	35	1.89
1600942--1600990	22	2.2	22	85	0	62	75	0	10	14	1.04
1600952--1600990	11	3.5	11	89	0	60	74	0	10	15	1.07
1602922--1603277	66	5.4	67	80	5	368	35	11	27	24	1.91
1602934--1603277	132	2.6	132	83	4	408	36	11	27	25	1.90
1604936--1605099	83	2.0	84	95	3	296	37	11	18	32	1.87
1604962--1605136	83	2.1	84	82	8	216	40	12	17	29	1.87
1605743--1605794	20	2.7	19	88	5	77	32	15	15	36	1.89
1609846--1609877	13	2.5	13	94	0	55	37	15	9	37	1.80
1611281--1611343	33	1.9	33	83	6	83	23	26	19	30	1.98
1612074--1612124	22	2.4	22	83	9	61	35	3	15	45	1.65
1612093--1612135	22	2.0	22	86	4	61	37	4	16	41	1.69
1612263--1612319	19	2.9	19	84	2	69	35	17	14	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1612349--1612412	32	2.0	33	85	14	89	35	15	15	32	1.90
1616175--1616223	12	4.1	12	78	19	57	75	0	22	2	0.90
1616174--1616213	11	3.4	12	86	13	57	75	0	25	0	0.81
1617023--1617480	162	2.8	162	88	2	668	36	12	10	40	1.78
1618256--1618738	156	3.1	155	78	9	475	25	16	19	38	1.92
1618256--1618815	156	3.6	153	75	10	458	24	17	19	39	1.92
1618258--1618844	312	1.9	312	79	7	656	24	17	19	39	1.92
1620792--1620816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1620772--1620839	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
1624408--1624466	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12