genome.fa.s154.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold154
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1945843

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  7  of  12  ( 1433 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884820--884858	20	2.0	20	94	0	69	41	10	15	33	1.81
884840--884869	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
884820--884951	33	4.1	33	76	9	139	39	15	17	28	1.90
884913--884969	20	2.8	20	94	0	105	43	15	15	24	1.86
884902--884931	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
893973--894055	28	2.9	30	85	5	93	34	15	25	24	1.95
893985--894055	28	2.5	28	88	0	106	29	16	28	25	1.97
893903--894135	107	2.2	107	86	3	317	32	13	24	29	1.93
897364--897533	20	8.9	19	67	15	93	41	13	13	31	1.83
897337--897546	92	2.3	92	96	2	388	41	12	15	30	1.84
897456--897533	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
899578--899621	21	2.1	21	83	8	54	29	4	38	27	1.76
900092--900143	20	2.6	20	84	0	68	46	9	13	30	1.75
900433--900647	62	3.3	63	73	15	190	26	21	14	36	1.93
900825--900878	20	2.6	21	85	2	65	40	11	14	33	1.82
900954--901028	25	3.2	25	69	18	79	24	5	14	56	1.59
900952--901120	52	3.4	49	82	7	166	26	11	12	49	1.75
903441--903599	81	2.0	81	85	5	214	29	19	11	39	1.86
903424--903616	81	2.4	81	80	5	212	30	21	11	37	1.88
903565--903722	53	3.0	53	85	3	203	31	20	7	39	1.81
904102--904139	19	2.0	20	89	5	60	23	7	18	50	1.73
906508--906889	79	4.9	79	80	6	416	28	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
906528--906890	157	2.3	157	84	4	455	28	25	12	33	1.93
906826--906942	51	2.3	51	85	4	148	28	29	11	29	1.92
906747--906988	129	1.9	130	82	6	312	27	25	13	33	1.94
906874--907026	78	1.9	78	89	6	238	27	25	13	33	1.94
906746--907014	129	2.1	128	80	8	305	27	25	13	33	1.94
906669--907063	207	1.9	207	84	5	539	26	26	13	32	1.94
915795--915840	23	2.0	23	91	0	74	26	26	21	26	2.00
919015--919047	8	4.1	8	92	7	50	87	0	12	0	0.53
919015--919052	15	2.4	16	82	8	51	86	0	13	0	0.56
918995--919052	22	2.7	21	81	7	55	84	6	8	0	0.78
919015--919052	7	5.4	7	84	9	51	86	0	13	0	0.56
920026--920482	61	7.5	60	83	4	513	25	25	19	29	1.98
920458--920601	42	3.4	42	77	5	132	21	25	15	37	1.93
920574--920662	34	2.6	34	81	0	115	21	24	16	37	1.94
926129--926803	49	14.1	49	74	12	330	32	16	25	25	1.96
926077--926794	101	7.4	99	78	11	484	32	16	25	25	1.96
926509--926693	43	4.2	43	77	9	192	31	16	25	25	1.97
926226--926591	181	2.0	188	81	6	444	30	17	25	26	1.97
926460--926717	91	2.8	91	87	1	354	31	16	26	25	1.96
926651--926807	52	3.1	50	75	8	156	35	18	24	22	1.96
926853--927222	28	12.9	28	81	7	343	23	17	28	30	1.97
926812--927222	85	4.8	83	76	11	278	22	17	28	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
926858--927222	57	6.4	57	81	5	414	23	18	27	30	1.97
927587--927671	37	2.3	37	95	0	152	43	15	15	25	1.86
932396--932451	20	2.8	20	84	10	71	44	14	10	30	1.79
932420--932558	53	2.6	53	89	4	208	36	17	17	28	1.92
933945--933998	20	2.7	20	88	0	81	42	12	14	29	1.83
934050--934106	13	4.8	13	70	24	54	35	17	14	33	1.90
934063--934128	20	3.7	20	69	26	74	37	18	13	30	1.89
934033--934129	33	3.0	33	93	1	160	38	17	12	31	1.87
940294--940332	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
940764--940815	20	2.5	20	84	9	59	19	48	26	5	1.71
942828--942874	20	2.3	20	85	0	58	42	12	12	31	1.81
942909--942976	33	2.1	32	86	8	93	35	17	14	32	1.91
953810--953835	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
957941--958593	49	13.8	49	72	12	427	32	17	25	25	1.97
957941--958593	87	6.9	98	78	9	463	32	17	25	25	1.97
958454--958593	43	3.1	43	78	6	145	34	15	22	27	1.95
958600--959036	34	13.2	33	80	9	419	38	12	30	18	1.88
958809--958899	27	3.2	27	82	14	112	35	13	32	18	1.90
958789--958976	92	2.0	91	85	6	254	37	11	32	18	1.86
959002--959113	27	4.0	28	81	6	102	25	17	29	27	1.98
959004--959142	28	5.0	27	83	6	136	23	17	29	29	1.97
959033--959149	56	2.1	56	84	9	150	20	17	32	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960575--960636	10	6.0	10	83	5	79	3	0	12	83	0.75
960576--960637	31	2.0	31	87	6	90	3	0	14	82	0.80
960575--960621	18	2.5	18	89	6	67	0	0	14	85	0.61
968211--968236	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
968191--968254	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
978069--978331	79	3.3	76	76	7	222	27	25	13	33	1.93
978371--978484	51	2.2	51	78	9	124	30	25	9	34	1.88
978419--978570	79	1.9	78	84	4	198	28	25	12	33	1.92
978419--978589	78	2.2	79	82	5	195	29	26	12	31	1.93
981921--981973	3	17.7	3	100	0	106	32	0	0	67	0.91
981972--982012	3	13.7	3	100	0	82	0	0	31	68	0.90
988324--988451	20	6.3	20	66	13	73	28	14	15	41	1.87
995213--995286	3	24.7	3	100	0	148	67	0	0	32	0.91
1003540--1003606	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1003560--1003584	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1003647--1003671	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1003680--1003807	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
1010700--1010778	1	79.0	1	74	0	68	87	12	0	0	0.55
1010700--1010778	31	2.6	32	84	9	112	87	12	0	0	0.55
1010702--1010778	11	6.7	11	77	14	75	87	12	0	0	0.56
1011015--1011047	16	2.0	17	94	5	59	81	12	6	0	0.85
1012017--1012166	31	4.9	30	79	8	149	24	29	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1012017--1012193	32	5.7	32	84	6	168	24	30	16	28	1.97
1012020--1012193	93	1.9	93	82	2	224	22	31	17	28	1.97
1012233--1012284	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
1012263--1012629	34	10.7	34	83	10	462	20	34	13	31	1.91
1012132--1012650	71	7.8	68	82	13	542	20	35	12	31	1.90
1012136--1012629	169	3.0	166	85	9	616	20	35	13	30	1.91
1012138--1012650	203	2.6	202	85	10	688	21	35	12	30	1.91
1012632--1012772	34	4.2	34	89	0	223	28	36	17	18	1.93
1012772--1013713	49	19.7	49	84	7	1217	24	26	18	30	1.98
1012916--1012983	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
1012864--1013722	92	9.1	92	89	5	1207	24	26	18	30	1.98
1013228--1013294	21	3.1	21	62	26	50	25	28	19	26	1.99
1013207--1013274	22	3.1	22	62	26	54	23	25	20	30	1.98
1013525--1013761	49	4.6	53	82	6	215	24	25	16	33	1.96
1014616--1014682	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1014636--1014660	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1014723--1014747	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1014756--1014883	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
1020202--1021119	27	34.3	27	86	6	1235	23	33	14	28	1.94
1020202--1021119	55	17.1	54	86	7	1205	23	33	14	28	1.94
1020202--1021119	82	11.4	81	87	5	1235	23	33	14	28	1.94
1020399--1020441	21	2.0	21	95	0	77	27	30	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1020693--1020811	21	5.0	21	83	13	103	25	32	16	25	1.96
1021123--1021854	32	22.9	32	92	1	1179	31	32	18	17	1.94
1022372--1022417	24	2.0	23	83	12	58	78	8	10	2	1.05
1023093--1023142	14	3.4	15	78	18	52	76	0	22	2	0.89
1023089--1023142	20	2.7	20	79	2	63	77	0	20	1	0.86
1023116--1023145	10	3.0	10	95	0	51	86	0	13	0	0.57
1023089--1023152	20	3.2	19	77	6	56	76	0	18	4	0.95
1026592--1026650	24	2.7	22	77	12	68	61	3	0	35	1.13
1028389--1028429	21	2.0	21	95	0	73	43	0	12	43	1.41
1028393--1028437	21	2.2	21	84	4	56	46	0	8	44	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12