genome.fa.s164.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold164
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2248410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
507--541	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
775--821	25	2.0	23	87	8	67	36	6	0	57	1.24
770--828	22	2.7	21	78	19	66	38	5	0	55	1.22
2971--3059	12	6.9	12	73	14	63	39	2	3	55	1.29
3020--3086	24	2.6	27	84	13	88	41	1	1	55	1.18
2985--3129	52	2.7	51	80	15	136	40	2	2	55	1.26
5341--5382	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8172--8217	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
11814--11853	20	2.0	20	85	0	53	57	0	0	42	0.98
14108--14164	20	2.8	20	100	0	114	29	19	10	40	1.85
14148--14219	31	2.4	31	90	2	110	26	19	12	41	1.87
20519--20655	52	2.6	52	79	2	132	43	10	10	35	1.75
20710--20763	20	2.7	20	82	8	65	33	14	9	42	1.78
21775--21815	17	2.5	17	80	4	57	58	0	0	41	0.98
25422--25472	25	2.0	26	92	3	86	49	0	0	50	1.00
25446--25513	30	2.2	31	89	2	102	39	1	2	55	1.24
25444--25546	16	6.6	16	69	16	81	38	2	3	54	1.34
25884--25954	16	4.5	15	76	11	61	39	2	1	56	1.23
25894--25956	16	3.9	16	81	8	74	41	1	0	57	1.08
26407--26447	21	2.0	20	90	4	64	60	2	4	31	1.30
26532--26629	2	51.5	2	75	17	75	45	5	2	46	1.36
33544--33584	3	13.7	3	94	0	73	31	2	0	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39491--39521	14	2.2	14	100	0	62	19	19	25	35	1.95
49758--49787	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
50701--50744	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
51441--51484	19	2.4	18	74	7	52	52	0	0	47	1.00
51674--51982	79	3.9	78	85	1	415	39	11	26	22	1.87
54072--54100	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
56640--56677	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
58028--58075	20	2.3	20	82	7	60	35	4	0	60	1.16
58050--58083	13	2.5	14	85	9	52	44	0	0	55	0.99
59646--59672	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
60424--60470	23	2.0	23	87	0	67	38	4	2	55	1.31
61838--61862	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
61818--61887	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
61849--61977	57	2.3	57	100	0	258	40	13	12	33	1.83
61871--62002	57	2.3	57	90	1	201	40	15	12	31	1.86
61986--62010	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
62019--62139	52	2.3	52	94	0	215	35	18	17	28	1.93
65590--65634	21	2.1	22	91	4	74	64	6	0	28	1.19
66614--66653	9	4.2	10	79	20	50	67	0	0	32	0.91
67767--67806	10	4.0	10	87	6	55	67	5	0	27	1.11
69060--69109	24	2.0	25	84	3	66	74	2	0	24	0.93
70346--70405	26	2.4	25	73	13	61	43	0	1	55	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70373--70437	20	3.3	20	79	12	73	46	0	0	53	1.00
72037--72066	6	5.0	6	91	0	51	0	13	0	86	0.57
72406--72439	17	2.0	17	88	11	52	20	2	5	70	1.21
74844--74883	15	2.8	14	85	14	55	50	0	5	45	1.23
74873--74937	28	2.4	29	82	12	84	46	0	0	53	1.00
75356--75389	14	2.5	13	90	4	50	61	0	0	38	0.96
75356--75449	30	3.3	28	76	14	84	48	1	0	50	1.07
75419--75489	20	3.6	19	78	16	74	36	0	1	61	1.05
75404--75442	16	2.6	15	84	11	53	43	0	0	56	0.99
75463--75503	19	2.2	19	86	4	57	34	0	0	65	0.93
75615--75692	27	3.1	25	67	24	65	39	14	3	42	1.63
75615--75690	23	3.1	23	65	26	57	40	14	3	40	1.64
75807--75867	10	6.4	10	68	24	51	59	1	1	37	1.17
75831--75870	21	1.9	21	90	10	64	60	2	0	37	1.11
75805--75875	37	1.9	37	85	5	99	60	1	1	36	1.14
75796--75875	16	4.6	17	74	18	60	61	1	1	36	1.12
78208--78234	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
89563--89599	18	2.0	20	89	10	60	29	43	16	10	1.82
93528--93570	16	2.6	16	75	17	52	37	2	9	51	1.47
97201--97227	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
97212--97268	19	2.9	19	78	5	60	29	17	17	35	1.93
97313--97342	13	2.3	13	94	0	51	36	20	13	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97298--97362	33	2.0	32	88	11	96	36	15	18	29	1.91
105368--105436	33	2.1	33	94	0	120	34	2	23	39	1.70
105987--106013	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
105968--106032	33	2.0	32	93	3	112	26	15	16	41	1.88
106099--106129	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
106083--106149	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
108889--108915	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
110950--111000	19	2.7	19	87	0	75	23	25	29	21	1.99
117593--117646	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
117676--117747	20	3.7	19	85	7	74	37	16	16	29	1.91
119817--119891	20	3.8	20	76	0	78	32	14	13	40	1.85
123838--123862	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
123850--123902	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
130153--130190	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
132620--132644	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
132634--132684	21	2.5	21	81	9	61	39	17	15	27	1.90
132737--132769	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
132744--132769	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
132726--132790	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
133765--133811	20	2.3	20	82	10	51	76	0	12	10	1.02
134970--135010	18	2.3	18	91	0	64	36	2	0	60	1.10
134986--135040	13	3.9	14	73	20	51	30	5	0	63	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135230--135264	9	3.9	9	84	0	52	40	2	0	57	1.14
135226--135267	18	2.3	18	95	0	75	38	2	0	59	1.10
135245--135282	13	2.6	14	84	16	51	36	5	0	57	1.21
134970--135491	257	2.0	257	98	0	1003	29	9	3	58	1.45
136381--136418	10	3.8	10	80	13	51	47	0	0	52	1.00
136658--136760	49	2.1	49	83	0	134	49	7	2	39	1.47
137058--137112	27	2.0	27	85	3	74	52	0	1	45	1.11
140785--140905	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
140785--140925	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
140914--140938	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
141003--141027	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
140981--141047	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
141918--142706	49	15.8	49	87	3	1024	32	16	26	24	1.97
142780--143739	104	9.3	103	80	11	992	34	12	33	20	1.90
142773--143738	141	7.0	138	84	7	1184	34	12	33	20	1.90
142780--143669	282	3.2	282	93	3	1452	33	12	33	20	1.90
143619--143711	28	3.1	28	71	16	96	34	12	30	22	1.92
143551--143724	96	1.8	92	84	8	233	35	13	29	20	1.92
144713--144742	12	2.5	12	94	0	51	0	3	3	93	0.42
152020--152140	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
152020--152160	52	2.7	51	87	4	203	30	17	18	34	1.94
152149--152173	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152238--152262	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
152216--152282	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
157099--157145	26	1.9	26	83	12	64	31	8	8	51	1.63
157443--157510	16	4.2	16	84	0	64	45	5	11	36	1.65
157627--157660	16	2.1	16	88	0	50	50	20	8	20	1.75
158895--158976	16	5.2	16	71	7	51	35	1	4	58	1.27
167277--167305	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
167333--167399	20	3.3	20	65	19	57	25	14	22	37	1.93
167317--167402	41	2.1	41	97	0	163	27	13	20	37	1.91
170871--170951	28	2.9	28	79	18	89	35	1	8	54	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15