genome.fa.s164.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold164
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2248410

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2034743--2034898	54	3.0	53	91	6	248	37	0	0	62	0.96
2034879--2034937	15	3.7	16	77	20	61	40	0	1	57	1.09
2034706--2034898	54	3.6	52	86	8	246	38	0	0	61	1.00
2034907--2034939	8	4.2	8	88	7	50	42	0	0	57	0.98
2034860--2034939	40	2.0	41	83	14	103	40	0	1	58	1.06
2034942--2034973	17	1.9	16	93	6	55	25	3	3	68	1.18
2035718--2035742	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
2036185--2036222	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2037702--2037746	23	2.0	23	86	0	63	40	2	2	55	1.24
2038087--2038143	27	2.1	27	81	9	64	57	1	0	40	1.09
2038262--2038364	32	3.3	31	81	5	118	39	4	5	49	1.48
2043492--2043565	20	3.7	20	88	0	103	36	17	13	32	1.89
2043531--2043754	63	3.6	63	89	1	324	30	17	20	30	1.96
2043760--2043786	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2047352--2047404	20	2.7	20	91	2	81	30	15	18	35	1.92
2047434--2047498	33	2.0	33	90	0	103	33	7	20	38	1.81
2053781--2053820	21	1.9	21	84	0	53	25	20	0	55	1.44
2055170--2055212	21	2.0	22	95	4	79	37	4	16	41	1.69
2055800--2055871	19	3.7	19	88	1	99	29	15	18	37	1.91
2062061--2062130	33	2.1	33	89	5	106	34	17	15	32	1.91
2062094--2062179	20	4.7	20	76	24	91	32	20	16	30	1.95
2062133--2062158	12	2.2	12	100	0	52	34	19	15	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062113--2062178	32	2.1	32	97	0	123	31	21	16	30	1.95
2062208--2062261	19	2.8	20	85	5	74	35	16	18	29	1.93
2062248--2062311	33	1.9	33	90	0	101	42	12	17	28	1.85
2068103--2068131	2	14.5	2	100	0	58	48	51	0	0	1.00
2071350--2071397	20	2.2	21	85	14	71	29	18	8	43	1.79
2078588--2078629	19	2.2	19	91	4	66	19	0	2	78	0.86
2081479--2081504	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2083719--2083763	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2085565--2085595	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2087672--2087697	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2090235--2090260	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2092210--2092390	78	2.3	79	86	2	258	32	18	25	24	1.97
2092372--2092488	51	2.3	51	85	2	146	31	14	25	28	1.95
2092294--2092660	130	2.8	132	84	4	451	33	13	24	28	1.93
2092507--2092618	51	2.2	51	86	0	161	33	12	24	30	1.92
2095053--2095077	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
2095691--2095793	41	2.5	41	87	7	147	45	9	26	18	1.80
2095798--2095961	42	3.8	43	75	10	138	42	12	25	19	1.86
2095969--2096317	61	5.8	61	81	9	382	27	19	27	25	1.99
2095960--2096317	122	3.0	120	82	6	444	27	19	27	25	1.99
2096142--2096338	55	3.5	55	81	9	216	26	18	26	28	1.98
2096384--2096467	29	2.9	29	66	13	75	29	21	21	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096210--2096495	156	1.8	151	81	10	342	29	18	25	26	1.98
2096357--2096529	61	2.9	61	84	6	223	29	20	23	26	1.99
2096135--2096742	211	2.9	211	82	5	669	29	18	25	25	1.98
2096441--2097028	155	3.7	154	75	12	587	29	19	24	26	1.98
2096596--2096856	117	2.2	116	79	11	291	31	19	21	26	1.97
2096657--2096881	56	3.9	56	83	10	276	32	20	19	27	1.97
2096796--2096877	28	2.9	27	68	13	67	32	19	19	28	1.96
2096357--2097117	327	2.3	328	91	2	1230	29	19	24	26	1.99
2096900--2097179	111	2.5	113	81	5	316	25	18	26	29	1.98
2096897--2097178	55	5.0	55	84	3	314	24	19	26	29	1.98
2098211--2098292	1	82.0	1	77	0	56	3	0	10	85	0.72
2098201--2098292	12	7.5	12	75	21	59	3	0	13	83	0.76
2098203--2098240	20	1.9	20	89	10	60	0	0	21	78	0.74
2098230--2098291	23	2.6	23	92	7	97	4	0	8	87	0.68
2098213--2098292	41	2.0	41	85	2	108	3	0	11	85	0.73
2098194--2098291	8	11.8	8	74	16	83	3	1	12	83	0.81
2098214--2098292	32	2.5	32	85	6	99	3	0	11	84	0.74
2110232--2110399	51	3.3	51	75	9	139	29	11	28	29	1.92
2110143--2110529	180	2.1	181	82	3	476	32	12	25	29	1.92
2110333--2110478	79	1.8	79	85	0	202	30	13	27	28	1.94
2110283--2110718	130	3.4	129	82	5	416	33	12	25	28	1.92
2110414--2110529	51	2.3	51	89	0	169	31	11	25	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110542--2110658	51	2.3	51	82	2	137	35	13	23	27	1.92
2110385--2110720	130	2.6	130	82	2	417	34	12	24	28	1.92
2113810--2113867	29	2.0	29	93	3	98	68	0	17	13	1.20
2113821--2113894	29	2.6	29	80	8	80	71	2	14	10	1.24
2127745--2127842	36	3.0	32	81	11	110	30	26	11	31	1.91
2128278--2128354	20	3.7	20	77	13	82	36	14	14	35	1.86
2128279--2128367	44	2.1	42	91	4	142	35	13	16	33	1.88
2131800--2131859	21	2.9	21	79	20	72	20	25	1	53	1.55
2131823--2131866	21	2.1	21	83	8	54	20	27	0	52	1.47
2133443--2133540	36	2.9	34	84	11	123	29	27	12	30	1.93
2133999--2134045	22	2.1	22	96	0	85	36	10	23	29	1.89
2135254--2135295	10	4.3	10	78	6	50	83	14	2	0	0.75
2135253--2135296	19	2.4	18	85	10	63	79	15	4	0	0.89
2136591--2137067	28	16.5	28	78	10	363	31	28	16	24	1.96
2136588--2137067	85	5.5	83	77	14	443	30	28	16	24	1.96
2136589--2137067	57	8.3	56	79	11	409	30	28	16	24	1.96
2141575--2141624	21	2.4	22	87	9	70	30	18	0	52	1.46
2143361--2143404	21	2.0	23	86	8	65	34	4	20	40	1.73
2143957--2144021	33	2.0	33	85	8	89	32	12	13	41	1.82
2144336--2144392	23	2.5	23	94	2	98	56	19	14	10	1.67
2148251--2148325	20	3.8	19	79	11	71	81	12	1	5	0.92
2148251--2148325	9	7.7	9	76	15	60	81	12	1	5	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148301--2148325	13	1.9	13	100	0	50	80	20	0	0	0.72
2149582--2150167	28	20.7	27	78	8	386	31	28	16	22	1.96
2149591--2150199	56	10.7	55	78	6	468	31	28	16	22	1.96
2149616--2150199	84	6.8	84	76	8	448	31	28	16	22	1.96
2149824--2149911	30	3.0	28	73	15	81	34	28	18	19	1.95
2150957--2151032	20	3.8	20	72	10	66	34	13	10	42	1.78
2150995--2151131	51	2.7	51	91	0	220	31	18	8	40	1.82
2151991--2152029	21	2.0	21	85	10	55	23	20	10	46	1.81
2155786--2156051	79	3.4	77	83	5	282	27	21	11	39	1.88
2156267--2156296	15	2.1	14	93	6	51	13	0	20	66	1.24
2156993--2157464	151	3.1	147	77	10	423	37	19	17	25	1.93
2158829--2158859	15	2.1	15	100	0	62	67	6	6	19	1.35
2159013--2159064	23	2.3	23	83	6	61	13	13	3	69	1.33
2159510--2159932	167	2.5	162	77	8	440	50	9	10	29	1.67
2160882--2160906	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2160995--2161020	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2160977--2161040	33	2.0	32	87	9	94	39	18	14	28	1.90
2162970--2162995	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2170840--2170864	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2170964--2170989	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2170946--2171009	33	2.0	32	87	9	94	39	18	14	28	1.90
2184090--2184114	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184228--2184265	19	2.0	19	100	0	76	26	0	0	73	0.83
2184845--2184903	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2185173--2185198	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2185154--2185216	32	2.0	32	90	0	99	26	14	17	41	1.88
2187769--2187806	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2189889--2189919	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2193644--2193702	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
2193983--2194008	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2193963--2194026	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2194796--2194844	24	2.0	24	88	7	73	53	0	4	42	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15